genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.290.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95959975--95960011	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
95960410--95960494	5	17.0	5	82	4	109	55	2	1	41	1.20
95963287--95963326	10	4.2	10	87	12	66	50	0	0	50	1.00
95963287--95963326	18	2.1	18	90	9	62	50	0	0	50	1.00
95963363--95963412	16	3.2	16	78	18	61	54	0	0	46	1.00
95963393--95963430	18	2.1	19	85	14	53	44	0	0	55	0.99
95963366--95963470	29	3.6	31	70	23	77	51	0	0	47	1.07
95963426--95963459	15	2.1	16	89	10	52	58	0	0	41	0.98
95963492--95963548	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
95969007--95969072	20	3.6	20	71	23	72	63	7	3	25	1.35
95969008--95969079	34	2.1	34	100	0	144	66	5	2	25	1.27
95973907--95973949	13	3.2	13	86	3	50	18	0	4	76	0.95
95973903--95973936	9	3.8	9	85	14	52	17	0	2	79	0.86
95973979--95974023	20	2.1	22	88	12	67	42	0	0	57	0.98
95974009--95974071	13	5.1	13	70	29	57	39	0	0	60	0.97
95974013--95974056	23	2.0	23	91	8	74	43	0	0	56	0.99
95973979--95974090	35	3.2	34	90	7	172	41	0	0	58	0.98
95974056--95974109	22	2.4	22	90	3	81	42	0	0	57	0.98
95974002--95974091	12	7.7	12	71	23	59	41	0	0	58	0.98
95974362--95974414	21	2.6	21	77	16	58	54	5	1	37	1.35
95974377--95974515	36	4.0	35	82	7	160	55	3	1	39	1.26
95974447--95974492	21	2.1	21	84	11	58	56	2	0	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95974469--95974504	13	2.8	14	88	12	51	58	0	0	41	0.98
95974482--95974525	22	2.1	21	84	16	56	59	0	0	40	0.98
95974554--95974609	14	4.2	13	86	4	67	75	3	1	19	1.05
95974572--95974634	9	7.4	8	75	8	54	77	3	1	17	0.97
95975699--95975758	22	2.7	22	76	2	57	73	5	5	16	1.19
95984272--95984332	31	2.0	31	87	6	88	44	8	8	39	1.64
95987573--95987629	28	2.0	28	89	0	87	52	26	5	15	1.64
95990233--95990265	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
95990230--95990265	17	2.1	17	100	0	72	47	5	0	47	1.25
95990235--95990263	15	1.9	15	100	0	58	48	3	0	48	1.18
95993991--95994031	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
96001656--96001985	131	2.6	129	88	2	484	28	17	20	34	1.95
96003839--96003918	41	1.9	41	85	7	108	20	31	27	21	1.98
96005621--96005678	30	1.9	30	86	6	82	13	8	1	75	1.10
96005645--96005676	9	3.6	9	95	0	55	15	6	0	78	0.95
96005627--96005672	22	2.1	21	81	18	51	13	8	0	78	0.97
96005674--96005712	20	2.1	18	85	9	51	35	2	0	61	1.10
96020631--96020663	15	2.2	15	94	0	57	45	0	9	45	1.35
96029572--96029614	6	7.2	6	94	0	77	48	0	34	16	1.46
96029686--96029757	27	2.7	27	86	0	99	20	9	44	25	1.82
96031792--96031830	19	2.2	17	86	9	51	43	0	7	48	1.31
96031844--96031897	28	2.0	28	85	10	76	29	1	3	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96037019--96037057	16	2.4	16	86	0	51	30	25	7	35	1.84
96039299--96039439	76	1.9	76	83	8	189	41	9	7	40	1.67
96040482--96040820	27	12.6	27	82	2	308	40	18	8	32	1.81
96040482--96040737	54	4.8	54	84	0	343	42	17	7	32	1.77
96040473--96040739	107	2.5	107	89	3	394	41	17	7	33	1.78
96040482--96040766	134	2.1	135	85	3	387	41	17	8	32	1.79
96040864--96041052	27	7.0	27	88	0	254	33	19	23	24	1.97
96041481--96041545	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
96041703--96041805	27	3.8	27	82	5	100	20	21	20	37	1.94
96041703--96041805	54	1.9	53	82	2	125	20	21	20	37	1.94
96041943--96042004	24	2.6	24	78	12	65	17	14	16	51	1.76
96043700--96043738	21	2.0	20	90	10	62	30	15	17	35	1.91
96044824--96044868	22	2.0	22	91	0	72	40	13	28	17	1.88
96046750--96046784	10	3.5	10	88	0	52	14	17	5	62	1.49
96050889--96051008	43	2.8	42	77	7	125	32	13	24	30	1.93
96057861--96057963	49	2.1	48	84	8	129	24	17	29	29	1.97
96067444--96067492	18	2.9	16	74	11	53	8	10	4	77	1.10
96071502--96071554	27	2.0	27	85	7	72	69	3	3	22	1.20
96071509--96071979	26	18.1	25	74	13	339	63	4	4	27	1.34
96071509--96071954	51	8.6	52	79	8	421	63	4	4	27	1.34
96071559--96071910	185	1.9	182	80	9	401	62	5	4	27	1.36
96073250--96073462	89	2.4	88	80	3	223	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96073250--96073464	44	4.9	44	75	5	173	29	22	16	31	1.96
96073538--96073697	44	3.6	44	81	2	169	27	21	20	30	1.98
96078050--96078161	37	3.0	37	96	0	197	51	0	17	30	1.46
96085589--96085627	13	2.9	14	84	7	62	66	5	2	25	1.25
96085587--96085924	129	2.7	126	79	9	323	64	5	3	26	1.32
96085586--96085900	102	3.1	101	80	9	325	63	5	3	27	1.33
96085646--96085924	76	3.7	76	78	11	245	64	5	3	26	1.32
96085515--96085911	50	7.8	50	74	12	301	62	4	4	28	1.34
96085515--96085924	26	16.0	26	74	12	296	62	4	4	28	1.34
96086521--96086564	22	2.0	24	86	13	67	81	9	9	0	0.87
96088207--96088237	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
96088789--96088918	45	2.9	45	88	0	206	23	17	24	34	1.96
96088881--96089002	43	2.9	42	79	4	129	22	19	28	28	1.98
96088883--96089002	41	2.8	42	76	10	120	23	20	29	27	1.98
96090072--96090105	14	2.4	14	85	5	50	41	0	14	44	1.45
96092722--96092755	14	2.4	14	85	0	50	38	0	0	61	0.96
96093279--96093312	3	11.3	3	93	0	59	2	0	29	67	1.05
96095142--96095171	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
96096393--96096424	11	2.8	12	86	13	50	75	0	6	18	1.01
96096805--96096829	7	3.6	7	100	0	50	72	28	0	0	0.86
96104909--96104953	18	2.4	19	85	3	65	77	4	4	13	1.07
96112375--96112435	25	2.4	25	89	5	88	36	24	18	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96114713--96114759	21	2.2	21	88	0	67	51	2	0	46	1.13
96115960--96115994	12	2.8	13	91	8	63	37	14	0	48	1.44
96116270--96116372	47	2.2	47	84	3	127	33	24	20	22	1.97
96117571--96117635	28	2.7	23	76	21	69	4	23	1	70	1.14
96118142--96118166	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
96119081--96119157	37	2.1	36	87	4	109	31	31	6	31	1.83
96142473--96142518	19	2.4	19	89	7	67	21	19	15	43	1.87
96143192--96143221	15	2.0	15	93	0	51	43	20	10	26	1.83
96160142--96160268	44	2.9	44	91	3	202	31	18	18	31	1.95
96160225--96160742	144	3.7	143	81	9	586	33	18	19	29	1.95
96160518--96161000	45	10.7	45	78	6	422	33	17	20	28	1.95
96160518--96161000	89	5.3	89	78	6	438	33	17	20	28	1.95
96160563--96160925	184	2.0	185	85	1	496	33	17	20	28	1.95
96170179--96170241	31	2.0	31	96	0	117	28	9	25	36	1.87
96175124--96175174	26	2.0	26	92	0	84	39	21	21	17	1.93
96179570--96179856	137	2.1	137	93	1	486	31	24	18	25	1.98
96181645--96181754	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
96185532--96185818	137	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
96187606--96187689	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
96189685--96189714	12	2.5	12	94	0	51	6	16	26	50	1.70
96189910--96189997	40	2.3	38	82	7	97	29	21	15	32	1.95
96190694--96190727	15	2.3	15	94	0	59	17	0	38	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96190689--96190739	22	2.3	23	77	12	54	23	0	33	43	1.54
96190712--96190771	21	2.9	21	70	9	50	25	1	35	38	1.66
96193192--96194123	137	6.8	138	74	11	484	31	6	24	37	1.82
96193140--96194309	206	5.7	205	87	4	1101	31	7	24	37	1.82
96193152--96194309	23	50.6	23	77	9	908	31	7	24	37	1.82
96193152--96194308	229	5.1	229	87	4	1344	31	7	24	37	1.82
96195141--96195253	42	2.7	42	90	0	163	26	30	16	26	1.97
96195224--96195283	29	2.0	30	83	3	77	25	30	15	30	1.95
96196591--96196635	22	2.1	22	84	8	58	53	2	0	44	1.13
96196728--96196784	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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