genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25759273--25759771	48	10.6	46	81	7	472	26	18	28	26	1.98
25759273--25759771	94	5.3	92	81	8	467	26	18	28	26	1.98
25761697--25762398	233	3.0	233	96	0	1271	38	19	13	28	1.89
25762296--25762708	207	2.0	207	100	0	826	38	15	15	30	1.88
25764360--25764395	18	2.0	18	88	0	54	30	8	22	38	1.83
25764371--25764404	14	2.4	14	90	0	50	32	11	23	32	1.91
25764722--25764776	21	2.6	21	77	11	58	27	29	32	10	1.91
25765360--25765424	6	10.5	6	86	6	94	78	0	1	20	0.83
25765361--25765432	16	4.7	16	73	24	66	76	1	1	20	0.94
25772475--25772532	29	2.0	29	86	0	80	29	25	13	31	1.94
25775336--25775378	20	2.2	20	91	0	68	34	20	32	11	1.89
25777309--25777478	93	1.8	93	87	0	250	28	28	20	22	1.99
25777302--25777477	46	3.8	46	77	10	160	29	28	20	21	1.98
25783483--25783524	18	2.3	18	91	4	66	40	14	11	33	1.82
25790055--25790210	42	3.7	42	78	0	141	30	17	25	27	1.97
25790055--25790210	84	1.9	84	83	0	204	30	17	25	27	1.97
25796335--25796452	42	2.8	40	78	10	121	29	16	22	31	1.96
25805053--25805216	35	4.7	35	78	3	177	42	18	8	31	1.80
25805400--25805472	37	1.9	38	83	8	96	38	35	6	19	1.78
25809556--25809585	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
25817591--25818369	205	3.8	205	90	1	1161	31	18	20	29	1.97
25819084--25819109	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25820287--25820381	42	2.3	41	82	8	111	33	5	7	53	1.51
25823929--25823983	28	2.0	28	85	7	76	40	23	5	30	1.77
25824094--25824183	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
25824094--25824183	27	3.2	28	79	7	103	20	24	23	32	1.98
25824140--25824194	29	1.9	28	81	3	65	25	23	18	32	1.97
25825270--25825303	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
25836325--25836402	40	2.0	40	86	0	111	34	33	14	17	1.90
25838611--25838718	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
25840200--25840252	26	2.0	26	82	7	63	39	20	15	24	1.91
25843199--25843394	39	5.0	39	86	3	225	18	19	28	33	1.96
25850438--25850515	40	2.0	40	84	0	102	39	30	10	19	1.85
25859692--25859731	19	2.2	19	86	8	57	35	2	2	60	1.24
25860549--25860581	16	2.1	16	88	11	50	63	0	15	21	1.30
25863314--25863354	21	1.9	22	90	5	66	51	4	21	21	1.67
25867941--25868009	31	2.2	32	80	12	81	65	2	1	30	1.16
25869716--25869849	50	2.7	50	90	0	214	26	17	28	28	1.97
25874854--25875265	47	8.4	47	86	8	445	32	9	30	26	1.89
25874894--25874989	49	2.2	41	82	16	104	34	10	29	26	1.89
25879341--25879488	50	2.9	51	78	2	172	25	20	26	27	1.99
25883146--25883197	27	1.9	27	84	0	68	25	30	13	30	1.94
25883126--25883203	27	2.9	27	76	0	66	23	28	15	33	1.95
25883940--25884020	19	4.2	19	95	3	135	38	9	16	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25891606--25891924	44	7.2	44	72	7	234	30	17	24	27	1.97
25891606--25891909	132	2.3	132	93	0	509	31	17	24	26	1.97
25892866--25893103	49	4.8	49	87	2	314	28	27	18	25	1.98
25892866--25893111	101	2.5	99	86	2	341	28	28	18	25	1.98
25895230--25895719	27	18.2	27	81	7	557	27	21	9	41	1.84
25895724--25895919	27	7.3	27	85	0	248	35	17	19	27	1.94
25896119--25896200	27	3.1	26	87	5	110	19	21	20	37	1.94
25896511--25896579	27	2.5	28	83	4	79	21	26	18	33	1.97
25896731--25896888	6	26.2	6	78	15	166	19	17	14	48	1.81
25896709--25896888	30	6.1	30	84	9	228	19	17	14	48	1.80
25896709--25896888	85	2.1	85	96	0	333	19	17	14	48	1.80
25896709--25896909	30	6.8	30	82	11	211	19	17	14	48	1.81
25898457--25898516	15	4.0	15	76	8	59	58	16	15	10	1.63
25898457--25898516	30	2.0	30	83	6	77	58	16	15	10	1.63
25901504--25901727	49	4.5	49	85	3	279	30	28	16	25	1.97
25903250--25904042	206	3.9	206	90	0	1210	31	17	21	29	1.96
25903250--25904034	411	1.9	412	90	0	1266	31	17	21	29	1.96
25904425--25904503	19	4.2	19	90	9	126	37	10	15	36	1.81
25904415--25904502	36	2.4	36	82	17	128	38	10	14	36	1.80
25907550--25907589	20	2.0	21	85	5	55	25	5	20	50	1.68
25910470--25910515	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
25912088--25912398	115	2.6	116	89	4	444	27	21	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25912211--25912592	202	1.9	198	85	2	530	29	20	18	32	1.96
25912405--25912760	119	3.0	118	92	1	568	31	17	16	34	1.92
25923513--25923553	19	2.2	19	86	8	57	68	4	2	24	1.22
25926693--25926750	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
25926842--25926956	44	2.6	42	79	12	126	29	13	25	31	1.94
25929020--25929198	91	2.0	91	81	4	209	25	17	30	26	1.98
25929018--25929323	48	6.7	46	68	16	165	25	18	28	27	1.98
25932346--25932409	7	9.1	7	75	13	51	37	0	0	62	0.95
25932348--25932405	15	3.6	16	79	11	57	37	0	0	62	0.96
25932287--25932412	18	7.2	18	69	16	61	31	1	1	65	1.12
25932339--25932429	26	3.4	26	77	10	87	35	2	0	62	1.07
25932587--25932646	31	2.0	29	83	6	75	25	3	1	70	1.12
25932764--25932797	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
25936325--25936382	29	1.9	31	83	13	77	46	1	18	32	1.60
25941280--25941406	45	2.9	45	81	10	131	25	29	20	25	1.99
25941738--25941932	43	4.5	43	96	0	354	28	33	27	10	1.89
25941934--25942035	38	2.7	38	90	0	150	27	23	24	24	2.00
25945468--25945538	18	3.9	18	75	0	70	43	18	4	33	1.69
25945465--25945547	36	2.3	36	80	0	94	44	18	4	32	1.70
25946045--25946088	22	2.0	22	100	0	88	13	22	13	50	1.77
25950177--25950233	28	2.0	28	100	0	114	14	7	14	64	1.47
25961950--25962002	26	2.0	26	96	0	97	60	1	0	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25962740--25962786	20	2.2	21	85	7	60	38	2	0	59	1.09
25963745--25963868	49	2.5	50	90	2	205	20	1	14	62	1.39
25965388--25965415	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
25966580--25966656	36	2.1	36	92	0	127	50	11	10	27	1.71
25970505--25970562	26	2.2	26	87	0	80	17	24	22	36	1.95
25972409--25972579	47	3.7	45	82	9	202	22	31	21	25	1.98
25973661--25973765	50	2.1	50	96	1	194	40	20	7	31	1.81
25974634--25974868	114	2.1	114	99	0	461	28	22	8	40	1.84
25975671--25975707	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
25976252--25976575	164	2.0	164	96	0	603	40	18	12	29	1.87
25978827--25978862	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
25979141--25979179	12	3.6	11	83	16	55	10	15	0	74	1.07
25984462--25984572	56	2.0	56	98	0	213	36	16	26	21	1.94
25985647--25985681	19	1.9	19	88	11	56	37	0	0	62	0.95
25992973--25994336	680	2.0	680	99	0	2692	32	18	14	34	1.91
25996559--25996588	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
25997063--25997214	28	5.5	28	96	0	261	26	11	28	33	1.92
26004943--26004968	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
26005443--26005596	28	5.5	28	93	3	258	25	12	28	33	1.92
26008764--26008806	17	2.5	17	84	3	50	2	34	0	62	1.08
26010483--26010546	29	2.3	28	79	12	69	37	1	1	59	1.16
26010490--26010537	21	2.2	23	85	7	64	37	2	2	58	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26020475--26020553	26	3.0	26	92	0	140	31	6	25	36	1.81
26022170--26022301	27	4.9	26	79	13	126	22	24	20	32	1.98
26022170--26022283	27	4.2	27	79	13	128	21	23	21	32	1.98
26022168--26022273	53	2.0	55	90	5	173	22	25	19	32	1.98
26023734--26023792	29	2.0	29	96	0	109	33	27	13	25	1.93
26027276--26027312	16	2.2	18	85	9	51	54	0	2	43	1.14
26031579--26031665	26	3.2	26	74	7	84	51	2	0	45	1.13
26031665--26031741	34	2.3	34	93	0	127	41	0	1	57	1.07
26033776--26033809	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
26039783--26039839	22	2.7	21	81	5	60	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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