genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77731329--77731362	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
77731646--77731703	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
77749548--77749643	29	3.3	29	88	1	140	25	15	30	29	1.96
77751514--77751685	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
77751514--77751738	80	2.8	78	79	8	229	26	27	20	25	1.99
77751670--77751747	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77758770--77758992	40	5.6	39	82	7	209	25	27	21	25	1.99
77758924--77759001	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77763387--77763559	40	4.4	39	83	7	188	27	28	19	24	1.99
77763387--77763611	80	2.8	78	77	9	211	26	28	20	25	1.99
77763543--77763620	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77781617--77781788	40	4.3	40	88	2	222	25	28	21	24	1.99
77781619--77781841	40	5.6	39	82	5	216	25	27	21	25	1.99
77781617--77781841	80	2.8	80	81	4	249	25	28	21	24	1.99
77781773--77781850	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77785729--77785813	29	3.0	29	85	1	118	28	16	29	25	1.97
77786660--77786696	18	2.1	18	94	0	65	18	0	16	64	1.29
77790737--77790915	67	2.8	63	73	15	161	22	30	17	28	1.97
77791321--77791356	19	1.9	19	88	5	56	47	11	0	41	1.39
77796953--77796986	17	2.0	17	94	0	59	8	47	20	23	1.78
77798276--77798451	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
77798273--77798444	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77804311--77804343	15	2.1	17	88	11	52	6	15	6	72	1.24
77804826--77804963	74	1.9	74	86	3	197	43	2	4	49	1.37
77806380--77806421	21	2.0	21	90	9	68	66	11	11	9	1.44
77809557--77809808	27	9.3	27	86	2	335	39	19	14	26	1.90
77815570--77815600	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77815567--77815606	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
77815792--77816042	55	4.7	53	80	10	255	22	24	17	35	1.95
77817488--77817517	16	1.9	15	93	6	51	33	0	20	46	1.51
77818913--77818983	22	3.2	23	75	11	76	22	21	18	38	1.94
77818852--77818991	23	5.9	23	69	13	79	23	22	18	35	1.96
77822855--77822957	43	2.4	43	81	0	125	28	26	19	26	1.99
77829782--77829908	43	3.0	43	87	2	168	22	31	21	25	1.98
77831717--77831747	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77831714--77831753	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
77831939--77832193	55	4.8	54	79	7	229	21	24	17	36	1.94
77831986--77832183	108	1.8	110	86	4	294	23	24	17	34	1.95
77833631--77833656	12	2.2	12	100	0	52	42	15	19	23	1.89
77839311--77839341	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77839308--77839347	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
77839533--77839787	55	4.8	54	80	7	247	21	25	16	36	1.94
77839580--77839777	108	1.8	110	87	4	303	23	25	16	34	1.95
77849789--77849850	27	2.3	27	91	0	97	35	8	33	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77870166--77870198	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
77884125--77884243	28	4.2	29	91	1	170	27	14	30	27	1.95
77884125--77884243	57	2.1	57	87	3	168	27	14	30	27	1.95
77891352--77891576	40	5.6	40	84	3	290	27	28	21	23	1.99
77891352--77891576	83	2.8	80	84	4	283	27	28	21	23	1.99
77891350--77891573	123	1.8	119	88	3	340	27	28	21	22	1.99
77899669--77899747	28	2.9	27	75	12	81	36	24	25	13	1.92
77903509--77903543	16	2.1	17	89	5	54	28	14	11	45	1.79
77903700--77903868	43	4.0	42	80	7	191	31	28	16	22	1.96
77910003--77910077	27	2.7	27	89	2	96	42	25	5	26	1.76
77910015--77910077	27	2.3	27	97	0	117	39	26	6	26	1.80
77910179--77910294	27	4.3	26	81	4	124	18	21	21	38	1.93
77910179--77910294	54	2.1	54	82	6	137	18	21	21	38	1.93
77917840--77917903	27	2.3	27	86	2	83	45	23	7	23	1.79
77917854--77917914	27	2.3	27	91	0	95	39	27	8	24	1.84
77918017--77918111	28	3.5	28	88	4	140	17	24	22	35	1.95
77918015--77918130	27	4.3	27	85	5	146	19	23	20	36	1.95
77928257--77928427	43	4.0	42	80	8	177	31	26	16	25	1.97
77929585--77929609	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
77930121--77930193	34	2.3	31	86	9	94	42	15	6	35	1.73
77943275--77943398	43	2.9	42	83	4	149	33	26	15	24	1.95
77943471--77943514	21	2.0	22	83	12	56	29	22	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77948495--77948666	46	3.7	46	76	10	161	23	19	27	30	1.98
77950894--77950969	9	8.3	9	69	7	55	69	1	1	27	1.04
77957755--77957790	19	1.9	18	88	5	54	25	11	2	61	1.43
77962510--77962644	41	3.3	41	75	8	130	39	23	17	20	1.92
77966530--77966568	10	3.6	12	77	22	50	79	0	5	15	0.90
77973737--77973807	36	2.0	36	94	0	124	26	25	30	16	1.97
77973809--77973939	20	6.6	20	81	0	145	15	19	25	38	1.91
77973805--77973939	60	2.2	60	86	0	189	15	20	25	38	1.92
77977812--77977982	20	8.6	20	81	2	191	14	18	27	39	1.89
77977812--77977982	40	4.3	40	84	3	218	14	18	27	39	1.89
77977813--77977982	60	2.8	60	85	0	223	14	18	27	39	1.90
77981908--77982057	20	7.6	20	80	0	158	14	20	26	39	1.90
77985944--77986097	20	7.7	20	85	0	173	13	18	29	38	1.89
77985947--77986097	60	2.5	60	85	0	203	13	18	29	38	1.89
77988546--77988576	13	2.4	13	100	0	62	58	12	0	29	1.35
77991074--77991152	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77991271--77991803	47	11.5	47	90	4	794	29	30	8	32	1.86
77991313--77991774	229	2.0	227	94	0	807	29	30	8	31	1.86
77991271--77991803	276	1.9	274	91	0	868	29	30	8	32	1.86
77994471--77994574	40	2.6	40	77	10	104	23	27	23	25	2.00
77994880--77994958	29	2.7	29	88	2	113	27	31	15	25	1.95
77994940--77995042	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77996893--77996971	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77997090--77997583	47	10.5	47	93	0	781	29	29	8	32	1.87
78001614--78001787	41	4.2	41	79	4	170	36	27	20	15	1.93
78004301--78004342	12	3.5	12	86	0	57	59	14	9	16	1.60
78004308--78004367	6	9.8	6	75	10	50	53	15	13	18	1.73
78004485--78004550	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
78004485--78004558	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
78004509--78004566	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
78004723--78004781	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
78004869--78004951	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
78005150--78005345	27	7.3	27	85	0	248	25	19	19	36	1.95
78005350--78006059	27	26.3	27	85	5	873	39	9	23	27	1.85
78006628--78006794	82	2.0	82	98	0	325	28	31	10	29	1.91
78010574--78010685	27	4.1	26	79	8	116	18	22	21	37	1.94
78018131--78018243	27	4.2	26	84	8	127	18	23	21	36	1.95
78018131--78018243	55	2.1	54	85	5	147	18	23	21	36	1.95
78021406--78021434	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
78028576--78028701	55	2.3	55	85	0	171	26	31	27	14	1.95
78032409--78032448	20	2.0	21	90	9	66	45	17	32	5	1.70
78035328--78035389	25	2.6	23	77	10	70	30	17	24	27	1.97
78035328--78035396	24	2.8	25	78	10	72	31	15	24	27	1.96
78037445--78037523	27	3.0	27	68	15	74	29	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78040647--78040674	14	2.0	14	100	0	56	28	0	35	35	1.58
78040807--78040857	27	1.9	26	84	4	66	43	11	0	45	1.40
78040822--78040902	13	6.2	13	81	7	83	39	16	0	44	1.47
78040833--78040920	40	2.2	39	84	9	108	38	18	0	43	1.50
78040846--78040930	40	2.2	40	81	14	97	35	22	0	42	1.54
78040988--78041057	25	2.8	25	78	4	70	32	20	20	27	1.97
78043638--78043846	38	5.5	38	83	5	262	32	25	21	21	1.98
78043638--78043860	114	2.0	113	85	7	301	31	25	21	21	1.98
78052398--78052475	37	2.1	37	100	0	156	29	2	19	48	1.62
78052806--78052863	20	2.9	21	72	15	59	37	0	15	46	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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