genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.163.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51823171--51823295	43	2.9	44	80	7	148	50	13	16	19	1.78
51823183--51823304	37	3.3	37	73	13	124	50	13	16	19	1.79
51823423--51823482	27	2.3	26	85	2	75	35	20	25	20	1.96
51823810--51824066	27	9.5	27	85	1	309	42	6	21	29	1.78
51823810--51824157	54	6.6	53	81	6	368	41	7	21	29	1.80
51823810--51824157	81	4.4	80	78	7	363	41	7	21	29	1.80
51823991--51824131	73	1.9	73	88	2	212	44	7	19	27	1.78
51824045--51824085	19	2.2	19	90	0	64	46	7	24	21	1.77
51824061--51824157	27	3.6	26	80	8	97	37	8	23	30	1.84
51824119--51824303	27	6.9	27	79	7	169	31	7	21	40	1.80
51824298--51824368	27	2.6	27	88	0	106	28	23	18	29	1.98
51828605--51828674	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
51828605--51828702	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
51836474--51836543	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
51836474--51836571	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
51849751--51849856	26	4.1	26	96	0	194	31	6	27	34	1.82
51853050--51853080	12	2.6	12	94	0	53	9	22	51	16	1.73
51856426--51856508	26	3.2	26	96	0	157	31	6	26	36	1.81
51860074--51860117	17	2.6	16	79	10	52	40	0	2	56	1.11
51860047--51860115	29	2.3	30	80	2	77	43	0	1	55	1.08
51860956--51860991	18	2.0	18	88	0	54	52	11	0	36	1.37
51873215--51873248	6	5.5	6	89	3	50	70	2	0	26	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51873277--51873327	9	5.7	9	83	0	57	29	7	15	47	1.74
51873269--51873328	18	3.3	18	78	0	75	30	6	15	48	1.70
51873269--51873327	27	2.2	27	84	0	73	30	6	15	47	1.71
51881438--51881495	21	2.7	23	76	17	61	29	8	0	62	1.25
51885229--51885278	21	2.4	21	82	0	55	20	28	34	18	1.95
51886875--51886938	18	3.6	18	82	0	83	29	14	17	39	1.88
51888084--51888119	18	1.9	18	88	5	54	0	36	0	63	0.94
51892690--51892746	18	3.2	17	78	11	53	40	21	12	26	1.88
51892690--51892728	17	2.2	17	86	4	51	43	23	10	23	1.84
51892818--51892881	18	3.6	18	85	4	67	35	14	15	34	1.88
51894081--51894110	15	1.9	16	93	6	53	0	20	6	73	1.05
51894141--51894174	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
51898908--51899122	47	4.6	48	75	9	158	24	28	19	28	1.98
51904334--51904518	40	4.7	40	80	6	198	24	22	27	25	2.00
51904387--51904541	79	2.0	79	80	10	174	25	21	26	26	1.99
51912495--51912677	40	4.7	40	82	9	216	24	22	28	25	1.99
51912546--51912710	79	2.1	78	82	7	201	25	21	27	25	1.99
51939839--51940059	47	4.7	46	74	11	155	22	29	19	28	1.98
51939934--51940056	46	2.6	46	82	6	149	21	30	20	27	1.98
51945904--51946394	47	10.4	47	94	0	820	32	8	29	29	1.88
51945908--51946394	237	2.1	237	94	0	843	32	9	29	29	1.88
51946513--51946591	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51947970--51948314	40	8.6	40	86	3	360	25	22	27	25	2.00
51951108--51951314	47	4.4	47	93	0	333	31	8	30	28	1.86
51951433--51951511	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
51954598--51954859	39	6.7	40	89	5	342	24	27	22	25	2.00
51968390--51968470	9	9.0	9	67	14	51	71	3	6	18	1.22
51972381--51972429	14	3.5	14	77	0	62	38	10	10	40	1.73
51972389--51972429	10	4.3	10	75	12	50	39	9	9	41	1.71
51972399--51972433	18	1.9	18	100	0	70	37	11	11	40	1.77
51972537--51972690	28	5.5	28	90	3	222	27	12	26	33	1.92
51980533--51980686	28	5.5	28	89	1	220	27	12	27	32	1.92
51983695--51983756	29	2.1	29	82	11	74	56	8	1	33	1.38
51984769--51984810	13	3.1	13	81	18	50	80	7	0	11	0.88
51984768--51984819	24	2.2	25	86	6	72	75	5	0	19	1.01
51995402--51995434	13	2.4	14	90	5	50	57	3	0	39	1.14
51996832--51996891	30	2.0	30	90	0	93	23	1	16	58	1.47
51999094--51999153	30	2.0	30	86	0	84	25	1	16	56	1.49
52001459--52001505	18	2.5	20	76	20	55	29	17	14	38	1.89
52001473--52001508	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
52007335--52007377	21	2.0	21	81	0	50	46	2	9	41	1.48
52014850--52014882	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
52019509--52019551	21	2.0	21	86	0	59	53	2	13	30	1.53
52019910--52019958	23	2.1	23	88	0	71	67	6	4	22	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52020099--52020125	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
52024360--52024456	49	1.9	50	87	6	142	32	14	12	40	1.83
52024346--52024476	52	2.6	51	80	11	153	33	15	12	38	1.86
52042907--52042981	28	2.6	28	83	8	80	42	10	5	41	1.62
52044684--52045005	3	107.0	3	77	10	302	62	1	5	30	1.26
52046339--52046790	45	9.6	45	68	15	227	27	20	20	32	1.97
52046321--52046601	96	2.9	95	83	3	332	26	17	20	35	1.95
52046526--52046887	143	2.5	143	89	0	499	28	20	19	31	1.97
52046526--52046931	143	2.8	141	86	2	497	28	20	19	31	1.97
52055876--52056152	40	6.9	40	94	0	473	26	20	28	24	1.99
52058516--52058558	19	2.3	19	84	8	52	39	11	20	27	1.88
52059277--52059304	8	3.5	8	100	0	56	10	35	10	42	1.74
52062274--52062570	3	98.0	3	81	7	269	60	0	7	31	1.28
52065477--52065661	90	2.1	90	82	6	223	37	16	8	37	1.79
52065793--52065873	28	2.9	28	82	8	78	61	2	3	32	1.26
52065799--52065841	20	2.1	21	83	12	54	62	2	0	34	1.08
52066162--52066204	10	4.5	10	80	8	54	27	4	0	67	1.10
52083348--52083514	90	1.9	90	82	5	212	27	19	25	27	1.99
52087679--52087729	20	2.4	22	83	9	61	49	0	1	49	1.12
52087679--52087733	24	2.3	23	81	9	58	49	0	1	49	1.11
52087703--52087759	27	2.1	27	81	15	66	50	1	1	45	1.22
52087874--52087923	16	3.2	16	78	13	59	36	6	0	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52088027--52088064	20	1.9	20	89	10	60	44	0	2	52	1.14
52088151--52088206	19	3.1	18	78	12	60	48	0	1	50	1.11
52088210--52088256	13	3.5	14	85	5	62	76	2	6	14	1.08
52089014--52089120	40	2.7	40	85	1	135	33	8	18	39	1.81
52089323--52089347	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
52089325--52089433	43	2.5	45	86	5	143	22	20	18	39	1.92
52089413--52089456	6	7.2	6	80	14	54	15	15	18	50	1.79
52090723--52090766	18	2.4	18	88	0	61	34	31	4	29	1.78
52095467--52095517	20	2.4	22	83	9	61	49	0	1	49	1.12
52095467--52095521	24	2.3	23	81	9	58	49	0	1	49	1.11
52095491--52095547	27	2.1	27	81	15	66	50	1	1	45	1.22
52095677--52095726	16	3.2	16	78	13	59	36	6	0	58	1.23
52095957--52096012	19	3.1	18	78	12	60	48	0	1	50	1.11
52096016--52096062	13	3.5	14	80	5	53	76	2	8	12	1.09
52096852--52096938	40	2.2	40	80	0	102	31	9	18	41	1.82
52097237--52097277	6	6.7	6	83	5	55	19	17	14	48	1.81
52103317--52103362	19	2.4	19	88	0	65	28	26	28	17	1.98
52113066--52113099	16	2.1	16	89	10	52	58	20	2	17	1.51
52113052--52113134	41	2.0	41	100	0	166	51	16	7	24	1.69
52115716--52116153	237	1.9	236	87	2	655	34	16	22	26	1.95
52118944--52118994	25	2.0	25	100	0	102	47	27	3	21	1.68
52121147--52121201	27	2.0	27	89	0	83	30	25	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52122422--52122449	14	2.0	14	100	0	56	14	28	0	57	1.38
52123024--52123060	16	2.2	18	85	9	51	45	0	2	51	1.15
52139041--52139110	19	3.7	19	84	5	90	50	10	10	30	1.69
52141308--52141360	26	2.0	26	85	7	72	5	26	1	66	1.25
52143640--52143673	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
52143660--52143712	19	2.8	19	88	11	90	49	15	9	26	1.74
52148036--52148114	42	1.9	41	94	2	140	29	2	7	60	1.37
52148224--52148274	17	3.4	15	75	17	52	37	1	0	60	1.08
52148232--52148266	17	2.1	17	100	0	70	48	0	0	51	1.00
52150663--52150742	30	2.6	31	92	3	128	40	1	0	58	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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