genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80800625--80800655	12	2.6	12	100	0	62	16	22	32	29	1.95
80804180--80804242	30	2.1	29	94	2	108	26	17	22	33	1.96
80809191--80809593	54	7.4	54	74	6	170	40	20	8	31	1.82
80809191--80809536	27	12.9	27	76	7	168	40	21	8	30	1.82
80809222--80809536	54	5.9	54	75	7	230	40	21	8	29	1.83
80809276--80809510	81	2.9	81	87	1	294	41	21	8	28	1.82
80809276--80809537	81	3.2	81	83	7	277	41	20	8	29	1.83
80809653--80809744	27	3.4	27	85	8	116	35	20	25	18	1.95
80810523--80810658	26	5.3	26	88	3	190	28	20	23	27	1.99
80811776--80812066	38	6.9	38	72	19	213	30	15	24	30	1.95
80811810--80812017	47	4.6	46	81	12	261	31	15	23	29	1.95
80811853--80812059	85	2.4	85	95	0	369	30	14	24	29	1.95
80815888--80815929	15	2.8	15	85	0	57	19	16	11	52	1.74
80818645--80818938	38	7.0	38	71	20	212	30	15	23	29	1.95
80818680--80818889	47	4.6	48	78	14	239	31	15	22	30	1.95
80818725--80818931	85	2.4	85	95	0	360	31	14	23	29	1.95
80820821--80821002	48	3.9	48	67	17	146	29	24	20	25	1.99
80829663--80829833	39	4.3	39	92	2	254	24	22	28	25	2.00
80829609--80829833	40	5.7	40	86	7	266	24	22	27	25	2.00
80829610--80829833	79	2.8	79	84	9	260	24	22	27	25	2.00
80829663--80829866	79	2.6	79	84	6	220	25	21	27	24	1.99
80837660--80837883	40	5.7	40	84	6	253	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80837664--80837883	79	2.8	79	82	8	241	25	21	27	25	1.99
80837713--80837883	78	2.2	77	87	4	211	25	21	28	25	1.99
80837713--80837916	79	2.6	77	81	8	200	26	20	27	25	1.99
80839888--80840114	48	4.8	48	69	14	166	29	24	19	25	1.98
80844626--80844661	18	2.0	18	100	0	72	50	5	16	27	1.68
80875626--80875650	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
80876361--80876467	54	2.0	54	87	3	153	27	20	34	17	1.95
80876622--80876662	22	1.9	22	85	5	57	36	12	12	39	1.80
80881897--80881956	11	5.3	11	84	7	75	20	1	3	75	1.04
80881897--80881956	23	2.6	22	79	7	66	20	1	3	75	1.04
80902852--80902985	44	3.0	45	81	4	144	35	14	23	27	1.93
80908291--80908358	33	2.1	33	100	0	136	32	19	11	36	1.88
80908647--80908734	31	2.8	32	89	3	133	31	42	9	17	1.80
80908870--80908904	12	2.9	12	95	0	61	34	31	8	25	1.86
80912338--80912362	12	2.1	12	100	0	50	36	0	40	24	1.55
80916430--80916479	24	2.1	24	100	0	100	36	4	0	60	1.16
80919211--80919240	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
80919357--80919381	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
80920002--80920026	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
80924377--80924497	59	2.1	59	98	0	233	28	29	13	28	1.94
80924809--80924836	8	3.5	8	100	0	56	50	0	21	28	1.49
80930870--80930897	8	3.5	8	100	0	56	50	0	21	28	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80935827--80935863	9	3.9	9	89	10	56	83	0	13	2	0.74
80939322--80939352	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
80947102--80947247	46	3.2	46	82	4	188	44	17	17	19	1.87
80947236--80947426	45	4.3	45	89	1	276	35	17	21	26	1.95
80947236--80947426	89	2.1	90	87	0	276	35	17	21	26	1.95
80947237--80947450	89	2.4	89	82	5	243	35	17	21	25	1.95
80947284--80947482	90	2.2	89	80	4	213	38	16	20	25	1.93
80947456--80947628	46	3.8	45	86	2	220	45	17	20	16	1.85
80947456--80947628	92	1.9	91	86	1	247	45	17	20	16	1.85
80947461--80947628	91	1.8	91	88	1	255	44	17	21	16	1.86
80953235--80953332	48	2.0	48	100	0	196	20	28	25	25	1.99
80954406--80954454	22	2.2	22	85	0	62	32	22	12	32	1.91
80957884--80957953	28	2.5	28	80	0	77	31	8	27	32	1.87
80961378--80961435	16	3.6	17	88	9	86	29	24	3	43	1.70
80961378--80961469	15	5.9	15	82	8	96	28	25	4	42	1.74
80961638--80961666	14	2.0	15	93	6	51	48	6	6	37	1.57
80962730--80962774	22	2.0	22	100	0	90	22	15	31	31	1.95
80964436--80964477	22	1.9	22	85	9	59	21	23	14	40	1.90
80969653--80969682	14	2.1	14	93	0	51	40	0	0	60	0.97
80979613--80980165	273	2.0	273	96	0	1007	29	11	25	33	1.91
80983811--80983880	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
80985753--80985802	23	2.1	24	85	3	66	34	0	26	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80990383--80990427	22	2.2	20	88	8	63	2	26	0	71	0.98
80990729--80990781	21	2.5	21	84	3	70	20	32	7	39	1.81
80990723--80990761	18	2.2	18	85	0	51	20	30	5	43	1.73
81007894--81007932	18	2.1	19	85	4	53	61	12	12	12	1.57
81012155--81012201	23	2.0	23	88	8	69	74	2	6	17	1.12
81013215--81013250	17	2.1	17	90	10	56	50	0	0	50	1.00
81018291--81018371	25	3.2	25	63	16	67	54	8	19	17	1.68
81018279--81018380	51	2.0	51	98	0	195	50	9	20	19	1.76
81018279--81018359	26	3.2	26	64	22	71	54	9	16	19	1.69
81020035--81020111	21	3.7	21	94	0	136	22	27	16	33	1.95
81021999--81022038	21	1.9	21	85	10	55	7	17	15	60	1.57
81044309--81044434	62	2.0	62	93	3	218	31	7	23	38	1.82
81045501--81045535	18	2.1	17	89	10	54	45	2	14	37	1.59
81046661--81046700	20	2.0	21	85	5	55	20	22	17	40	1.92
81046742--81046842	39	2.6	39	88	0	148	15	27	19	36	1.93
81046760--81046824	19	3.2	21	71	20	66	16	26	16	40	1.90
81048179--81048218	22	1.9	21	85	10	55	25	15	15	45	1.84
81051505--81051617	33	3.5	33	86	4	158	38	13	22	25	1.90
81051605--81051690	31	2.7	30	79	18	93	29	13	29	27	1.95
81051753--81051805	27	2.0	27	88	0	79	37	9	24	28	1.86
81051759--81051818	27	2.2	27	81	0	66	41	8	23	26	1.82
81051868--81051935	34	2.0	34	85	0	91	27	13	23	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81056156--81056192	17	2.1	18	90	5	58	48	5	2	43	1.40
81057012--81057052	22	2.0	20	85	9	55	46	2	0	51	1.14
81057111--81057136	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
81057236--81057319	41	2.0	42	88	6	125	51	4	7	36	1.51
81057924--81057970	22	2.1	23	84	4	60	57	4	2	36	1.30
81057946--81058047	29	3.6	28	81	13	111	64	2	1	30	1.19
81058242--81058291	8	6.4	8	84	6	59	44	0	4	52	1.20
81063100--81063138	18	2.0	20	85	9	55	46	7	7	38	1.61
81069258--81069327	34	2.1	34	100	0	140	47	21	0	31	1.51
81073085--81073138	27	2.0	27	96	0	99	24	14	24	37	1.93
81074081--81074122	17	2.5	17	92	0	66	7	23	11	57	1.59
81077537--81077808	49	5.7	49	92	2	430	32	8	30	28	1.87
81077927--81078028	37	2.8	37	93	0	168	25	18	29	26	1.98
81079462--81079514	20	2.6	21	76	11	56	26	18	11	43	1.84
81079504--81079590	42	2.1	42	84	4	113	16	21	16	45	1.84
81079523--81079603	42	1.9	42	84	0	108	16	23	14	45	1.84
81079567--81079628	21	3.0	21	87	0	88	16	30	17	35	1.92
81082031--81082090	31	2.0	30	83	3	75	15	5	6	73	1.22
81082056--81082090	16	2.2	16	94	0	61	11	5	2	80	1.00
81083008--81083047	16	2.4	17	87	8	55	27	0	2	70	1.01
81095036--81095207	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
81095038--81095260	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81095036--81095260	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
81095192--81095269	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81101746--81101798	24	2.3	22	87	6	70	26	5	1	66	1.25
81101766--81101807	22	2.0	22	85	4	59	28	4	2	64	1.26
81102552--81102577	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
81102993--81103044	8	6.5	8	79	18	56	71	1	0	26	0.97
81102991--81103057	32	2.1	32	83	10	84	67	2	0	29	1.06
81111391--81111603	101	2.1	101	85	0	282	30	14	25	29	1.95
81114389--81114459	16	4.4	16	90	0	106	35	7	28	29	1.83
81114627--81114714	26	3.4	25	70	6	77	48	3	1	46	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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