genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38699554--38699608	17	3.2	17	76	5	56	7	12	3	76	1.12
38699559--38699600	18	2.3	18	87	4	57	7	9	2	80	0.97
38702967--38703083	47	2.4	48	95	2	209	30	10	29	29	1.90
38703056--38703109	26	2.1	26	100	0	108	27	14	29	27	1.95
38703007--38703158	75	2.0	75	98	0	295	30	10	29	29	1.90
38703082--38703428	47	7.3	47	91	1	532	31	8	31	29	1.87
38703082--38703426	143	2.4	142	92	1	557	31	8	31	29	1.87
38703547--38703625	37	2.1	37	88	0	113	22	16	31	29	1.96
38706503--38706565	21	3.0	21	83	2	81	30	3	31	34	1.74
38706503--38706565	10	5.9	11	73	10	51	30	3	31	34	1.74
38712767--38712877	27	4.1	27	80	7	109	38	21	23	16	1.92
38715370--38715402	15	2.2	15	94	0	57	33	18	24	24	1.97
38715391--38715521	53	2.4	55	79	6	151	33	16	25	24	1.96
38715758--38715788	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38717798--38717943	40	3.7	40	81	7	163	24	21	27	26	2.00
38723354--38723404	22	2.3	22	100	0	102	27	9	19	43	1.82
38723423--38723607	79	2.3	81	83	7	227	24	22	28	24	2.00
38723423--38723626	40	5.1	40	81	8	229	25	22	27	24	2.00
38723476--38723640	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
38742519--38742551	16	2.1	16	100	0	66	12	24	39	24	1.89
38742848--38743060	27	7.9	27	79	14	226	33	20	26	19	1.97
38742866--38743063	54	3.7	54	91	4	319	33	22	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38743734--38743789	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
38758774--38758821	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
38758858--38758904	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
38758954--38759070	23	5.0	24	87	7	152	28	22	20	29	1.98
38759264--38759327	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
38760164--38760273	27	4.0	27	83	5	132	38	22	21	17	1.93
38760378--38760439	28	2.3	28	91	5	101	27	8	27	37	1.85
38764807--38765119	47	6.6	47	93	2	509	32	8	30	28	1.87
38764807--38765119	96	3.3	94	92	2	509	32	8	30	28	1.87
38764807--38765119	143	2.2	143	94	1	540	32	8	30	28	1.87
38771334--38771358	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
38771997--38772051	20	2.7	19	81	13	56	45	1	7	45	1.41
38775998--38776129	50	2.7	49	88	3	185	28	28	18	24	1.98
38775998--38776186	101	1.9	99	84	4	254	26	29	19	24	1.98
38778321--38778376	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
38781368--38781570	49	4.1	50	76	4	203	29	27	16	26	1.97
38781380--38781509	50	2.6	49	87	1	179	30	27	16	25	1.96
38781864--38781901	14	2.5	16	87	8	53	34	21	2	42	1.67
38783233--38783357	22	5.4	23	88	5	173	36	16	20	27	1.94
38785769--38786062	50	5.8	50	80	5	306	24	17	26	31	1.97
38785821--38786062	101	2.4	100	82	4	308	24	18	26	30	1.98
38799370--38799588	79	2.8	79	87	2	305	28	16	17	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38799915--38799963	18	2.7	18	83	0	62	16	16	16	51	1.78
38800500--38800605	52	2.0	52	98	0	203	50	14	6	29	1.68
38803173--38803210	20	1.9	20	88	0	58	31	2	13	52	1.54
38807313--38807457	40	3.6	40	85	8	186	26	24	26	23	2.00
38809654--38809784	27	4.9	27	69	7	88	30	16	16	35	1.92
38809621--38809843	80	2.8	80	83	2	277	30	17	17	34	1.93
38812318--38812495	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
38812319--38812474	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
38812315--38812495	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
38814325--38814353	14	2.1	14	100	0	58	58	13	0	27	1.36
38814763--38814811	21	2.2	22	85	7	64	20	26	28	24	1.99
38818925--38818995	34	2.1	34	82	5	92	19	36	18	25	1.94
38819889--38820015	50	2.6	51	82	5	145	22	16	22	39	1.92
38820369--38820398	7	4.3	7	91	0	51	16	3	26	53	1.59
38824741--38824855	27	4.3	26	76	7	86	21	23	19	35	1.96
38832558--38832697	27	5.2	27	86	2	176	19	22	22	35	1.96
38840580--38840656	31	2.5	31	84	0	109	24	28	31	15	1.96
38857026--38857203	27	6.6	27	82	3	178	30	27	15	26	1.96
38862813--38862872	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
38864633--38864692	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
38875772--38875818	24	2.0	24	83	8	60	19	14	31	34	1.92
38875806--38875852	24	2.0	24	86	0	67	25	14	27	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38883688--38883758	24	3.0	24	91	0	106	19	12	35	32	1.90
38883698--38883768	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
38889263--38889332	28	2.5	28	88	4	97	32	28	12	25	1.93
38892449--38892574	47	2.7	47	94	0	225	30	28	19	21	1.98
38900408--38900468	30	2.0	30	87	0	86	42	3	24	29	1.70
38901331--38901415	28	3.3	27	69	24	83	24	15	29	30	1.95
38901274--38901458	50	3.7	50	83	2	212	25	18	25	29	1.98
38901274--38901458	101	1.9	101	83	2	248	25	18	25	29	1.98
38902276--38902336	30	2.0	30	90	0	95	42	4	24	27	1.75
38903141--38903274	50	2.7	50	85	1	189	26	17	26	29	1.97
38904091--38904151	30	2.0	30	90	0	95	42	4	24	27	1.75
38904667--38904796	50	2.6	49	87	1	179	25	16	27	30	1.97
38904669--38904753	28	3.3	27	69	24	83	24	15	29	30	1.95
38905613--38905673	30	2.0	30	90	0	95	42	4	24	27	1.75
38906481--38906663	50	3.7	49	80	8	201	26	19	25	28	1.98
38907481--38907541	30	2.0	30	93	0	104	40	6	24	27	1.80
38908207--38908399	68	2.9	66	78	9	160	30	16	27	25	1.97
38908252--38908459	67	3.2	63	75	12	170	32	16	28	23	1.96
38917916--38917981	33	2.0	34	85	8	91	27	21	25	25	1.99
38952731--38952859	47	2.7	47	93	0	231	31	25	19	24	1.98
38956439--38956616	27	6.6	27	84	2	232	38	19	17	24	1.93
38956435--38956634	81	2.5	80	84	3	256	37	18	19	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38956435--38956633	27	7.4	27	85	2	220	37	17	19	25	1.93
38957353--38957414	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
38962937--38963109	46	3.7	46	77	11	192	23	20	26	29	1.99
38962934--38963104	93	1.8	93	91	2	281	22	21	27	28	1.99
38963334--38963371	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
38967388--38967433	25	1.9	24	82	8	58	41	15	13	30	1.85
38970380--38970549	46	3.7	46	77	12	186	23	20	27	29	1.99
38970374--38970544	93	1.8	93	89	2	272	22	20	27	29	1.99
38970774--38970811	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
38972637--38973138	47	10.6	47	90	2	779	29	29	8	32	1.87
38972637--38973138	96	5.3	94	92	1	797	29	29	8	32	1.87
38972637--38973138	143	3.5	143	92	2	789	29	29	8	32	1.87
38980629--38980800	93	1.8	93	90	4	276	21	19	28	30	1.98
38982064--38982236	68	2.6	64	76	9	177	31	15	26	27	1.95
38982212--38982402	50	3.8	49	81	4	213	27	19	24	28	1.98
38982210--38982410	101	2.0	101	85	1	271	27	18	24	29	1.98
38986630--38986852	40	5.6	40	85	3	227	24	21	28	26	1.99
38986705--38986887	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
38994057--38994279	40	5.6	40	85	3	227	24	21	28	26	1.99
38994132--38994314	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
39006405--39006499	24	4.0	24	92	0	145	33	2	37	26	1.68
39007910--39008020	54	2.1	53	84	1	141	17	23	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39007910--39008020	27	4.2	26	83	5	114	17	23	20	38	1.93
39020626--39020660	17	2.0	17	88	5	52	17	20	37	25	1.94
39040550--39040734	40	4.7	40	81	6	207	23	22	28	25	1.99
39040603--39040767	79	2.1	79	80	6	183	24	20	27	27	1.99
39048614--39048797	40	4.7	40	79	8	180	24	21	26	27	1.99
39048667--39048797	39	3.3	38	80	11	140	23	19	27	29	1.99
39055109--39055285	96	1.8	97	80	11	211	44	4	7	44	1.52
39072754--39072933	41	4.4	41	79	7	177	38	23	18	20	1.93
39072754--39072933	82	2.2	82	81	7	213	38	23	18	20	1.93
39073208--39073272	7	9.1	7	73	9	60	43	36	3	16	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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