genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86028792--86029202	48	8.6	48	84	4	402	24	29	19	26	1.99
86035940--86035970	16	1.9	16	93	0	53	32	25	12	29	1.93
86036203--86036274	32	2.2	32	85	0	99	22	19	30	27	1.98
86038536--86038567	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
86039631--86039843	81	2.6	81	88	0	291	30	20	6	42	1.76
86039650--86039843	27	7.2	27	86	0	226	29	20	6	43	1.76
86040078--86040139	27	2.3	28	83	8	83	20	24	22	32	1.98
86040307--86040391	37	2.3	37	83	0	116	17	15	12	54	1.72
86040311--86040377	19	3.6	19	73	4	64	17	14	13	53	1.72
86042397--86042590	27	7.2	27	88	0	253	29	22	7	41	1.80
86042397--86042590	54	3.6	54	89	0	280	29	22	7	41	1.80
86042397--86042590	81	2.4	81	89	0	280	29	22	7	41	1.80
86043094--86043263	6	27.7	6	70	13	96	20	20	11	48	1.79
86043116--86043246	37	3.5	37	91	0	199	19	21	11	47	1.81
86043094--86043246	31	4.5	31	74	17	126	19	20	11	48	1.80
86046112--86046281	40	4.3	40	87	2	200	25	21	27	24	1.99
86046151--86046316	79	2.1	79	79	4	174	25	21	28	24	1.99
86048638--86048663	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
86059325--86059381	30	1.9	30	100	0	114	28	31	22	17	1.97
86066969--86067084	22	5.1	22	83	7	126	18	22	16	43	1.88
86072349--86072421	29	2.5	29	78	12	78	26	16	31	26	1.96
86080451--86080524	29	2.6	29	79	12	80	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86087252--86087614	47	7.6	47	92	3	550	28	29	8	33	1.87
86087252--86087614	143	2.6	143	90	3	554	28	29	8	33	1.87
86090824--86091091	40	6.7	40	85	2	324	26	27	20	25	1.99
86090824--86091087	120	2.2	120	85	2	361	26	26	20	25	1.99
86091463--86091646	40	4.6	40	75	10	171	26	27	21	25	2.00
86091463--86091647	79	2.3	81	79	6	198	26	27	21	24	1.99
86093748--86094063	47	6.6	47	90	3	456	28	29	8	33	1.87
86093748--86094063	96	3.3	96	87	6	473	28	29	8	33	1.87
86093769--86094040	143	1.9	141	90	3	438	27	30	9	32	1.89
86102196--86102378	48	3.9	48	73	9	189	28	24	20	26	1.99
86122524--86122682	27	5.9	27	80	11	166	35	22	22	18	1.95
86122542--86122682	54	2.6	54	89	2	212	36	24	21	17	1.95
86124297--86124404	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
86129655--86129813	27	5.9	27	82	11	184	34	22	24	18	1.96
86129673--86129813	54	2.6	54	93	2	239	34	23	24	17	1.96
86131434--86131541	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
86136625--86136649	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
86140382--86140433	20	2.5	20	81	12	61	51	3	9	34	1.53
86140891--86140934	4	11.0	4	100	0	88	25	0	25	50	1.50
86146598--86146654	23	2.6	23	81	15	75	38	0	1	59	1.08
86148713--86148768	29	2.0	29	89	3	87	19	37	21	21	1.94
86150175--86150489	94	3.4	94	76	6	293	27	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86157248--86157304	30	1.9	30	88	0	87	36	14	19	29	1.91
86157644--86157772	47	2.8	46	78	13	147	30	19	28	21	1.98
86157739--86158012	49	5.8	48	75	11	147	26	20	28	24	1.99
86157646--86157862	94	2.3	95	82	1	240	28	18	29	23	1.98
86157698--86158015	141	2.2	141	80	8	333	27	20	28	23	1.99
86162556--86162626	2	35.5	2	88	0	106	45	0	54	0	0.99
86165389--86165464	26	2.9	26	82	3	73	40	9	15	34	1.79
86168856--86168904	24	2.0	24	100	0	98	51	16	4	28	1.63
86172769--86172909	40	3.5	40	84	3	178	26	29	22	21	1.99
86172778--86172959	79	2.3	80	80	4	208	26	28	22	23	1.99
86179333--86179562	40	5.8	40	93	1	365	26	28	22	22	1.99
86190730--86190859	43	3.0	43	82	2	163	26	26	16	29	1.97
86190741--86190976	43	5.5	43	76	6	147	28	28	15	27	1.96
86190981--86191041	20	2.8	21	74	16	61	39	0	3	57	1.15
86195436--86195507	3	24.7	3	88	5	112	0	37	0	62	0.95
86195955--86195989	7	5.0	7	89	0	52	42	0	2	54	1.15
86196182--86196238	7	8.1	7	78	0	51	47	33	1	17	1.58
86196400--86196443	22	2.0	22	83	12	56	36	43	0	20	1.52
86197009--86197139	41	3.2	41	86	0	163	24	19	22	33	1.97
86197838--86198228	192	2.0	192	99	0	773	43	21	10	24	1.83
86198257--86198375	59	2.0	59	96	0	220	30	11	18	39	1.86
86205126--86205421	38	7.8	39	78	8	240	33	27	20	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86205121--86205421	114	2.6	114	79	3	322	34	27	19	17	1.95
86231623--86231882	40	6.6	40	91	1	375	27	24	26	21	1.99
86240584--86240631	24	2.0	24	83	0	60	18	18	18	43	1.88
86240631--86240695	26	2.6	25	79	15	73	30	24	21	23	1.99
86240821--86240906	20	4.4	20	72	5	86	32	4	19	43	1.72
86250234--86250258	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
86268742--86268881	59	2.3	62	80	9	164	45	13	5	35	1.67
86272671--86272887	40	5.4	40	92	2	332	23	23	29	24	1.99
86288971--86289088	59	2.0	59	100	0	236	52	20	11	15	1.73
86293545--86293602	29	2.0	29	100	0	116	37	17	0	44	1.49
86294179--86294215	18	2.1	18	100	0	74	27	10	10	51	1.70
86297847--86297892	23	2.0	23	100	0	92	52	4	4	39	1.41
86299301--86299348	22	2.2	22	81	7	53	18	14	6	60	1.55
86299389--86299447	30	2.0	30	96	0	109	28	3	10	57	1.48
86306484--86306538	25	2.2	25	100	0	110	30	16	16	36	1.91
86307911--86307962	27	1.9	27	88	7	79	30	25	21	23	1.99
86308673--86308715	17	2.4	17	84	7	50	20	39	27	11	1.88
86308798--86308832	9	3.9	9	92	0	52	11	34	34	20	1.88
86328183--86328295	43	2.7	42	83	6	122	23	14	27	35	1.93
86328132--86328303	86	2.0	85	80	9	190	24	14	26	34	1.94
86335417--86335485	30	2.3	30	89	0	111	17	21	36	24	1.95
86336145--86336178	12	2.8	12	90	0	59	8	32	38	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86356801--86360503	924	4.0	924	98	0	7095	35	16	13	34	1.88
86361116--86361179	20	3.3	20	66	16	53	42	23	4	29	1.74
86361314--86361411	24	4.1	22	74	18	72	32	18	23	25	1.97
86361331--86361411	24	3.3	23	83	11	92	34	18	23	23	1.96
86361304--86361422	26	4.8	24	77	14	93	31	18	23	26	1.97
86363355--86363401	17	2.8	16	81	18	51	2	10	8	78	1.04
86365948--86365993	25	1.9	23	100	0	74	28	8	13	50	1.70
86365949--86366009	25	2.5	25	86	2	70	26	16	9	47	1.77
86366580--86366615	15	2.4	15	85	0	54	50	5	5	38	1.49
86366848--86366967	23	5.3	23	80	7	138	32	15	14	38	1.87
86373643--86373843	42	4.6	42	72	10	152	30	22	17	28	1.97
86377214--86377246	16	2.0	17	94	5	59	12	24	12	51	1.73
86396005--86396049	18	2.3	20	85	7	58	37	4	4	53	1.41
86396004--86396045	20	2.3	19	80	15	52	38	4	4	52	1.44
86396117--86396150	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
86396114--86396153	22	1.9	19	85	14	53	55	0	0	45	0.99
86413516--86413915	202	2.0	202	100	0	800	33	20	15	30	1.94
86419234--86419305	28	2.6	28	80	6	83	27	11	27	33	1.91
86419264--86419317	28	1.9	28	84	0	72	24	12	33	29	1.92
86429453--86429576	53	2.3	55	79	5	137	35	17	25	21	1.95
86429775--86429811	18	2.1	18	100	0	74	35	5	16	43	1.71
86429857--86429887	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86432514--86432613	46	2.2	46	83	7	123	27	20	29	24	1.99
86432537--86432657	46	2.7	44	87	7	154	25	19	31	23	1.98
86446031--86446082	16	3.2	16	97	0	95	26	0	34	38	1.57
86446212--86446521	157	2.0	157	94	0	548	43	3	5	47	1.42
86446275--86446524	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
86446258--86446579	157	2.0	155	81	5	349	46	4	4	44	1.44
86447398--86447427	13	2.3	13	100	0	60	60	13	6	20	1.55
86450973--86451061	28	3.1	28	76	14	92	33	3	26	35	1.73
86454156--86454421	47	5.7	46	76	11	213	27	18	30	24	1.98
86454200--86454370	91	1.8	95	88	7	271	26	18	31	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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