genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57441848--57442041	47	4.1	47	91	0	298	26	29	10	32	1.90
57441941--57442012	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
57441801--57442041	94	2.6	94	85	4	299	27	29	9	32	1.89
57450395--57450440	22	2.0	22	83	8	56	13	23	2	60	1.43
57450925--57450953	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
57461754--57461842	29	3.1	29	86	0	124	20	32	24	22	1.98
57464453--57464724	46	5.7	48	79	10	274	26	19	31	23	1.98
57474862--57474900	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
57484918--57485069	43	3.6	41	77	6	124	28	20	25	26	1.99
57484918--57485076	85	1.9	85	81	5	196	27	20	25	26	1.99
57486312--57486464	47	3.3	47	80	10	154	26	19	30	24	1.98
57490759--57490802	20	2.2	20	87	4	61	59	2	0	38	1.10
57490759--57490815	18	2.9	20	82	7	64	57	1	1	38	1.19
57491592--57491632	19	2.2	19	90	0	64	56	9	9	24	1.62
57496082--57496125	19	2.3	18	84	7	52	27	27	0	45	1.54
57496082--57496137	18	3.1	18	82	12	53	25	26	0	48	1.52
57499561--57499602	20	2.1	20	86	0	57	28	7	16	47	1.73
57501645--57501694	24	2.1	24	100	0	100	46	20	4	30	1.69
57506220--57506280	31	2.0	31	100	0	122	32	21	9	36	1.86
57508594--57508622	11	2.6	11	100	0	58	31	0	24	44	1.54
57510272--57510316	23	2.0	22	86	4	63	68	0	31	0	0.89
57509971--57510663	353	2.0	347	92	1	1109	43	15	22	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57510625--57510695	23	3.0	24	74	11	74	61	0	35	2	1.10
57510780--57510811	13	2.5	13	95	5	57	28	0	9	62	1.26
57510779--57510813	16	2.1	17	89	5	54	25	0	14	60	1.35
57510784--57510966	39	4.7	39	79	5	217	33	4	12	49	1.61
57510786--57510966	78	2.3	78	98	0	353	34	4	12	48	1.61
57512759--57512799	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
57516869--57517424	49	11.6	49	93	2	884	33	8	29	28	1.86
57516869--57517424	96	5.8	97	92	3	887	33	8	29	28	1.86
57516869--57517424	145	3.9	145	95	0	958	33	8	29	28	1.86
57519084--57519167	26	3.1	26	71	24	82	35	2	14	47	1.57
57521088--57522839	151	11.6	152	91	2	2773	28	6	7	57	1.50
57521736--57521774	18	2.2	18	85	0	51	28	0	0	71	0.86
57522344--57522379	13	2.8	13	87	4	56	22	0	2	75	0.94
57522874--57522912	17	2.3	17	86	0	51	17	2	2	76	1.01
57522877--57522956	16	4.9	16	72	6	63	21	3	3	71	1.18
57523339--57523399	14	4.7	13	77	16	56	0	27	0	72	0.85
57523426--57523495	3	25.0	3	75	16	53	0	31	0	68	0.90
57523426--57523489	16	3.7	18	76	21	57	0	29	0	70	0.88
57524075--57524108	18	1.9	17	88	5	50	17	0	41	41	1.50
57525553--57525586	7	4.9	7	100	0	68	0	0	29	70	0.87
57528519--57528556	19	2.0	20	89	5	60	65	10	18	5	1.41
57533144--57533329	93	2.0	93	90	2	293	18	11	13	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57534723--57534762	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
57536422--57536512	45	2.0	45	95	0	164	57	3	21	17	1.54
57539234--57539600	48	7.7	48	89	0	547	25	17	28	28	1.98
57539234--57539607	191	2.0	192	88	0	561	25	17	28	28	1.98
57541924--57542108	40	4.7	40	81	10	195	24	22	27	24	2.00
57541924--57542108	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	24	2.00
57541977--57542130	79	1.9	79	82	10	190	25	22	27	24	1.99
57549771--57549925	36	4.1	37	82	11	163	25	21	27	25	2.00
57562852--57563008	26	6.2	26	87	2	223	27	22	21	28	1.99
57563058--57563132	20	3.8	20	87	6	102	34	18	8	38	1.80
57563058--57563115	11	5.6	11	74	15	61	34	18	8	37	1.82
57565147--57565187	19	2.1	20	86	4	57	51	14	0	34	1.43
57566527--57566597	22	3.3	22	62	18	58	32	8	21	38	1.83
57568103--57568256	42	3.6	42	79	3	157	31	17	23	27	1.97
57578333--57578485	42	3.6	42	81	6	175	30	16	23	29	1.96
57578658--57578687	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
57580554--57580698	40	3.6	40	85	4	184	24	25	24	25	2.00
57588571--57588715	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
57601054--57601097	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
57607536--57607752	94	2.3	94	89	0	317	23	27	17	31	1.97
57607536--57607762	47	4.9	45	74	10	179	25	26	16	31	1.97
57610317--57610357	15	2.7	15	79	20	50	60	17	7	14	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57614135--57614304	94	1.8	92	86	7	245	22	28	19	29	1.98
57614083--57614314	46	4.9	46	74	16	188	23	29	18	28	1.98
57617526--57617771	49	4.9	50	81	2	289	26	18	25	28	1.98
57621075--57621224	27	5.4	28	91	1	214	27	12	27	33	1.92
57621075--57621224	55	2.7	56	89	3	214	27	12	27	33	1.92
57642328--57642505	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
57642354--57642504	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
57650380--57650557	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
57650406--57650556	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
57674201--57674378	40	4.5	40	88	2	261	25	28	21	23	1.99
57682246--57682463	40	5.5	40	85	2	271	27	27	21	23	1.99
57683233--57683275	21	2.0	21	82	8	52	20	32	2	44	1.65
57685628--57685732	29	3.6	29	86	0	129	17	20	27	34	1.95
57693150--57693237	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
57693654--57693713	30	2.0	30	86	0	84	30	23	10	36	1.87
57700625--57700798	46	3.8	46	78	13	203	28	28	20	22	1.99
57700633--57700803	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
57701223--57701282	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57707408--57707601	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
57707437--57707508	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
57707572--57707707	50	2.8	48	86	8	211	36	7	26	30	1.84
57707566--57707728	50	3.3	50	80	14	201	33	7	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57707854--57707957	37	2.9	35	83	11	122	21	17	33	27	1.95
57707854--57707935	33	2.3	35	87	8	114	20	19	35	24	1.96
57714882--57714920	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
57717134--57717195	28	2.3	27	91	2	97	37	29	8	25	1.85
57717301--57717413	27	4.2	26	82	7	127	19	22	20	38	1.94
57719951--57720007	22	2.4	24	85	8	73	26	31	10	31	1.90
57731238--57731422	40	4.7	40	80	7	198	27	27	21	24	1.99
57731215--57731369	79	2.0	80	83	7	201	27	26	20	25	1.99
57731266--57731420	79	1.9	79	81	8	181	27	27	20	25	1.99
57737355--57737525	79	2.2	79	83	6	213	25	25	20	28	1.99
57737381--57737572	40	4.8	40	82	6	203	25	26	21	27	1.99
57747319--57747553	28	8.4	28	94	1	375	33	28	12	25	1.92
57755626--57755807	28	6.5	28	98	0	330	34	28	11	25	1.91
57759169--57759207	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
57765075--57765189	44	2.7	42	81	7	124	27	26	20	25	1.99
57765990--57766317	162	2.0	162	100	0	656	36	17	9	36	1.82
57767851--57767961	29	3.9	29	80	6	113	25	31	15	27	1.95
57769624--57769687	27	2.4	27	100	0	128	48	14	20	17	1.81
57769917--57770034	43	2.8	43	78	7	116	25	18	27	28	1.98
57780863--57780896	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
57781045--57781372	50	6.5	50	75	8	299	26	15	24	33	1.95
57781044--57781229	101	1.8	101	82	2	239	26	16	24	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57781040--57781319	151	1.9	151	94	1	499	26	16	25	32	1.96
57781040--57781372	151	2.2	151	88	1	488	26	15	24	33	1.95
57781583--57781614	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
57784869--57784907	15	2.6	15	84	8	53	15	17	12	53	1.72
57791279--57791392	27	4.2	28	82	4	119	34	20	24	21	1.97
57791279--57791393	54	2.1	53	82	6	133	33	20	24	20	1.97
57795821--57795989	46	3.7	46	75	13	193	21	20	28	28	1.98
57795814--57795984	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
57801351--57801523	46	3.7	46	77	13	210	21	20	27	30	1.98
57801348--57801518	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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