genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74326861--74327201	57	6.5	57	75	20	375	44	2	10	42	1.51
74326911--74327021	44	2.7	40	86	10	177	44	1	10	43	1.50
74326878--74327180	101	3.0	100	94	4	533	44	1	10	42	1.50
74327012--74327118	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
74326861--74327169	97	3.1	97	93	4	521	44	2	10	42	1.51
74329810--74329839	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
74330027--74330142	36	3.2	36	69	20	116	46	18	6	29	1.72
74329975--74330175	71	2.8	71	96	1	368	50	18	4	25	1.67
74330482--74330528	22	2.1	22	96	0	85	40	23	8	27	1.83
74331670--74331740	14	5.0	14	69	16	56	40	35	1	22	1.63
74331977--74332182	113	1.8	115	84	2	290	28	23	18	29	1.98
74332092--74332625	227	2.5	209	85	8	719	27	21	17	33	1.96
74332190--74332856	113	5.9	112	77	7	596	26	22	18	32	1.97
74332190--74332742	227	2.4	227	86	2	671	26	21	18	33	1.96
74333676--74333715	20	2.1	19	86	13	55	47	7	5	40	1.54
74340255--74340315	32	2.0	32	87	12	92	39	26	1	32	1.66
74345219--74345630	27	15.3	27	84	0	419	40	20	9	30	1.84
74345488--74345667	81	2.2	81	80	2	191	40	22	8	29	1.83
74345596--74345668	27	2.7	27	74	4	76	39	23	5	31	1.77
74345659--74345883	27	8.3	27	84	2	254	37	17	20	24	1.93
74345655--74345885	81	2.8	80	86	2	309	37	17	19	25	1.94
74346316--74346493	6	28.8	6	74	16	150	19	19	13	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74346319--74346383	25	2.6	25	95	0	112	18	20	15	46	1.84
74346344--74346481	19	6.7	19	72	21	109	18	19	14	47	1.82
74346344--74346493	37	4.2	37	76	13	161	18	19	14	48	1.81
74346366--74346463	25	4.0	24	80	10	110	18	17	15	48	1.81
74346316--74346481	62	2.7	61	88	7	246	19	19	13	47	1.82
74346379--74346481	25	4.4	25	75	16	112	18	19	13	48	1.81
74347426--74347569	50	2.8	50	82	2	162	24	18	25	31	1.97
74348140--74348489	180	1.9	180	87	2	515	37	9	18	34	1.83
74350249--74350368	43	2.8	42	79	7	134	27	21	16	34	1.95
74357530--74357753	46	4.8	46	79	6	238	23	19	25	31	1.98
74357576--74357744	93	1.8	93	88	2	259	24	20	25	30	1.99
74375112--74375154	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
74375599--74375781	56	3.3	55	85	6	235	25	13	28	32	1.94
74375624--74375804	28	6.5	28	94	1	276	26	13	28	31	1.94
74379686--74379862	27	6.5	27	83	3	176	29	27	15	27	1.96
74379706--74379861	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
74386834--74387011	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74386855--74387010	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74392741--74392783	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
74393228--74393410	56	3.3	55	85	6	235	25	13	28	32	1.94
74393253--74393433	28	6.5	28	94	1	276	26	13	28	31	1.94
74396667--74396736	21	3.2	21	64	25	54	22	12	25	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74396659--74396749	45	2.0	45	93	0	155	25	14	24	36	1.93
74399109--74399369	39	6.6	39	85	6	302	26	22	26	24	2.00
74399159--74399402	79	3.1	79	83	7	234	27	20	26	25	1.99
74401432--74401483	20	2.6	20	87	0	86	21	34	30	13	1.92
74403574--74403598	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
74407410--74407554	57	2.5	56	77	10	143	32	20	17	28	1.96
74423190--74423250	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74427636--74427696	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74429933--74430038	27	3.9	28	85	4	137	21	23	19	34	1.96
74429932--74430038	55	2.0	54	85	5	144	21	23	19	35	1.96
74431698--74431739	22	2.0	22	85	4	59	11	33	35	19	1.88
74435164--74435202	20	2.0	20	85	10	53	38	2	7	51	1.44
74444204--74444442	40	5.9	40	90	1	343	25	28	21	24	1.99
74444204--74444439	122	1.9	122	88	0	355	24	28	22	25	1.99
74449669--74449734	15	4.4	15	82	0	60	59	9	18	13	1.60
74460978--74461038	27	2.2	28	82	2	70	44	22	6	26	1.77
74460986--74461044	28	2.1	27	90	3	91	42	23	6	27	1.79
74461152--74461266	27	4.3	26	87	6	149	19	22	21	36	1.95
74465236--74465299	28	2.3	27	81	7	76	34	23	7	34	1.84
74465403--74465517	27	4.3	26	88	7	149	18	23	22	35	1.95
74478646--74478861	40	5.5	40	86	6	273	24	24	28	23	2.00
74488762--74489168	47	8.7	46	75	12	314	24	28	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74488861--74489170	91	3.4	91	88	6	439	24	30	18	26	1.98
74493387--74493596	104	2.0	104	97	0	393	31	21	18	28	1.97
74506545--74506699	38	4.0	39	85	3	138	26	30	20	22	1.98
74506577--74506699	38	3.3	38	88	5	178	26	30	18	24	1.98
74514309--74514437	38	3.4	38	89	1	186	23	27	22	26	1.99
74516890--74517080	40	4.8	40	87	2	242	23	24	28	23	1.99
74524928--74525118	40	4.8	40	88	2	260	23	24	28	23	1.99
74527617--74527650	17	1.9	18	88	5	52	41	41	0	17	1.50
74528631--74528734	55	1.9	55	100	0	208	50	11	4	33	1.60
74531100--74531145	20	2.3	20	75	17	51	47	0	8	43	1.34
74534538--74534644	26	4.2	26	91	2	180	36	24	7	31	1.83
74534538--74534644	51	2.1	52	94	1	189	36	24	7	31	1.83
74537874--74537918	20	2.2	20	96	0	81	24	35	24	15	1.94
74552152--74552324	46	3.7	46	77	10	199	21	20	27	30	1.98
74552149--74552319	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
74553831--74553928	27	3.5	28	86	5	119	33	28	13	24	1.93
74553830--74553928	28	3.5	28	86	5	112	33	29	13	24	1.93
74562683--74562720	18	2.1	19	85	5	51	50	5	7	36	1.54
74577966--74578012	24	1.9	25	83	12	62	0	31	6	61	1.21
74579433--74579514	34	2.4	34	84	9	123	28	21	24	25	1.99
74581768--74582045	47	5.9	46	74	12	183	28	17	28	25	1.98
74582799--74582917	55	2.2	55	83	6	143	19	21	33	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74585094--74585126	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
74588029--74588067	17	2.3	16	83	12	51	69	2	10	17	1.28
74588029--74588118	6	16.8	5	76	15	67	72	1	7	18	1.15
74592533--74592714	79	2.3	81	83	7	230	24	23	28	24	2.00
74592533--74592716	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
74592585--74592739	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
74596864--74596896	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
74599322--74599376	26	2.1	26	100	0	110	32	7	30	29	1.84
74601136--74601319	40	4.6	40	86	2	228	23	27	24	24	2.00
74609182--74609370	39	4.9	39	83	5	215	23	28	23	24	2.00
74611930--74611954	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
74616209--74616418	40	5.3	40	91	0	305	24	21	27	25	2.00
74624073--74624334	40	6.6	40	88	3	316	24	20	27	26	1.99
74624073--74624334	79	3.3	80	85	3	316	24	20	27	26	1.99
74624073--74624334	119	2.2	120	83	4	325	24	20	27	26	1.99
74624112--74624369	79	3.3	80	84	3	247	25	20	27	25	1.99
74646103--74646220	55	2.1	55	84	6	159	25	22	13	38	1.90
74646843--74646897	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
74650381--74650407	10	2.7	10	100	0	54	77	7	0	14	0.97
74652826--74652869	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
74656728--74656761	9	3.7	9	92	4	50	11	5	8	73	1.24
74659713--74659746	11	3.0	11	91	8	59	73	8	0	17	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74659716--74659747	12	2.7	12	100	0	64	81	6	0	12	0.87
74659789--74659832	17	2.6	17	96	3	81	65	4	11	18	1.40
74664909--74664943	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
74665840--74665888	14	3.4	14	75	5	53	6	14	4	75	1.14
74665840--74665888	15	3.3	15	80	5	64	6	14	4	75	1.14
74665840--74665900	29	2.1	28	87	3	86	6	14	3	75	1.13
74671813--74671865	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
74673638--74673700	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
74675044--74675366	171	1.9	171	96	0	601	44	18	18	17	1.87
74679072--74679116	11	4.0	11	91	2	54	73	4	4	17	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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