Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  259  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.9
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1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
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Percent
Indels
Score
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1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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29
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Indices
Period
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Copy
Number
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Score
A
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(0-2)
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26
19
30
1.98
85922381--85922512
48
2.8
48
81
4
151
27
18
30
23
1.98
85934237--85934315
38
2.1
38
88
4
115
26
29
17
26
1.98
85934579--85934640
31
2.2
27
83
16
74
35
30
1
32
1.68
85934587--85934651
31
2.1
32
94
2
114
32
30
4
32
1.78
85934541--85934699
79
2.0
79
92
6
270
31
28
6
32
1.84
85934434--85934619
47
3.9
47
88
2
257
27
30
8
32
1.87
85934618--85934765
48
3.0
49
90
8
248
31
27
8
33
1.86
85934618--85934769
47
3.2
47
92
6
252
30
28
7
32
1.86
85934497--85934748
128
2.0
124
93
4
425
30
29
7
32
1.86
85938114--85938249
40
3.5
39
88
6
204
27
27
20
24
1.99
85948595--85948627
17
2.0
17
88
5
50
6
0
30
63
1.18
85948655--85948692
4
9.8
4
94
5
69
76
0
0
23
0.79
85948878--85948936
30
2.0
30
83
12
77
50
1
0
47
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
85948863--85948956
31
3.0
30
76
20
86
50
1
0
48
1.07
85950247--85950317
29
2.5
29
86
2
99
61
8
0
29
1.25
85950247--85950314
28
2.4
28
87
2
91
63
8
0
27
1.24
85955590--85955728
41
3.5
40
80
7
144
32
23
17
26
1.97
85956568--85956628
25
2.6
23
82
10
77
0
18
4
77
0.95
85957858--85957920
20
3.1
20
69
13
56
20
28
15
34
1.94
85957867--85957934
21
3.3
21
72
12
68
17
30
16
35
1.92
85957847--85957957
41
2.7
41
85
2
152
19
28
17
34
1.95
85962714--85962852
47
2.9
48
77
8
158
22
26
20
30
1.98
85967917--85967953
15
2.4
16
86
8
51
24
0
40
35
1.55
85984237--85984315
37
2.1
37
88
4
115
25
30
18
25
1.98
85984586--85984649
31
2.1
31
96
0
119
31
31
4
32
1.78
85984539--85984696
78
2.0
78
98
0
307
30
30
6
32
1.84
85984434--85984618
47
3.9
47
91
0
280
28
31
8
31
1.87
85984617--85984765
47
3.2
47
99
0
289
30
28
8
32
1.86
85984492--85984735
125
2.0
125
100
0
488
30
30
6
32
1.84
85984444--85984765
172
1.9
172
94
0
563
28
30
8
31
1.87
85988325--85988503
40
4.5
40
93
0
295
26
27
20
25
1.99
85990319--85990398
37
2.2
37
86
4
108
27
30
17
25
1.97
85990517--85990723
47
4.4
47
92
0
324
28
30
9
32
1.88
85997251--85997358
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
86001074--86001441
48
7.7
49
80
9
386
27
19
27
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
86001067--86001444
191
2.0
191
84
5
505
27
19
27
25
1.99
86002332--86002400
30
2.3
30
82
0
84
26
27
28
17
1.97
86008920--86009249
48
6.9
47
80
5
306
24
29
19
26
1.98
86008920--86009236
96
3.3
93
82
6
343
23
29
19
27
1.98
86008920--86009249
144
2.3
142
85
3
437
24
29
19
26
1.98
86018716--86019208
47
10.4
47
94
1
824
32
8
29
28
1.87
86019327--86019405
37
2.1
37
88
4
115
25
18
30
25
1.98
86021223--86021361
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3.5
40
91
2
217
23
20
29
26
1.99
86024918--86025124
47
4.4
47
90
0
306
31
9
30
28
1.89
86025243--86025321
37
2.1
37
88
4
115
25
20
30
24
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316