genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29823231--29823624	144	2.7	144	86	2	524	31	18	23	26	1.98
29823221--29823575	48	7.4	48	78	3	347	30	18	23	27	1.97
29823221--29823624	96	4.2	96	79	4	366	31	18	23	26	1.97
29826234--29826275	21	2.0	21	90	0	66	9	11	30	47	1.72
29827886--29827923	16	2.4	16	82	4	51	55	2	10	31	1.48
29829913--29830002	29	3.1	29	91	1	137	31	28	13	26	1.94
29830220--29830257	16	2.4	16	90	0	58	7	15	21	55	1.66
29833894--29833983	29	3.1	29	93	1	146	30	28	13	27	1.94
29834196--29834238	16	2.7	16	85	7	52	13	20	13	51	1.76
29837553--29837595	23	1.9	22	85	4	59	27	2	18	51	1.59
29839451--29839606	39	4.0	39	82	8	133	32	28	21	18	1.97
29844546--29844702	38	4.1	38	86	1	199	25	21	24	28	1.99
29844559--29844703	76	1.9	76	89	0	227	24	22	24	28	1.99
29844701--29844829	46	2.9	45	83	8	151	24	22	28	24	1.99
29862433--29862479	24	2.0	24	83	8	60	57	27	6	8	1.53
29865387--29865429	18	2.4	18	84	3	52	34	0	0	65	0.93
29865491--29865566	12	6.3	12	79	11	75	31	5	0	63	1.17
29865705--29865754	19	2.7	18	79	11	55	38	2	6	54	1.37
29865833--29865874	19	2.2	19	87	8	59	19	0	7	73	1.05
29865899--29865933	18	1.9	18	88	0	52	17	0	8	74	1.06
29865883--29865933	25	2.1	24	81	3	57	21	3	5	68	1.27
29865972--29866171	106	1.9	106	82	6	253	32	6	12	49	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29869036--29869075	17	2.3	17	86	4	53	42	20	0	37	1.52
29869690--29869721	8	4.0	8	95	0	55	46	12	0	40	1.42
29877382--29877646	47	5.7	48	72	13	162	27	18	29	24	1.98
29881832--29881910	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
29882029--29882562	47	11.2	47	92	2	870	29	29	8	32	1.87
29882029--29882562	96	5.6	96	93	2	864	29	29	8	32	1.87
29882029--29882562	143	3.7	143	93	1	892	29	29	8	32	1.87
29888367--29888407	21	1.9	22	85	14	59	46	12	12	29	1.77
29894456--29894536	26	3.1	26	80	5	101	33	20	27	18	1.96
29896095--29896152	24	2.3	25	79	5	64	13	46	0	39	1.44
29902705--29902843	70	2.0	71	89	1	217	27	33	14	25	1.94
29907877--29907906	11	2.6	11	94	5	51	33	0	23	43	1.54
29909348--29909619	46	5.9	46	79	5	296	21	20	29	27	1.98
29909347--29909611	93	2.8	93	93	0	449	21	21	29	27	1.98
29909941--29910204	131	2.0	131	100	0	528	23	25	16	34	1.95
29912716--29912765	15	3.4	15	83	2	57	12	18	10	60	1.59
29915149--29915417	46	5.8	47	74	5	233	23	19	28	28	1.98
29915145--29915409	93	2.8	93	89	2	406	23	20	28	28	1.98
29915195--29915363	47	3.6	47	76	4	198	23	18	28	28	1.98
29917268--29917301	14	2.4	14	90	5	50	26	5	5	61	1.42
29923714--29923788	38	2.0	38	89	0	114	22	22	25	29	1.99
29923781--29923978	43	4.6	43	90	0	306	12	23	32	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29923760--29923987	43	5.3	43	86	1	298	14	23	32	30	1.94
29924308--29924434	45	2.9	44	80	10	136	25	22	27	24	2.00
29925151--29925244	27	3.4	27	95	1	161	34	23	24	18	1.96
29928602--29928712	54	2.1	54	92	0	186	31	12	17	38	1.87
29935459--29935483	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
29948614--29948736	43	2.9	43	82	2	140	25	16	26	31	1.96
29951984--29952046	33	1.9	33	90	0	99	28	12	15	42	1.84
29952361--29952389	12	2.3	13	94	5	51	68	3	0	27	1.05
29959379--29959404	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
29959392--29959557	88	1.9	88	89	2	262	32	25	15	26	1.96
29959479--29959558	40	2.0	39	82	2	97	31	26	16	26	1.96
29964384--29964424	20	2.0	20	95	0	73	34	7	4	53	1.50
29964469--29964512	4	10.8	4	95	4	79	47	0	0	52	1.00
29964696--29964745	26	1.9	26	88	8	75	64	0	2	34	1.05
29970181--29970266	31	2.8	31	89	5	129	33	13	27	24	1.94
29970634--29970691	30	2.0	29	83	16	75	44	0	3	51	1.18
29972293--29972362	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
29978162--29978186	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
29978523--29978657	56	2.4	56	87	2	209	28	13	25	32	1.93
29985952--29986126	46	3.8	46	78	15	198	28	29	20	21	1.98
29985960--29986130	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
29985957--29986146	46	4.1	45	73	16	156	28	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29988525--29988580	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
29991518--29991688	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
29991512--29991685	46	3.8	46	78	13	194	28	27	21	22	1.99
29994633--29994698	34	2.0	33	84	3	87	28	22	19	28	1.98
29997725--29997870	39	3.7	39	85	4	159	28	22	24	24	2.00
30005554--30005646	40	2.3	40	96	0	168	27	23	23	24	2.00
30008476--30008611	69	2.0	69	98	0	263	27	18	22	31	1.97
30010324--30010371	23	2.1	23	96	0	87	18	27	12	41	1.86
30013411--30013517	34	3.2	34	82	1	108	30	26	18	24	1.98
30030482--30030637	43	3.6	43	79	4	136	31	27	17	23	1.97
30035056--30035085	12	2.5	12	94	0	51	10	16	46	26	1.78
30043881--30044032	67	2.2	68	79	10	168	32	15	28	22	1.95
30052442--30052466	11	2.3	11	100	0	50	48	16	0	36	1.46
30056028--30056582	75	7.4	75	76	7	455	25	19	16	39	1.92
30056028--30056589	150	3.7	151	76	7	525	24	19	16	39	1.92
30055996--30056570	301	1.9	301	86	1	821	25	19	15	39	1.91
30067110--30067291	40	4.6	40	93	2	287	25	26	23	23	2.00
30074691--30074832	40	3.6	40	86	2	198	26	26	23	24	2.00
30082637--30082731	34	2.8	34	76	7	86	24	18	26	30	1.98
30087498--30087633	69	2.0	69	98	0	263	31	22	18	27	1.97
30090350--30090537	40	4.8	40	76	7	140	25	27	24	22	2.00
30090445--30090537	40	2.3	40	96	0	168	24	23	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30109609--30109793	40	4.6	40	90	2	275	23	20	27	29	1.98
30109605--30109825	80	2.8	79	83	6	259	26	19	26	28	1.99
30110052--30110095	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
30124680--30124791	48	2.4	47	83	3	136	29	23	14	33	1.94
30131836--30131928	46	2.0	47	87	4	134	27	25	13	32	1.94
30144032--30144263	49	4.7	49	88	3	320	28	28	18	25	1.98
30144019--30144264	101	2.5	99	87	2	350	28	27	18	25	1.98
30147768--30148008	43	5.6	43	90	5	355	30	28	16	24	1.96
30147755--30148008	129	2.0	129	92	0	427	30	29	16	24	1.96
30149540--30149690	68	2.3	64	81	10	162	27	27	15	29	1.96
30150412--30150474	30	2.1	30	82	8	74	30	23	4	41	1.75
30153998--30154204	48	4.3	48	77	8	188	30	18	25	25	1.98
30153991--30154173	95	1.9	95	81	4	217	31	17	24	26	1.97
30159206--30159391	40	4.7	40	86	5	225	26	27	21	24	1.99
30170066--30170320	55	4.8	53	76	8	216	20	25	18	35	1.96
30170113--30170310	108	1.8	110	84	4	276	22	25	18	33	1.97
30177149--30177179	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
30177146--30177185	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
30177422--30177619	108	1.8	110	84	4	276	22	24	18	33	1.97
30177375--30177629	55	4.8	54	76	9	224	21	24	18	35	1.96
30179649--30180002	45	7.8	45	89	3	489	22	18	30	27	1.98
30182265--30182315	22	2.3	22	96	0	93	52	0	13	33	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30200382--30200647	46	5.7	46	78	15	305	21	19	28	30	1.97
30200379--30200642	93	2.8	93	98	0	510	21	19	29	29	1.98
30200428--30200596	47	3.6	47	80	13	231	21	19	28	29	1.98
30210794--30210970	27	6.6	27	82	2	176	29	28	15	26	1.96
30210794--30210970	55	3.3	54	82	3	203	29	28	15	26	1.96
30218868--30219045	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
30218889--30219044	82	1.9	81	86	3	224	29	28	15	26	1.96
30219528--30219554	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
30221791--30221817	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
30222300--30222477	27	6.6	27	81	6	189	26	14	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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