genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76585084--76585125	21	2.0	21	85	0	57	21	23	16	38	1.93
76585126--76585201	20	3.8	20	75	8	73	11	26	21	40	1.87
76585105--76585201	20	4.8	20	71	8	63	12	26	20	40	1.88
76591712--76591937	43	5.3	43	80	7	244	27	11	26	34	1.92
76597594--76597627	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
76606826--76606880	15	3.7	14	83	11	65	56	14	14	14	1.68
76614333--76614500	81	2.1	81	80	4	187	28	25	13	32	1.94
76618159--76618224	34	1.9	34	90	0	105	40	3	28	27	1.71
76622053--76622360	40	7.7	40	95	0	535	22	26	19	31	1.98
76627738--76627792	27	2.0	27	100	0	110	27	10	14	47	1.78
76633017--76633217	98	2.1	98	99	0	393	27	19	28	24	1.98
76634799--76634846	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
76634890--76634947	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
76634894--76634947	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
76634998--76635116	23	5.1	23	93	2	202	28	20	20	31	1.97
76637332--76637375	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
76639854--76639891	20	1.9	20	100	0	76	34	13	21	31	1.91
76639941--76640058	23	5.0	24	89	5	170	27	20	22	29	1.98
76663871--76664053	39	4.6	39	81	8	201	24	21	27	25	1.99
76663867--76664051	79	2.3	78	85	5	239	25	21	27	25	2.00
76663867--76664086	79	2.8	76	79	10	228	26	20	26	25	1.99
76666335--76666518	40	4.6	40	83	8	214	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76670938--76670999	30	2.1	30	90	0	97	35	20	16	27	1.94
76678091--76678152	30	2.1	30	96	0	115	35	20	16	27	1.94
76692029--76692113	27	3.1	27	87	0	116	28	14	16	41	1.87
76693884--76694055	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
76693831--76694053	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
76693911--76694088	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
76695578--76695641	28	2.3	28	94	0	110	23	35	18	21	1.95
76709298--76709327	14	2.1	14	93	0	51	43	3	6	46	1.46
76723056--76723172	29	4.0	29	86	0	135	27	29	14	28	1.95
76723047--76723126	29	2.8	26	92	3	79	25	33	15	26	1.95
76724064--76724126	31	2.0	31	96	0	117	30	20	17	31	1.96
76724330--76724444	43	2.7	42	72	2	113	26	18	25	30	1.98
76731837--76731956	43	2.8	42	72	2	114	23	16	26	33	1.96
76733109--76733162	27	2.0	27	81	0	63	37	7	16	38	1.77
76733409--76733653	49	4.9	49	82	2	292	25	19	27	27	1.99
76736506--76736544	20	2.0	20	85	10	53	38	2	17	41	1.64
76736950--76736999	21	2.3	23	79	10	59	38	14	10	38	1.79
76738759--76738822	28	2.3	28	81	13	78	64	4	4	26	1.33
76739130--76739190	31	2.0	31	86	0	86	37	4	9	47	1.58
76739226--76739278	26	2.1	25	92	3	88	35	0	9	54	1.33
76740820--76740882	21	3.0	20	72	20	58	55	1	0	42	1.09
76742435--76742510	31	2.5	31	86	4	100	19	28	34	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76745216--76745256	19	2.2	19	95	0	73	39	7	19	34	1.80
76757414--76757553	42	3.3	42	89	4	194	34	12	20	32	1.90
76767941--76768094	42	3.6	42	83	3	202	32	16	22	29	1.95
76772173--76772236	27	2.4	28	84	10	80	20	20	17	42	1.90
76787044--76787073	13	2.3	13	94	0	51	10	26	26	36	1.88
76790245--76790509	93	2.8	93	95	1	478	29	29	19	21	1.98
76790238--76790506	46	5.8	46	78	15	286	30	29	19	21	1.97
76793899--76794021	58	2.1	58	89	3	185	26	26	14	32	1.95
76797489--76797682	47	4.1	47	87	0	271	34	10	28	26	1.90
76797889--76798033	37	3.9	37	93	0	236	24	17	31	26	1.97
76811032--76811109	40	2.0	39	87	2	111	28	16	25	29	1.97
76813963--76814096	48	2.8	48	89	1	198	31	23	14	30	1.95
76817237--76817345	43	2.5	43	79	4	130	28	13	25	32	1.94
76817236--76817367	43	3.1	41	78	5	129	28	12	26	32	1.93
76819334--76819394	30	2.0	30	93	0	104	42	6	26	24	1.79
76821392--76821471	28	2.9	28	75	14	83	30	17	28	23	1.97
76822509--76822601	46	2.0	46	91	4	152	23	12	20	43	1.86
76828993--76829163	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	22	1.99
76828990--76829160	46	3.7	45	77	14	161	29	27	21	22	1.99
76829583--76829642	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
76829872--76829912	20	2.0	20	100	0	82	26	19	14	39	1.90
76848526--76848707	49	3.7	48	80	4	184	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76851155--76851223	26	2.7	26	75	4	68	37	30	13	18	1.89
76852770--76852829	29	2.1	29	83	0	75	33	5	8	53	1.53
76858641--76858712	35	2.1	35	82	7	85	33	2	0	63	1.08
76859931--76860046	46	2.5	46	97	0	214	23	22	25	28	1.99
76865377--76865492	46	2.5	46	98	0	223	22	22	26	28	1.99
76869887--76870157	69	3.9	69	83	3	269	19	20	21	38	1.94
76869887--76870157	138	2.0	137	80	2	310	19	20	21	38	1.94
76869952--76870196	69	3.6	69	80	4	260	20	21	20	37	1.94
76873533--76873752	40	5.5	40	76	11	184	28	26	20	24	1.99
76873568--76873753	80	2.3	80	83	9	229	29	26	20	23	1.99
76873570--76873753	40	4.6	40	82	7	205	28	26	20	23	1.99
76881487--76881654	40	4.2	40	81	8	139	27	26	20	25	1.99
76881524--76881654	40	3.3	40	88	2	192	28	26	20	24	1.99
76887405--76887461	25	2.2	26	78	6	62	63	3	1	31	1.22
76888277--76888323	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
76891660--76891744	42	2.0	42	95	0	152	27	20	16	36	1.93
76895960--76896137	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76895981--76896136	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76902987--76903164	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76903008--76903163	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76905741--76905857	46	2.5	47	86	5	148	29	17	29	23	1.97
76919854--76919943	45	2.0	45	100	0	180	24	15	17	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76921628--76921730	46	2.2	48	82	3	120	35	14	23	26	1.93
76923063--76923220	82	2.0	80	86	7	221	19	28	16	35	1.94
76923056--76923246	41	4.7	40	76	11	156	19	26	16	36	1.93
76926448--76926483	17	2.1	17	100	0	72	36	11	16	36	1.84
76930524--76930722	27	7.4	27	82	4	222	28	24	9	38	1.85
76930524--76930732	81	2.6	81	83	3	262	28	23	9	38	1.85
76930753--76930920	81	2.1	81	88	2	248	41	22	6	29	1.79
76930725--76930903	27	6.6	27	88	3	254	41	22	8	27	1.83
76930832--76930988	27	5.7	27	75	10	104	43	19	7	29	1.77
76930725--76930931	54	3.8	55	85	3	210	42	22	7	27	1.80
76931034--76931111	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
76931818--76931904	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
76931954--76932089	26	5.3	26	88	3	190	28	22	22	26	1.99
76931954--76932089	52	2.7	51	93	5	224	28	22	22	26	1.99
76932222--76932313	42	2.2	42	88	0	130	29	14	20	35	1.92
76932337--76932415	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
76940318--76940572	55	4.8	53	79	8	218	35	17	26	20	1.95
76940328--76940524	108	1.8	110	85	4	283	35	16	25	22	1.95
76940763--76940793	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
76955572--76955606	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
76956364--76956655	42	6.7	42	86	7	381	31	22	21	24	1.99
76956364--76956655	131	2.3	127	90	4	449	31	22	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76956949--76956996	21	2.3	21	85	0	60	0	56	18	25	1.42
76963179--76963212	10	3.4	10	100	0	68	29	20	0	50	1.49
76964743--76964782	21	2.0	20	85	5	53	67	17	7	7	1.38
76968089--76968130	15	2.9	15	89	3	59	35	7	0	57	1.26
76968971--76969015	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
76969213--76969339	42	3.1	39	76	9	110	19	19	17	43	1.88
76969173--76969339	41	4.1	41	80	9	162	19	19	19	41	1.91
76969364--76969389	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
76973109--76973286	27	6.6	27	80	5	162	29	27	15	26	1.96
76973130--76973285	82	1.9	81	84	3	206	29	27	16	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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