genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58130960--58131076	27	4.3	27	78	6	112	21	18	19	40	1.92
58131030--58131115	27	3.2	27	81	3	75	25	12	22	39	1.89
58134240--58134278	20	1.9	21	89	5	62	33	17	28	20	1.96
58135791--58135975	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
58135791--58135973	79	2.3	81	83	7	223	25	27	21	24	1.99
58139400--58139480	18	4.4	18	71	15	58	7	20	4	66	1.36
58139695--58139912	41	5.3	41	87	5	291	37	20	22	20	1.94
58139726--58139915	41	4.7	41	90	3	294	37	20	22	20	1.95
58139847--58139982	67	2.0	67	94	0	236	39	19	20	19	1.92
58139806--58140012	108	1.9	108	90	3	328	37	20	22	20	1.95
58139914--58140012	41	2.4	41	93	3	164	35	21	23	20	1.96
58140086--58140129	21	2.0	22	91	4	72	18	0	38	43	1.50
58140366--58140409	21	2.1	21	91	0	70	29	2	34	34	1.70
58140721--58140768	11	4.0	11	75	19	51	22	45	0	31	1.53
58140724--58140784	26	2.3	26	94	0	113	21	49	0	29	1.50
58140735--58140783	15	3.5	15	68	21	52	18	51	0	30	1.47
58144095--58144242	40	3.7	40	89	0	224	32	20	25	21	1.97
58148377--58148408	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
58148610--58149000	146	2.6	149	84	2	509	29	25	17	27	1.98
58148618--58149000	50	7.7	50	74	7	305	29	25	17	27	1.97
58149398--58149444	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
58154800--58154858	25	2.4	25	85	0	82	23	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58158774--58158872	29	3.4	29	87	6	139	27	29	17	26	1.97
58159098--58159145	16	3.1	16	82	8	55	12	22	20	43	1.86
58166848--58166899	16	3.3	16	83	2	61	9	21	21	48	1.78
58173642--58173945	40	7.7	40	86	4	393	25	27	21	25	1.99
58173642--58173945	79	3.8	78	90	5	423	25	27	21	25	1.99
58173642--58173945	119	2.6	119	86	4	409	25	27	21	25	1.99
58181489--58181825	79	4.3	79	87	4	416	25	26	21	25	2.00
58181522--58181825	119	2.6	119	85	4	391	25	26	22	25	2.00
58181503--58181825	40	8.1	40	81	7	374	25	26	21	25	2.00
58187658--58187816	39	4.1	39	92	0	237	27	20	22	29	1.98
58190468--58190571	48	2.2	47	81	10	113	17	28	22	31	1.96
58192104--58192215	43	2.6	43	95	0	197	31	33	24	10	1.89
58192208--58192331	38	3.2	38	86	4	142	28	26	22	22	1.99
58195709--58195894	50	3.7	51	82	4	191	28	27	18	25	1.98
58195709--58195894	101	1.9	99	85	2	255	28	27	18	25	1.98
58197078--58197147	34	2.1	34	97	0	131	41	10	17	31	1.82
58212249--58212284	16	2.2	16	100	0	72	33	0	16	50	1.46
58215554--58216060	47	10.7	47	93	2	813	32	8	29	29	1.87
58215601--58215679	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
58215554--58216060	192	2.7	186	91	3	809	32	8	29	29	1.87
58216179--58216257	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
58217101--58217311	40	5.3	39	76	5	165	22	26	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58217101--58217311	80	2.7	78	81	2	199	22	26	16	34	1.95
58222826--58222885	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58223569--58223622	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
58223625--58223795	27	6.3	27	85	2	209	26	19	17	36	1.94
58228137--58228180	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98
58228484--58228546	26	2.4	26	81	7	74	26	11	26	34	1.90
58228798--58228836	8	4.9	8	96	0	69	7	25	25	41	1.82
58232441--58233035	47	12.6	47	93	1	1001	32	8	29	28	1.87
58232441--58233035	190	3.1	190	95	0	1041	32	8	29	28	1.87
58234449--58234680	40	5.8	40	90	2	331	23	21	28	26	1.99
58238706--58239253	47	11.6	47	93	1	898	32	8	30	29	1.86
58238706--58239253	190	2.9	190	94	0	929	32	8	30	29	1.86
58248414--58248623	46	4.7	44	73	10	151	23	26	20	29	1.99
58248473--58248631	86	1.8	86	89	0	246	23	26	20	28	1.99
58249793--58249825	13	2.5	13	100	0	66	33	39	21	6	1.78
58251836--58251883	17	2.6	17	80	9	51	37	18	0	43	1.51
58252594--58252660	24	2.9	23	80	4	64	11	19	25	43	1.85
58252764--58252863	50	2.0	50	96	0	182	32	8	21	39	1.82
58258756--58259102	27	12.9	27	80	4	297	38	20	8	31	1.83
58258756--58259102	54	6.4	53	80	8	333	38	20	8	31	1.83
58258749--58259064	81	3.9	81	85	2	386	38	20	9	31	1.85
58274068--58274157	29	3.1	29	80	1	101	31	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58274370--58274412	16	2.7	16	81	0	50	13	18	13	53	1.73
58278141--58278312	40	4.3	40	85	2	204	26	27	20	25	1.99
58278141--58278365	80	2.8	79	80	7	231	26	27	20	25	1.99
58278297--58278374	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
58285720--58285857	27	5.1	27	83	0	177	42	16	13	28	1.85
58290320--58290499	27	6.6	27	80	7	159	27	30	15	26	1.96
58290321--58290498	54	3.3	53	82	7	189	28	29	15	26	1.96
58298063--58298242	27	6.6	27	80	7	159	27	30	15	26	1.96
58298064--58298241	54	3.3	53	82	7	189	28	29	15	26	1.96
58302032--58302186	43	3.6	43	91	3	249	30	32	25	11	1.91
58302023--58302186	86	1.9	86	93	2	285	29	32	25	12	1.92
58302184--58302285	38	2.7	38	86	3	134	30	24	20	24	1.99
58307315--58307485	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
58307307--58307482	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
58312517--58312577	15	4.1	15	75	8	61	55	16	13	14	1.69
58313101--58313150	17	2.8	17	80	20	57	80	14	0	6	0.90
58313115--58313150	17	2.1	18	90	10	58	83	8	0	8	0.82
58322722--58322772	27	1.9	27	88	4	77	56	1	33	7	1.39
58324386--58324475	27	3.2	27	82	7	110	32	22	24	21	1.98
58329224--58329409	40	4.7	40	81	9	211	25	26	23	24	2.00
58329226--58329409	79	2.3	81	84	8	234	25	26	23	24	2.00
58330536--58330654	55	2.1	56	98	1	231	22	23	9	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58333083--58333262	28	6.6	27	94	2	288	31	28	13	26	1.94
58333083--58333262	55	3.3	55	94	1	299	31	28	13	26	1.94
58333083--58333262	83	2.2	82	93	1	306	31	28	13	26	1.94
58352045--58352189	40	3.6	40	87	5	213	23	27	22	26	1.99
58352008--58352189	80	2.3	80	84	6	228	23	27	22	26	1.99
58356494--58356575	27	3.0	27	82	7	103	31	23	25	19	1.98
58356461--58356575	55	2.1	56	80	8	128	34	21	24	19	1.96
58356684--58356744	27	2.2	28	91	2	97	29	8	27	34	1.86
58359893--58359948	28	2.0	28	92	0	94	30	14	26	28	1.95
58359929--58360041	43	2.6	42	81	4	120	27	17	25	29	1.98
58361817--58361906	22	3.8	23	80	7	92	26	24	21	27	1.99
58361817--58361884	22	3.0	22	91	2	100	25	23	20	30	1.98
58362075--58362138	20	3.1	21	77	11	69	29	9	18	42	1.82
58362101--58362145	20	2.2	20	88	0	63	35	6	20	37	1.79
58364034--58364090	29	2.0	29	82	6	71	61	14	12	12	1.57
58367637--58367769	46	2.9	47	84	3	171	31	24	21	21	1.98
58370392--58370449	23	2.4	25	85	8	75	32	20	17	29	1.95
58370627--58370681	20	2.7	20	77	11	58	30	10	16	41	1.83
58370599--58370704	40	2.7	38	74	10	95	35	9	16	37	1.82
58370646--58370707	20	3.1	21	79	9	67	37	9	16	37	1.81
58374287--58374406	56	2.1	56	100	0	240	45	9	22	22	1.80
58375574--58375718	40	3.7	40	85	3	186	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58375537--58375718	40	4.6	39	81	6	172	25	20	28	25	1.99
58375587--58375751	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
58376580--58376616	18	2.1	18	100	0	74	37	5	21	35	1.77
58379324--58379469	37	3.9	37	94	0	238	25	32	19	22	1.97
58379632--58379911	47	6.0	47	90	0	434	26	29	11	31	1.92
58379624--58379912	141	2.0	140	95	1	515	27	29	11	31	1.91
58385704--58385761	30	1.9	30	85	0	80	27	27	3	41	1.72
58387330--58387472	71	2.0	71	98	0	277	23	6	31	38	1.80
58388221--58388351	27	4.8	26	79	10	129	38	23	9	28	1.85
58388192--58388392	27	7.5	27	77	6	95	39	23	7	29	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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