genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18835661--18835692	14	2.3	14	100	0	64	28	34	6	31	1.82
18861371--18861422	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
18861475--18861527	27	2.0	26	92	3	88	13	22	33	30	1.92
18861295--18861663	103	3.6	103	92	1	598	20	20	29	30	1.97
18868490--18868553	30	2.2	29	85	2	83	35	6	26	31	1.81
18868882--18869252	104	3.6	104	92	2	611	20	20	29	29	1.97
18872152--18872199	25	1.9	25	86	0	69	33	18	27	20	1.96
18872165--18872247	24	3.4	23	78	8	76	33	16	28	20	1.95
18872240--18872304	25	2.7	25	78	4	62	32	21	26	20	1.97
18872257--18872307	25	2.1	25	85	3	68	33	19	23	23	1.97
18872441--18872499	25	2.4	24	82	2	64	35	22	27	15	1.94
18872776--18872830	21	2.7	21	83	8	60	45	18	0	36	1.49
18872984--18873014	12	2.6	12	100	0	62	25	12	9	51	1.70
18879676--18879701	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18883956--18884033	33	2.4	32	81	10	86	30	14	24	30	1.94
18883923--18884137	102	2.1	101	87	2	315	30	13	25	31	1.93
18883923--18884170	102	2.5	101	83	3	304	31	14	25	29	1.94
18884720--18884793	36	2.1	36	100	0	148	27	13	22	36	1.92
18891785--18892018	74	3.2	74	75	6	262	31	23	22	23	1.98
18891716--18892020	35	8.6	35	71	8	141	32	21	21	23	1.98
18891716--18892026	143	2.2	142	85	1	417	33	21	21	23	1.98
18892162--18892234	36	2.0	36	84	5	94	38	20	1	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18896196--18896281	44	2.0	43	83	2	109	29	15	26	29	1.96
18896248--18896354	42	2.5	43	83	6	146	32	18	20	28	1.96
18897847--18897947	50	2.0	50	86	0	139	38	30	6	23	1.81
18898042--18898104	32	2.0	32	100	0	126	44	9	12	33	1.75
18900004--18900287	143	2.0	143	97	0	541	36	10	10	42	1.74
18902153--18902193	21	2.0	21	95	0	73	46	26	9	17	1.79
18915732--18915790	21	2.8	21	71	0	55	44	15	23	16	1.86
18926940--18926974	18	2.0	18	94	5	63	11	25	45	17	1.81
18933701--18933756	27	2.1	27	100	0	112	35	3	17	42	1.67
18936322--18936445	42	3.0	42	88	3	171	31	26	12	29	1.92
18936404--18936526	47	2.7	46	87	1	165	30	27	14	27	1.95
18936560--18936669	31	3.6	30	88	2	157	24	26	19	30	1.98
18936552--18936669	62	1.9	62	87	3	175	24	26	20	28	1.99
18936645--18936821	50	3.5	50	90	3	266	27	22	14	36	1.93
18940113--18940168	18	3.2	17	73	16	51	66	0	5	28	1.14
18940154--18940226	24	2.8	28	74	18	75	60	0	4	35	1.16
18944829--18944859	6	5.2	6	100	0	62	16	0	0	83	0.64
18945026--18945074	21	2.3	21	100	0	98	14	30	22	32	1.93
18945330--18945516	95	2.0	95	93	0	320	43	10	16	29	1.80
18956490--18956521	16	2.0	16	100	0	64	37	12	31	18	1.88
18958936--18959014	31	2.6	30	84	9	90	46	13	17	21	1.83
18962235--18962547	156	2.0	156	90	1	493	29	19	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18965606--18965702	48	2.0	48	97	0	185	41	25	6	26	1.79
18966255--18966291	15	2.5	15	95	4	67	56	18	10	13	1.66
18971417--18971445	15	1.9	15	100	0	58	37	20	13	27	1.91
18972220--18972245	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
18974052--18974094	21	2.2	20	83	8	52	58	4	4	32	1.39
18974886--18974924	18	2.2	18	95	0	69	35	5	25	33	1.78
18975782--18975827	16	2.7	18	80	16	62	45	0	10	43	1.39
18975761--18975814	25	2.1	26	82	3	65	38	0	16	44	1.48
18975782--18975827	17	2.9	15	81	15	56	45	0	10	43	1.39
18976261--18976285	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
18976232--18976292	14	4.2	14	80	14	61	55	1	16	26	1.50
18978121--18978169	22	2.1	24	85	7	66	24	2	24	48	1.61
18978513--18978546	13	2.6	13	90	0	50	35	23	29	11	1.90
18978897--18978990	49	1.9	49	86	0	134	42	7	25	24	1.80
18980527--18980782	40	6.4	40	88	3	320	27	27	19	25	1.99
18988356--18988618	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
18990864--18990938	23	3.3	23	77	3	62	24	25	18	32	1.97
18990903--18990964	23	2.7	23	89	0	97	24	24	19	32	1.98
18994229--18994414	37	5.0	37	95	0	309	26	20	14	37	1.92
18998835--18998881	22	2.1	22	88	7	69	76	0	19	4	0.95
19000150--19000184	3	11.7	3	93	0	61	37	0	62	0	0.95
19000890--19001090	46	4.4	46	95	0	348	39	13	22	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19001062--19001113	27	1.9	27	84	0	68	38	19	21	21	1.94
19000970--19001197	119	1.9	120	88	0	341	39	15	23	21	1.92
19001089--19001241	47	3.3	45	84	4	180	41	16	22	18	1.90
19000924--19001241	165	1.9	165	85	1	431	39	15	22	21	1.91
19002902--19002930	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
19002953--19002984	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
19002992--19003052	21	3.0	21	92	2	97	65	6	21	6	1.39
19004687--19004782	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
19004674--19004782	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
19007199--19007264	26	2.5	26	80	9	80	31	15	28	24	1.95
19008984--19009010	12	2.2	12	100	0	54	25	7	25	40	1.82
19014623--19014699	38	2.0	38	97	0	145	28	3	29	37	1.75
19016399--19016462	32	2.0	32	93	0	110	35	14	20	29	1.92
19023669--19023728	30	2.0	30	90	0	93	36	25	20	18	1.94
19025459--19025522	20	3.2	20	84	0	74	60	18	17	3	1.48
19025459--19025522	5	12.8	5	76	0	56	60	18	17	3	1.48
19025459--19025523	25	2.6	25	82	0	76	61	18	16	3	1.47
19027416--19027474	31	1.9	31	89	0	91	15	37	28	18	1.91
19034498--19034548	22	2.3	22	93	0	84	19	15	39	25	1.91
19045575--19045618	23	1.9	23	90	0	70	36	0	13	50	1.42
19046262--19046350	43	2.1	43	100	0	178	33	4	20	41	1.72
19047370--19047414	7	6.4	7	100	0	90	28	15	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19057440--19057517	25	3.2	25	81	1	95	39	20	17	21	1.92
19058732--19058766	18	1.9	18	100	0	70	42	5	0	51	1.25
19059304--19059334	16	1.9	16	93	0	53	48	6	6	38	1.55
19063912--19063964	25	2.2	24	93	3	88	22	1	7	67	1.25
19071448--19071519	19	3.9	18	87	10	103	36	13	11	38	1.81
19071441--19071519	35	2.2	37	86	13	121	35	15	10	39	1.81
19071462--19071517	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
19072246--19072313	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
19072294--19072403	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
19072529--19072570	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19072538--19072579	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19085161--19085210	25	2.0	25	100	0	100	16	8	20	56	1.65
19087141--19087203	15	4.3	15	88	7	76	31	0	33	34	1.58
19087419--19087460	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19087428--19087469	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19091293--19091362	33	2.1	34	83	5	88	22	7	4	65	1.35
19096856--19096953	48	2.1	44	83	10	117	21	7	5	66	1.36
19098628--19098666	6	6.5	6	87	0	60	15	0	5	79	0.90
19105951--19105980	16	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
19111818--19111941	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
19111828--19111935	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
19112411--19112461	16	3.2	16	76	15	52	35	1	0	62	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19116967--19116999	16	2.1	16	100	0	66	48	24	6	21	1.72
19119836--19119874	17	2.3	17	100	0	78	41	10	15	33	1.81
19122171--19122283	43	2.6	43	86	5	140	30	27	17	24	1.97
19124432--19124725	38	7.0	38	74	18	210	30	24	15	29	1.96
19124477--19124688	47	4.7	47	82	10	280	30	24	16	28	1.96
19124439--19124645	85	2.4	85	95	0	369	30	25	15	28	1.96
19124557--19124695	48	2.9	48	89	1	208	30	23	16	30	1.96
19124477--19124725	133	1.9	132	91	0	408	30	25	16	28	1.96
19130213--19130506	38	7.0	38	72	18	147	29	25	15	28	1.96
19130258--19130469	47	4.7	47	79	10	244	30	25	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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