genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65304181--65304678	40	12.6	40	92	1	797	23	24	28	22	1.99
65304854--65304903	25	2.0	25	84	7	66	30	12	32	26	1.92
65308762--65308946	47	3.9	47	89	0	271	33	11	28	26	1.92
65309154--65309226	37	2.0	37	94	0	128	21	17	31	28	1.97
65312320--65312389	35	2.0	35	97	0	131	31	4	25	38	1.75
65330976--65331042	33	2.0	33	88	5	100	25	26	23	23	2.00
65331005--65331071	28	2.4	28	82	7	75	31	23	19	25	1.98
65331220--65331306	27	3.2	26	80	6	93	36	18	21	22	1.95
65331447--65331551	27	3.9	27	75	2	86	24	16	21	37	1.93
65333936--65334105	43	4.0	42	72	9	130	25	15	25	33	1.95
65344199--65344383	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	24	2.00
65344180--65344383	40	5.1	40	81	7	220	25	26	22	25	2.00
65345512--65345631	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
65351344--65351568	40	5.7	40	86	5	287	24	22	27	25	2.00
65351344--65351601	79	3.2	80	81	8	226	25	21	27	24	1.99
65354117--65354164	23	2.1	23	92	7	80	45	2	16	35	1.59
65368095--65368279	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
65368096--65368279	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
65368148--65368312	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
65375264--65375448	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
65375265--65375448	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
65375317--65375481	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65388861--65389038	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65388882--65389037	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65397047--65397224	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
65397068--65397223	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65411436--65411490	26	2.1	26	86	0	74	18	12	27	41	1.86
65412187--65412246	29	2.0	30	81	9	70	41	0	23	35	1.55
65412771--65412900	47	2.8	47	78	4	138	23	16	26	33	1.95
65413812--65413868	23	2.5	23	100	0	114	28	24	12	35	1.91
65421280--65421574	27	11.0	27	85	2	326	37	20	19	23	1.94
65428352--65428402	24	2.1	23	82	7	57	19	21	17	41	1.91
65432881--65432968	33	2.7	33	85	1	124	40	12	21	25	1.88
65432881--65432981	33	3.1	31	81	9	105	36	12	22	27	1.91
65432986--65433150	31	5.4	31	84	2	190	27	16	27	27	1.97
65432986--65433150	60	2.7	61	87	3	233	27	16	27	27	1.97
65432986--65433159	91	1.9	91	86	0	249	27	17	28	27	1.97
65433255--65433316	27	2.3	27	82	0	70	43	9	24	22	1.83
65433371--65433444	34	2.2	34	90	0	112	28	12	28	31	1.93
65439991--65440087	24	4.1	25	72	13	80	16	18	23	41	1.90
65450612--65450672	30	2.0	30	100	0	122	37	6	19	36	1.78
65467354--65467404	25	2.0	25	84	0	66	35	19	21	23	1.96
65467434--65467480	10	4.7	10	94	5	78	38	10	19	31	1.86
65467434--65467501	21	3.3	21	87	4	86	38	10	20	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65467536--65467608	25	2.9	25	85	0	92	30	24	19	26	1.98
65467536--65467620	25	3.4	25	75	16	70	31	22	20	25	1.98
65475436--65475502	10	6.6	10	79	6	73	35	10	20	32	1.87
65475436--65475502	21	3.3	21	85	4	84	35	10	20	32	1.87
65475548--65475620	25	2.9	25	91	0	119	28	26	21	23	1.99
65475550--65475632	25	3.4	23	86	8	103	30	22	22	24	1.99
65483956--65484008	21	2.5	21	84	6	72	11	26	39	22	1.88
65486848--65486972	48	2.6	48	82	5	135	22	28	20	28	1.99
65486992--65487114	46	2.6	47	78	11	126	22	30	17	29	1.97
65491534--65491598	15	4.4	15	77	9	71	10	15	13	60	1.60
65491530--65491598	30	2.3	31	82	9	90	10	14	17	57	1.63
65493617--65493714	28	3.5	28	94	2	162	27	12	26	33	1.92
65505192--65505245	27	2.0	27	88	0	81	33	16	18	31	1.93
65507411--65507489	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
65507608--65507963	47	7.4	47	91	3	514	28	29	8	32	1.88
65511752--65511945	48	4.0	48	88	0	289	28	24	19	27	1.98
65517325--65517420	40	2.4	41	81	11	119	27	30	14	28	1.95
65517425--65517497	35	2.1	35	97	0	137	42	13	12	31	1.81
65531540--65531720	48	3.8	48	83	4	222	28	25	17	29	1.97
65534009--65534050	20	2.1	20	86	0	57	40	2	19	38	1.64
65542079--65542201	46	2.7	44	82	8	131	21	20	29	28	1.98
65544058--65544163	24	4.5	23	71	12	63	40	17	16	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65546764--65546802	21	1.9	20	84	5	51	25	30	33	10	1.89
65547942--65548166	47	4.8	48	77	10	200	22	28	19	29	1.98
65547946--65548203	46	5.5	45	76	11	184	22	28	19	29	1.98
65556966--65557117	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
65556966--65557117	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
65582754--65582806	9	6.0	9	79	18	58	32	0	0	67	0.91
65582750--65582794	17	2.7	16	83	10	63	33	0	0	66	0.92
65582754--65582804	25	2.0	25	88	7	77	31	0	0	68	0.90
65582763--65582819	26	2.2	25	84	3	69	33	0	1	64	1.04
65583247--65583309	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
65583614--65583671	5	11.6	5	88	0	89	39	3	1	55	1.27
65583614--65583671	20	2.9	20	92	0	98	39	3	1	55	1.27
65583657--65583731	28	2.7	28	97	2	143	42	5	6	45	1.53
65592587--65592628	18	2.3	18	76	8	50	11	42	28	16	1.84
65594390--65594572	49	3.7	49	76	8	183	21	14	32	31	1.94
65594395--65594572	98	1.8	98	85	0	248	21	15	32	30	1.94
65596861--65596938	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
65596839--65596982	47	3.1	47	92	0	225	28	29	9	32	1.88
65596886--65596961	22	3.3	22	65	28	59	25	30	13	31	1.93
65600890--65600919	8	3.9	8	91	8	53	63	0	0	36	0.95
65600887--65600919	15	2.2	15	94	0	57	60	0	0	39	0.97
65601336--65601417	41	2.0	41	90	2	130	37	19	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65605575--65605616	20	2.1	20	86	0	57	57	9	0	33	1.31
65607039--65607087	22	2.1	24	77	11	57	51	0	0	48	1.00
65607049--65607099	24	2.2	22	82	6	57	54	0	1	43	1.11
65611252--65611350	34	2.9	34	80	5	110	29	13	15	42	1.84
65611248--65611393	68	2.2	68	81	3	161	28	11	14	45	1.79
65611336--65611418	33	2.5	33	76	9	96	27	9	15	46	1.77
65611594--65611635	21	2.0	21	90	0	66	30	21	16	30	1.95
65626006--65626133	35	3.7	35	80	5	127	29	11	25	33	1.91
65626847--65627642	401	2.0	402	94	0	1405	36	11	18	33	1.87
65633494--65633997	48	10.1	48	86	8	686	35	6	26	31	1.81
65633494--65633997	152	3.4	146	88	5	758	35	6	26	31	1.81
65633502--65633997	98	4.9	99	87	6	696	35	6	26	31	1.81
65633501--65633998	200	2.5	198	87	4	750	35	6	26	31	1.81
65634144--65634252	37	2.9	37	97	0	200	22	19	31	27	1.97
65635308--65635333	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
65639540--65639606	33	2.0	33	100	0	134	37	5	5	50	1.51
65639540--65639627	33	2.7	34	89	3	110	36	4	9	50	1.55
65642438--65642529	45	2.0	45	100	0	184	33	22	10	32	1.89
65651934--65652015	43	1.9	43	84	0	110	24	17	29	29	1.97
65654873--65654921	24	2.0	24	96	0	89	40	24	8	26	1.83
65658715--65658780	25	2.6	24	81	9	78	68	0	1	30	0.99
65660361--65660427	22	3.1	21	77	12	66	46	4	0	49	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65660386--65660428	20	2.2	20	83	8	52	46	2	0	51	1.13
65660470--65660502	14	2.3	15	94	5	59	45	0	0	54	0.99
65660543--65660580	19	1.9	19	89	5	58	55	0	2	42	1.14
65660545--65660587	20	2.2	19	83	4	50	55	0	4	39	1.20
65660597--65660650	22	2.5	22	96	3	101	59	0	0	40	0.98
65660597--65660659	22	2.9	22	88	6	67	58	1	0	39	1.07
65673241--65673284	20	2.2	20	85	14	65	29	2	13	54	1.51
65673921--65673956	16	2.2	16	95	0	63	27	0	36	36	1.57
65674172--65674213	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
65674181--65674222	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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