genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12582271--12582310	20	2.0	20	100	0	80	45	20	15	20	1.86
12585409--12585628	116	1.9	115	87	0	323	32	15	20	31	1.93
12588330--12588367	16	2.3	16	90	4	58	2	21	0	76	0.91
12588328--12588374	13	4.0	12	79	20	55	2	23	0	74	0.93
12588355--12588414	32	1.9	31	83	10	77	6	21	6	65	1.40
12589426--12589473	20	2.5	19	83	10	53	68	2	6	22	1.23
12589468--12589529	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
12594184--12594274	19	4.9	19	89	8	152	38	10	14	36	1.81
12594184--12594281	35	2.7	37	86	12	141	38	10	15	35	1.81
12601867--12602044	89	2.0	89	100	0	356	23	22	15	38	1.93
12602880--12603601	298	2.4	298	93	0	1255	32	18	22	26	1.97
12603228--12603432	89	2.3	89	81	8	231	29	17	24	28	1.97
12603466--12603759	78	3.8	78	86	2	394	31	19	23	25	1.98
12603699--12603972	45	6.1	45	77	5	257	30	16	28	24	1.97
12603789--12603957	89	1.9	89	88	0	257	30	15	28	24	1.96
12603699--12603955	134	1.9	136	84	7	344	29	16	28	25	1.97
12604320--12604410	19	4.9	19	89	8	152	37	9	15	37	1.81
12604320--12604433	19	5.8	22	84	14	87	36	8	15	38	1.79
12604702--12604737	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
12609308--12609342	16	2.2	16	90	5	54	60	0	22	17	1.37
12610095--12610142	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
12613847--12614093	26	9.6	25	70	13	128	30	5	3	59	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12614149--12614218	25	2.7	25	76	8	70	28	8	4	58	1.47
12614209--12614249	4	11.0	4	80	15	52	26	0	0	73	0.84
12614208--12614249	7	6.3	7	84	15	54	28	0	0	71	0.86
12614213--12614287	22	3.5	22	70	17	66	26	1	2	69	1.10
12614208--12614268	25	2.4	25	83	8	70	27	0	1	70	0.97
12614307--12614355	20	2.4	21	82	3	64	28	2	6	63	1.30
12614330--12614411	24	3.5	24	74	16	82	30	0	6	63	1.19
12616876--12616922	23	2.0	23	83	0	58	10	31	12	44	1.77
12620406--12620515	26	4.2	26	96	0	175	33	6	24	35	1.81
12621708--12621748	21	2.0	21	85	0	55	60	0	7	31	1.24
12624152--12624234	26	3.2	26	93	1	132	33	3	24	38	1.73
12629943--12630026	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
12631492--12631544	26	2.0	26	82	7	63	37	16	15	30	1.90
12639328--12639372	22	2.0	22	83	8	56	35	11	0	53	1.37
12649713--12649894	90	2.0	89	93	1	310	30	23	11	34	1.90
12655399--12655614	45	4.8	45	79	2	220	45	13	16	24	1.83
12655400--12655609	89	2.3	89	83	4	253	45	13	16	24	1.83
12660531--12660605	38	2.1	35	85	7	96	46	33	5	14	1.67
12667251--12667294	23	2.0	21	82	8	52	45	4	20	29	1.71
12671566--12671914	44	7.7	44	65	16	140	32	17	21	28	1.96
12671566--12672038	138	3.4	137	89	2	689	32	17	21	28	1.96
12673784--12673813	14	2.2	14	94	5	53	20	0	3	76	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12674024--12674049	9	2.9	9	100	0	52	42	11	0	46	1.40
12674143--12674189	22	2.1	22	85	14	62	23	6	4	65	1.33
12674441--12674482	21	2.0	21	100	0	84	47	9	19	23	1.78
12679328--12679359	5	6.4	5	100	0	64	78	0	0	21	0.76
12680397--12680431	2	17.5	2	87	0	52	51	2	0	45	1.16
12681399--12681458	16	3.6	17	72	14	54	6	15	1	76	1.06
12683518--12683564	24	2.0	24	95	0	85	36	19	21	23	1.95
12692377--12692445	18	3.8	18	92	0	120	17	33	31	17	1.93
12692938--12692998	20	3.1	19	74	9	59	39	0	1	59	1.08
12693141--12693231	44	2.1	44	100	0	182	64	6	2	26	1.29
12695089--12695283	42	4.6	42	80	1	230	21	25	36	16	1.94
12696181--12696213	5	6.8	5	89	6	50	3	15	21	60	1.48
12699576--12699612	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
12699611--12699638	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
12702541--12702580	13	3.2	13	85	3	55	75	0	22	2	0.93
12715802--12715851	22	2.2	22	89	3	73	32	2	16	50	1.56
12719578--12719622	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
12724383--12724407	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12746058--12746206	50	3.0	50	75	7	135	39	20	10	29	1.85
12746177--12746299	35	3.5	36	82	5	144	45	17	5	31	1.71
12756004--12756098	42	2.3	42	77	10	108	27	28	23	21	1.99
12756480--12756518	10	3.9	10	80	12	53	28	0	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12758694--12758786	21	4.4	21	73	0	78	15	21	17	46	1.84
12758597--12758786	42	4.5	42	82	3	179	16	21	17	44	1.87
12761267--12761514	33	7.6	33	78	3	196	36	12	22	28	1.91
12761272--12761514	98	2.5	98	77	3	220	36	12	22	28	1.91
12761267--12761514	65	3.8	63	76	6	201	36	12	22	28	1.91
12765044--12765085	21	2.2	20	84	16	54	33	7	26	33	1.83
12769076--12769135	31	1.9	31	86	0	84	26	13	15	45	1.83
12769093--12769179	31	2.8	32	84	3	106	34	13	11	40	1.81
12773315--12773449	49	2.8	48	80	6	164	35	25	15	22	1.94
12774256--12774339	42	2.0	42	90	0	132	35	21	5	36	1.78
12774928--12774961	16	2.1	17	88	5	52	76	0	23	0	0.79
12778325--12778397	34	2.1	34	100	0	146	35	4	28	31	1.76
12780118--12780218	42	2.4	43	81	6	116	29	23	18	27	1.98
12789176--12789202	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
12791408--12791477	16	4.2	16	79	3	59	28	2	4	64	1.27
12792148--12792191	23	1.9	23	90	0	70	22	15	6	54	1.65
12793049--12793115	25	2.7	26	77	13	68	56	5	1	35	1.33
12794060--12794093	16	2.2	16	89	5	52	35	2	5	55	1.39
12794615--12794681	23	2.9	24	72	20	63	50	1	0	47	1.10
12794619--12794660	22	1.9	22	85	9	59	52	2	0	45	1.13
12799497--12799536	16	2.6	16	84	4	55	85	7	0	7	0.76
12799507--12799542	16	2.2	16	90	0	54	80	13	0	5	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12807307--12807373	19	3.5	19	91	0	116	43	11	20	23	1.85
12811186--12811220	10	3.3	10	92	8	52	42	0	11	45	1.40
12812492--12812554	26	2.3	27	78	13	67	14	4	31	49	1.64
12812708--12814418	852	2.0	852	99	0	3395	25	12	22	40	1.88
12819514--12819553	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
12820722--12820765	22	2.0	22	100	0	88	27	27	9	36	1.87
12823031--12823124	25	3.8	25	90	1	145	25	21	25	27	1.99
12823018--12823125	25	4.4	24	84	10	121	25	21	24	29	1.99
12829668--12829716	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
12830323--12830436	43	2.7	43	84	8	153	27	20	23	28	1.99
12846356--12846409	23	2.4	23	84	6	67	57	7	3	31	1.44
12846359--12846429	3	23.3	3	71	8	54	60	5	2	30	1.34
12846893--12846930	18	2.1	18	90	0	58	50	0	50	0	1.00
12846894--12846926	11	2.9	12	91	8	52	48	0	51	0	1.00
12848287--12848527	129	1.9	129	87	3	360	31	18	17	31	1.95
12848602--12849249	72	8.9	71	87	4	832	31	21	16	29	1.96
12848602--12849249	145	4.5	146	92	2	984	31	21	16	29	1.96
12849193--12849305	56	2.0	56	89	3	174	28	26	17	27	1.98
12862876--12862946	34	2.1	34	97	0	133	45	12	7	35	1.70
12869103--12869139	8	4.8	8	93	6	67	24	10	0	64	1.25
12869127--12869178	23	2.2	24	86	3	70	30	11	1	55	1.46
12869201--12869233	16	2.1	16	94	0	57	30	0	9	60	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12869266--12869322	28	2.0	28	83	6	71	42	1	0	56	1.10
12877664--12878019	176	2.0	176	97	0	667	37	8	17	36	1.82
12880312--12880443	40	3.4	39	77	7	133	33	22	16	27	1.96
12880312--12880443	41	3.4	37	76	13	106	33	22	16	27	1.96
12890240--12890266	13	2.1	13	100	0	54	14	14	29	40	1.86
12892195--12892278	24	3.2	26	77	12	68	34	3	0	61	1.13
12897824--12897889	31	2.1	31	88	0	96	24	37	24	13	1.91
12898297--12898358	31	2.0	31	90	0	97	29	27	24	19	1.98
12900816--12900886	21	3.4	21	72	1	63	25	4	21	49	1.67
12901084--12901125	20	2.0	20	86	9	57	33	0	9	57	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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