genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67166308--67166497	46	4.1	45	74	16	165	28	29	20	21	1.98
67170123--67170171	18	2.5	20	84	15	59	32	2	4	61	1.26
67174619--67174651	17	1.9	17	88	11	50	66	0	9	24	1.20
67174904--67174941	17	2.2	17	90	0	58	21	18	31	28	1.97
67174916--67174965	17	2.9	17	85	5	57	28	16	24	32	1.96
67178278--67178450	46	3.7	46	78	10	190	21	20	27	30	1.98
67178275--67178445	93	1.8	93	91	0	279	21	20	28	29	1.98
67183105--67183142	20	1.9	20	100	0	76	31	10	15	42	1.81
67185887--67186059	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
67185884--67186054	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
67186283--67186320	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67201532--67201698	43	3.9	43	74	9	135	31	24	18	25	1.97
67202785--67202883	44	2.3	43	84	8	139	33	26	17	23	1.96
67205836--67206016	46	3.8	46	80	15	213	28	29	20	20	1.98
67214790--67214904	31	3.7	31	89	1	178	28	24	16	30	1.96
67214928--67215019	42	2.2	42	98	0	175	32	20	15	31	1.94
67215167--67215236	25	2.8	25	86	4	97	25	24	25	24	2.00
67215443--67215606	27	6.1	27	88	0	229	25	21	18	34	1.96
67215441--67215603	81	2.0	81	90	0	254	23	21	20	34	1.97
67215645--67215799	27	5.7	27	85	3	195	27	7	22	41	1.81
67215658--67215824	54	3.1	54	78	5	124	31	7	20	40	1.81
67215792--67216029	27	8.8	27	87	0	341	41	7	21	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67215813--67216054	81	3.0	80	85	3	292	41	7	20	29	1.80
67221433--67221587	43	3.6	43	76	9	156	29	25	19	25	1.99
67222688--67222713	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
67224915--67225135	48	4.6	48	77	2	210	23	30	19	27	1.98
67224914--67225156	96	2.5	96	84	1	290	22	30	20	27	1.98
67233292--67233367	39	1.9	39	94	0	134	21	28	13	36	1.91
67240211--67240422	46	4.5	47	77	7	198	29	18	26	24	1.98
67240248--67240418	94	1.8	94	92	0	288	29	18	27	23	1.98
67240399--67240516	49	2.4	49	81	0	128	31	16	27	24	1.96
67242614--67242706	28	3.3	28	92	0	150	27	36	12	22	1.91
67245015--67245195	49	3.7	50	83	4	242	28	27	17	27	1.98
67245015--67245196	99	1.8	99	91	2	303	28	26	17	27	1.98
67257840--67257874	17	2.0	17	88	5	52	60	2	31	5	1.35
67260258--67260339	40	2.0	40	90	0	128	29	13	12	45	1.80
67260359--67260405	24	2.0	24	100	0	94	34	8	17	40	1.79
67274716--67274887	45	3.9	45	89	3	235	26	25	22	25	2.00
67275665--67275903	47	5.1	47	89	1	345	45	12	10	31	1.77
67277221--67277549	48	6.9	48	93	0	550	31	27	6	34	1.83
67283134--67283278	27	5.4	27	87	0	191	33	17	21	27	1.95
67283932--67283983	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
67289056--67289276	45	5.0	45	85	4	265	28	25	20	24	1.99
67290053--67290197	47	3.1	47	93	2	238	43	15	11	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67294048--67294159	37	3.0	37	90	0	170	27	31	17	23	1.97
67294325--67294461	47	3.0	47	87	6	190	26	29	12	32	1.93
67299492--67299540	18	2.6	18	87	6	62	2	18	6	73	1.14
67299514--67299553	18	2.2	18	86	0	53	10	12	5	72	1.26
67300590--67300625	18	2.0	18	94	0	63	27	2	5	63	1.30
67300591--67300631	18	2.2	18	86	4	55	34	2	7	56	1.40
67312481--67312548	32	2.1	32	100	0	136	23	13	17	45	1.84
67320059--67320227	49	3.4	49	80	6	223	24	17	28	29	1.97
67320054--67320240	100	1.9	100	94	0	329	24	19	27	29	1.98
67320059--67320246	49	3.8	49	79	5	216	25	18	27	29	1.98
67326128--67326196	31	2.2	31	84	5	95	39	5	24	30	1.79
67327638--67327683	20	2.3	20	85	7	58	19	21	17	41	1.90
67337585--67337663	24	3.3	24	91	1	124	31	2	44	21	1.66
67337596--67337672	24	3.2	24	87	5	75	36	3	40	19	1.70
67337873--67337905	16	2.1	16	94	0	57	6	33	6	54	1.50
67339049--67339156	27	4.0	27	84	1	119	17	25	19	37	1.93
67349546--67349618	6	11.8	6	77	11	67	46	16	19	17	1.84
67349546--67349618	31	2.4	31	90	4	112	46	16	19	17	1.84
67349546--67349615	25	2.8	24	85	8	70	45	17	20	17	1.85
67349737--67349796	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
67350125--67350426	27	11.2	27	89	0	397	39	7	23	29	1.82
67350420--67350572	27	5.7	26	71	12	96	30	8	22	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67350743--67350776	17	1.9	18	88	5	52	17	35	26	20	1.95
67352516--67352597	6	13.3	6	75	14	69	46	17	18	18	1.85
67352525--67352597	31	2.4	31	90	4	112	46	16	19	17	1.84
67352525--67352594	25	2.8	24	85	8	70	45	17	20	17	1.85
67353084--67353439	27	13.2	27	87	1	426	41	6	21	30	1.79
67353433--67353582	27	5.6	26	70	12	90	30	8	22	38	1.84
67353756--67353789	17	1.9	18	88	5	52	17	35	26	20	1.95
67354480--67354835	27	13.2	27	87	1	444	40	6	22	31	1.78
67354842--67354907	27	2.4	27	80	5	71	36	7	15	40	1.75
67354868--67354981	27	4.3	26	72	13	88	28	9	21	39	1.85
67355873--67356228	27	13.2	27	86	1	435	40	6	22	30	1.80
67356222--67356374	27	5.7	26	71	12	96	30	8	22	39	1.84
67356545--67356578	17	1.9	18	88	5	52	17	35	26	20	1.95
67357269--67357570	27	11.2	27	86	1	390	41	5	21	31	1.76
67357562--67357695	27	5.0	26	78	7	126	29	9	22	38	1.86
67357532--67357723	54	3.6	53	77	6	181	31	8	22	36	1.85
67357269--67357624	81	4.4	81	83	1	302	39	6	21	32	1.78
67357548--67357722	81	2.2	80	77	3	181	29	8	22	38	1.84
67357562--67357716	27	5.8	26	75	11	118	28	9	23	38	1.86
67363043--67363082	20	2.0	21	85	5	55	67	2	20	10	1.31
67366003--67366117	40	2.8	40	84	6	160	26	24	24	25	2.00
67366003--67366146	40	3.6	40	80	4	155	26	24	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67369424--67369492	31	2.2	31	89	0	102	36	7	26	30	1.83
67370636--67370678	20	2.1	20	86	4	59	11	30	37	20	1.89
67373431--67373621	40	4.8	40	88	4	244	24	25	27	21	2.00
67378318--67378351	17	2.0	17	100	0	68	47	5	5	41	1.52
67384672--67384841	46	3.7	46	78	13	204	31	29	19	20	1.97
67384680--67384850	93	1.8	93	93	0	297	29	29	20	20	1.98
67388594--67388731	40	3.5	40	87	3	181	23	22	28	25	1.99
67396856--67397031	68	2.6	68	79	12	184	21	28	15	34	1.94
67399076--67399342	94	2.9	93	77	12	280	24	28	19	26	1.99
67403181--67403226	18	2.6	18	86	6	58	4	28	2	65	1.23
67407168--67407253	36	2.4	35	78	7	91	67	2	20	9	1.30
67407228--67407268	15	2.8	14	82	13	55	78	2	14	4	1.03
67407224--67407268	17	2.8	17	87	12	60	77	2	15	4	1.02
67409274--67409354	35	2.3	35	91	0	126	34	8	13	43	1.75
67409334--67409373	19	2.1	19	90	0	62	25	10	12	52	1.70
67419680--67419722	22	1.9	22	81	13	52	30	16	18	34	1.93
67421105--67421280	46	3.8	46	78	10	214	21	19	29	29	1.98
67421102--67421273	93	1.8	93	94	0	308	22	19	29	28	1.98
67437400--67437503	42	2.5	41	84	7	138	26	26	22	24	2.00
67440755--67440936	43	4.3	43	89	0	285	31	23	20	24	1.98
67444587--67444631	16	2.6	17	86	13	58	62	0	24	13	1.31
67445845--67445878	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67446079--67446138	27	2.2	26	80	13	68	48	28	1	21	1.60
67446084--67446134	20	2.5	20	74	0	57	47	33	0	19	1.50
67446345--67446392	7	6.7	7	78	4	51	45	29	2	22	1.64
67446467--67446507	21	1.9	22	90	5	66	17	0	36	46	1.48
67446595--67446794	41	4.9	41	87	5	262	20	25	22	32	1.97
67453817--67453904	43	2.1	42	85	6	115	35	32	13	18	1.90
67457241--67457299	19	3.1	19	76	13	75	11	33	20	33	1.89
67457220--67457427	39	5.4	39	80	2	206	18	32	14	34	1.91
67457309--67457370	19	3.2	19	72	4	52	16	32	14	37	1.89
67461041--67461088	25	1.9	25	91	0	78	25	16	25	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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