genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89854762--89854815	15	3.7	15	82	2	65	7	14	18	59	1.58
89859169--89859323	43	3.7	42	76	11	147	29	26	18	26	1.98
89861740--89861766	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
89867379--89867517	43	3.2	43	84	0	188	30	30	14	25	1.95
89869033--89869121	25	3.6	25	76	15	80	43	5	0	50	1.25
89869134--89869195	10	5.8	10	74	20	54	32	3	0	64	1.09
89869100--89869202	20	5.0	19	73	24	68	32	4	0	62	1.23
89869134--89869197	24	2.8	24	85	4	78	32	3	0	64	1.10
89869418--89869495	19	4.0	19	68	15	52	30	2	0	66	1.05
89869447--89869500	23	2.3	23	81	18	67	33	0	0	66	0.92
89869483--89869508	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
89869498--89869548	25	1.9	28	88	11	81	43	3	0	52	1.19
89872296--89872326	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
89874839--89874872	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
89875429--89875578	72	2.1	73	85	6	198	48	5	35	11	1.62
89876042--89876169	7	18.0	7	69	18	50	41	35	1	21	1.62
89876072--89876273	7	28.4	7	70	10	79	46	29	1	22	1.63
89876154--89876205	22	2.5	20	77	22	61	48	30	0	21	1.51
89876129--89876273	29	5.1	28	76	5	94	46	28	1	23	1.60
89876576--89876733	40	4.0	40	88	0	235	25	24	20	29	1.99
89883348--89883457	26	4.2	26	97	0	193	35	24	6	33	1.81
89911388--89911489	33	3.1	34	72	13	97	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89917520--89917697	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89917521--89917676	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89917517--89917697	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89925457--89925578	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
89925429--89925981	47	11.6	47	91	3	756	28	28	9	33	1.88
89927429--89927548	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
89936326--89936484	29	5.5	29	68	12	112	30	35	16	17	1.92
89936356--89936510	28	5.5	28	72	3	130	29	34	20	16	1.94
89936342--89936512	57	3.0	57	92	0	288	29	34	18	17	1.94
89938757--89938947	39	4.9	39	90	2	294	25	29	22	22	1.99
89939884--89939958	34	2.2	34	82	0	96	37	17	6	38	1.76
89944531--89944678	40	3.7	40	84	8	194	23	22	28	25	1.99
89944531--89944707	80	2.2	80	81	8	202	25	21	27	25	1.99
89944933--89944976	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
89949635--89949812	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89949636--89949791	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89949632--89949812	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89969048--89969257	40	5.3	39	89	4	251	25	21	27	25	1.99
89968995--89969257	120	2.2	120	82	4	318	25	21	27	25	1.99
89968996--89969292	80	3.7	80	82	6	239	26	21	27	24	1.99
89971108--89971287	31	5.8	31	90	2	272	27	19	26	26	1.99
89971286--89971314	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89974944--89975081	40	3.5	40	84	0	141	35	21	13	30	1.91
89977506--89977549	22	2.0	22	90	0	70	20	9	22	47	1.78
89985192--89985237	21	2.2	21	84	7	58	36	0	17	45	1.49
89985447--89985498	19	2.9	18	83	10	72	46	15	15	23	1.83
89991251--89991417	45	3.7	45	83	4	176	46	34	2	16	1.62
89991251--89991417	23	7.4	23	76	3	160	46	34	2	16	1.62
89991251--89991424	46	3.9	45	83	5	183	47	33	2	15	1.60
89991376--89991441	34	2.0	33	85	5	89	48	34	1	15	1.54
89992621--89992670	16	3.1	16	79	0	64	28	16	26	30	1.96
89998930--89998961	16	2.0	16	100	0	64	43	18	0	37	1.51
90009813--90009932	47	2.6	46	83	7	143	34	19	24	22	1.97
90009905--90010019	46	2.5	44	83	6	133	28	18	29	23	1.98
90017696--90017726	15	2.1	15	100	0	62	25	19	19	35	1.95
90018597--90018715	45	2.6	46	85	5	143	30	14	30	25	1.95
90018644--90018765	45	2.7	44	82	8	131	27	18	30	23	1.97
90027904--90028078	40	4.4	39	80	6	190	24	22	27	25	2.00
90027906--90028088	80	2.3	81	82	4	210	25	24	27	23	2.00
90067035--90067065	11	2.7	11	95	5	53	83	0	6	9	0.79
90082176--90082353	50	3.5	50	74	10	173	26	17	24	30	1.97
90082173--90082362	101	1.9	101	87	0	281	26	18	23	31	1.98
90094121--90094154	17	2.0	17	88	11	52	14	11	2	70	1.27
90101835--90101978	39	3.7	39	88	1	200	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90101835--90101998	78	2.1	78	83	5	199	23	21	28	26	1.99
90113064--90113295	41	5.7	41	88	0	313	34	15	29	21	1.94
90113161--90113266	21	5.1	21	65	8	65	36	16	26	19	1.94
90123886--90124043	43	3.7	43	80	5	140	31	27	15	25	1.96
90130520--90130546	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
90131615--90131714	41	2.5	41	83	1	121	20	18	26	36	1.95
90134329--90134550	47	4.7	47	73	14	167	30	18	27	23	1.98
90134326--90134498	94	1.8	94	87	2	258	30	19	27	23	1.98
90134326--90134548	94	2.4	94	82	8	249	30	18	27	23	1.98
90136640--90136694	27	2.0	27	89	0	83	34	23	25	16	1.95
90150125--90150222	41	2.4	41	89	3	144	42	16	15	25	1.87
90150164--90150284	60	2.0	61	83	1	154	40	19	18	22	1.91
90150225--90150302	40	1.9	40	84	5	102	35	20	17	25	1.95
90150145--90150332	101	1.9	102	82	9	242	38	18	17	25	1.92
90150606--90150646	21	1.9	22	90	5	66	46	31	0	21	1.52
90151109--90151185	21	3.8	20	75	17	70	20	0	31	48	1.50
90151174--90151236	28	2.3	27	84	13	83	17	3	36	42	1.65
90151528--90151816	154	1.9	154	82	4	368	33	19	20	26	1.96
90151675--90151932	115	2.2	116	85	3	351	32	18	22	26	1.97
90154864--90155127	9	30.0	9	69	13	115	46	16	0	36	1.51
90154848--90154981	52	2.6	52	95	0	232	50	14	0	35	1.44
90154896--90155060	79	2.1	79	91	0	267	49	13	0	36	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90154896--90155100	79	2.6	79	85	4	218	47	15	0	37	1.49
90157490--90157535	23	2.0	23	95	0	83	19	26	19	34	1.96
90160942--90161022	31	2.5	33	82	8	103	12	6	20	60	1.53
90161099--90161251	43	3.5	43	87	0	207	28	32	16	22	1.96
90163218--90163360	41	3.5	40	77	11	148	20	13	32	33	1.92
90165015--90165057	21	2.0	21	100	0	86	44	23	0	32	1.54
90165955--90166014	29	2.2	28	82	14	72	23	23	15	38	1.92
90166010--90166061	26	2.0	26	100	0	104	30	26	19	23	1.98
90176651--90176690	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
90186691--90186812	44	2.8	44	79	11	128	30	26	18	24	1.98
90197766--90197866	44	2.3	43	79	5	105	30	23	16	28	1.97
90213745--90213863	40	3.0	40	96	1	211	21	19	29	29	1.98
90217176--90217254	39	2.0	39	95	0	140	46	10	8	34	1.69
90219795--90219843	25	2.0	25	95	0	89	38	6	30	24	1.80
90223150--90223322	74	2.4	69	84	11	231	50	12	7	28	1.67
90225528--90225561	16	2.2	16	94	5	61	67	5	0	26	1.13
90225526--90226126	102	6.1	102	81	8	629	54	14	1	29	1.48
90226189--90226218	14	2.1	14	100	0	60	53	0	6	40	1.27
90228138--90228188	25	2.0	25	92	0	84	31	13	25	29	1.94
90231493--90231565	27	2.7	26	75	10	67	17	23	19	39	1.92
90235035--90235088	27	2.0	28	88	3	83	48	0	7	44	1.31
90238752--90238793	22	1.9	22	100	0	84	33	4	14	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90240244--90240277	10	3.4	10	100	0	68	29	8	20	41	1.82
90247620--90247793	43	4.1	43	95	0	305	28	20	28	22	1.99
90248173--90248231	21	2.8	21	92	0	91	0	54	18	27	1.44
90248643--90248671	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
90248838--90248876	17	2.4	17	86	4	53	48	0	10	41	1.37
90253858--90253999	34	4.1	34	72	11	110	40	0	11	47	1.44
90253878--90254049	9	19.6	9	68	11	54	38	1	12	47	1.51
90253983--90254015	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
90254153--90254208	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
90254418--90255297	356	2.5	358	97	0	1647	37	11	14	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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