genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5453490--5454028	268	2.0	268	94	1	938	40	13	19	26	1.89
5459174--5459218	17	2.8	16	89	3	63	57	2	0	40	1.11
5462486--5462518	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
5462814--5463062	138	1.8	138	91	1	410	19	24	15	40	1.90
5462799--5463072	46	6.0	46	89	0	361	20	24	15	39	1.91
5464474--5464512	17	2.3	17	100	0	78	15	23	0	61	1.33
5466383--5466475	45	2.1	45	83	4	116	34	15	32	18	1.92
5467558--5467609	25	2.1	25	89	7	79	38	7	23	30	1.83
5468471--5468592	63	1.9	63	98	0	235	25	29	21	23	1.99
5493252--5493315	30	2.1	31	82	8	78	42	3	6	48	1.44
5500509--5500550	21	2.0	21	90	0	66	19	26	21	33	1.97
5504352--5504388	16	2.3	16	90	0	56	24	27	8	40	1.83
5504356--5504405	16	3.2	15	86	8	64	26	26	8	40	1.83
5505615--5505643	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
5525501--5525559	13	4.5	13	68	16	50	59	1	3	35	1.24
5525519--5525565	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
5526075--5526214	38	3.6	38	87	1	172	24	20	5	50	1.70
5530663--5530748	41	2.1	40	82	2	100	24	2	4	68	1.20
5543538--5543579	21	2.0	22	85	4	59	35	7	0	57	1.26
5561789--5561815	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
5563201--5563225	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
5563459--5563532	37	2.0	37	84	2	96	27	10	5	56	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5569728--5570077	86	4.1	86	94	0	574	26	23	24	26	2.00
5569782--5570002	42	5.2	42	61	20	107	26	25	23	24	2.00
5570035--5570496	46	10.3	46	63	13	120	26	20	23	29	1.99
5570025--5570570	134	4.1	134	95	0	950	27	19	23	29	1.98
5570551--5570713	50	3.4	49	66	17	133	30	19	23	26	1.98
5570470--5570760	95	3.0	95	96	1	528	29	19	22	28	1.98
5570601--5570758	45	3.4	45	66	17	124	29	19	23	27	1.98
5570727--5570923	46	4.4	46	66	10	145	25	20	23	30	1.99
5570662--5570982	134	2.4	134	95	0	570	27	21	23	28	1.99
5571007--5572306	132	9.8	132	95	0	2188	28	17	25	29	1.97
5573631--5573688	3	20.3	3	81	13	61	31	1	1	65	1.13
5573796--5573829	13	2.7	12	90	9	50	41	0	2	55	1.15
5589402--5589445	14	3.2	14	80	6	54	38	25	6	29	1.81
5591431--5591466	18	1.9	19	88	5	56	33	5	8	52	1.55
5591625--5591706	22	3.5	22	83	6	101	59	9	2	28	1.42
5592919--5592981	20	3.0	22	86	9	94	28	28	0	42	1.56
5592919--5592981	11	5.9	11	87	7	94	28	28	0	42	1.56
5592920--5592988	31	2.2	31	92	0	111	28	30	0	40	1.57
5592920--5592992	22	3.4	22	84	9	60	30	28	0	41	1.57
5593008--5593038	15	2.1	15	93	0	53	22	6	0	70	1.09
5593432--5594424	496	2.0	496	100	0	1986	36	21	8	33	1.84
5594525--5594744	37	6.0	37	95	1	381	24	21	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5594708--5595074	52	7.2	52	84	7	461	28	22	14	34	1.93
5594708--5595066	98	3.6	98	90	2	520	28	22	13	34	1.93
5594719--5595080	150	2.4	144	92	5	580	28	22	14	34	1.93
5603053--5603100	24	2.0	24	100	0	96	50	12	0	37	1.41
5604750--5604832	43	1.9	43	87	0	121	30	34	12	22	1.91
5605696--5605733	18	2.2	18	90	9	62	68	0	0	31	0.90
5607377--5607403	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
5607534--5607567	14	2.3	15	90	5	52	52	0	0	47	1.00
5607537--5607575	16	2.4	16	87	8	53	51	0	0	48	1.00
5607534--5607575	14	2.9	14	83	16	50	52	0	0	47	1.00
5610695--5610778	38	2.2	38	97	0	159	33	9	14	42	1.78
5613098--5613160	27	2.4	28	82	12	71	60	4	0	34	1.18
5616473--5616623	79	1.9	79	86	0	212	41	15	19	23	1.90
5621528--5621565	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
5624468--5624588	60	2.0	60	100	0	242	33	23	14	29	1.93
5625152--5625188	19	2.0	19	89	5	58	40	0	2	56	1.13
5629702--5629937	128	1.8	129	91	0	393	26	15	19	38	1.91
5629728--5630018	128	2.3	128	86	1	379	25	15	19	39	1.90
5633010--5633097	3	29.3	3	75	8	72	29	7	2	60	1.37
5633015--5633097	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
5633398--5633440	6	7.3	6	84	10	54	18	0	2	79	0.85
5633398--5633440	16	2.4	18	88	11	63	18	0	2	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5650076--5650376	132	2.3	133	82	7	364	34	18	17	28	1.94
5661291--5661365	18	4.2	18	87	0	114	28	22	16	33	1.95
5666402--5666443	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
5669656--5669695	20	2.0	20	85	9	55	60	2	5	32	1.32
5669665--5669708	20	2.2	20	87	4	61	54	2	6	36	1.40
5669780--5669831	26	2.1	25	85	7	70	55	5	3	34	1.42
5669915--5670000	21	4.0	22	72	21	56	54	5	4	34	1.45
5669917--5670001	22	3.9	21	73	11	55	55	5	4	34	1.45
5669982--5670060	37	2.1	37	81	11	90	51	6	5	36	1.49
5670182--5670216	17	2.1	17	89	5	54	51	5	5	37	1.50
5670331--5670468	24	5.7	24	68	20	74	55	3	4	36	1.37
5670561--5670617	22	2.5	22	80	11	62	61	0	3	35	1.13
5670561--5670618	16	3.3	18	77	20	61	60	0	3	36	1.14
5672222--5672278	16	3.8	16	70	25	52	57	8	1	31	1.39
5672430--5672467	17	2.2	18	85	4	51	26	7	0	65	1.19
5672450--5672505	28	2.0	29	86	10	80	30	3	1	64	1.21
5674319--5674362	23	2.0	23	91	8	74	50	2	4	43	1.35
5675001--5675036	18	1.9	19	88	5	56	38	5	13	41	1.68
5676348--5676407	29	2.1	29	87	6	86	56	0	5	38	1.21
5684771--5684815	18	2.5	18	81	0	54	28	37	13	20	1.90
5684978--5685023	18	2.6	17	83	10	56	36	23	8	30	1.85
5685006--5685065	21	2.9	21	82	0	75	36	20	5	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5701404--5701444	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
5705196--5705247	17	3.1	17	91	0	68	46	0	3	50	1.20
5705196--5705238	17	2.5	17	96	0	77	48	0	2	48	1.14
5705677--5705728	22	2.4	22	93	0	86	30	28	13	26	1.94
5711350--5711525	46	3.8	46	78	10	205	21	21	28	28	1.98
5711347--5711518	93	1.8	93	93	0	299	22	21	28	27	1.99
5716772--5716850	10	7.8	10	69	26	51	17	3	0	78	0.90
5716772--5716851	37	2.2	36	82	10	103	18	3	0	77	0.92
5717768--5718003	118	2.0	118	97	0	445	24	19	29	26	1.98
5718111--5718147	19	1.9	19	88	0	56	81	2	0	16	0.81
5719846--5719977	70	1.9	69	90	1	210	31	24	14	30	1.94
5719841--5719979	35	4.0	35	82	4	174	32	23	13	30	1.93
5719962--5720002	20	2.0	20	100	0	82	29	19	24	26	1.98
5722177--5722216	20	2.0	20	90	9	64	47	2	5	45	1.38
5732185--5732217	17	1.9	17	93	0	57	15	9	21	54	1.68
5735495--5735547	11	4.9	11	80	11	56	32	3	45	18	1.68
5739592--5739648	18	3.2	18	84	0	69	33	12	22	31	1.91
5740182--5740239	22	2.7	22	91	2	91	31	1	48	18	1.59
5740182--5740239	11	5.4	11	87	2	82	31	1	48	18	1.59
5740861--5740917	29	2.0	29	89	0	87	35	10	17	36	1.84
5741887--5741914	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
5742648--5742701	16	3.3	16	81	2	72	33	0	9	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5749155--5749210	23	2.4	23	81	3	67	55	5	1	37	1.33
5750032--5750173	59	2.4	58	78	3	149	28	7	9	54	1.59
5753872--5753929	31	1.9	31	85	3	82	46	8	20	24	1.78
5755533--5755588	9	5.8	10	76	23	50	57	1	0	41	1.09
5755530--5755593	28	2.3	28	84	7	78	56	1	0	42	1.09
5755535--5755580	19	2.4	19	85	10	58	56	0	0	43	0.99
5757125--5757217	38	2.4	37	77	7	96	33	6	3	56	1.41
5757693--5757723	11	2.7	11	95	5	53	12	0	0	87	0.55
5757958--5757997	21	1.9	21	85	10	55	40	0	5	55	1.22
5760426--5760563	27	5.1	26	89	4	159	35	22	23	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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