genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73417670--73417930	79	3.3	77	85	5	344	25	28	23	22	1.99
73417655--73417930	119	2.3	121	82	8	368	26	28	22	22	1.99
73425851--73426071	40	5.6	39	87	4	264	26	27	21	24	1.99
73425828--73426114	40	7.2	39	79	7	242	26	27	21	24	1.99
73425828--73426113	80	3.6	78	77	7	281	26	27	21	24	1.99
73431336--73431447	43	2.6	43	92	0	188	31	32	25	11	1.91
73438453--73438512	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
73453352--73453551	27	7.4	27	82	1	222	35	17	21	26	1.95
73454259--73454320	31	2.0	32	87	3	90	22	22	19	35	1.96
73460730--73460929	54	3.7	54	82	4	233	33	18	21	27	1.96
73460730--73460900	27	6.3	27	85	0	234	35	18	21	25	1.95
73461648--73461709	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
73462734--73462802	36	1.9	36	93	0	120	26	8	31	33	1.87
73480729--73480782	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
73488761--73489135	47	8.0	47	90	0	552	32	12	29	26	1.92
73488927--73489003	22	3.4	22	69	22	68	29	11	28	29	1.92
73489024--73489099	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
73488761--73489135	94	4.0	94	91	0	624	32	12	29	26	1.92
73489298--73489443	37	3.9	37	93	0	238	21	18	32	26	1.97
73499374--73499457	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
73502568--73502735	43	4.0	43	80	7	173	23	16	29	31	1.96
73502581--73502735	84	1.8	84	81	2	195	22	16	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73511379--73511470	45	2.0	45	100	0	184	39	19	6	34	1.78
73526938--73526993	26	2.2	25	81	15	69	39	25	8	26	1.85
73527102--73527217	28	4.2	28	85	2	155	18	24	20	37	1.94
73538916--73539135	46	4.7	46	83	9	250	25	15	33	24	1.95
73538915--73539175	46	5.5	47	76	13	184	26	16	31	25	1.96
73540303--73540358	21	2.7	21	82	0	76	14	37	23	25	1.92
73545349--73545373	13	1.9	13	100	0	50	24	36	32	8	1.84
73547002--73547040	6	6.5	6	81	0	51	15	7	0	76	0.99
73554653--73554730	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
73554683--73555010	174	1.9	174	97	0	620	30	13	24	31	1.94
73556445--73556628	40	4.6	40	88	6	250	23	22	26	26	2.00
73560655--73560785	47	2.8	47	85	0	172	32	25	16	25	1.96
73573090--73573266	55	3.2	55	88	0	237	31	29	12	27	1.93
73573090--73573241	27	5.6	27	92	3	223	30	28	12	28	1.93
73585499--73585641	40	3.6	40	89	2	200	24	22	28	24	1.99
73585499--73585660	40	4.1	39	86	5	193	25	22	28	24	1.99
73593539--73593759	40	5.6	40	86	7	281	24	22	28	24	2.00
73593542--73593792	119	2.1	119	82	7	296	25	21	27	25	2.00
73602897--73603075	52	3.5	52	84	6	208	28	13	30	27	1.95
73609435--73609504	21	3.3	21	87	0	104	22	25	34	17	1.96
73609629--73609685	27	2.1	27	83	6	71	19	29	24	26	1.98
73621166--73621200	18	1.9	18	88	0	52	31	8	25	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73621769--73621983	26	8.3	26	85	3	267	28	22	20	27	1.99
73621769--73621983	52	4.2	52	88	2	319	28	22	20	27	1.99
73622033--73622107	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
73622033--73622088	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
73622050--73622106	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
73622135--73622182	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
73629935--73630071	26	5.3	26	84	4	154	28	24	20	27	1.99
73630121--73630177	20	3.0	20	90	10	84	35	19	8	36	1.83
73630129--73630177	5	10.2	5	75	16	50	36	20	6	36	1.78
73630121--73630174	9	5.5	10	75	16	51	35	18	9	37	1.83
73634168--73634197	12	2.5	12	88	0	51	6	6	10	76	1.15
73636698--73636873	46	3.8	46	75	12	189	21	20	28	29	1.98
73636695--73636866	93	1.8	93	92	0	290	22	20	28	28	1.99
73640158--73640271	59	1.9	59	89	3	176	33	27	14	24	1.95
73640213--73640378	50	3.3	49	83	3	206	30	27	15	25	1.96
73645349--73645413	30	2.2	29	91	2	103	24	15	21	38	1.92
73651791--73651863	29	2.5	29	81	0	83	28	30	10	30	1.91
73651955--73652000	9	4.9	9	84	7	56	15	36	13	34	1.86
73651955--73652000	19	2.4	19	85	7	67	15	36	13	34	1.86
73655646--73655870	49	4.5	49	79	9	267	29	26	17	26	1.97
73655646--73655877	100	2.3	98	83	7	281	28	27	17	26	1.98
73656124--73656177	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73657855--73658071	108	2.0	109	97	0	409	29	24	9	35	1.87
73666322--73666403	40	2.0	40	92	0	137	50	12	17	20	1.78
73669066--73669151	42	2.0	42	100	0	172	27	18	6	46	1.75
73674382--73674427	16	2.9	16	83	0	56	45	10	26	17	1.81
73674374--73674419	24	1.9	24	90	0	74	45	10	23	19	1.82
73674374--73674425	24	2.2	24	85	0	68	46	13	23	17	1.83
73674398--73674433	16	2.2	16	90	0	54	50	13	22	13	1.77
73674643--73674757	29	4.0	29	85	6	146	26	14	29	28	1.95
73689205--73689316	27	4.2	26	85	7	143	36	22	24	16	1.94
73689205--73689316	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
73689735--73689765	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
73691334--73691462	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
73698754--73698929	46	3.8	46	79	12	216	19	21	29	29	1.98
73698751--73698922	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	28	1.98
73704563--73704674	27	4.2	26	85	7	143	36	22	24	16	1.94
73704563--73704674	54	2.1	54	88	3	163	36	22	24	16	1.94
73706090--73706184	24	4.0	24	87	0	136	27	35	2	34	1.69
73707061--73707123	29	2.2	30	83	11	78	38	1	4	55	1.31
73707334--73707376	16	2.9	14	80	16	50	55	0	0	44	0.99
73707835--73707886	28	2.0	27	85	11	72	34	0	1	63	1.06
73708367--73708406	4	9.2	4	84	15	53	70	0	5	25	1.08
73711920--73711971	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73712004--73712040	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
73712052--73712107	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
73712356--73712393	19	2.0	19	89	0	58	34	18	7	39	1.80
73713677--73713721	22	1.9	22	82	13	54	57	2	2	37	1.23
73716276--73716328	24	2.2	25	83	10	65	26	3	1	67	1.17
73735467--73735549	26	3.2	26	76	8	89	32	22	14	30	1.94
73735482--73735544	25	2.5	25	82	10	74	33	20	17	28	1.95
73744671--73744742	21	3.4	21	65	5	56	44	4	18	33	1.69
73744674--73744757	42	2.0	41	88	2	123	45	3	19	32	1.67
73748058--73748104	21	2.2	21	100	0	94	21	17	14	46	1.83
73763161--73763425	119	2.2	120	88	6	394	26	27	21	24	1.99
73763142--73763425	40	7.1	40	84	6	355	26	27	21	25	1.99
73767461--73767719	46	5.5	48	79	10	236	22	29	18	28	1.98
73767549--73767719	94	1.8	92	87	5	254	23	29	18	28	1.98
73767461--73767719	140	1.8	140	84	5	353	22	29	18	28	1.98
73773582--73773647	33	2.0	33	96	0	123	21	21	25	31	1.98
73780569--73780634	19	3.7	18	76	17	57	39	1	4	54	1.30
73780588--73780647	19	2.9	20	74	20	61	41	0	6	51	1.28
73781371--73781410	5	7.8	5	83	5	53	77	0	17	5	0.94
73781370--73781405	11	3.4	11	88	7	56	77	0	16	5	0.94
73781367--73781408	10	4.2	10	88	8	59	76	0	16	7	1.00
73782857--73783074	40	5.5	40	91	1	341	25	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73794895--73794946	24	2.2	24	93	6	88	48	3	1	46	1.31
73796900--73797051	42	3.6	42	85	3	198	27	16	26	28	1.97
73801346--73801384	20	2.0	20	94	0	69	23	38	28	10	1.87
73802416--73802512	37	2.6	37	88	3	133	32	17	22	26	1.96
73806255--73806370	42	2.8	42	82	1	135	40	19	13	25	1.89
73808042--73808087	14	3.3	14	72	22	51	26	0	4	69	1.07
73809773--73809803	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
73809770--73809809	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
73811396--73811435	21	2.0	19	85	9	53	65	5	2	27	1.27
73820313--73820413	49	2.1	49	90	0	157	46	12	8	31	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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