genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50389794--50389985	47	4.1	48	86	6	250	25	30	11	32	1.91
50394321--50394489	46	3.7	46	74	13	175	23	20	27	28	1.99
50394314--50394484	93	1.8	93	93	0	297	22	21	27	28	1.99
50398012--50398049	20	1.9	20	89	10	60	57	7	10	23	1.58
50406085--50406181	30	3.2	31	71	11	85	29	15	26	27	1.96
50412479--50412526	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
50422072--50422097	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
50428672--50428795	6	20.2	6	71	19	71	4	20	2	72	1.14
50428680--50428797	13	9.7	12	72	23	70	4	21	2	72	1.14
50428698--50428740	17	2.5	17	84	3	50	4	25	0	69	1.07
50428727--50428773	20	2.4	20	85	3	60	4	19	4	72	1.18
50428727--50428787	19	3.2	20	82	11	67	4	18	3	73	1.14
50432182--50432307	39	3.2	39	89	0	189	21	19	27	31	1.97
50432661--50432714	19	2.7	22	78	21	73	25	9	20	44	1.81
50438985--50439056	34	2.1	34	87	5	101	27	22	20	29	1.99
50448886--50449186	39	7.6	39	91	4	403	24	27	22	25	2.00
50464357--50464456	40	2.5	40	85	0	137	30	15	21	34	1.93
50468136--50468268	48	2.8	48	85	0	194	28	29	18	24	1.98
50469824--50469935	43	2.6	42	79	8	136	29	24	16	30	1.96
50472618--50472678	21	2.9	21	85	4	88	32	19	11	36	1.88
50472618--50472678	10	5.9	10	77	11	61	32	19	11	36	1.88
50478090--50478232	46	3.1	46	69	18	118	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50480610--50480688	30	2.6	30	82	7	97	56	15	16	11	1.66
50480610--50480679	15	4.7	15	82	5	88	58	12	17	11	1.63
50480611--50480688	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
50483624--50483799	46	3.8	46	77	10	187	29	28	21	21	1.98
50483632--50483803	93	1.8	93	91	0	281	28	29	21	20	1.98
50487390--50487487	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
50495549--50495618	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
50495549--50495646	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
50500561--50500622	21	3.0	21	80	4	81	35	19	9	35	1.85
50500561--50500621	10	5.9	10	77	11	61	34	19	9	36	1.85
50503289--50503314	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
50506384--50506606	40	5.5	39	80	9	218	28	15	24	31	1.95
50520058--50520344	48	5.9	48	75	6	240	29	17	26	26	1.98
50520068--50520339	96	2.8	95	82	5	339	30	17	26	26	1.97
50524214--50524262	13	3.8	13	94	0	89	36	2	20	40	1.64
50524475--50524515	21	1.9	23	85	14	61	26	7	17	48	1.73
50527173--50527199	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
50528160--50528267	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
50529399--50529428	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
50529844--50529974	54	2.4	54	93	1	228	17	24	22	35	1.95
50529844--50529974	27	4.9	27	87	6	178	17	24	22	35	1.95
50535264--50535371	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50536811--50536885	26	2.8	26	81	4	78	34	21	12	32	1.90
50536993--50537211	27	8.1	27	82	8	259	18	23	23	35	1.96
50536993--50537211	81	2.7	81	87	4	300	18	23	23	35	1.96
50558628--50558749	47	2.6	47	88	0	181	38	13	22	25	1.91
50558736--50558911	55	3.3	54	79	7	196	37	18	22	21	1.94
50558736--50558941	54	3.8	53	77	9	166	38	17	22	20	1.93
50564539--50564651	43	2.7	41	79	9	120	16	33	26	23	1.96
50573019--50573180	43	3.8	43	75	14	138	31	25	17	25	1.97
50573060--50573173	44	2.6	44	82	6	135	29	24	20	25	1.99
50579514--50579624	34	3.3	34	83	2	125	37	6	20	35	1.78
50581354--50581490	57	2.4	57	80	7	145	29	23	16	30	1.96
50585122--50585239	43	2.8	43	77	5	132	24	17	27	30	1.97
50585122--50585225	42	2.5	42	82	7	113	25	18	26	28	1.98
50591363--50591540	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
50591384--50591539	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
50604352--50604614	40	6.6	40	83	4	246	25	27	21	25	1.99
50604317--50604614	80	3.8	79	79	4	273	25	27	21	25	1.99
50604546--50604623	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
50605939--50606345	205	2.0	204	92	0	679	31	23	13	31	1.93
50606566--50606606	18	2.3	18	83	8	57	17	41	26	14	1.88
50609262--50609296	17	2.0	17	88	5	52	22	37	22	17	1.94
50624430--50624503	27	2.7	27	82	12	89	27	22	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50626178--50626402	40	5.7	40	83	5	242	25	27	21	24	1.99
50634214--50634431	40	5.5	40	79	5	210	27	27	19	25	1.99
50637214--50637254	22	1.9	21	85	5	55	21	26	39	12	1.89
50644804--50645141	50	6.7	50	79	4	268	30	25	18	25	1.98
50644862--50645034	51	3.4	51	85	2	224	30	23	18	27	1.98
50650613--50650771	85	1.9	85	83	7	207	33	22	18	25	1.96
50650613--50650770	43	3.7	43	81	6	187	33	22	18	25	1.96
50656790--50656895	54	1.9	56	81	14	132	21	26	29	22	1.99
50657872--50658031	43	3.7	42	81	11	173	31	25	18	25	1.97
50671032--50671075	22	2.0	22	82	13	54	15	9	31	43	1.79
50674479--50674566	6	14.3	6	72	13	63	50	13	17	19	1.79
50674500--50674566	25	2.7	25	86	4	91	49	13	17	19	1.80
50675313--50675455	27	5.3	27	81	3	162	25	19	17	37	1.94
50675301--50675413	54	2.1	54	80	6	122	26	20	22	30	1.98
50675313--50675453	54	2.6	54	85	4	194	26	19	17	36	1.94
50679457--50679634	27	6.6	26	81	8	178	26	15	28	28	1.96
50679458--50679613	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
50679454--50679634	82	2.2	81	81	4	213	27	16	28	28	1.97
50679539--50679645	27	3.9	27	77	10	65	26	14	28	29	1.95
50687343--50687520	27	6.6	26	81	8	178	26	15	28	28	1.96
50687344--50687499	82	1.9	81	85	6	217	26	16	28	28	1.97
50687340--50687520	82	2.2	81	81	4	213	27	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50687425--50687531	27	3.9	27	77	10	65	26	14	28	29	1.95
50692681--50692832	40	3.8	41	74	10	134	24	20	27	27	1.99
50712634--50712700	33	2.0	33	100	0	134	41	5	25	26	1.78
50713973--50714042	28	2.5	28	88	4	97	27	14	25	32	1.94
50714298--50714322	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
50718759--50718900	67	2.1	67	82	5	167	32	20	26	20	1.97
50726278--50726334	19	2.8	20	73	10	62	26	22	35	15	1.94
50726251--50726333	41	2.0	41	88	0	121	28	22	28	19	1.98
50726569--50726600	8	4.0	8	100	0	64	12	37	25	25	1.91
50732465--50732561	48	2.0	48	95	0	176	24	13	26	35	1.93
50734310--50734341	16	2.0	16	93	0	55	53	31	6	9	1.58
50735866--50735953	28	3.1	29	85	4	117	26	17	30	26	1.97
50742473--50742664	40	4.8	40	89	1	244	27	28	20	23	1.99
50747594--50747743	27	5.5	27	82	4	149	30	26	14	28	1.95
50747604--50747746	55	2.6	54	81	4	171	30	27	14	27	1.95
50752502--50752679	27	6.6	27	79	3	160	30	27	15	26	1.96
50752523--50752675	82	1.9	81	86	4	218	30	27	15	26	1.96
50752502--50752679	54	3.3	54	82	3	214	30	27	15	26	1.96
50753234--50753258	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
50754002--50754047	24	2.0	23	83	8	58	10	19	0	69	1.17
50754015--50754056	20	2.1	20	86	8	59	14	21	0	64	1.29
50755511--50755568	29	2.0	29	89	0	89	37	6	20	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50756034--50756168	21	6.7	21	70	22	85	61	0	2	35	1.11
50756033--50756139	14	6.3	18	72	22	81	62	0	1	35	1.06
50756034--50756137	41	2.6	38	78	15	93	62	0	1	35	1.06
50756041--50756176	40	3.4	38	74	14	114	61	0	2	36	1.12
50762348--50762570	40	5.6	40	90	1	340	26	27	23	21	1.99
50770476--50770730	39	6.5	40	89	3	333	26	28	22	22	1.99
50778425--50779340	47	19.4	47	94	1	1537	32	8	29	29	1.87
50778425--50779340	284	3.2	282	95	1	1609	32	8	29	29	1.87
50779459--50779537	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
50793458--50793597	53	2.6	52	85	4	181	33	18	26	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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