genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36696524--36696567	22	2.0	22	95	0	79	43	0	2	54	1.12
36710222--36710530	158	2.0	158	100	0	618	36	20	8	34	1.84
36716133--36716207	37	2.0	37	87	5	107	26	30	21	21	1.98
36716330--36716724	47	8.4	47	93	0	637	28	30	9	32	1.88
36731454--36731534	34	2.4	32	78	15	85	28	18	22	30	1.97
36741794--36741827	18	1.9	17	94	5	59	17	0	0	82	0.67
36742975--36743188	40	5.4	40	83	5	242	23	22	27	25	2.00
36753370--36753519	42	3.5	42	78	9	153	30	14	24	30	1.94
36754649--36754680	16	2.0	16	93	0	55	25	40	25	9	1.85
36755256--36755393	48	2.9	47	83	6	161	18	20	25	36	1.95
36760884--36760983	39	2.6	38	79	7	94	43	13	11	33	1.78
36760931--36761041	38	2.8	39	77	5	100	44	9	9	37	1.68
36765387--36765471	24	3.5	24	91	0	125	35	2	38	23	1.68
36765386--36765486	24	4.2	24	88	0	121	37	2	37	21	1.69
36776590--36776797	104	2.0	104	96	0	380	25	11	31	32	1.90
36786045--36786400	46	7.7	46	76	11	316	24	19	26	29	1.98
36786045--36786400	92	3.9	92	76	10	348	24	19	26	29	1.98
36786036--36786400	138	2.6	138	90	3	556	24	19	26	29	1.98
36791456--36791577	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
36791428--36791684	47	5.4	47	89	3	365	26	30	9	33	1.88
36797215--36797253	19	2.0	20	85	9	55	46	5	12	35	1.65
36799210--36799248	21	1.9	20	89	5	60	30	25	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36801796--36802121	37	8.8	37	92	0	526	26	31	17	24	1.97
36801796--36802121	111	2.9	111	96	0	580	26	31	17	24	1.97
36802469--36802543	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
36802469--36802590	22	5.3	22	64	24	63	25	30	12	31	1.92
36802329--36802634	47	6.5	47	93	0	479	25	30	12	31	1.93
36808556--36808616	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36811302--36811356	26	2.1	26	100	0	110	32	29	7	30	1.84
36824119--36824166	13	3.7	13	82	0	60	39	2	20	37	1.65
36826816--36826867	26	2.0	26	92	0	86	40	25	7	26	1.82
36826847--36826923	27	2.9	27	94	0	127	40	16	11	31	1.85
36827276--36827331	22	2.5	22	79	0	76	19	23	21	35	1.96
36827434--36827493	22	2.7	22	82	5	68	16	25	15	43	1.86
36830231--36830323	27	3.5	26	91	2	132	35	19	13	31	1.91
36830686--36830744	22	2.7	22	78	0	64	22	23	20	33	1.97
36830882--36830979	22	4.5	22	72	10	67	17	19	18	44	1.87
36832940--36833014	28	2.7	28	89	0	114	36	13	22	28	1.92
36834770--36834794	11	2.3	11	100	0	50	32	8	32	28	1.86
36836074--36836334	39	6.7	40	87	8	328	25	22	27	24	2.00
36836074--36836334	77	3.3	80	86	8	326	25	22	27	24	2.00
36844099--36844360	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
36846975--36847004	14	2.1	14	100	0	60	30	6	13	50	1.67
36847887--36847964	39	2.0	39	92	0	129	32	12	20	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36853230--36853286	6	9.3	6	75	17	55	49	15	15	19	1.80
36853403--36853504	27	3.8	27	80	11	111	36	19	22	21	1.95
36853403--36853504	54	1.9	53	82	6	125	36	19	22	21	1.95
36854072--36854302	27	8.6	27	86	0	284	25	16	20	37	1.93
36854080--36854329	81	3.1	81	83	2	207	27	16	20	36	1.93
36854323--36854544	27	8.3	27	79	4	189	29	8	21	40	1.82
36854324--36854497	80	2.2	81	83	3	208	30	8	21	40	1.82
36854322--36854544	107	2.1	107	88	1	331	29	8	21	40	1.83
36854369--36854544	80	2.2	80	85	2	228	28	8	20	42	1.81
36856565--36856604	21	2.0	20	85	5	53	32	7	20	40	1.80
36857892--36857951	18	3.3	18	75	9	59	31	15	10	43	1.79
36858438--36858509	37	1.9	37	81	10	85	41	18	1	38	1.59
36858512--36858541	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
36860339--36860405	20	3.3	20	89	0	98	31	13	22	32	1.92
36860456--36860622	23	7.1	23	91	2	253	28	22	21	27	1.99
36860455--36860644	24	8.0	23	88	5	256	28	22	22	26	1.99
36860455--36860644	47	4.0	46	87	5	265	28	22	22	26	1.99
36862226--36862264	16	2.5	15	84	8	51	5	28	5	61	1.39
36863520--36863591	35	2.1	35	97	0	135	26	19	12	41	1.87
36865433--36865510	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
36865382--36865817	47	9.4	47	85	7	590	27	29	8	33	1.87
36865588--36865807	41	5.0	41	85	8	242	27	29	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36865382--36865817	137	3.2	136	93	2	694	27	29	8	33	1.87
36882864--36883016	43	3.6	43	91	4	247	24	31	20	23	1.98
36882844--36883053	43	5.0	43	84	8	227	23	30	20	24	1.98
36890828--36891001	43	4.1	43	89	4	255	23	31	19	25	1.98
36890828--36891038	43	5.0	43	85	7	227	23	30	20	25	1.98
36896501--36896688	72	2.6	72	86	5	254	22	17	30	29	1.97
36900912--36900959	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
36900996--36901061	20	3.3	20	93	0	114	36	15	19	28	1.92
36901112--36901241	24	5.4	24	94	0	215	30	20	20	28	1.97
36909204--36909251	25	1.9	25	86	0	69	37	25	10	27	1.88
36909288--36909335	25	1.9	25	91	8	80	37	14	18	29	1.91
36909388--36909507	24	5.0	24	90	3	179	29	20	21	28	1.98
36912475--36912966	47	10.6	47	75	13	362	24	28	19	27	1.99
36912419--36913057	47	13.8	46	69	15	241	23	28	20	28	1.99
36912419--36912725	139	2.2	139	95	1	560	24	27	20	27	1.99
36912511--36912970	186	2.5	186	91	2	737	23	28	20	27	1.99
36912699--36912961	139	1.9	139	86	3	377	23	29	19	27	1.98
36915081--36915183	46	2.2	47	87	3	145	26	23	13	36	1.92
36916747--36916807	30	2.0	30	84	6	79	29	24	6	39	1.80
36923681--36923800	46	2.6	47	82	2	143	26	21	15	36	1.93
36924136--36924196	30	2.0	30	84	6	79	29	24	6	39	1.80
36959789--36959939	43	3.5	43	83	2	169	27	14	25	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36961285--36961322	8	4.9	8	90	3	60	2	34	0	63	1.09
36964204--36964229	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
36964518--36964587	36	1.9	36	94	0	122	14	31	5	48	1.67
36964669--36964705	12	3.1	12	100	0	74	16	8	16	59	1.59
36965021--36965081	30	2.0	30	87	0	86	31	14	27	26	1.95
36965424--36965690	47	5.7	46	73	9	175	28	19	28	23	1.98
36965424--36965638	93	2.3	91	81	6	229	28	19	28	23	1.98
36972388--36972559	93	1.8	93	88	2	265	27	29	20	21	1.98
36972380--36972554	46	3.8	45	75	10	174	28	29	20	21	1.98
36974969--36975859	220	4.0	221	98	0	1723	27	13	27	31	1.94
36974969--36975859	441	2.0	441	98	0	1721	27	13	27	31	1.94
36978712--36978760	20	2.5	20	93	0	80	48	22	12	16	1.79
36979590--36979756	47	3.7	44	76	10	131	28	17	31	22	1.96
36981432--36981481	25	2.0	25	96	0	91	52	2	4	42	1.31
36987731--36987806	26	2.9	26	81	11	84	32	13	10	43	1.78
36989777--36989918	47	3.0	47	90	5	225	28	11	14	45	1.80
36990708--36990883	43	4.0	43	78	6	185	26	19	27	25	1.99
36990722--36990882	87	1.8	86	90	5	261	26	20	28	24	1.99
36990729--36990924	43	4.6	41	76	11	112	26	19	29	25	1.98
36993227--36993253	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
37003152--37003299	43	3.5	43	70	14	110	29	25	18	26	1.98
37006599--37006821	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37006599--37006821	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
37007199--37007223	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
37013850--37014072	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
37013850--37014072	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
37014450--37014474	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
37020532--37020578	20	2.3	21	78	10	62	8	27	12	51	1.69
37022829--37023319	27	18.3	27	84	0	608	40	20	7	30	1.81
37022822--37023299	54	8.9	54	90	1	744	40	20	7	30	1.81
37023312--37023372	26	2.3	26	88	2	95	40	18	9	31	1.83
37023365--37023437	27	2.7	27	74	4	76	38	24	6	30	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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