genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52153853--52153890	20	1.9	20	84	10	51	21	13	2	63	1.42
52153955--52154040	43	2.0	43	93	0	145	47	10	8	33	1.67
52156440--52156515	39	1.9	39	100	0	152	32	15	15	35	1.90
52164406--52164487	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
52166413--52166451	19	2.1	19	90	4	62	28	10	2	58	1.44
52166762--52166799	18	2.1	18	100	0	76	21	28	34	15	1.94
52168067--52168238	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	22	1.99
52168060--52168229	46	3.7	46	78	10	193	28	30	20	20	1.98
52172771--52172893	28	4.4	28	88	2	167	34	27	12	26	1.92
52174441--52174703	40	6.6	40	89	2	343	23	19	28	28	1.98
52187397--52187478	21	4.0	21	75	1	76	37	23	19	19	1.94
52187397--52187504	21	5.1	21	76	5	74	37	21	18	22	1.94
52187431--52187503	21	3.4	22	79	7	78	35	20	19	24	1.95
52189111--52189148	19	2.0	20	89	5	60	34	5	5	55	1.45
52197028--52197229	67	3.0	67	85	1	269	22	32	21	23	1.98
52208530--52208567	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
52209333--52209381	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
52214584--52215013	48	9.0	48	96	0	743	34	7	28	29	1.84
52215156--52215298	37	3.9	37	95	0	241	24	18	30	25	1.98
52231747--52232009	49	5.5	48	74	10	204	25	28	18	27	1.98
52231747--52231973	98	2.4	95	81	7	264	25	28	18	27	1.98
52231938--52232055	46	2.5	48	87	2	159	23	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52239562--52239647	42	2.0	42	88	0	127	52	1	23	23	1.54
52250589--52250638	19	2.8	19	76	8	52	38	22	8	32	1.83
52251591--52251630	9	4.2	9	87	6	53	25	0	2	72	0.97
52251593--52251629	18	2.0	20	89	10	60	27	0	2	70	1.01
52251754--52251814	32	1.9	32	83	12	81	52	3	0	44	1.17
52259094--52259135	19	2.2	19	86	0	57	61	4	0	33	1.17
52259057--52259144	44	2.0	45	86	6	126	62	3	2	31	1.24
52259348--52259387	20	2.0	20	90	4	64	42	2	0	55	1.13
52259353--52259403	20	2.5	19	81	12	57	41	5	1	50	1.37
52259762--52259840	39	2.1	40	83	9	103	35	5	0	59	1.19
52259756--52259846	37	2.5	34	78	15	94	38	4	0	57	1.19
52259819--52259869	26	2.0	26	85	11	70	39	1	3	54	1.30
52263867--52263904	19	2.0	20	84	5	51	36	21	5	36	1.76
52265331--52265497	39	4.3	39	87	4	203	26	28	20	24	1.99
52265482--52265559	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
52273190--52273359	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
52275097--52275130	16	2.1	16	88	0	50	23	14	14	47	1.82
52276582--52276609	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
52278005--52278040	17	2.1	17	100	0	72	30	27	0	41	1.56
52282468--52282507	15	2.6	16	84	11	57	57	15	7	20	1.61
52287447--52287538	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
52287428--52287591	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52301660--52301730	36	2.0	36	94	0	124	22	30	23	22	1.99
52314710--52314907	39	5.0	39	74	4	180	42	22	8	27	1.81
52314710--52314887	41	4.4	41	76	4	157	42	23	7	26	1.81
52314710--52314906	80	2.5	78	85	4	268	42	22	8	27	1.81
52316854--52316933	39	2.0	40	88	7	119	52	7	15	25	1.68
52319075--52319129	20	2.7	21	86	11	78	30	14	5	49	1.66
52320418--52320472	27	2.0	27	96	0	101	12	36	30	20	1.90
52320424--52320481	27	2.1	27	87	0	80	17	41	24	17	1.90
52325073--52325376	47	6.4	47	90	3	407	33	9	30	26	1.88
52325227--52325348	22	5.3	22	62	21	61	34	11	29	24	1.91
52327585--52327649	25	2.6	25	76	9	71	33	15	27	23	1.95
52329181--52329238	24	2.6	22	80	17	59	63	0	1	34	1.04
52329276--52329322	9	5.6	9	78	14	55	25	0	2	72	0.96
52329278--52329322	8	5.5	8	87	12	65	24	0	2	73	0.95
52329233--52329323	8	10.4	9	75	16	61	30	2	2	64	1.17
52331859--52331922	16	4.0	16	66	22	53	21	0	15	62	1.32
52333561--52333588	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
52338749--52338818	27	2.6	27	83	0	86	25	27	25	21	1.99
52340804--52340873	36	1.9	36	100	0	140	17	22	28	31	1.96
52342391--52342462	34	2.1	34	84	5	92	38	5	19	36	1.75
52342534--52342668	59	2.3	61	79	10	154	33	12	24	29	1.92
52349510--52349581	34	2.1	34	84	5	92	38	5	19	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52349651--52349788	59	2.3	61	76	8	149	32	13	26	28	1.93
52355451--52355502	27	1.9	28	84	7	72	67	5	17	9	1.38
52359234--52359299	20	3.2	20	80	2	69	37	27	22	12	1.90
52362781--52362839	20	2.8	22	82	10	77	38	28	25	6	1.81
52362906--52362974	21	3.3	21	78	15	79	21	21	28	27	1.99
52367384--52367420	19	1.9	19	89	10	58	27	0	27	45	1.54
52369229--52369302	36	2.1	36	86	0	103	48	1	37	12	1.49
52374173--52374197	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
52381819--52382135	46	6.7	49	70	10	162	22	29	20	28	1.98
52385252--52385478	45	5.1	45	85	3	282	26	28	21	23	1.99
52387171--52387214	23	1.9	23	86	9	63	43	0	13	43	1.44
52391915--52391972	29	2.0	29	86	0	80	37	17	1	43	1.59
52404172--52404223	11	4.9	11	83	9	63	84	0	15	0	0.62
52405780--52405811	16	2.0	16	100	0	64	25	12	25	37	1.91
52409280--52409345	33	2.0	33	93	0	114	36	21	13	28	1.91
52410103--52410492	48	8.0	48	75	5	345	26	18	28	26	1.98
52410112--52410490	98	3.9	98	78	5	313	27	18	28	25	1.98
52410116--52410489	146	2.6	145	89	2	554	27	18	28	26	1.98
52413187--52413585	27	14.6	27	78	8	295	29	27	14	27	1.95
52413235--52413584	83	4.2	82	82	5	350	29	27	15	28	1.96
52413186--52413610	138	3.1	136	81	9	470	29	28	14	27	1.96
52418768--52418926	42	3.8	42	75	5	142	28	14	26	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52422326--52422354	14	2.1	14	100	0	58	34	17	20	27	1.95
52436902--52436934	12	2.8	12	86	4	50	51	9	3	36	1.49
52436965--52437010	20	2.2	21	88	3	67	30	19	26	23	1.98
52437999--52438047	22	2.2	23	85	3	64	6	22	0	71	1.08
52441567--52441599	12	2.8	12	86	4	50	51	9	3	36	1.49
52444968--52445034	27	2.5	27	82	0	89	34	16	29	19	1.94
52452015--52452041	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
52455870--52455919	18	2.5	21	75	21	61	52	0	0	48	1.00
52458619--52458643	6	4.2	6	100	0	50	36	32	0	32	1.58
52460108--52460146	19	2.0	20	85	5	53	0	23	5	71	1.05
52461340--52461379	13	3.1	13	96	0	71	10	7	20	62	1.50
52462075--52462283	46	4.5	46	75	10	176	28	19	28	23	1.98
52468565--52468612	20	2.4	20	78	0	51	16	31	31	20	1.95
52468851--52468893	21	2.2	21	84	15	58	44	20	4	30	1.72
52469431--52469590	52	3.1	53	82	8	184	30	26	18	25	1.98
52472390--52472598	46	4.5	46	81	7	182	27	19	29	22	1.98
52473040--52473219	46	3.9	46	73	11	152	30	17	27	24	1.97
52473562--52473876	159	2.0	160	90	0	497	25	17	17	39	1.92
52477535--52477572	19	2.0	20	89	5	60	18	15	21	44	1.86
52480575--52480653	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
52480772--52481270	47	10.4	47	91	3	685	29	29	9	32	1.88
52484564--52484613	25	2.0	25	85	11	68	30	32	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52484776--52485007	39	6.0	39	80	8	181	25	29	22	22	1.99
52484776--52484962	38	4.9	38	78	11	177	25	29	21	22	1.99
52498285--52498446	85	1.9	85	82	5	202	32	16	16	34	1.91
52499495--52499662	63	2.6	65	76	8	157	25	18	29	26	1.98
52506684--52507076	40	9.8	40	93	2	592	23	21	29	24	1.99
52515459--52515852	40	9.8	40	91	3	576	23	22	29	24	1.99
52515459--52515852	82	4.9	80	91	3	585	23	22	29	24	1.99
52515459--52515852	122	3.3	122	92	1	632	23	22	29	24	1.99
52517361--52517405	19	2.3	19	80	3	54	33	28	0	37	1.58
52520282--52520336	22	2.6	22	77	13	62	56	0	3	40	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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