genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97918136--97918243	15	7.2	15	69	12	78	26	21	7	44	1.78
97922819--97922939	30	4.0	30	87	5	165	27	20	6	45	1.76
97922852--97922935	15	5.6	15	71	10	64	28	17	7	46	1.75
97927479--97927549	31	2.2	32	90	5	108	64	18	4	12	1.42
97927767--97927832	21	3.2	20	77	12	53	3	46	19	30	1.65
97928245--97928273	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
97929276--97929323	25	1.9	25	82	0	60	45	6	14	33	1.70
97931765--97931875	40	2.8	40	76	1	107	27	18	16	36	1.92
97932972--97933051	38	2.2	37	90	4	126	46	25	2	26	1.65
97933854--97933901	25	1.9	25	87	8	71	18	0	41	39	1.51
97933879--97933941	21	3.0	22	77	11	60	17	1	41	39	1.59
97933909--97933939	14	2.2	14	94	0	53	12	3	48	35	1.58
97934073--97934122	22	2.3	21	82	3	64	28	0	26	46	1.53
97934114--97934146	14	2.3	15	89	5	50	15	3	45	36	1.61
97934927--97935004	37	2.1	37	95	0	138	24	43	3	28	1.71
97937431--97937467	18	2.1	18	100	0	74	29	21	16	32	1.95
97939651--97939719	18	3.8	18	78	17	63	62	1	5	30	1.27
97939691--97939908	20	10.9	20	64	22	77	60	2	4	33	1.28
97939846--97939914	29	2.6	26	73	17	61	63	1	1	33	1.12
97941583--97942165	205	2.8	205	92	0	941	29	21	18	30	1.97
97948520--97948566	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
97950476--97950652	27	6.5	26	80	6	149	27	16	27	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97950476--97950631	82	1.9	81	84	6	208	27	16	27	28	1.97
97950472--97950652	82	2.2	81	80	4	204	27	16	27	28	1.97
97952065--97952172	43	2.6	43	89	2	157	23	15	29	31	1.95
97952078--97952191	43	2.7	43	83	6	108	21	22	28	27	1.99
97952407--97952457	21	2.5	21	74	3	50	21	0	23	54	1.44
97952412--97952472	28	2.2	28	85	5	79	24	1	24	49	1.60
97952761--97953011	41	6.2	40	83	2	286	21	16	24	36	1.94
97956455--97956504	3	16.7	3	100	0	100	68	0	32	0	0.90
97968258--97968344	33	2.8	30	75	13	86	35	48	3	12	1.58
97991053--97991329	111	2.5	111	89	0	410	18	10	28	43	1.82
97991016--97991329	37	8.5	37	83	2	353	18	10	28	43	1.82
97995023--97995198	46	3.8	46	75	15	164	19	19	30	30	1.97
98000337--98000444	26	4.2	26	92	0	180	35	24	8	32	1.85
98005321--98005351	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
98008485--98008584	26	3.8	26	93	0	164	36	21	9	34	1.85
98021065--98021289	40	5.7	40	84	5	260	25	27	21	25	1.99
98021067--98021282	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	26	1.99
98021065--98021289	79	2.8	79	82	6	249	25	27	21	25	1.99
98022421--98022530	56	2.0	56	98	0	211	21	20	10	47	1.79
98025001--98025133	37	3.6	37	83	0	158	21	12	24	42	1.87
98026872--98026999	65	1.9	66	82	6	161	32	17	29	20	1.95
98030508--98030537	16	1.9	15	93	6	51	86	0	13	0	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98030675--98030703	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
98031189--98031394	43	4.8	43	93	1	342	24	18	32	24	1.98
98031188--98031394	85	2.4	86	92	0	344	25	18	31	24	1.98
98031175--98031417	43	5.6	42	87	5	310	25	18	30	25	1.98
98031468--98031548	31	2.5	31	82	4	90	62	18	2	16	1.43
98037482--98037707	9	24.6	9	75	9	152	38	0	13	47	1.49
98037482--98037707	18	12.3	18	76	9	170	38	0	13	47	1.49
98037535--98037707	27	6.2	27	76	10	168	38	1	14	46	1.52
98037458--98037679	114	1.9	114	86	3	313	38	0	13	47	1.49
98037811--98037866	15	3.8	15	80	20	73	55	0	0	44	0.99
98038044--98038111	24	2.8	24	86	8	102	45	7	19	27	1.76
98038199--98039112	373	2.5	372	98	0	1783	38	10	14	36	1.81
98042179--98042431	134	1.9	133	97	0	479	51	18	10	19	1.74
98045169--98045214	12	3.9	11	81	13	56	43	0	0	56	0.99
98045203--98045234	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
98046096--98046129	14	2.5	13	90	9	50	47	20	0	32	1.51
98046292--98046430	40	3.4	40	88	5	183	19	22	23	35	1.96
98053706--98053975	35	7.7	35	81	6	278	30	14	23	32	1.94
98053703--98053970	105	2.6	105	90	0	410	30	14	23	32	1.94
98071647--98071688	20	2.1	20	90	0	66	33	11	11	42	1.78
98073772--98073945	46	3.8	47	87	3	228	21	22	14	41	1.89
98090280--98090331	27	1.9	27	85	14	72	28	11	3	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98090276--98090331	28	2.0	27	83	10	69	30	10	3	55	1.51
98096919--98096945	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
98104673--98104752	42	1.9	42	92	0	133	30	12	23	33	1.92
98105680--98105863	90	2.1	89	84	3	235	39	21	7	31	1.82
98105824--98105875	23	2.3	22	83	9	61	51	19	5	23	1.67
98105836--98105886	23	2.2	23	100	0	102	52	19	3	23	1.62
98106031--98106069	18	2.2	17	86	13	53	15	7	0	76	0.99
98109261--98109289	8	3.6	8	100	0	58	51	0	0	48	1.00
98125373--98125415	15	2.9	15	78	21	54	65	0	4	30	1.13
98126652--98126676	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
98132308--98132342	5	6.8	5	90	3	52	17	5	0	77	0.96
98132308--98132344	15	2.4	16	86	9	58	18	8	0	72	1.08
98136150--98136177	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
98136324--98136368	21	2.1	21	84	12	56	37	0	2	60	1.09
98150576--98150627	22	2.4	22	93	0	86	57	17	5	19	1.59
98155185--98155230	24	1.9	24	90	0	74	30	2	15	52	1.55
98159409--98159633	91	2.5	89	82	8	283	42	21	6	29	1.77
98159431--98159633	89	2.2	90	86	2	282	42	21	6	30	1.77
98159652--98159715	19	3.5	19	73	12	53	67	0	0	32	0.91
98159981--98160053	9	7.7	9	74	10	56	35	2	1	60	1.20
98160018--98160058	19	2.1	20	86	13	59	29	2	4	63	1.28
98159983--98160053	28	2.5	29	79	9	83	36	2	1	59	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98161250--98161623	42	8.9	42	86	3	439	31	20	20	26	1.98
98161692--98161725	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
98161949--98162019	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
98167470--98167634	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
98167470--98167634	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
98167484--98167780	19	15.6	19	67	22	78	31	0	20	47	1.53
98167515--98167896	26	15.2	26	88	6	531	32	0	20	46	1.56
98167515--98167897	51	7.7	46	87	6	277	32	1	20	46	1.58
98167780--98167823	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
98170123--98170198	7	10.9	7	74	5	64	46	35	1	17	1.56
98170239--98170288	17	3.0	17	94	2	84	50	16	0	34	1.45
98170310--98170660	113	3.1	111	80	7	411	26	23	19	30	1.98
98170445--98170842	188	2.1	188	94	0	688	26	23	18	31	1.97
98170633--98171058	114	3.7	114	79	4	464	26	23	19	30	1.98
98181831--98181875	21	2.1	21	91	0	72	37	13	22	26	1.91
98183212--98183248	13	2.8	13	87	4	56	43	0	13	43	1.44
98186205--98186267	24	2.6	24	92	0	108	41	17	7	33	1.79
98188840--98188937	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
98188847--98188935	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
98208677--98208722	22	2.1	22	87	0	65	32	13	8	45	1.73
98209155--98209214	30	2.0	30	96	0	111	51	16	5	26	1.65
98209462--98209494	17	1.9	17	93	0	57	0	24	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98217689--98217798	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
98219231--98219305	26	2.8	26	85	4	87	34	21	12	32	1.90
98219409--98219547	27	5.1	27	85	2	172	18	24	22	34	1.96
98223158--98223196	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
98223422--98223519	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
98223424--98223512	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
98242416--98242453	16	2.4	16	86	0	58	44	21	23	10	1.83
98242680--98242754	29	2.6	29	87	2	89	24	16	34	25	1.95
98242686--98242754	28	2.4	29	90	2	104	26	14	31	27	1.95
98248106--98248139	16	2.1	16	100	0	68	32	11	23	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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