genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84263426--84263610	47	3.9	47	87	0	262	27	28	11	32	1.92
84271660--84272604	177	5.4	177	83	2	1068	29	17	24	28	1.98
84271652--84272609	355	2.7	354	83	3	1170	29	17	24	28	1.98
84290670--84290847	40	4.5	40	87	3	236	24	22	27	25	2.00
84298661--84298878	40	5.5	40	89	2	316	23	23	28	23	2.00
84302603--84302649	23	2.0	24	83	4	60	19	29	31	19	1.96
84306818--84306856	16	2.4	17	87	12	64	53	28	5	12	1.60
84306818--84306862	16	2.8	16	81	18	58	53	26	6	13	1.64
84308409--84308510	29	3.6	29	85	1	134	26	15	30	27	1.96
84308409--84308519	58	1.9	57	87	1	159	27	15	30	27	1.96
84311183--84311332	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
84311183--84311332	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
84311184--84311332	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
84318847--84318996	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
84318847--84318996	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
84318848--84318996	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
84320831--84320855	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
84320988--84321047	26	2.3	26	100	0	120	41	6	3	48	1.46
84325349--84325400	6	8.7	6	75	8	52	76	3	1	17	1.02
84339766--84339933	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
84339789--84339933	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
84342563--84342691	27	4.8	27	82	6	147	34	21	24	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84342553--84342691	54	2.6	54	90	2	210	35	23	23	18	1.96
84342575--84342693	54	2.2	54	95	0	211	35	22	24	17	1.95
84346735--84346767	17	1.9	17	88	11	50	27	18	12	42	1.85
84351206--84351291	23	3.7	22	79	13	91	30	20	23	25	1.99
84352575--84352694	43	2.8	42	75	6	116	30	25	14	30	1.94
84360455--84360487	17	1.9	17	93	0	57	27	27	24	21	1.99
84367087--84367288	40	5.1	40	85	8	252	24	23	27	24	2.00
84375225--84375427	40	5.1	40	85	7	263	23	23	28	24	2.00
84375221--84375427	80	2.6	79	88	5	294	24	23	27	24	2.00
84386103--84386329	46	4.8	48	72	13	159	30	17	28	23	1.97
84388929--84389170	50	4.8	50	80	4	256	29	26	18	25	1.98
84390487--84390588	37	2.8	37	77	3	116	20	9	28	41	1.84
84392969--84393028	30	2.0	30	96	0	111	36	18	16	28	1.93
84396740--84397090	46	7.4	46	74	11	198	28	18	28	24	1.98
84402597--84402644	21	2.3	21	100	0	96	16	43	25	14	1.86
84402597--84402650	21	2.6	21	93	0	81	16	40	27	14	1.88
84405333--84405457	46	2.7	49	80	12	154	28	28	20	23	1.98
84405333--84405472	46	3.0	46	70	18	119	30	27	19	22	1.98
84408079--84408122	21	2.1	21	100	0	88	31	18	9	40	1.81
84409395--84409516	62	2.0	62	95	0	217	40	22	4	32	1.75
84416481--84416530	26	1.9	26	91	0	82	30	14	10	46	1.77
84418713--84418815	37	2.8	37	93	0	170	23	31	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84418956--84419715	48	15.8	48	95	0	1367	31	27	5	35	1.81
84436155--84436405	39	6.5	39	86	5	287	29	28	17	24	1.97
84436155--84436405	78	3.2	77	87	5	319	29	28	17	24	1.97
84444062--84444324	40	6.7	40	87	4	320	28	28	19	22	1.98
84444064--84444324	78	3.3	77	88	4	328	28	28	19	22	1.98
84444064--84444285	118	1.9	119	86	4	324	28	28	19	22	1.98
84444067--84444324	118	2.2	119	83	6	319	28	29	19	22	1.98
84447312--84447342	15	2.1	15	100	0	62	48	19	25	6	1.72
84453986--84454050	30	2.4	25	71	22	67	38	1	20	40	1.62
84453993--84454053	30	2.0	30	100	0	122	40	3	19	36	1.68
84454223--84454283	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
84458320--84458504	44	4.2	45	81	4	207	35	11	14	38	1.82
84459749--84459980	40	5.8	40	89	0	356	25	26	22	26	2.00
84461195--84461273	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
84461392--84461665	47	5.7	47	92	2	415	29	30	8	32	1.87
84461392--84461665	96	2.9	94	90	4	415	29	30	8	32	1.87
84464940--84465171	40	5.8	40	89	0	356	25	26	22	26	2.00
84466386--84466464	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
84466583--84466856	47	5.7	47	92	2	415	29	30	8	32	1.87
84466583--84466856	96	2.9	94	90	4	415	29	30	8	32	1.87
84470627--84471005	47	8.1	47	90	0	553	34	10	28	26	1.90
84470700--84470774	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84470841--84470915	22	3.3	22	65	17	62	30	12	30	26	1.92
84470979--84471069	46	2.0	46	91	0	146	34	7	30	27	1.85
84479713--84479990	150	1.9	149	81	5	346	20	28	3	47	1.65
84484058--84484179	45	2.8	45	87	6	162	24	20	28	26	1.99
84484714--84484746	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
84486603--84486642	17	2.3	18	82	4	55	12	17	10	60	1.59
84488365--84488417	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
84493522--84493568	21	2.2	21	92	0	76	21	25	23	29	1.99
84493701--84493769	34	2.0	34	85	0	93	24	18	24	31	1.98
84507081--84507257	67	2.7	66	81	8	173	31	16	30	22	1.95
84507105--84507288	67	2.8	64	78	11	196	28	16	30	23	1.96
84510959--84511039	32	2.5	32	85	0	99	27	18	23	30	1.98
84515996--84516025	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
84516620--84516774	43	3.6	43	85	6	233	23	18	30	27	1.97
84529780--84529967	40	4.7	40	81	9	231	26	26	21	25	2.00
84529747--84529963	40	5.5	40	82	8	230	24	26	23	25	2.00
84529747--84529963	79	2.7	80	83	6	248	24	26	23	25	2.00
84543801--84543957	43	3.7	43	82	0	188	25	18	27	28	1.98
84552503--84552608	26	4.2	26	92	4	189	34	27	6	31	1.82
84552503--84552608	50	2.1	51	94	3	187	34	27	6	31	1.82
84555943--84555994	20	2.6	21	79	11	65	67	7	0	25	1.17
84555958--84556007	15	3.4	14	78	8	55	70	6	0	24	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84559953--84560011	27	2.2	27	78	6	66	22	20	25	32	1.98
84563910--84564049	27	5.1	27	76	7	113	39	24	7	28	1.83
84563910--84564049	54	2.6	53	80	5	147	39	24	7	28	1.83
84564572--84564673	32	3.2	30	75	8	78	29	21	18	30	1.97
84565501--84565533	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
84566060--84566092	9	3.8	9	84	8	50	21	0	21	57	1.41
84566475--84566621	43	3.4	42	80	2	150	29	12	25	31	1.93
84568159--84568282	50	2.5	50	86	0	167	24	18	33	23	1.97
84573422--84573463	15	2.9	15	85	3	59	21	4	0	73	1.01
84599949--84600207	120	2.2	120	81	7	287	26	21	26	25	1.99
84599949--84600174	40	5.7	40	89	4	289	25	21	26	25	2.00
84606297--84606383	31	2.8	31	94	0	147	26	25	12	35	1.92
84606591--84606650	26	2.4	25	83	10	77	28	23	18	30	1.98
84606604--84606675	26	2.8	26	87	2	92	27	23	22	26	1.99
84617966--84618026	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
84625239--84625330	46	2.0	46	100	0	184	34	19	15	30	1.93
84627826--84627870	21	2.1	21	100	0	90	46	0	20	33	1.51
84629317--84629729	47	8.7	47	92	1	657	29	29	8	32	1.87
84633770--84634161	40	9.8	40	88	0	541	26	26	20	26	1.99
84635536--84635948	47	8.7	47	93	1	666	28	29	8	32	1.87
84642856--84643255	81	5.0	81	86	4	495	28	22	9	40	1.84
84642879--84643255	27	14.0	27	84	4	431	27	22	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84643263--84643353	27	3.4	28	81	7	116	37	18	19	24	1.94
84643551--84643633	27	3.1	27	81	8	89	19	19	21	39	1.92
84643721--84643779	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
84643946--84644017	27	2.7	25	83	10	81	18	25	20	36	1.95
84644135--84644370	6	38.8	6	74	15	200	19	18	13	48	1.81
84644135--84644341	55	3.8	55	94	0	360	19	18	14	47	1.82
84649569--84649612	23	2.0	22	81	4	52	54	18	2	25	1.55
84652540--84652644	43	2.5	42	79	4	113	26	19	23	30	1.98
84654745--84654967	119	1.9	120	84	6	301	24	27	22	25	2.00
84654743--84654967	40	5.7	40	85	6	278	24	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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