genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  188  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60623752--60623910	43	3.7	43	72	9	135	26	18	24	30	1.98
60634119--60634180	31	2.0	31	90	0	97	25	8	27	38	1.84
60638565--60638836	40	6.8	40	90	1	418	23	28	21	26	1.99
60638565--60638844	122	2.3	122	90	1	431	24	27	21	26	1.99
60641033--60641106	37	2.0	37	100	0	148	51	2	5	40	1.39
60641463--60641525	30	2.1	30	96	0	117	31	7	25	34	1.85
60644377--60644430	28	1.9	28	100	0	108	35	22	3	38	1.72
60646828--60646966	43	3.3	43	78	9	133	28	17	24	29	1.98
60653276--60653413	43	3.2	43	77	10	122	30	20	20	28	1.97
60654322--60654452	6	21.3	6	70	16	90	48	12	19	19	1.81
60654343--60654452	31	3.5	31	92	0	175	47	12	20	20	1.82
60654670--60654720	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
60654947--60655080	27	5.0	27	86	0	178	23	20	20	35	1.96
60655077--60655177	27	3.7	27	86	1	148	40	7	22	28	1.82
60655130--60655217	27	3.3	26	80	6	77	32	7	20	38	1.82
60655169--60655248	27	3.0	27	83	3	99	30	11	21	37	1.88
60655258--60655326	27	2.6	27	97	0	120	28	7	20	43	1.78
60655258--60655368	27	4.1	27	85	2	100	27	12	19	39	1.88
60655231--60655349	54	2.2	53	77	7	125	30	11	19	38	1.87
60655307--60655375	27	2.6	27	83	0	84	26	15	20	37	1.93
60659676--60659991	144	2.2	142	87	3	447	23	28	19	28	1.98
60659676--60659991	48	6.6	48	77	5	318	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60661187--60661505	48	6.6	48	74	5	243	22	26	18	31	1.97
60661275--60661504	96	2.4	96	82	4	268	23	26	19	31	1.98
60661133--60661513	144	2.7	143	79	4	390	23	26	18	30	1.98
60666613--60666975	47	7.6	47	91	3	541	27	29	8	33	1.87
60666634--60666975	143	2.4	143	91	2	539	27	29	9	33	1.88
60673371--60673755	144	2.7	144	77	3	362	24	26	17	30	1.97
60673371--60673703	48	6.9	48	80	4	296	24	26	17	31	1.97
60680387--60680424	18	2.1	18	100	0	76	47	10	15	26	1.78
60683746--60683801	24	2.2	24	81	12	60	14	14	3	67	1.35
60685409--60685453	22	2.1	21	91	4	72	11	0	11	77	0.99
60685421--60685468	22	2.2	22	85	7	62	12	4	8	75	1.18
60711301--60711478	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
60711322--60711477	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
60719339--60719516	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	27	1.95
60719360--60719515	82	1.9	81	88	3	233	30	28	14	27	1.95
60724848--60724984	37	3.7	37	91	0	211	24	30	19	24	1.98
60725198--60725531	47	7.1	47	91	0	515	27	29	11	31	1.92
60725337--60725413	22	3.4	22	67	22	68	28	28	12	29	1.94
60742521--60742772	68	3.8	65	75	11	210	31	16	27	24	1.96
60745275--60745514	27	8.9	27	85	2	286	25	13	20	40	1.89
60745813--60745884	18	4.1	18	83	3	92	23	23	11	41	1.86
60749138--60749266	27	4.8	27	90	0	186	25	13	18	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60749138--60749298	54	3.0	53	86	1	187	24	14	19	41	1.88
60749138--60749287	27	5.6	27	86	3	158	25	12	19	42	1.86
60749615--60749652	17	2.2	18	95	4	69	23	23	10	42	1.85
60757406--60757488	42	2.0	42	92	0	139	30	28	15	25	1.96
60766259--60766316	29	2.1	28	84	12	75	34	5	25	34	1.78
60775761--60775791	15	2.1	15	93	0	53	54	16	12	16	1.71
60779527--60779635	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
60779776--60780062	48	5.9	48	93	1	475	31	27	6	34	1.82
60779761--60780067	146	2.1	147	88	4	476	32	28	5	33	1.81
60780079--60780366	47	6.1	47	96	0	486	25	28	11	34	1.91
60780194--60780318	23	5.2	25	62	30	76	28	29	11	31	1.91
60780040--60780366	141	2.3	141	89	1	494	25	29	11	33	1.91
60788760--60788788	13	2.2	13	100	0	58	6	6	20	65	1.40
60791306--60791492	48	3.8	49	77	9	186	21	14	26	36	1.92
60793632--60793716	42	2.0	42	100	0	170	34	14	16	35	1.89
60801285--60801324	10	3.8	10	87	12	62	67	0	2	30	1.04
60801285--60801328	22	2.0	22	95	0	79	65	0	2	31	1.05
60810560--60810584	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
60811631--60811677	15	3.1	15	82	11	60	12	12	14	59	1.61
60820053--60820113	30	2.0	30	84	6	79	34	21	4	39	1.75
60823284--60823343	30	2.0	29	83	3	75	41	8	23	26	1.82
60823778--60823881	52	2.0	53	82	1	129	37	19	24	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60830304--60830375	34	2.1	34	87	5	101	30	19	20	29	1.97
60838422--60838478	26	2.2	26	80	3	60	28	15	15	40	1.88
60847899--60847925	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
60848981--60849007	12	2.2	12	100	0	54	11	22	25	40	1.87
60851819--60851993	46	3.8	46	77	13	214	21	21	29	28	1.99
60851815--60851985	93	1.8	93	98	0	333	21	22	29	27	1.99
60855927--60855972	3	15.7	3	79	20	53	65	4	0	30	1.12
60855927--60855976	15	3.5	14	78	21	59	66	4	0	30	1.10
60857539--60857600	20	3.0	21	61	4	54	32	22	17	27	1.97
60857525--60857641	41	2.9	41	84	5	159	29	23	17	29	1.97
60858160--60858254	43	2.2	44	86	1	129	25	24	22	28	1.99
60866533--60866597	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
60866756--60866812	27	2.1	27	83	6	71	15	22	24	36	1.94
60866967--60867086	6	19.3	6	70	19	77	20	18	13	48	1.81
60866967--60867077	31	3.5	31	90	1	150	19	18	12	48	1.80
60867873--60867927	27	2.0	28	89	6	87	54	5	0	40	1.23
60867910--60867953	22	2.0	22	86	0	61	38	4	0	56	1.20
60874409--60874551	60	2.3	63	80	10	163	27	26	19	25	1.99
60886179--60886233	24	2.3	24	93	0	92	34	29	14	21	1.93
60888702--60888780	39	2.0	39	90	0	122	34	13	26	25	1.94
60896379--60896469	43	2.1	43	100	0	182	35	16	10	37	1.84
60899476--60899601	50	2.5	49	84	7	157	23	30	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60899580--60899739	45	3.5	44	80	11	144	21	28	21	28	1.99
60900683--60900772	44	2.0	44	100	0	180	17	14	17	50	1.79
60905584--60905633	24	2.1	24	85	7	66	38	14	0	48	1.44
60906352--60906563	93	2.3	93	91	0	343	31	29	17	21	1.96
60906344--60906510	47	3.6	47	71	16	166	32	29	16	21	1.95
60906396--60906556	46	3.5	46	73	17	152	32	29	16	21	1.95
60912349--60912427	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
60912374--60912496	22	5.3	22	64	27	67	31	13	30	25	1.93
60912302--60912534	47	5.0	47	93	0	367	33	11	28	26	1.91
60912697--60912841	37	3.9	37	93	0	245	24	18	31	26	1.98
60917178--60917353	46	3.8	45	79	10	203	21	21	28	28	1.98
60917174--60917345	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
60917459--60917502	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
60918763--60918806	23	1.9	23	81	9	54	31	6	18	43	1.76
60921712--60921801	31	2.9	30	76	11	92	47	0	7	44	1.32
60921722--60921781	32	1.9	31	86	3	84	48	0	3	48	1.18
60926778--60926852	20	3.8	20	67	19	57	52	0	0	48	1.00
60926776--60926828	22	2.4	22	79	17	65	58	0	0	41	0.98
60927711--60927757	24	1.9	25	82	4	60	38	4	4	53	1.40
60927998--60928072	36	2.1	36	100	0	150	30	10	16	42	1.81
60940603--60940641	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
60940685--60940734	25	2.0	25	96	0	91	38	6	20	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60943832--60943954	50	2.4	50	82	5	149	39	13	17	30	1.87
60945689--60945884	39	5.0	39	83	4	202	21	21	28	28	1.99
60964251--60964424	46	3.8	46	78	13	203	22	20	27	29	1.99
60964249--60964419	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
60971041--60971085	16	2.8	16	82	0	54	51	6	2	40	1.41
60972347--60972398	10	5.3	9	78	15	50	57	0	3	38	1.17
60972438--60972496	28	2.1	28	81	6	66	45	1	0	52	1.10
60975447--60975501	16	3.4	16	92	0	83	36	7	25	30	1.83
60980213--60980370	68	2.3	68	76	11	160	21	29	14	34	1.93
60987807--60987947	43	3.3	43	74	15	130	22	14	24	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316