genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12905130--12905214	24	3.5	24	87	6	127	15	57	8	18	1.62
12907563--12907606	18	2.5	18	82	10	56	18	2	2	77	0.98
12908325--12908389	34	1.9	34	93	0	112	24	20	16	38	1.93
12908381--12908683	153	2.0	154	94	0	536	32	14	14	38	1.87
12915325--12915396	37	1.9	37	88	0	108	29	16	0	54	1.43
12919951--12920287	44	7.5	45	70	11	183	35	17	18	28	1.94
12922059--12922101	18	2.4	19	81	14	56	20	2	2	74	1.04
12922058--12922109	24	2.2	24	83	13	63	23	3	1	71	1.13
12922252--12922293	13	3.1	14	86	10	52	30	0	0	69	0.89
12922250--12922293	12	3.4	14	80	20	51	31	0	0	68	0.90
12924622--12924677	24	2.3	25	84	3	69	42	0	1	55	1.10
12928706--12928761	18	3.4	18	65	27	52	26	46	7	19	1.76
12928696--12928794	30	3.3	30	92	0	171	27	49	6	17	1.70
12928736--12928789	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
12936304--12936339	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
12936502--12936809	75	4.0	75	82	13	365	32	16	18	31	1.94
12936656--12936809	73	2.1	74	86	7	213	29	17	20	32	1.95
12936789--12936823	14	2.5	14	95	0	61	22	17	0	60	1.37
12936237--12936930	323	2.1	321	85	4	889	30	15	19	34	1.93
12936789--12937244	177	2.6	174	82	6	557	26	17	18	37	1.93
12936982--12937137	73	2.1	74	84	3	199	28	16	20	33	1.95
12937126--12937172	13	3.5	13	85	5	58	17	10	4	68	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12937060--12937426	100	3.8	99	81	10	404	26	16	18	38	1.92
12937363--12937650	146	2.0	146	93	1	497	29	16	20	32	1.95
12937361--12937656	75	4.0	73	84	8	404	30	16	20	32	1.95
12937563--12938072	93	5.6	93	79	10	420	28	16	17	37	1.92
12937949--12938157	87	2.4	86	81	6	217	30	14	20	34	1.93
12938812--12938909	30	3.3	30	86	1	144	28	46	6	18	1.72
12946903--12946954	11	4.5	11	79	11	52	32	1	0	65	1.04
12946904--12946946	23	1.9	24	86	13	65	32	2	0	65	1.06
12947129--12947244	60	1.9	60	98	0	223	56	4	6	32	1.46
12951366--12951396	16	1.9	16	93	0	53	61	0	6	32	1.21
12957096--12957161	10	7.0	10	69	19	52	34	4	1	59	1.27
12957096--12957141	19	2.5	18	86	10	58	32	4	0	63	1.14
12960414--12960500	42	2.1	42	93	0	147	28	12	21	36	1.90
12962565--12962614	22	2.4	20	78	18	57	34	0	4	62	1.14
12964425--12964477	26	2.0	26	100	0	106	30	33	7	28	1.85
12969049--12969112	22	3.0	22	72	19	57	31	0	3	65	1.08
12971372--12971461	19	4.8	19	76	9	78	34	4	1	60	1.24
12971373--12971543	28	6.1	28	68	16	106	38	2	1	58	1.18
12971372--12971478	56	1.9	56	81	7	128	34	3	0	60	1.21
12971483--12971515	9	3.7	9	100	0	66	54	0	0	45	0.99
12971705--12971900	90	2.2	91	75	14	201	33	10	13	41	1.79
12972031--12972071	3	13.7	3	94	0	73	31	0	2	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12973426--12973473	21	2.2	22	92	7	89	20	20	29	29	1.98
12976353--12976489	53	2.6	53	81	3	150	40	11	21	27	1.87
12977727--12977830	35	3.0	35	98	0	199	25	8	9	56	1.59
12978162--12978209	23	2.2	23	85	14	66	50	2	0	47	1.12
12978925--12978986	30	2.1	30	90	0	97	29	1	9	59	1.38
12985653--12985703	5	10.4	5	76	19	54	78	1	1	17	0.94
13005566--13005606	16	2.8	15	82	14	50	63	0	0	36	0.95
13008477--13008643	39	4.1	40	66	23	91	59	5	4	29	1.40
13008884--13008966	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
13008884--13008963	12	6.8	12	75	12	76	65	1	3	30	1.18
13009297--13009347	21	2.5	21	84	9	61	68	25	0	5	1.12
13009274--13009375	23	4.4	23	74	13	84	59	26	0	12	1.40
13009268--13009394	22	5.6	22	72	15	80	57	29	1	11	1.44
13010999--13011042	12	3.7	12	87	6	63	0	40	0	59	0.98
13012016--13012045	14	2.1	14	93	0	51	70	0	20	10	1.16
13014833--13014897	30	2.2	31	83	10	82	40	0	6	53	1.26
13014830--13014898	29	2.3	29	76	14	70	40	0	5	53	1.25
13017812--13017867	20	2.8	20	72	2	60	64	3	1	30	1.21
13034313--13034360	21	2.3	22	82	10	64	39	22	4	33	1.74
13039462--13039531	31	2.2	32	82	7	90	45	4	5	44	1.47
13051468--13051551	29	3.0	29	69	16	70	50	7	16	26	1.71
13052387--13052510	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13052397--13052504	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
13057081--13057144	30	2.1	31	94	2	112	26	28	6	39	1.80
13057091--13057137	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
13057729--13057802	36	2.3	31	76	19	78	43	9	14	32	1.78
13060198--13060266	32	2.2	32	97	2	131	30	14	0	55	1.40
13066947--13066976	8	3.6	8	95	4	51	26	0	0	73	0.84
13067298--13067341	20	2.2	20	100	0	88	59	11	4	25	1.51
13068099--13068127	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
13076119--13076143	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
13086592--13086640	20	2.4	21	80	13	57	46	0	0	53	1.00
13091080--13091129	19	2.6	19	76	17	59	38	0	2	60	1.09
13094137--13094367	115	2.0	115	97	0	435	38	19	8	33	1.82
13100639--13100679	21	1.9	22	85	5	57	46	2	17	34	1.61
13100931--13101123	35	5.5	35	86	4	266	31	11	24	32	1.91
13100931--13101123	105	1.8	104	89	5	300	31	11	24	32	1.91
13102351--13102405	27	2.0	27	92	0	92	27	45	21	5	1.74
13117286--13117315	8	3.8	8	95	0	51	46	23	0	30	1.52
13118277--13118355	25	3.2	25	77	8	72	36	22	20	20	1.95
13135534--13135618	39	2.3	38	82	8	95	35	2	1	61	1.17
13135534--13135578	18	2.5	18	77	0	54	37	0	0	62	0.96
13136364--13136413	18	2.8	18	80	14	68	30	14	6	50	1.66
13137558--13138330	397	1.9	396	82	5	954	33	12	17	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13139063--13139237	52	3.1	58	77	16	208	43	6	20	30	1.76
13139220--13139270	13	4.0	13	97	2	95	68	0	15	15	1.21
13139220--13139283	18	3.4	19	87	8	87	65	3	15	15	1.39
13139099--13139258	52	3.0	51	73	16	139	46	6	19	27	1.73
13139220--13139270	6	8.2	6	91	8	84	68	0	15	15	1.21
13141804--13141875	21	3.4	21	77	11	83	23	29	31	15	1.95
13141791--13141875	43	2.0	44	88	2	127	24	27	34	14	1.94
13144978--13145006	9	3.2	9	100	0	58	24	13	0	62	1.32
13145921--13146146	46	4.8	47	75	10	169	30	19	28	22	1.98
13152492--13152667	46	3.8	46	84	10	216	27	19	29	22	1.98
13152492--13152665	47	3.7	45	86	8	215	28	19	29	22	1.98
13152446--13152667	93	2.4	92	82	8	258	28	18	28	24	1.98
13159094--13159124	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
13159091--13159130	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
13159365--13159567	55	3.8	53	78	5	201	22	23	17	36	1.95
13164665--13164810	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
13164774--13165042	46	5.6	46	83	10	340	28	21	14	35	1.93
13164817--13165036	52	4.3	52	83	8	290	27	22	14	35	1.92
13164774--13165042	98	2.7	98	94	0	466	28	21	14	35	1.93
13169587--13169617	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
13169584--13169623	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
13169874--13170063	55	3.5	53	80	8	197	22	26	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13183484--13183511	13	2.2	13	100	0	56	50	21	0	28	1.49
13190160--13190283	23	5.4	23	76	3	117	24	22	20	32	1.98
13190152--13190269	46	2.6	45	90	1	182	22	23	20	33	1.97
13190152--13190284	45	2.9	45	88	3	187	23	22	20	33	1.97
13201250--13201376	59	2.2	57	78	9	132	34	11	7	46	1.68
13201641--13201669	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
13203990--13204578	150	3.9	149	89	2	844	22	25	19	32	1.97
13206806--13206879	36	2.1	36	97	0	139	48	13	10	27	1.75
13209180--13209213	3	11.3	3	87	0	50	29	29	0	41	1.57
13209186--13209216	15	2.1	15	100	0	62	32	25	0	41	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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