genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49129231--49129276	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
49129271--49129431	60	2.7	61	79	9	152	27	19	25	27	1.99
49132120--49132459	129	2.6	128	84	4	407	35	19	17	27	1.94
49135160--49135292	45	3.0	45	80	5	128	27	24	18	28	1.98
49135248--49135527	89	3.3	87	78	13	323	23	24	20	32	1.98
49138459--49138643	79	2.3	81	80	8	218	25	27	22	23	2.00
49138459--49138643	40	4.7	40	82	7	216	25	27	22	23	2.00
49139780--49139899	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
49146388--49146572	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
49146355--49146572	79	2.7	81	81	8	227	25	27	21	25	1.99
49147708--49147827	56	2.1	56	96	0	222	22	24	9	44	1.82
49155318--49155562	129	1.9	130	87	0	357	36	20	16	27	1.93
49160124--49160228	31	3.4	31	86	1	140	43	12	20	23	1.85
49160142--49160243	31	3.3	31	87	1	134	45	10	19	24	1.82
49160143--49160259	31	3.8	31	83	1	119	46	10	17	25	1.80
49160142--49160259	61	1.9	62	84	1	157	45	10	18	25	1.81
49165453--49165566	49	2.3	49	81	3	131	16	15	34	33	1.91
49166707--49166749	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
49179979--49180039	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
49188809--49188876	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
49188698--49189025	174	1.9	174	94	0	575	30	25	14	29	1.95
49188978--49189056	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49198071--49198275	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
49206071--49206248	27	6.6	27	79	3	151	28	29	16	25	1.97
49206092--49206247	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
49211142--49211181	21	1.9	21	94	0	71	25	35	20	20	1.96
49213758--49213814	20	2.4	25	72	27	61	35	0	3	61	1.13
49219759--49219940	49	3.8	49	71	14	173	26	30	17	25	1.97
49219734--49219977	93	2.6	95	84	8	275	25	29	17	27	1.97
49219808--49220026	49	4.6	49	70	12	166	24	29	18	27	1.98
49219759--49220034	142	1.9	142	86	1	392	26	29	17	26	1.98
49221083--49221112	14	2.1	14	100	0	60	40	16	6	36	1.75
49221088--49221121	14	2.4	14	90	0	50	50	14	2	32	1.58
49227434--49227704	49	5.6	48	78	11	266	22	30	19	26	1.98
49227432--49227711	98	2.9	98	86	4	370	23	31	18	26	1.98
49230252--49230556	151	2.0	151	97	0	574	26	23	13	36	1.92
49235941--49236008	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
49235830--49236157	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	30	1.95
49236110--49236188	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
49244020--49244087	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
49243908--49244236	174	1.9	175	94	0	588	31	24	14	29	1.94
49244189--49244267	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
49254187--49254229	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
49254712--49254816	48	2.2	48	91	3	167	31	19	26	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49254712--49254829	48	2.5	48	86	5	159	31	19	25	23	1.98
49254850--49255022	49	3.6	49	77	3	154	27	21	27	23	1.99
49254757--49255025	142	1.9	143	79	11	309	27	21	26	24	1.99
49263041--49263449	47	8.6	47	92	2	647	28	29	8	33	1.86
49263041--49263449	96	4.3	96	92	3	650	28	29	8	33	1.86
49263108--49263437	49	6.9	44	89	4	336	29	28	8	33	1.87
49265972--49266085	56	2.2	52	89	9	169	47	9	22	20	1.79
49267509--49267693	79	2.3	80	83	5	214	25	22	27	25	2.00
49267510--49267693	40	4.6	40	83	5	203	25	22	27	25	2.00
49267562--49267726	79	2.1	79	82	4	199	26	21	26	25	1.99
49273493--49273667	56	3.1	56	97	1	334	45	9	22	22	1.81
49275091--49275275	40	4.7	40	81	5	198	25	22	27	24	2.00
49275091--49275275	79	2.3	81	83	7	218	25	22	27	24	2.00
49275144--49275308	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	2.00
49281070--49281245	56	3.1	56	95	0	316	45	9	21	23	1.81
49282668--49282852	40	4.6	39	81	5	187	24	22	27	25	2.00
49282668--49282852	79	2.3	81	84	7	227	24	22	27	25	2.00
49282721--49282885	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
49296492--49297034	48	11.3	48	96	0	978	34	5	28	30	1.81
49297179--49297277	37	2.7	37	93	0	162	25	19	30	25	1.98
49301165--49301424	27	9.7	27	81	4	285	27	15	17	38	1.91
49301165--49301424	81	3.2	81	87	2	344	27	15	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49301229--49301457	54	4.3	55	77	11	174	24	16	19	39	1.91
49304038--49304297	142	1.8	145	81	5	332	27	18	26	26	1.98
49310362--49310668	154	2.0	154	88	1	454	26	29	22	20	1.99
49311967--49312149	46	4.0	46	94	0	294	24	31	9	34	1.87
49312123--49312407	47	6.1	47	89	0	374	25	28	11	34	1.90
49312166--49312287	23	5.3	22	63	27	65	23	29	13	32	1.94
49312215--49312290	24	3.2	24	66	23	70	23	31	13	31	1.93
49312235--49312312	23	3.2	25	65	23	67	28	29	10	32	1.90
49319393--49319469	37	2.1	36	82	2	91	33	12	10	42	1.77
49319899--49319958	28	2.1	28	87	6	86	33	30	26	10	1.89
49320416--49320445	14	2.1	14	93	0	51	36	13	3	46	1.60
49321799--49321834	18	2.0	18	88	0	54	61	5	2	30	1.33
49326959--49327078	43	2.8	42	79	3	141	30	16	21	30	1.96
49331042--49331086	22	2.0	22	95	0	81	28	6	24	40	1.80
49333060--49333104	20	2.1	21	88	12	65	62	0	2	35	1.08
49341623--49341683	31	1.9	33	83	12	83	62	1	1	34	1.15
49341623--49341683	32	1.9	31	83	12	79	62	1	1	34	1.15
49341662--49341704	22	2.0	22	90	4	70	67	0	0	32	0.91
49341637--49341702	10	6.5	10	70	16	55	65	1	0	33	1.02
49341730--49341793	24	2.7	24	86	13	80	64	0	0	35	0.94
49341777--49341816	18	2.2	19	86	4	55	62	0	0	37	0.95
49341663--49341798	17	7.3	20	66	21	73	63	1	1	33	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49341653--49341820	57	3.0	53	74	22	157	61	1	1	35	1.11
49342236--49342276	19	2.3	19	87	8	59	21	14	4	58	1.55
49343344--49343384	9	4.6	9	100	0	82	46	0	12	41	1.41
49354641--49354808	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
49354664--49354808	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
49355999--49356074	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
49367498--49367605	43	2.5	43	85	5	157	30	25	13	30	1.94
49376005--49376124	43	2.8	42	80	12	154	25	24	17	32	1.97
49382242--49382345	39	2.6	39	92	1	163	25	26	21	25	1.99
49382214--49382398	79	2.3	81	82	9	211	24	26	23	25	2.00
49383526--49383757	56	4.1	56	98	0	446	22	22	9	45	1.80
49385734--49385911	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
49385755--49385910	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
49393901--49394078	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
49393922--49394077	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
49401567--49401696	39	3.3	38	87	7	156	25	27	22	24	2.00
49401567--49401749	40	4.6	39	80	9	178	25	27	22	24	2.00
49402876--49403163	56	5.1	56	98	0	558	22	22	9	45	1.80
49410316--49410488	50	3.5	49	78	7	170	26	17	27	27	1.98
49426973--49427040	34	2.0	34	86	11	95	26	17	26	29	1.98
49429812--49429841	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
49442018--49442123	29	3.6	29	82	2	131	20	23	12	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49442004--49442116	59	1.9	59	85	0	154	20	23	15	40	1.90
49443707--49443792	45	1.9	45	85	0	118	27	26	20	24	1.99
49444122--49444276	43	3.6	43	93	0	256	30	32	25	11	1.91
49444274--49444348	38	2.0	38	89	0	114	29	25	22	22	1.99
49449994--49450070	20	3.8	20	82	3	84	22	28	0	49	1.50
49450514--49450676	89	1.8	89	91	0	272	28	24	17	28	1.98
49455742--49455964	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
49455896--49455973	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
49463612--49463834	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
49463766--49463843	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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