genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29479671--29479705	18	1.9	18	88	0	52	71	2	25	0	1.00
29480582--29480631	15	3.0	15	83	16	55	44	2	14	40	1.56
29480599--29480638	20	2.0	20	90	9	64	42	5	12	40	1.64
29480762--29480868	45	2.4	45	79	3	117	25	16	15	42	1.88
29480995--29481052	18	3.2	18	85	0	80	43	12	6	37	1.69
29480995--29481072	18	4.4	18	81	3	68	41	12	11	34	1.80
29483963--29484005	22	2.0	20	82	8	50	20	16	6	55	1.64
29484885--29484936	23	2.6	18	82	14	50	9	21	28	40	1.84
29484899--29484955	23	2.5	23	94	0	96	12	21	28	38	1.89
29492960--29493065	23	4.6	23	79	0	122	16	18	21	42	1.89
29494629--29494677	21	2.3	21	78	3	53	44	24	0	30	1.54
29498965--29498994	15	2.0	15	100	0	60	33	26	13	26	1.93
29499536--29499629	24	3.8	24	79	10	75	62	0	17	20	1.32
29499581--29499641	27	2.3	27	94	5	106	52	0	18	29	1.45
29503803--29503900	47	2.1	47	96	0	178	53	6	4	36	1.45
29522612--29522771	56	2.9	56	88	0	230	28	14	23	34	1.94
29522760--29522857	41	2.3	42	77	13	101	23	18	26	31	1.97
29523319--29523360	15	2.8	15	92	0	66	21	2	23	52	1.59
29527190--29527224	17	2.1	17	88	0	52	14	2	8	74	1.17
29528862--29528903	22	2.0	20	90	9	66	33	0	19	47	1.49
29529405--29529591	70	2.7	69	82	3	221	29	5	31	33	1.80
29529405--29529610	35	5.9	35	75	5	130	30	4	30	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29529439--29529609	70	2.4	70	80	1	191	30	5	30	33	1.81
29534833--29534866	17	1.9	18	94	5	61	23	35	23	17	1.95
29540224--29540263	21	1.9	21	85	10	55	17	52	10	20	1.72
29550925--29550949	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
29555959--29556528	44	12.9	43	77	7	518	29	27	16	26	1.97
29555959--29556533	132	4.3	132	94	0	934	29	26	16	26	1.97
29571595--29571644	26	1.9	26	84	8	66	20	10	0	70	1.16
29582252--29582286	17	2.1	17	100	0	70	54	5	22	17	1.64
29585524--29585581	29	2.0	29	100	0	116	37	0	13	48	1.43
29599488--29600289	132	6.1	131	83	4	938	26	25	19	28	1.99
29599593--29600197	44	13.8	44	66	12	242	25	26	20	28	1.99
29599486--29600243	261	2.9	261	89	1	1158	26	25	19	28	1.99
29609202--29609466	40	6.7	40	86	6	351	25	26	21	25	2.00
29617237--29617501	40	6.7	40	86	6	342	26	26	21	25	2.00
29625810--29625860	24	2.1	24	85	7	68	9	23	13	52	1.70
29625824--29625870	24	2.0	24	82	0	58	10	29	10	48	1.71
29629727--29629766	17	2.4	16	88	12	62	72	0	0	27	0.85
29629730--29629769	22	1.9	20	85	10	53	72	0	0	27	0.85
29634373--29634405	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
29638222--29638679	47	9.6	47	90	3	700	33	8	29	28	1.86
29638222--29638679	96	4.8	96	91	3	721	33	8	29	28	1.86
29646689--29646744	27	2.1	27	86	6	78	37	14	23	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29649190--29649324	56	2.4	56	97	0	252	33	23	15	27	1.95
29655137--29655207	13	5.5	13	87	0	106	38	28	8	25	1.85
29669005--29669062	29	2.0	28	86	3	80	39	5	3	51	1.41
29669199--29669276	14	5.4	14	68	20	54	17	10	0	71	1.12
29672856--29672900	19	2.4	19	85	7	56	31	24	8	35	1.86
29676350--29676428	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
29676547--29677102	47	11.7	47	94	1	934	29	30	8	31	1.88
29676547--29677102	143	3.9	141	94	1	934	29	30	8	31	1.88
29676547--29677102	190	2.9	190	93	2	933	29	30	8	31	1.88
29685572--29685851	44	6.3	44	69	10	171	29	19	25	25	1.98
29685926--29686084	44	3.6	44	79	7	178	27	13	28	30	1.94
29685525--29686114	177	3.3	175	79	10	619	28	19	25	26	1.98
29697301--29697742	224	2.0	224	90	0	706	28	12	23	35	1.91
29710282--29710339	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
29710610--29710767	49	3.2	48	95	2	273	31	7	31	30	1.85
29710885--29710963	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
29716247--29716366	38	3.1	38	84	4	143	29	23	24	23	1.99
29718817--29719036	48	4.6	48	77	13	204	25	20	30	23	1.98
29718820--29719180	96	3.8	95	78	9	269	25	20	30	23	1.99
29718970--29719177	89	2.2	92	82	5	251	25	19	30	24	1.98
29718817--29719173	137	2.5	140	79	6	350	25	20	29	23	1.99
29731341--29731516	46	3.8	46	81	7	169	28	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29734180--29734331	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
29734180--29734331	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
29739401--29739529	24	5.3	24	72	10	75	31	18	23	26	1.97
29744101--29744183	37	2.2	37	84	0	103	38	16	3	40	1.66
29747857--29747962	42	2.5	43	77	10	119	24	18	26	30	1.98
29754988--29755105	43	2.8	42	75	6	121	23	16	26	33	1.96
29757050--29757102	24	2.1	24	86	6	70	47	22	0	30	1.52
29761354--29761425	6	11.8	6	77	14	76	50	13	18	18	1.79
29761333--29761400	18	3.8	18	80	7	75	51	14	16	17	1.77
29761354--29761425	31	2.4	30	90	2	108	50	13	18	18	1.79
29761543--29761616	27	2.8	27	74	13	73	36	22	22	17	1.95
29761927--29762009	27	3.1	26	89	5	121	36	21	22	19	1.95
29762208--29762395	27	7.0	27	86	0	232	25	20	19	35	1.96
29762208--29762403	54	3.6	54	85	2	259	25	19	18	35	1.95
29762412--29762832	27	15.7	27	82	6	464	40	8	22	28	1.83
29762848--29762927	25	3.4	25	73	18	89	40	10	23	26	1.86
29764914--29765032	30	3.9	29	82	9	132	48	14	17	19	1.81
29764935--29765011	6	12.8	6	81	15	97	50	14	15	19	1.78
29765152--29765217	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
29765170--29765225	27	2.1	27	86	6	78	35	21	25	17	1.95
29765176--29765233	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
29765516--29765595	27	3.0	26	85	3	97	36	20	22	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29765811--29765978	27	6.3	27	88	1	230	23	19	19	36	1.95
29765793--29765978	53	3.5	54	86	3	243	25	19	18	36	1.95
29765811--29765986	80	2.2	81	86	1	237	24	18	19	37	1.94
29765820--29766015	107	1.8	107	81	6	245	27	17	18	36	1.94
29765851--29766015	80	2.1	80	81	4	190	28	17	17	36	1.93
29765995--29766531	27	20.1	27	83	7	553	41	9	21	27	1.84
29768541--29768642	6	16.8	6	76	17	95	49	14	17	18	1.80
29768520--29768642	30	4.1	29	81	9	131	48	14	17	18	1.81
29768760--29768825	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
29768778--29768833	27	2.1	27	86	6	78	35	21	25	17	1.95
29768784--29768841	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
29769126--29769205	27	3.0	26	85	3	97	36	20	22	21	1.95
29769404--29769590	27	7.0	27	85	1	205	25	19	19	35	1.95
29769404--29769590	54	3.5	54	86	1	232	25	19	19	35	1.95
29769432--29769598	54	3.1	54	88	3	248	25	17	19	37	1.93
29769423--29769598	27	6.6	27	86	3	212	24	18	19	37	1.94
29769607--29770149	27	20.1	27	83	3	601	41	9	21	28	1.83
29771509--29771551	17	2.5	17	82	14	52	74	9	4	11	1.20
29792998--29793070	6	12.2	6	72	8	51	16	5	2	75	1.11
29792993--29793090	5	18.8	5	74	21	78	18	5	2	74	1.10
29792993--29793064	31	2.2	33	88	9	105	16	4	2	76	1.06
29792993--29793040	9	4.9	9	85	14	60	18	2	0	79	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29793137--29793161	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
29796858--29796917	30	2.0	30	86	0	84	21	31	21	25	1.98
29798105--29798181	40	1.9	40	92	5	129	32	25	15	25	1.96
29803798--29803946	29	5.2	29	95	0	255	30	29	12	26	1.93
29804155--29804184	16	1.9	16	93	6	53	13	23	10	53	1.69
29811671--29811755	41	2.1	41	88	4	127	32	24	18	23	1.97
29813296--29813371	39	1.9	40	86	7	111	32	23	15	27	1.95
29816827--29816865	18	2.2	18	90	0	60	38	20	2	38	1.66
29821059--29821110	26	2.0	26	100	0	104	26	23	19	30	1.98
29823064--29823099	6	6.0	6	100	0	72	33	0	16	50	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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