genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23860875--23860938	19	3.3	19	80	2	74	32	0	3	64	1.10
23861956--23862127	31	5.6	30	72	13	145	51	5	1	41	1.33
23861953--23862148	61	3.2	61	86	4	288	50	6	1	42	1.35
23885986--23886077	23	4.0	23	100	0	184	26	17	17	39	1.91
23887069--23887153	29	2.9	29	89	0	116	31	35	16	16	1.91
23892645--23892801	23	6.8	23	79	7	117	25	22	19	33	1.97
23892676--23892804	46	2.8	46	79	9	147	24	21	18	34	1.96
23892743--23892813	24	3.0	24	91	6	110	26	19	16	36	1.94
23899880--23899978	23	4.4	22	77	12	78	27	23	18	31	1.97
23899880--23900031	46	3.2	46	76	10	139	27	21	19	31	1.97
23899902--23900016	24	4.9	23	76	13	94	28	20	15	34	1.94
23905074--23905122	21	2.3	20	89	6	71	16	26	38	18	1.91
23905966--23905998	16	2.1	16	100	0	66	33	12	6	48	1.65
23908789--23908828	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
23909163--23909200	18	2.0	20	85	15	53	31	5	5	57	1.43
23918313--23918503	91	2.1	90	85	2	249	34	20	15	29	1.94
23926272--23926380	57	1.9	57	86	0	155	23	11	34	30	1.90
23939014--23939701	341	2.0	343	90	1	1092	29	27	17	26	1.97
23945179--23945234	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
23945168--23945234	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
23945271--23945320	23	2.2	23	96	0	91	30	18	20	32	1.96
23945271--23945341	23	3.0	23	87	8	81	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23945535--23945598	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
23952017--23952072	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
23952006--23952072	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
23952121--23952265	24	6.0	24	85	5	195	28	20	21	29	1.98
23956494--23956611	43	2.8	43	80	11	127	33	26	17	22	1.96
23964851--23964881	13	2.4	13	94	0	53	48	0	0	51	1.00
23966687--23966717	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23966684--23966723	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23966909--23967163	55	4.8	54	76	7	220	23	25	16	35	1.95
23966954--23967156	108	1.9	110	85	4	286	25	25	16	32	1.96
23969218--23969247	13	2.2	14	94	5	53	23	3	36	36	1.71
23969288--23969371	28	3.0	28	89	1	123	19	4	30	45	1.71
23979832--23979869	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
23986742--23986775	12	2.8	12	86	0	50	35	8	17	38	1.81
23986736--23986794	31	1.9	30	86	3	82	35	8	16	38	1.80
23988770--23988828	10	6.3	9	79	13	66	62	1	1	33	1.15
23988863--23988922	27	2.3	26	82	8	68	65	1	5	28	1.23
23988892--23988925	17	1.9	18	94	5	61	73	0	2	23	0.97
23988977--23989034	30	1.9	31	83	13	77	53	1	6	37	1.38
23989053--23989110	28	2.2	26	84	6	71	55	0	3	41	1.17
23989536--23989581	24	1.9	24	86	8	67	28	2	0	69	1.00
23994902--23994956	27	2.0	28	85	3	76	25	23	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23995595--23995648	28	2.0	27	96	3	99	38	9	7	44	1.65
24011803--24011837	18	1.9	18	88	0	52	34	2	0	62	1.10
24011853--24011886	17	2.0	17	94	0	59	17	2	0	79	0.86
24012554--24012597	14	2.8	16	86	10	56	65	6	0	27	1.17
24018761--24018795	12	2.8	13	86	8	54	80	0	20	0	0.72
24019805--24019840	14	2.6	14	95	0	63	33	5	19	41	1.75
24021198--24021289	32	2.9	32	96	0	166	52	18	4	25	1.64
24021198--24021316	32	4.0	27	88	7	78	52	18	4	25	1.63
24025354--24025406	17	3.4	17	75	20	69	54	20	11	13	1.69
24025349--24025407	30	2.0	30	96	0	109	54	20	11	13	1.70
24040488--24040537	24	2.1	24	85	7	66	70	4	4	22	1.21
24042225--24042273	24	2.0	24	96	0	89	65	10	4	20	1.39
24044054--24044111	28	2.1	28	81	12	66	37	1	0	60	1.07
24044068--24044114	18	2.5	19	82	10	60	31	0	0	68	0.90
24044068--24044113	14	3.3	14	84	6	58	32	0	0	67	0.91
24044257--24044686	82	5.2	82	79	8	369	30	12	12	45	1.78
24044470--24044724	77	3.2	76	75	10	208	29	11	12	45	1.78
24044999--24045341	184	1.9	184	98	0	659	29	18	17	34	1.94
24051637--24051685	20	2.5	20	86	0	62	32	4	6	57	1.42
24052807--24052833	10	2.7	10	100	0	54	77	0	0	22	0.76
24053059--24053096	17	2.2	17	86	9	51	57	0	2	39	1.12
24055839--24055872	17	2.0	17	88	11	52	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24056355--24056564	113	1.9	113	86	6	300	30	7	15	46	1.74
24056914--24056972	28	2.1	29	96	3	111	25	0	15	59	1.36
24060327--24060472	51	2.7	51	77	10	132	24	52	2	20	1.60
24062906--24062939	17	1.9	18	94	5	61	23	2	5	67	1.26
24062906--24062941	9	4.0	9	89	10	56	22	2	8	66	1.31
24062972--24063010	17	2.2	18	86	9	53	28	2	2	66	1.18
24069704--24069887	40	4.6	40	80	2	208	26	22	25	25	2.00
24075846--24075913	28	2.4	28	92	0	109	33	30	13	22	1.92
24075901--24076008	40	2.7	40	84	5	112	30	26	16	25	1.97
24076714--24076756	19	2.3	19	95	0	77	32	18	18	30	1.95
24078906--24079078	46	3.7	46	76	10	172	21	19	27	31	1.97
24078903--24079073	93	1.8	93	89	0	270	21	19	28	30	1.97
24096603--24096715	28	4.0	28	80	0	127	29	28	13	29	1.94
24111455--24111523	32	2.2	32	100	0	138	17	18	8	55	1.67
24114825--24114882	28	2.0	31	83	10	77	27	1	3	67	1.17
24125752--24125801	26	1.9	26	83	0	64	40	22	2	36	1.65
24125732--24125801	13	5.3	13	68	1	50	37	24	2	35	1.70
24125899--24126110	46	4.6	46	89	2	264	19	23	14	42	1.88
24126656--24126697	17	2.4	18	80	4	50	50	7	0	42	1.30
24128210--24128286	27	2.8	28	71	13	70	57	3	0	38	1.17
24132988--24133031	23	2.0	22	81	4	52	6	9	2	81	0.94
24133166--24133221	18	3.0	18	72	15	51	60	3	1	33	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24137782--24137852	35	2.0	35	100	0	142	40	0	14	45	1.44
24142169--24142339	93	1.8	93	88	0	261	29	27	19	22	1.98
24142164--24142333	46	3.7	46	76	10	175	30	27	19	23	1.98
24154526--24154830	46	6.5	48	75	11	215	26	28	17	27	1.98
24156649--24156696	17	2.8	17	87	6	62	37	25	18	18	1.94
24164277--24164334	30	1.9	30	89	0	89	20	25	29	24	1.99
24166876--24166921	23	2.0	24	83	12	60	67	0	13	19	1.23
24167618--24167761	74	1.9	74	97	0	270	19	20	25	34	1.96
24177401--24177474	25	2.8	25	85	8	67	16	10	12	60	1.58
24177421--24177474	25	2.1	26	96	3	101	18	11	9	61	1.55
24180735--24181122	193	2.0	193	99	0	767	37	19	20	22	1.94
24184384--24184426	21	2.0	22	81	4	52	20	11	4	62	1.46
24189702--24189734	12	2.9	12	91	8	52	57	15	0	27	1.38
24194770--24194840	24	3.0	24	91	0	106	33	4	36	25	1.75
24196257--24196361	27	3.9	27	80	9	115	17	23	21	37	1.94
24196257--24196368	54	2.1	54	83	3	136	16	23	22	37	1.94
24201215--24201285	24	3.0	24	91	0	115	33	1	39	25	1.65
24201215--24201308	48	1.9	48	81	10	111	32	4	39	23	1.74
24202701--24202811	27	4.1	27	77	10	111	15	22	23	38	1.92
24202702--24202807	54	2.0	53	85	5	142	16	21	22	39	1.92
24209439--24209477	19	2.0	20	85	5	53	33	0	0	66	0.92
24210608--24210668	31	2.0	31	96	0	113	22	8	18	50	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24214612--24214733	61	2.0	61	100	0	244	42	13	8	36	1.74
24220541--24220847	40	7.7	40	95	0	533	21	28	20	30	1.98
24229111--24229414	40	7.7	40	94	1	515	21	28	20	30	1.98
24231503--24231733	41	5.6	41	80	4	241	36	14	25	22	1.93
24231503--24231736	123	1.9	124	83	4	303	35	14	26	23	1.93
24254354--24254391	20	1.9	20	94	0	67	31	26	7	34	1.85
24254521--24254616	47	2.0	47	88	9	142	8	54	3	34	1.46
24255799--24255902	48	2.2	45	84	12	147	36	0	53	8	1.38
24256142--24256198	30	1.9	30	85	3	80	42	5	7	45	1.53
24265160--24265263	26	4.0	26	93	0	181	35	24	7	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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