genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78062920--78062983	20	3.2	20	76	10	60	34	0	15	50	1.45
78066588--78066749	38	4.3	38	92	0	261	20	22	26	30	1.98
78066721--78066852	43	3.1	43	89	2	196	12	24	32	30	1.93
78067183--78067290	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
78070136--78070305	43	4.0	44	75	4	127	31	25	17	25	1.97
78072831--78072997	49	3.4	47	75	8	140	28	19	25	26	1.99
78076477--78076537	25	2.4	25	100	0	122	52	8	11	27	1.66
78077116--78077379	40	6.6	40	88	4	347	26	27	21	25	1.99
78077116--78077380	119	2.2	120	85	6	360	26	27	21	25	1.99
78080049--78080220	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
78079996--78080218	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
78080076--78080253	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
78087244--78087421	40	4.4	40	83	5	168	25	19	27	26	1.99
78087250--78087421	80	2.2	79	82	5	204	25	20	27	26	1.99
78088846--78089018	56	3.1	56	94	5	316	21	23	9	45	1.80
78097883--78097915	18	1.9	17	88	11	50	54	0	0	45	0.99
78105014--78105180	46	3.6	46	80	7	135	26	19	29	23	1.98
78110243--78110273	14	2.1	15	94	5	55	29	6	9	54	1.57
78112267--78112322	26	2.2	26	93	0	94	30	8	25	35	1.86
78121179--78121209	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
78129103--78129136	17	2.0	17	100	0	68	35	41	17	5	1.74
78137864--78137894	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78146348--78146387	19	2.1	19	100	0	80	42	15	10	32	1.79
78161069--78161121	18	2.9	17	81	13	61	24	0	3	71	1.02
78163317--78163524	93	2.2	94	81	8	239	29	19	27	23	1.98
78165165--78165191	13	2.1	13	100	0	54	29	22	33	14	1.94
78171605--78171646	21	2.0	21	81	9	50	21	7	7	64	1.43
78175156--78175210	20	2.8	20	77	0	65	27	7	36	29	1.84
78180353--78180380	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
78180703--78180748	24	2.0	23	86	4	65	21	4	0	73	1.00
78184824--78184857	2	17.5	2	93	6	61	52	0	47	0	1.00
78187243--78187375	38	3.5	38	84	4	144	28	19	17	34	1.94
78191900--78191998	50	2.0	50	95	0	180	32	22	23	22	1.98
78199756--78199838	5	15.4	5	73	14	58	33	24	6	36	1.80
78199767--78199838	12	6.5	11	76	12	60	34	25	4	36	1.75
78199779--78199842	22	2.6	27	71	23	75	34	25	1	39	1.65
78199767--78199833	22	3.0	22	86	4	89	34	25	4	35	1.76
78201057--78201328	48	5.7	48	74	10	234	29	19	27	23	1.98
78201054--78201271	95	2.3	96	86	0	303	29	18	27	24	1.98
78204022--78204409	50	7.7	50	75	5	309	28	17	22	30	1.97
78204018--78204206	101	1.9	101	81	0	234	27	17	23	30	1.97
78204018--78204400	151	2.5	151	90	1	581	28	17	22	30	1.97
78209468--78209644	55	3.2	55	90	0	255	31	28	12	27	1.93
78209468--78209644	27	6.4	27	89	3	237	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78211294--78211333	15	2.7	15	92	0	62	15	22	15	47	1.82
78213846--78214233	50	7.7	50	75	6	347	28	18	23	29	1.97
78213842--78214030	101	1.9	101	84	2	254	27	18	24	29	1.98
78213842--78214230	151	2.6	151	90	1	611	28	18	23	29	1.98
78219196--78219238	17	2.5	17	76	0	50	72	9	4	13	1.26
78222205--78222232	6	4.7	6	100	0	56	14	0	14	71	1.15
78222223--78222252	14	2.1	14	93	0	51	3	0	6	90	0.56
78223761--78223799	20	2.0	20	100	0	78	48	10	10	30	1.70
78225240--78225276	19	2.0	19	89	5	58	70	0	0	29	0.88
78225530--78225605	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
78225559--78225656	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
78225566--78225656	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
78226194--78226431	44	5.3	44	74	6	210	25	26	17	31	1.97
78226371--78226898	78	6.8	78	89	0	788	24	23	18	32	1.97
78226298--78226898	234	2.5	234	88	4	835	24	23	18	32	1.97
78226931--78227093	89	1.9	89	84	5	224	28	23	17	30	1.97
78232532--78232620	29	3.2	29	66	18	89	47	5	19	28	1.72
78232526--78232634	54	2.0	54	100	0	218	47	5	19	27	1.71
78236136--78236168	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
78236136--78236169	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
78236425--78236500	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
78236461--78236551	19	4.9	19	90	8	152	36	15	9	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78236454--78236551	35	2.7	37	86	12	141	35	16	9	38	1.80
78236475--78236530	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
78236671--78236710	21	2.0	20	85	5	53	12	2	15	70	1.28
78237684--78237726	22	2.0	22	90	0	68	18	27	16	37	1.92
78240850--78241076	50	4.6	49	80	6	233	30	26	18	24	1.98
78243217--78243423	58	3.6	58	78	10	203	38	9	17	33	1.83
78243476--78244037	69	8.2	68	74	6	326	22	20	22	34	1.96
78243434--78244039	138	4.4	137	74	4	495	22	20	21	34	1.96
78244043--78244090	24	2.0	24	92	8	80	27	4	14	54	1.59
78253436--78253615	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
78253436--78253615	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
78253436--78253615	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
78261630--78261809	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
78261630--78261809	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
78261630--78261809	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
78264949--78264997	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
78268313--78268366	28	2.0	28	85	3	74	42	9	1	46	1.46
78273398--78273505	43	2.5	43	77	11	114	33	27	18	20	1.96
78275954--78276037	27	3.1	27	86	8	109	36	23	22	16	1.94
78277453--78277523	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
78294197--78294376	28	6.5	28	94	2	294	26	13	28	31	1.94
78294197--78294376	55	3.3	55	94	1	299	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78294197--78294376	83	2.2	82	93	1	306	26	13	28	31	1.94
78311632--78311693	24	2.6	24	84	0	70	35	6	27	30	1.82
78312030--78312054	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
78312336--78312368	4	8.5	4	86	6	50	21	3	0	75	0.93
78312340--78312386	15	3.2	15	93	3	78	19	6	0	74	1.03
78313264--78313338	25	3.0	25	73	19	84	45	12	2	40	1.55
78315756--78315808	26	2.0	26	88	3	79	37	1	0	60	1.08
78317152--78317200	23	2.1	23	100	0	98	51	24	4	20	1.65
78331719--78331777	27	2.2	27	82	11	68	49	0	0	50	1.00
78336572--78336613	13	3.2	13	80	16	50	21	0	4	73	1.01
78338546--78338809	47	5.7	46	78	8	232	24	28	18	28	1.98
78338552--78338809	140	1.8	140	85	4	360	24	28	17	29	1.98
78342194--78342251	27	2.1	27	84	6	73	32	22	15	29	1.95
78346876--78346922	23	2.0	23	91	0	76	48	12	14	23	1.78
78353089--78353132	19	2.2	21	80	15	58	38	0	4	56	1.20
78353092--78353132	18	2.2	20	86	8	59	36	0	4	58	1.20
78361596--78361620	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
78361607--78361672	32	2.1	30	83	10	80	24	7	3	65	1.33
78366558--78366608	11	4.8	10	81	11	57	29	31	0	39	1.57
78368368--78368403	18	2.0	18	94	0	63	25	27	8	38	1.84
78368369--78368410	18	2.3	18	87	0	57	23	28	4	42	1.74
78372999--78373423	48	8.8	48	79	3	388	26	26	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78372999--78373423	96	4.4	96	81	1	465	26	26	18	28	1.98
78373001--78373423	144	2.9	143	80	4	438	26	26	18	28	1.98
78379761--78379814	28	1.9	28	85	14	76	16	44	24	14	1.85
78383932--78384256	48	6.7	48	80	3	305	26	25	17	29	1.97
78383984--78384261	144	1.9	144	87	0	403	28	25	16	29	1.97
78385491--78385548	21	2.8	21	86	5	73	27	46	18	6	1.75
78387503--78387538	18	2.0	18	100	0	72	44	5	5	44	1.50
78388846--78389405	126	4.5	125	86	3	744	28	17	17	36	1.93
78389974--78390093	19	6.2	20	67	15	72	61	1	5	31	1.27
78389974--78390095	10	12.4	10	68	22	55	61	1	4	31	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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