genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54730003--54730126	39	3.2	39	89	4	171	26	30	22	20	1.98
54730751--54730778	12	2.3	12	100	0	56	39	10	0	50	1.37
54732298--54732335	16	2.4	16	95	0	67	47	18	26	7	1.76
54732461--54732495	17	2.0	18	88	5	54	22	22	34	20	1.97
54732561--54732640	28	2.8	28	79	7	90	23	15	32	28	1.95
54732563--54732640	29	2.8	28	78	7	86	24	15	32	28	1.95
54741675--54741859	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	25	1.99
54741728--54741882	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	25	1.99
54743621--54743654	17	2.0	17	94	0	59	35	14	8	41	1.77
54744759--54744819	30	2.0	30	100	0	122	54	9	6	29	1.59
54744828--54744852	10	2.5	10	100	0	50	60	0	0	40	0.97
54755342--54755397	24	2.4	23	88	5	78	26	23	14	35	1.93
54776613--54776868	39	6.6	39	92	2	428	29	29	21	19	1.98
54782637--54782863	46	4.8	50	78	12	178	25	18	30	25	1.98
54785526--54785566	21	2.0	21	100	0	82	43	21	9	24	1.83
54790845--54791036	97	2.0	97	82	7	237	26	18	27	28	1.98
54792077--54792164	42	2.1	41	93	2	149	30	19	23	26	1.98
54795063--54795105	15	2.8	15	85	3	59	23	30	23	23	1.99
54795176--54795277	29	3.5	29	78	11	93	21	27	27	23	1.99
54795226--54795278	15	3.6	15	71	5	54	24	26	26	22	2.00
54795266--54795318	27	2.0	27	84	0	70	22	22	28	26	1.99
54797214--54797383	41	4.2	40	72	18	134	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54802941--54803487	40	13.7	40	93	0	898	24	27	19	27	1.99
54803794--54803853	28	2.1	28	100	0	120	16	35	10	38	1.82
54809313--54809858	40	13.7	40	92	1	871	24	27	19	28	1.99
54819485--54819667	40	4.6	39	82	9	201	24	21	28	26	1.99
54819536--54819700	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
54827519--54827701	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
54827520--54827703	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
54827572--54827736	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
54839975--54840017	16	2.6	16	85	3	59	55	9	9	25	1.61
54839975--54840053	35	2.3	35	82	6	90	58	7	6	27	1.50
54840424--54840458	13	2.7	13	100	0	70	42	17	5	34	1.73
54840641--54840680	20	2.0	20	90	0	62	45	5	0	50	1.23
54852291--54852336	22	2.0	23	83	8	58	28	30	28	13	1.94
54854265--54854557	55	5.4	54	80	9	328	23	23	17	35	1.95
54854276--54854558	108	2.6	108	92	2	444	22	23	17	35	1.95
54855022--54855123	50	2.0	50	96	0	186	39	18	0	41	1.57
54860465--54860772	55	5.7	54	81	5	336	21	25	18	35	1.96
54860476--54860772	108	2.7	108	91	1	461	21	24	18	35	1.95
54860759--54860874	47	2.5	47	92	0	187	24	25	14	36	1.93
54861020--54861104	44	1.9	45	85	2	118	27	24	11	36	1.90
54863943--54864118	46	3.7	46	82	3	192	21	30	22	25	1.99
54867244--54867421	51	3.5	51	90	3	261	28	30	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54867244--54867421	52	3.5	50	89	4	250	28	30	13	28	1.94
54872025--54872070	22	2.1	22	100	0	92	21	21	13	43	1.86
54873425--54873557	27	4.9	27	69	15	78	52	1	2	43	1.22
54873431--54873536	27	3.9	27	74	8	81	51	1	0	46	1.11
54880462--54880594	45	3.0	45	77	13	143	32	27	15	24	1.96
54884207--54884240	17	2.1	15	89	10	50	35	0	26	38	1.57
54884438--54884553	50	2.3	50	84	0	142	27	18	23	31	1.97
54887571--54887613	21	2.0	21	86	8	61	41	2	16	39	1.61
54888038--54888250	25	8.6	27	66	18	83	18	23	21	36	1.95
54888098--54888237	72	1.9	73	81	12	173	19	23	23	33	1.97
54888171--54888296	49	2.6	49	78	5	130	23	26	19	31	1.98
54895369--54895593	48	4.7	48	77	4	161	26	16	31	25	1.97
54896332--54896406	31	2.4	31	95	0	132	29	26	17	26	1.97
54896432--54896520	42	2.1	42	91	0	142	41	19	11	28	1.85
54896665--54896837	26	6.8	26	80	2	183	27	21	21	29	1.98
54897647--54897733	27	3.2	27	88	3	122	19	26	19	34	1.96
54897787--54898177	27	14.4	27	76	6	173	33	9	19	38	1.84
54897875--54898109	81	2.9	81	88	0	301	29	8	20	41	1.82
54897793--54898177	54	7.1	54	75	6	208	32	9	19	38	1.83
54898075--54898269	81	2.4	80	78	0	219	37	9	21	31	1.85
54898101--54898257	27	5.9	27	86	1	199	40	9	22	28	1.85
54899514--54899544	11	2.8	11	100	0	62	19	0	32	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54902064--54902107	20	2.2	20	84	8	54	27	0	2	70	0.99
54933296--54933324	13	2.1	14	93	6	51	0	20	0	79	0.74
54947541--54947607	34	2.0	33	88	2	98	61	2	5	29	1.35
54947598--54947646	25	1.9	26	83	4	64	65	4	0	30	1.11
54947555--54947644	34	2.6	34	79	10	85	63	3	4	28	1.30
54947595--54947642	16	2.7	18	81	15	55	62	4	0	33	1.14
54947595--54947701	19	5.8	19	69	14	73	62	2	1	32	1.20
54948060--54948142	9	8.9	10	71	23	58	36	2	0	61	1.09
54948057--54948130	18	4.2	18	77	14	82	35	2	0	62	1.10
54948074--54948144	28	2.6	27	84	10	90	36	2	0	60	1.11
54948060--54948130	17	4.1	17	79	16	83	33	2	0	63	1.09
54959423--54959512	44	2.0	44	97	0	171	33	22	14	30	1.93
54961190--54961568	188	2.0	188	97	0	713	27	17	16	38	1.91
54964158--54964296	69	2.0	69	97	0	260	26	12	32	28	1.92
54969665--54969690	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
54979339--54979562	79	2.8	79	85	6	292	25	27	22	24	2.00
54979339--54979562	40	5.7	40	87	6	280	25	27	22	24	2.00
54984386--54984788	47	8.6	47	96	0	698	33	8	29	29	1.86
54990763--54990986	40	5.6	40	88	3	308	26	27	22	23	2.00
54990763--54990987	81	2.8	80	89	4	328	26	27	22	23	2.00
54996098--54996173	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
54996189--54996265	22	3.4	22	67	22	68	29	12	28	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54996071--54996404	47	7.1	47	91	0	506	31	11	29	27	1.91
54996092--54996461	94	3.9	92	81	10	401	32	10	28	27	1.90
54996610--54996754	37	3.9	37	89	0	218	24	19	31	25	1.98
55002785--55002908	48	2.6	47	81	5	144	33	29	13	24	1.93
55014017--55014058	20	2.1	20	95	0	75	19	7	28	45	1.76
55018296--55018337	18	2.3	18	84	8	50	7	19	4	69	1.31
55021587--55021729	40	3.6	40	91	0	223	27	22	28	21	1.99
55021587--55021756	80	2.1	80	86	1	234	26	21	28	24	1.99
55029952--55030134	40	4.6	40	95	0	312	27	22	28	21	1.99
55038434--55038618	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
55038487--55038641	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
55040360--55040442	43	1.9	43	87	4	123	31	31	15	21	1.95
55044541--55044609	31	2.2	31	97	2	129	47	28	14	8	1.74
55047174--55047349	46	3.8	46	76	12	189	29	28	20	21	1.98
55047181--55047352	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	21	1.98
55047223--55047361	47	3.0	46	72	16	126	29	28	18	23	1.98
55054100--55054271	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
55054093--55054268	46	3.8	47	80	12	220	28	29	21	20	1.98
55061670--55061723	27	2.0	27	88	0	81	42	7	11	38	1.68
55071077--55071248	60	2.8	59	74	15	154	26	25	21	26	1.99
55071241--55071286	20	2.3	20	81	3	58	30	26	15	28	1.96
55075448--55075495	8	6.0	8	90	0	78	2	22	25	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55082136--55082196	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
55091475--55091525	10	4.9	10	79	9	57	60	1	0	37	1.08
55097026--55097184	40	3.9	42	79	4	162	25	13	27	32	1.94
55097004--55097182	40	4.4	40	77	5	144	25	14	27	32	1.94
55098382--55098479	43	2.3	43	83	0	124	20	25	33	20	1.97
55104648--55104783	41	3.3	41	85	2	166	24	16	27	32	1.96
55108805--55108853	22	2.1	24	82	14	59	42	2	0	55	1.11
55117443--55117480	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
55124950--55124987	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
55125217--55125387	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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