genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13824600--13824631	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
13836091--13836129	18	2.2	18	90	0	60	30	20	12	35	1.90
13846869--13846917	26	1.9	26	87	4	73	67	2	4	26	1.19
13851578--13851616	21	1.9	20	84	5	51	17	5	5	71	1.23
13855494--13855560	28	2.7	23	75	20	71	16	5	32	44	1.72
13855467--13855549	28	2.9	28	89	1	121	18	3	30	48	1.65
13855769--13855855	21	4.0	23	75	13	85	14	22	26	35	1.94
13860916--13861009	23	3.9	23	78	13	98	18	5	31	44	1.72
13860889--13860971	28	2.9	28	89	1	121	18	3	30	48	1.65
13861200--13861286	21	4.0	23	75	13	85	14	22	26	35	1.94
13872215--13872267	18	2.9	19	86	8	74	33	1	9	54	1.43
13873088--13873116	14	2.0	15	93	6	51	20	6	6	65	1.40
13892380--13892436	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
13892856--13893029	46	3.8	45	78	12	201	21	21	28	28	1.98
13900378--13900553	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
13900375--13900546	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
13906547--13906580	11	3.1	11	91	0	50	52	0	20	26	1.46
13931941--13931965	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
13936113--13936305	39	5.0	38	85	6	230	22	20	28	27	1.99
13937588--13937640	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
13939122--13939186	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
13947282--13947434	39	3.9	39	90	1	220	24	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13955459--13955617	27	5.9	27	81	11	175	33	21	26	18	1.97
13955477--13955620	54	2.7	54	93	2	236	33	22	26	17	1.96
13962372--13962530	27	5.9	27	82	10	182	33	21	25	18	1.96
13962372--13962530	81	2.0	80	83	6	205	33	21	25	18	1.96
13962372--13962533	54	3.0	54	90	2	238	33	21	25	18	1.96
13994809--13994852	21	2.0	22	83	12	56	20	6	0	72	1.07
13997293--13997322	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
14003119--14003159	20	2.0	20	85	0	55	41	19	0	39	1.52
14006779--14006859	42	1.9	43	85	7	112	27	16	22	34	1.95
14015008--14015135	50	2.6	49	92	1	202	28	28	17	25	1.97
14015008--14015192	101	1.8	99	83	4	246	29	26	18	25	1.98
14015995--14016055	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
14021129--14021185	28	2.0	28	100	0	114	31	14	17	36	1.89
14021428--14021595	83	2.0	83	98	0	327	33	13	17	34	1.90
14028493--14028523	15	2.1	15	100	0	62	25	6	25	41	1.79
14038542--14038602	17	3.6	16	74	12	59	34	29	4	31	1.79
14044019--14044123	50	2.1	51	92	1	176	38	27	7	26	1.83
14046428--14046501	35	2.1	35	82	0	85	24	16	20	39	1.92
14048176--14048236	28	2.2	28	94	2	106	21	9	31	37	1.86
14052560--14052658	40	2.5	40	84	0	144	37	22	15	25	1.93
14058158--14058274	62	1.9	62	90	0	189	27	30	19	22	1.98
14058876--14058914	17	2.3	17	81	0	51	84	5	10	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14063802--14063854	18	3.0	17	73	15	54	28	26	33	11	1.91
14063895--14063974	32	2.5	32	97	2	153	22	33	36	7	1.82
14065300--14065385	32	2.6	33	81	15	99	34	4	20	39	1.74
14065326--14065381	16	3.2	17	80	10	69	32	1	25	41	1.66
14070238--14070296	28	2.1	28	100	0	118	37	13	6	42	1.71
14072533--14072578	23	2.0	23	86	4	65	60	4	0	34	1.16
14072520--14072571	25	2.0	25	85	14	70	61	1	0	36	1.07
14074637--14074707	22	3.3	22	70	20	60	59	1	8	30	1.36
14074754--14075099	77	4.5	78	75	10	291	47	8	9	33	1.67
14075203--14075240	19	2.0	19	85	10	51	44	10	5	39	1.61
14085085--14085111	9	3.0	9	100	0	54	33	33	0	33	1.58
14085756--14085828	28	2.6	28	88	0	110	31	32	12	23	1.91
14085812--14085987	40	4.4	40	86	2	228	36	25	14	23	1.92
14089666--14089724	26	2.3	26	96	0	109	33	22	23	20	1.97
14091483--14091610	62	2.1	62	83	0	157	28	31	17	21	1.97
14092252--14092289	12	3.2	12	85	3	51	84	10	2	2	0.83
14094167--14094210	22	2.0	22	90	0	70	40	20	15	22	1.90
14099950--14099995	18	2.6	18	96	0	83	21	21	15	41	1.90
14108409--14108567	62	2.6	62	83	2	203	24	24	22	28	2.00
14110505--14110774	131	2.1	131	82	8	318	33	19	20	26	1.97
14110737--14111021	131	2.2	131	83	1	347	31	19	20	28	1.97
14113561--14113633	21	3.3	21	66	23	60	31	8	2	57	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14113574--14113653	26	3.3	26	67	22	84	36	3	5	55	1.40
14113556--14113654	45	2.2	45	100	0	198	34	6	4	55	1.43
14115209--14115430	21	10.6	21	78	0	185	45	16	21	17	1.86
14115209--14115431	42	5.3	41	83	2	205	45	16	21	17	1.86
14115209--14115430	63	3.5	63	78	1	221	45	16	21	17	1.86
14130227--14130267	20	2.1	20	86	4	57	68	0	0	31	0.90
14136675--14136725	21	2.4	21	76	0	57	19	35	27	17	1.94
14142601--14142665	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
14144148--14144202	26	2.1	26	83	6	67	38	21	14	25	1.92
14149713--14149746	17	1.9	18	88	5	52	32	0	5	61	1.20
14168192--14168383	40	4.8	40	88	1	260	24	25	28	22	2.00
14176130--14176332	40	5.1	40	86	3	257	25	23	28	23	2.00
14179804--14179856	26	2.0	26	100	0	106	24	11	26	37	1.89
14182210--14182240	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
14182488--14182552	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
14182658--14182747	28	3.2	27	86	10	112	20	23	23	33	1.97
14182658--14182772	55	2.1	56	82	11	139	19	23	21	35	1.96
14183211--14183249	19	2.1	19	85	0	51	15	5	5	74	1.17
14184087--14184120	14	2.4	14	95	0	59	52	26	0	20	1.46
14185929--14187477	770	2.0	771	89	1	2390	31	12	21	34	1.90
14192832--14193009	46	3.8	47	79	10	186	24	30	19	25	1.98
14201902--14202077	46	3.8	46	75	10	205	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14201898--14202069	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
14207435--14207611	46	3.9	44	74	11	176	23	20	28	28	1.99
14207432--14207603	93	1.8	93	89	0	272	22	20	29	27	1.99
14209791--14209961	47	3.7	43	81	11	153	23	28	18	28	1.98
14209840--14209962	46	2.6	46	88	7	169	21	29	20	28	1.98
14209840--14209991	46	3.2	44	79	15	148	21	29	21	28	1.98
14209789--14209997	93	2.2	92	78	10	219	23	28	19	28	1.98
14209793--14209962	93	1.8	93	83	6	220	24	28	18	28	1.98
14213403--14213445	16	2.7	16	81	0	50	55	13	16	13	1.69
14217056--14217195	39	3.5	40	94	2	223	18	23	28	29	1.98
14223232--14223270	19	2.0	20	90	5	62	38	0	2	58	1.12
14223420--14223479	17	3.4	17	78	17	61	30	1	0	68	0.99
14223420--14223490	19	3.9	18	75	20	60	30	2	0	66	1.06
14229981--14230013	10	3.3	10	88	12	50	39	0	6	54	1.25
14233121--14233203	41	2.0	41	100	0	166	34	19	14	31	1.92
14244444--14244621	47	3.8	48	77	12	174	22	29	19	29	1.98
14244605--14244675	37	1.9	37	85	5	99	25	32	14	28	1.94
14249829--14249973	27	5.4	27	93	1	238	27	23	8	40	1.84
14249804--14249982	54	3.3	53	86	2	223	29	22	10	37	1.87
14249829--14249993	80	2.1	80	85	4	217	29	22	9	38	1.86
14250005--14250100	27	3.6	27	81	2	95	43	19	7	29	1.78
14250079--14250164	27	3.1	27	76	14	86	38	15	9	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14250205--14250278	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
14250218--14250282	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
14251092--14251158	25	2.7	24	93	4	107	25	26	23	23	2.00
14252918--14253029	28	4.0	28	81	2	109	30	28	14	26	1.95
14252943--14253029	28	3.1	28	81	6	113	31	28	13	26	1.94
14260909--14260946	17	2.2	17	86	9	51	73	7	18	0	1.06
14267276--14267492	24	9.0	24	92	1	328	26	20	23	29	1.99
14267541--14267607	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
14267644--14267691	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
14285502--14285536	17	2.0	18	88	5	54	48	5	2	42	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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