genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64891619--64891743	46	2.7	46	93	0	214	22	21	24	31	1.98
64913744--64913837	45	2.1	45	97	0	179	36	21	9	32	1.86
64913985--64914103	43	2.8	42	78	5	132	31	24	15	29	1.95
64913985--64914145	42	3.8	42	79	4	155	31	24	13	29	1.94
64921368--64921394	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
64922817--64922996	40	4.6	39	80	8	188	26	27	21	25	1.99
64922817--64922994	39	4.6	39	80	9	186	26	26	20	25	1.99
64929891--64930070	28	6.6	27	93	2	270	31	27	13	27	1.94
64929891--64930070	55	3.3	55	92	1	281	31	27	13	27	1.94
64929891--64930070	83	2.2	82	91	1	288	31	27	13	27	1.94
64934272--64934474	40	5.1	40	78	9	200	26	26	21	25	2.00
64934293--64934475	79	2.3	81	82	7	214	26	26	21	25	2.00
64941655--64941691	19	1.9	19	100	0	74	32	27	8	32	1.86
64953923--64954052	50	2.6	49	85	3	172	30	30	16	23	1.96
64953923--64954109	101	1.9	99	83	4	241	28	29	17	24	1.97
64957941--64958088	38	3.8	38	83	4	181	22	24	23	29	1.99
64957951--64958098	76	1.9	78	86	5	212	20	24	23	31	1.98
64963774--64963958	79	2.3	80	82	8	225	25	28	22	23	1.99
64963755--64963958	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	2.00
64966512--64966550	18	2.2	18	85	0	51	51	0	38	10	1.36
64976153--64976513	46	7.8	46	75	16	245	28	18	29	23	1.98
64986191--64986318	46	2.8	46	92	0	220	30	25	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64987958--64987997	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
64990398--64990505	41	2.6	42	76	4	110	30	16	22	30	1.96
65000089--65000204	43	2.8	42	78	3	135	29	15	25	29	1.96
65001512--65001584	36	2.0	38	86	5	105	21	23	26	28	1.99
65001561--65001733	43	4.1	43	89	3	248	12	22	34	30	1.91
65002084--65002183	42	2.3	44	83	14	138	24	26	28	22	1.99
65017746--65018016	38	7.1	38	90	0	407	21	23	24	30	1.99
65018013--65018143	45	3.0	44	80	8	144	25	22	28	24	1.99
65019321--65019360	18	2.3	17	84	16	55	52	0	22	25	1.47
65025367--65025405	20	2.0	20	89	0	60	17	15	23	43	1.87
65025368--65025454	20	4.3	20	69	5	59	14	20	24	40	1.90
65028094--65028185	48	1.9	48	88	4	141	25	17	28	29	1.97
65028112--65028216	48	2.2	48	82	3	122	30	19	24	25	1.98
65031949--65032136	50	3.8	49	81	4	173	28	27	19	25	1.98
65031961--65032090	50	2.6	50	86	6	176	30	28	17	23	1.97
65031961--65032147	101	1.9	99	83	4	241	28	28	18	24	1.98
65033273--65033328	15	3.7	15	75	17	62	62	8	14	14	1.54
65036342--65036521	50	3.6	49	77	7	166	29	26	17	27	1.97
65043083--65043144	30	2.1	30	96	0	115	25	29	4	40	1.76
65051869--65051897	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
65062257--65062297	18	2.3	18	95	0	73	24	29	31	14	1.95
65071271--65071828	47	11.7	47	94	1	902	32	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65071292--65071828	143	3.8	143	94	1	916	32	8	29	29	1.87
65073279--65073510	40	5.8	40	91	0	356	24	22	28	25	2.00
65077265--65077869	47	12.7	47	94	2	1005	31	8	30	29	1.87
65077265--65077869	96	6.4	94	94	1	1005	31	8	30	29	1.87
65077265--65077869	143	4.2	141	94	2	973	31	8	30	29	1.87
65079743--65079842	26	4.1	25	71	10	73	25	3	8	64	1.36
65082693--65082731	10	3.9	10	80	12	53	69	2	7	20	1.26
65082755--65082779	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
65085766--65085883	48	2.5	47	90	1	173	28	16	22	31	1.96
65094379--65094503	10	12.3	10	68	23	57	61	0	3	34	1.17
65094391--65094439	18	2.9	17	82	14	66	59	0	2	38	1.09
65094390--65094458	5	13.2	5	76	18	61	59	0	4	36	1.17
65094443--65094492	26	1.9	26	88	8	75	64	2	0	34	1.05
65094442--65094494	22	2.3	23	78	15	65	64	1	0	33	1.05
65099490--65099824	165	2.0	165	90	2	530	27	18	11	42	1.85
65106644--65106692	25	2.0	25	84	8	64	26	16	24	32	1.96
65109852--65109933	3	27.3	3	77	9	78	60	3	4	30	1.34
65109855--65109891	16	2.4	16	90	4	58	59	5	5	29	1.42
65110517--65110563	22	2.2	22	88	3	69	80	2	10	6	0.96
65115439--65115629	68	2.8	66	81	6	213	39	6	18	34	1.78
65116122--65116162	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
65122238--65122281	23	1.9	23	85	0	61	34	0	4	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65123566--65123595	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
65123864--65123893	12	2.4	13	88	11	53	86	13	0	0	0.57
65130879--65130921	20	2.2	20	95	0	77	9	23	30	37	1.86
65136112--65136160	24	2.2	21	74	19	53	26	22	22	28	1.99
65137462--65137501	21	2.0	21	90	5	64	27	30	32	10	1.89
65138741--65138957	46	4.7	46	77	10	210	22	30	19	27	1.98
65138641--65138957	46	6.8	48	73	12	198	23	29	18	27	1.98
65149061--65149196	65	2.1	66	95	2	256	38	25	13	21	1.91
65149688--65149730	17	2.6	16	80	20	52	39	0	16	44	1.48
65158015--65158149	49	2.7	50	83	7	168	25	29	20	25	1.99
65158019--65158149	50	2.7	49	82	8	158	25	29	19	25	1.98
65157968--65158330	47	7.7	46	74	11	186	24	29	19	26	1.98
65164057--65164223	46	3.6	45	78	12	178	29	19	28	22	1.98
65164292--65164543	129	2.0	129	95	0	450	27	18	28	25	1.98
65166303--65166335	12	2.8	12	95	4	59	30	27	33	9	1.88
65173004--65173042	19	2.1	19	85	0	51	56	7	2	33	1.41
65178547--65178586	21	1.9	21	85	10	55	37	7	0	55	1.29
65180780--65180938	68	2.3	70	89	5	241	12	33	4	49	1.60
65185034--65185118	43	2.0	43	95	0	152	30	11	27	30	1.92
65185528--65185560	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
65185800--65185870	16	4.4	16	87	0	97	30	25	7	36	1.83
65195875--65195917	23	1.9	22	90	4	68	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65195874--65195924	23	2.2	23	78	0	57	33	0	0	66	0.92
65196935--65197000	35	1.9	34	87	3	96	43	4	1	50	1.32
65198014--65198070	24	2.4	25	77	14	66	52	0	0	47	1.00
65198047--65198130	31	2.7	31	80	14	93	54	1	2	41	1.21
65198418--65198473	27	2.1	27	86	6	78	55	7	8	28	1.57
65207673--65207951	136	2.0	137	90	4	447	22	23	18	35	1.95
65215680--65215718	18	2.2	18	86	9	53	64	0	7	28	1.21
65216758--65216900	57	2.5	58	78	4	148	32	19	21	26	1.97
65220032--65220374	40	8.6	40	92	2	566	27	20	28	23	1.99
65220030--65220374	159	2.2	159	91	2	570	27	20	28	24	1.99
65220032--65220378	79	4.4	80	92	1	556	27	20	28	24	1.99
65220032--65220374	119	2.9	120	91	2	566	27	20	28	23	1.99
65227638--65228142	40	12.6	40	93	0	832	27	19	27	24	1.99
65231563--65231615	21	2.5	22	76	11	56	32	16	9	41	1.81
65235560--65235710	42	3.6	41	81	3	176	31	15	22	30	1.95
65235560--65235716	85	1.9	84	86	4	226	31	15	22	30	1.95
65246836--65246873	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65247149--65247271	47	2.6	47	90	0	210	28	26	20	25	1.99
65247097--65247313	47	4.7	45	81	10	192	29	26	19	24	1.99
65249262--65249302	19	2.2	19	86	0	55	12	29	31	26	1.92
65265094--65265150	20	2.8	20	91	0	87	22	31	0	45	1.53
65269024--65269136	43	2.7	42	84	5	156	29	17	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65272456--65272659	46	4.4	45	90	3	300	19	23	14	43	1.87
65274862--65274963	50	2.1	50	87	5	145	31	8	11	48	1.71
65279914--65279953	19	2.1	19	100	0	80	30	35	25	10	1.88
65283909--65284082	50	3.7	47	78	11	151	25	17	31	25	1.97
65283909--65284032	46	2.7	47	78	10	139	25	16	33	25	1.96
65291527--65291681	42	3.7	43	75	12	126	25	21	28	24	1.99
65291574--65291681	43	2.5	42	78	10	121	24	23	27	25	2.00
65302406--65302590	47	3.9	47	88	0	271	34	11	27	26	1.91
65302422--65302497	22	3.3	22	64	16	55	35	13	26	25	1.92
65302795--65302907	37	3.1	37	94	0	190	22	18	30	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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