genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72042301--72042514	27	8.1	27	80	9	246	27	13	18	40	1.88
72044747--72044869	27	4.6	27	82	3	142	30	20	23	25	1.98
72044831--72044910	41	2.0	41	87	0	115	33	23	18	23	1.97
72045139--72045189	26	2.0	26	84	0	66	15	17	21	45	1.86
72048992--72049143	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
72048992--72049143	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
72053022--72053195	46	3.8	45	80	10	208	21	21	28	28	1.98
72053018--72053189	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
72055950--72056018	15	4.6	15	85	0	84	13	15	13	57	1.64
72055941--72056020	30	2.7	30	80	7	99	12	16	15	56	1.68
72060270--72060329	26	2.3	27	91	2	95	33	21	21	23	1.97
72061472--72061682	46	4.5	44	76	10	181	32	18	25	24	1.97
72064746--72064856	55	2.0	55	96	0	204	28	13	21	36	1.92
72069364--72069471	28	3.8	29	82	4	114	29	25	14	29	1.95
72072921--72073145	40	5.7	40	80	6	215	25	26	20	26	1.99
72092129--72092390	39	6.7	40	86	6	317	25	22	27	24	2.00
72092175--72092423	78	3.2	78	85	7	283	27	20	26	24	1.99
72093809--72094310	27	18.7	27	83	4	543	27	17	18	36	1.94
72093822--72094381	108	5.2	106	78	9	444	26	17	18	36	1.93
72094382--72094489	27	3.9	27	78	13	94	31	7	18	42	1.78
72094431--72094595	27	6.1	27	83	6	167	30	6	21	42	1.77
72094465--72094628	54	3.0	54	83	4	188	31	9	20	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72094470--72094628	81	2.0	81	83	7	207	30	8	20	40	1.83
72094466--72094635	27	6.3	27	76	10	134	30	9	21	38	1.85
72094627--72094799	81	2.1	81	87	2	249	39	5	23	31	1.78
72094627--72094799	27	6.4	27	85	2	213	39	5	23	31	1.78
72094670--72094837	54	3.1	54	83	1	149	35	6	22	35	1.80
72094627--72094824	81	2.4	81	84	1	236	37	6	23	32	1.79
72100335--72100507	93	1.9	93	90	2	276	29	30	19	20	1.97
72100328--72100497	46	3.7	45	76	10	164	31	30	18	20	1.96
72100379--72100509	47	2.8	45	73	15	124	29	29	19	21	1.98
72102842--72102938	30	3.2	30	80	10	99	56	15	16	11	1.67
72102859--72102929	15	4.7	15	81	6	90	57	12	16	12	1.65
72102861--72102938	15	5.2	15	78	9	79	56	15	15	12	1.68
72103063--72103212	74	2.0	74	100	0	300	44	17	10	27	1.81
72105929--72106094	46	3.6	46	76	16	171	31	30	17	21	1.96
72105936--72106108	93	1.9	93	88	0	265	29	28	19	22	1.98
72112816--72112957	40	3.5	40	86	1	196	24	27	24	23	2.00
72114727--72114758	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
72116465--72116518	21	2.6	21	75	0	63	27	33	20	18	1.96
72121780--72121874	34	2.8	34	90	0	145	23	25	23	28	1.99
72122270--72122391	27	4.5	27	89	2	183	18	18	20	42	1.89
72128148--72128258	47	2.3	46	82	11	127	36	22	15	25	1.93
72129910--72129949	20	2.0	20	85	0	53	15	12	15	57	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72135633--72135662	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
72137254--72137285	16	1.9	17	93	6	57	0	18	0	81	0.70
72138265--72138304	6	6.7	6	88	0	62	80	5	0	15	0.88
72140098--72140255	43	3.7	42	81	7	194	27	29	17	25	1.98
72140093--72140255	84	1.9	84	87	4	240	28	28	17	25	1.97
72143143--72143216	17	4.4	17	73	23	57	66	4	5	24	1.30
72143167--72143221	18	2.9	19	84	13	69	69	3	3	23	1.21
72149290--72149342	27	2.0	27	92	0	88	28	16	20	33	1.95
72151211--72151286	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
72151408--72151630	47	4.7	47	90	1	322	27	30	8	32	1.88
72155316--72155667	40	8.8	40	93	0	578	25	28	21	24	1.99
72155547--72155613	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
72156884--72156962	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
72157081--72157350	47	5.7	47	91	0	407	28	30	8	32	1.87
72166066--72166117	23	2.3	23	96	0	95	15	28	32	23	1.95
72169933--72169981	23	2.0	24	88	7	73	14	12	16	57	1.66
72171820--72171972	48	3.2	48	83	1	200	30	22	20	26	1.98
72173771--72173881	40	2.8	40	79	6	134	25	12	25	36	1.91
72193702--72193806	29	3.7	29	91	3	151	31	33	13	21	1.92
72193812--72194007	40	4.9	40	93	1	315	27	28	21	21	1.99
72195496--72195570	25	3.1	25	65	18	59	32	28	5	34	1.80
72197926--72198148	39	5.7	40	84	8	257	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72197926--72198148	79	2.8	81	83	9	273	25	21	27	25	2.00
72197926--72198181	79	3.3	79	81	10	208	26	21	27	24	1.99
72224516--72224546	6	5.2	6	100	0	62	0	32	0	67	0.91
72232526--72232770	122	2.0	122	97	0	463	20	24	16	39	1.92
72233395--72233452	29	2.1	27	83	6	71	25	13	31	29	1.94
72241833--72241864	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
72243099--72243160	8	7.8	8	85	0	52	51	19	19	9	1.74
72243393--72243484	28	3.2	28	77	7	96	30	14	28	27	1.95
72249090--72249263	46	3.7	46	82	6	217	26	20	29	23	1.98
72252750--72252921	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
72254739--72254778	9	4.3	9	84	6	53	30	20	35	15	1.93
72254743--72254779	19	2.0	18	89	5	56	32	16	32	18	1.93
72254860--72254937	29	2.8	28	79	13	88	24	15	33	26	1.95
72259080--72259154	8	9.6	8	71	9	57	50	18	21	9	1.74
72259079--72259154	23	3.3	23	77	3	89	50	19	21	9	1.75
72259358--72259432	29	2.6	29	80	4	80	32	20	28	20	1.97
72266113--72266137	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
72272013--72272059	23	2.1	21	81	14	51	53	14	2	29	1.53
72272382--72272586	48	4.4	47	75	8	177	26	22	21	29	1.99
72285157--72285225	30	2.3	30	90	5	104	21	24	33	20	1.97
72287458--72287543	8	11.6	8	82	11	69	46	34	0	18	1.50
72287458--72287543	7	11.7	7	82	7	82	46	34	0	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72287458--72287531	22	3.4	22	83	7	80	48	32	0	18	1.49
72291492--72291888	40	9.9	40	92	0	641	25	25	22	26	2.00
72291946--72292020	38	2.0	38	84	5	98	24	26	17	32	1.97
72294479--72294600	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
72294472--72294796	47	6.9	47	92	2	483	27	31	10	31	1.89
72295610--72295699	45	2.0	45	100	0	180	31	17	6	44	1.75
72298279--72298342	32	2.0	32	96	0	119	23	21	17	37	1.94
72301266--72301363	44	2.3	41	84	11	126	25	16	24	33	1.96
72304111--72304281	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
72304106--72304278	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
72307480--72307729	125	2.0	125	96	0	455	23	31	21	24	1.98
72313495--72313567	26	2.8	26	91	2	110	27	38	16	17	1.91
72314256--72314317	20	3.0	20	83	9	72	53	4	1	40	1.32
72328658--72328690	16	2.1	16	94	0	57	45	33	6	15	1.70
72331995--72332054	31	2.0	31	86	3	86	41	5	16	36	1.70
72336389--72336451	33	1.9	33	86	0	90	31	15	19	33	1.93
72354625--72354688	33	2.0	32	84	3	83	39	20	20	20	1.93
72355409--72355462	27	2.0	27	88	0	81	25	20	14	38	1.91
72355446--72355544	27	3.7	27	73	8	76	30	9	23	37	1.86
72355501--72355603	27	3.8	27	79	2	100	27	9	24	38	1.86
72361745--72361855	40	2.8	40	94	2	190	27	29	20	21	1.98
72361787--72361885	31	2.9	32	84	15	112	28	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72364925--72365078	67	2.3	67	93	2	256	28	20	29	20	1.98
72365078--72365187	55	2.0	55	98	0	211	38	28	9	24	1.86
72365369--72365416	8	6.0	8	85	0	60	12	37	25	25	1.91
72365369--72365416	16	3.0	16	87	0	69	12	37	25	25	1.91
72365834--72365991	27	5.9	27	76	4	104	31	10	20	37	1.86
72367947--72368123	40	4.4	40	89	2	268	29	26	20	23	1.99
72369475--72369652	40	4.5	40	95	2	297	24	28	23	23	1.99
72380009--72380044	18	2.0	18	88	0	54	25	13	41	19	1.88
72380113--72380230	29	4.1	29	82	2	123	30	13	26	29	1.94
72380113--72380231	58	2.1	58	84	3	152	30	13	26	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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