genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87939216--87939251	18	2.0	18	88	0	54	19	11	27	41	1.85
87939189--87939279	45	2.0	46	91	2	148	20	16	25	37	1.93
87939502--87939870	27	13.7	27	81	3	316	31	7	20	39	1.81
87939613--87939870	81	3.2	81	89	2	369	31	7	19	41	1.79
87945791--87946008	40	5.5	40	91	1	323	25	27	23	23	2.00
87954018--87954195	40	4.5	40	90	2	252	24	28	24	23	2.00
87956003--87956080	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
87956058--87956331	145	1.9	145	96	0	512	29	15	23	31	1.95
87961722--87961899	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87961743--87961898	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87969786--87969963	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87969807--87969962	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87982951--87983007	23	2.5	21	78	15	60	8	5	8	77	1.13
87985958--87986003	13	3.2	16	71	28	57	58	10	6	23	1.55
87986763--87986799	18	2.1	18	94	0	65	45	16	21	16	1.84
87987131--87987183	27	2.0	27	84	0	70	43	13	15	28	1.84
87989371--87989564	98	2.0	98	94	0	343	39	10	19	30	1.86
87992752--87992819	26	2.7	24	74	14	66	42	8	1	47	1.43
87996613--87996753	43	3.3	43	78	8	153	34	28	14	22	1.94
88001910--88001998	27	3.2	27	76	6	97	39	16	11	32	1.84
88001970--88002025	27	2.1	27	83	9	71	41	12	16	30	1.85
88006846--88006986	42	3.3	43	81	7	144	33	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88033437--88033747	46	6.6	48	74	13	204	29	17	28	24	1.97
88034827--88034866	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
88038068--88038536	48	9.7	47	75	5	382	28	17	26	27	1.98
88038064--88038530	96	4.8	96	86	1	603	28	17	26	26	1.98
88038068--88038534	192	2.4	192	87	0	664	28	17	26	27	1.98
88048761--88048805	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
88049309--88049334	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
88061725--88061766	22	1.9	22	90	9	68	30	26	0	42	1.55
88069490--88069522	16	2.1	16	100	0	66	42	27	6	24	1.78
88069813--88069902	45	2.0	45	100	0	180	51	11	8	28	1.68
88069837--88069902	16	4.3	15	68	27	50	51	10	9	28	1.67
88075778--88075819	20	2.1	20	100	0	84	23	4	9	61	1.45
88075775--88075824	20	2.8	18	83	16	68	24	4	10	62	1.44
88076583--88076613	16	1.9	16	100	0	62	12	38	35	12	1.82
88091855--88092005	27	5.6	26	80	7	142	27	15	27	29	1.96
88091855--88091984	55	2.4	54	83	7	156	27	16	27	28	1.97
88100007--88100184	27	6.6	26	83	6	178	26	15	28	29	1.96
88100008--88100163	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88100004--88100184	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
88110031--88110061	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
88110028--88110067	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
88110299--88110505	55	3.8	55	79	6	190	22	27	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88110299--88110497	108	1.8	110	85	4	287	23	26	17	32	1.97
88126918--88127364	93	4.8	93	85	2	576	24	27	18	29	1.98
88126918--88127459	140	3.9	140	75	11	461	24	27	18	29	1.98
88126938--88127413	186	2.6	186	84	4	586	24	27	18	30	1.98
88127196--88127464	46	5.8	46	71	19	150	23	28	19	28	1.98
88134491--88134614	47	2.6	47	85	2	151	30	25	14	29	1.95
88134638--88134815	31	5.7	31	89	0	257	25	26	19	28	1.98
88134793--88134917	50	2.5	51	90	3	191	26	22	17	33	1.96
88135937--88135973	18	2.1	18	90	5	58	37	16	2	43	1.62
88138099--88138408	47	6.7	46	75	13	210	23	29	18	28	1.98
88138098--88138363	46	5.7	45	76	11	207	24	29	17	28	1.97
88138097--88138356	93	2.8	93	87	4	337	23	29	17	28	1.97
88138191--88138456	46	5.7	46	73	13	199	22	28	20	28	1.98
88138097--88138453	140	2.6	137	81	9	377	23	29	18	28	1.98
88138097--88138456	93	3.9	88	82	8	278	23	29	18	28	1.98
88138146--88138453	46	6.6	46	74	15	195	23	28	19	28	1.98
88143226--88143460	128	1.8	128	93	0	407	34	13	16	35	1.88
88144882--88144960	41	1.9	41	94	0	140	16	35	24	24	1.95
88145743--88145793	26	2.0	26	100	0	102	43	21	0	35	1.53
88146006--88146225	46	4.8	45	77	15	186	23	29	19	28	1.98
88149538--88149722	55	3.4	53	76	11	187	35	16	23	24	1.95
88157117--88157360	55	4.6	54	78	9	227	36	17	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88157124--88157326	108	1.9	110	85	4	286	34	17	24	23	1.96
88162614--88162720	37	2.9	37	94	0	178	26	30	18	24	1.98
88162871--88163264	48	7.9	49	88	7	557	31	25	6	36	1.82
88162874--88163264	98	3.9	99	89	6	571	31	25	6	36	1.82
88167578--88167752	47	3.7	46	78	8	185	22	29	20	27	1.99
88167578--88167751	94	1.9	94	86	4	253	22	29	20	27	1.99
88171876--88171964	22	3.9	22	76	10	81	38	17	24	19	1.93
88173301--88173345	15	3.0	15	83	9	56	53	0	2	44	1.13
88175574--88175627	17	3.2	17	69	10	56	38	0	20	40	1.53
88175560--88175627	12	6.0	12	68	13	54	38	0	20	41	1.53
88175560--88175627	34	2.0	34	100	0	136	38	0	20	41	1.53
88178708--88178930	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
88178783--88178965	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
88180291--88180363	26	2.9	26	84	11	98	41	8	19	31	1.81
88181925--88182096	43	4.0	43	73	11	163	23	18	25	32	1.97
88187231--88187371	70	2.0	70	100	0	282	57	5	9	26	1.53
88187395--88187443	23	2.2	21	82	13	55	2	12	61	24	1.42
88200968--88201079	42	2.6	42	76	4	118	26	17	23	32	1.97
88200939--88201087	43	3.7	42	70	12	125	24	18	25	30	1.98
88201787--88201823	15	2.5	15	100	0	74	29	0	27	43	1.55
88212687--88212730	23	1.9	23	86	9	63	34	22	6	36	1.81
88215949--88216183	40	5.9	39	86	3	303	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88223546--88223585	15	2.7	16	81	14	50	30	0	17	52	1.45
88224036--88224252	40	5.6	40	82	7	268	22	23	29	25	1.99
88235463--88235755	61	4.8	61	80	2	284	32	13	25	28	1.94
88235463--88235755	122	2.4	122	85	0	390	32	13	25	28	1.94
88235766--88235833	29	2.4	28	78	11	75	29	16	22	32	1.95
88241068--88241130	31	2.0	31	81	6	74	41	3	0	55	1.16
88241429--88241488	16	3.9	15	82	6	59	26	25	8	40	1.84
88243944--88244122	48	3.7	48	76	8	202	25	28	17	28	1.97
88243947--88244133	96	1.9	96	91	2	304	27	28	16	27	1.97
88251220--88251397	27	6.6	27	82	6	198	26	15	27	30	1.96
88251221--88251376	82	1.9	81	87	6	226	26	15	27	30	1.96
88251217--88251397	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	30	1.96
88253045--88253308	40	6.6	40	91	2	415	23	22	27	26	1.99
88253040--88253340	120	2.5	119	86	4	392	24	22	26	26	2.00
88253566--88253609	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
88258883--88258994	42	2.6	43	83	4	138	25	18	25	30	1.98
88258853--88259002	43	3.7	42	74	12	136	24	19	26	29	1.98
88270501--88270541	18	2.3	18	87	4	57	26	14	24	34	1.94
88272466--88272512	19	2.5	19	100	0	94	12	21	44	21	1.85
88274535--88274578	23	1.9	23	86	9	63	36	22	6	34	1.81
88279846--88279895	22	2.3	22	85	0	64	36	46	4	14	1.63
88279880--88279918	11	3.5	11	89	0	51	38	43	2	15	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88282846--88283101	55	4.8	53	73	12	156	35	15	25	23	1.94
88282902--88283054	53	2.8	56	79	8	172	34	16	24	23	1.95
88282856--88283054	108	1.8	110	83	6	271	33	16	25	24	1.95
88283292--88283322	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
88290548--88290802	55	4.8	53	76	8	216	35	18	24	21	1.95
88290555--88290755	108	1.8	110	87	4	300	33	18	24	23	1.97
88290994--88291024	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
88296370--88296482	58	1.9	58	98	0	217	39	28	7	23	1.83
88301842--88301999	68	2.3	68	80	11	169	20	27	16	34	1.94
88311020--88311152	49	2.7	49	78	2	133	25	30	14	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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