genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75885989--75886064	36	2.0	39	85	7	104	30	5	23	40	1.77
75886622--75886683	24	2.7	23	77	10	72	54	0	4	40	1.22
75888844--75888890	23	2.0	23	95	0	85	21	19	10	48	1.78
75897452--75897492	21	2.0	21	95	0	73	26	17	53	2	1.56
75897795--75898151	85	4.2	86	84	3	452	23	19	24	31	1.98
75897795--75898151	43	8.3	43	87	1	468	23	19	24	31	1.98
75899578--75899709	55	2.4	55	91	1	203	21	23	28	26	1.99
75910210--75910385	46	3.8	46	78	10	187	21	20	28	29	1.98
75910207--75910378	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
75913311--75913360	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
75915751--75915926	46	3.8	46	78	10	196	20	21	29	28	1.98
75915748--75915919	93	1.8	93	92	0	290	20	22	29	27	1.98
75923023--75923069	23	2.0	23	83	4	58	48	4	4	42	1.42
75924815--75924860	23	2.0	23	100	0	92	30	26	8	34	1.86
75925460--75925494	11	3.2	11	95	0	61	65	11	0	22	1.24
75925624--75925671	23	2.1	23	84	0	60	47	0	2	50	1.12
75925766--75925841	34	2.2	36	79	13	88	56	1	2	39	1.21
75933632--75933915	142	2.0	142	97	0	532	24	14	20	41	1.89
75936427--75936459	12	2.8	12	90	4	50	24	3	6	66	1.28
75940405--75940558	51	3.0	51	97	1	283	44	18	8	28	1.78
75940504--75940614	33	3.4	34	81	10	106	42	17	9	31	1.80
75943634--75944379	120	6.2	120	97	1	1325	43	3	5	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75943634--75944379	363	2.1	360	95	1	1343	43	3	5	47	1.43
75944328--75944362	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75944527--75944617	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
75944598--75944666	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
75944598--75944666	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
75952254--75952338	41	2.1	41	91	4	136	36	8	11	43	1.71
75952755--75952832	40	1.9	41	82	7	97	38	10	11	39	1.76
75952130--75953892	498	3.6	494	84	5	2132	38	12	11	37	1.80
75955710--75955781	28	2.7	26	82	6	74	29	16	22	31	1.96
75955727--75955781	26	2.1	27	83	10	69	32	18	20	29	1.96
75955766--75955825	23	2.6	24	84	7	72	31	15	16	36	1.90
75955862--75955908	22	2.1	22	84	0	58	21	23	25	29	1.99
75956173--75956223	18	2.9	17	75	18	59	31	17	17	33	1.94
75956175--75956323	36	4.1	36	77	8	122	27	17	21	33	1.96
75956216--75956361	74	2.0	74	84	2	195	27	15	23	34	1.94
75957037--75957117	30	2.7	30	76	16	87	38	17	12	32	1.87
75958674--75958736	32	1.9	33	87	3	92	39	7	3	49	1.48
75959378--75959419	9	4.6	9	80	14	50	59	0	2	38	1.10
75973251--75973297	24	2.0	24	87	8	69	40	0	2	57	1.11
75973509--75973559	25	2.0	25	81	7	59	64	1	13	19	1.37
75977731--75977761	15	2.1	15	100	0	62	38	6	22	32	1.80
75983725--75983997	18	15.1	18	73	5	192	36	16	12	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75983738--75983876	75	1.9	75	83	6	183	37	15	12	34	1.85
75984114--75984230	47	2.5	47	91	2	182	40	22	21	16	1.91
75984866--75984903	20	2.0	18	90	10	58	0	31	0	68	0.90
75989644--75989828	18	10.2	18	72	8	133	36	16	12	34	1.86
75989657--75989795	75	1.9	75	83	6	183	37	15	12	34	1.85
75989658--75989812	54	2.8	54	78	7	152	36	16	12	34	1.87
75991732--75991903	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75991725--75991900	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75993236--75993266	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
75995452--75995541	18	5.0	18	80	2	101	36	13	12	37	1.82
75995658--75995774	47	2.5	47	90	2	173	41	22	20	16	1.90
75995955--75995987	16	2.1	17	88	11	52	36	6	0	57	1.23
75996402--75996439	20	2.0	18	90	10	58	0	31	0	68	0.90
76001955--76002078	34	3.6	34	88	0	185	36	5	13	44	1.68
76002294--76002330	5	7.2	5	87	6	56	2	0	16	81	0.81
76008233--76008273	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
76012280--76012312	16	2.1	16	88	5	50	24	0	9	66	1.20
76014008--76014451	44	9.9	43	74	12	356	31	18	20	28	1.97
76014003--76014444	181	2.4	181	92	1	717	32	18	20	28	1.96
76014618--76014650	16	1.9	18	88	11	52	45	18	33	3	1.65
76016990--76017044	3	18.0	3	77	3	56	27	1	7	63	1.31
76016990--76017068	12	6.5	12	75	2	59	25	6	6	62	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76018147--76018171	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
76018915--76018991	36	2.1	37	97	2	147	32	19	19	28	1.96
76024889--76024925	15	2.5	15	95	0	65	37	24	13	24	1.91
76027326--76027632	45	6.8	45	79	6	151	20	19	17	42	1.90
76027372--76027629	90	2.9	88	79	7	252	21	18	18	41	1.90
76027650--76027683	15	2.3	15	90	10	52	55	8	0	35	1.31
76032322--76032381	30	2.0	30	86	0	84	36	15	21	26	1.93
76032698--76032987	48	6.0	48	79	2	321	28	17	27	25	1.98
76032698--76032987	96	3.0	96	87	2	384	28	17	27	25	1.98
76041945--76041972	14	2.0	14	100	0	56	57	7	14	21	1.61
76043592--76043647	20	2.7	21	80	8	60	25	28	21	25	1.99
76044622--76044668	18	2.6	17	78	15	51	27	12	21	38	1.90
76046001--76046034	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
76053044--76053255	79	2.7	80	80	11	229	25	25	21	27	1.99
76053044--76053268	40	5.7	39	82	8	226	25	26	21	26	2.00
76063555--76063592	18	2.1	18	100	0	76	50	10	18	21	1.76
76066086--76066136	18	2.8	18	84	0	75	43	13	19	23	1.87
76079406--76079453	24	2.0	24	100	0	96	41	4	29	25	1.74
76082068--76082107	21	1.9	21	100	0	80	25	10	25	40	1.86
76085156--76085199	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
76085294--76085322	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
76089312--76089341	10	3.0	10	95	0	51	36	0	43	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76093995--76094178	67	2.8	64	76	11	187	28	16	30	23	1.96
76100632--76100664	17	1.9	17	93	0	57	15	15	15	54	1.71
76105174--76105203	14	2.1	14	93	0	51	33	33	23	10	1.88
76116568--76116600	16	2.1	16	100	0	66	51	0	6	42	1.26
76119125--76119356	48	4.8	48	86	0	302	25	15	30	28	1.96
76119125--76119398	96	2.9	96	82	4	268	27	16	28	27	1.97
76119695--76119722	6	4.7	6	100	0	56	17	0	14	67	1.22
76126498--76126554	27	2.1	27	90	3	89	50	3	3	42	1.36
76129336--76129461	62	2.0	62	100	0	252	29	20	12	37	1.90
76132307--76132367	23	2.7	23	94	0	104	13	26	32	27	1.93
76145131--76145271	51	2.8	51	83	2	196	26	19	26	27	1.99
76147245--76147309	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
76149154--76149261	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
76151134--76151166	12	2.8	12	90	4	50	81	0	0	18	0.68
76151391--76151455	15	4.4	15	74	16	64	10	12	12	64	1.50
76153598--76153775	51	3.5	51	89	1	243	26	19	25	28	1.99
76164149--76164199	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
76172078--76172143	18	3.3	18	70	22	60	56	0	22	21	1.43
76172071--76172154	42	2.0	42	100	0	168	52	0	26	21	1.47
76177247--76177310	29	2.2	29	91	0	101	25	25	12	37	1.91
76186243--76186473	40	5.8	40	90	1	322	22	27	24	24	2.00
76194472--76194702	40	5.8	40	88	1	313	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76201703--76201922	40	5.4	40	85	3	271	24	22	25	27	2.00
76201709--76201922	83	2.7	80	86	4	270	24	22	26	26	2.00
76203696--76203868	43	4.0	43	77	8	163	21	17	28	32	1.96
76203707--76203828	42	2.9	41	80	11	129	21	18	28	31	1.97
76209144--76209317	88	2.0	88	86	4	244	26	14	25	33	1.94
76219905--76220292	40	9.7	40	92	0	632	21	27	20	30	1.98
76223290--76223471	94	1.9	94	98	0	355	40	20	5	34	1.76
76231594--76231629	17	2.1	18	89	5	56	16	41	27	13	1.87
76231593--76231633	18	2.3	19	83	12	59	14	43	29	12	1.82
76234943--76235109	39	4.3	39	87	0	235	22	25	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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