genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6881344--6881501	25	6.3	25	71	15	103	55	5	6	32	1.49
6881504--6881548	20	2.2	20	84	7	56	60	0	4	35	1.17
6881508--6881551	23	1.9	23	86	9	63	61	0	4	34	1.16
6882036--6882180	30	4.8	31	88	3	183	21	4	48	25	1.67
6888798--6888822	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
6889300--6889329	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
6889282--6889328	20	2.3	20	79	13	53	57	0	0	42	0.98
6889746--6889784	19	2.0	20	90	10	62	74	0	0	25	0.82
6892025--6892062	16	2.4	16	86	8	51	31	2	0	65	1.06
6893903--6893942	20	2.1	19	85	4	53	55	2	2	40	1.27
6895710--6895743	17	2.0	17	88	11	52	26	0	17	55	1.42
6895916--6895953	15	2.7	14	88	8	51	42	2	2	52	1.29
6898252--6898323	36	2.0	36	94	0	126	15	15	9	59	1.60
6906757--6906789	16	2.1	16	94	0	57	60	24	0	15	1.35
6910607--6910934	131	2.5	130	88	3	475	28	17	17	35	1.93
6922296--6922859	87	6.4	89	81	3	586	32	19	23	23	1.98
6922295--6922859	176	3.2	175	82	4	665	32	19	23	23	1.98
6925267--6925656	130	3.0	129	84	3	489	35	18	18	27	1.95
6926729--6926781	18	3.1	17	77	20	56	60	1	5	32	1.31
6939183--6939470	73	3.9	73	88	2	391	28	17	21	32	1.96
6939475--6939705	75	3.1	73	84	3	284	29	15	20	34	1.93
6939310--6939633	163	2.0	161	86	3	452	28	16	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6939255--6939719	238	2.0	236	92	2	772	28	16	20	34	1.95
6939694--6939744	14	3.6	14	77	12	50	19	11	3	64	1.41
6939708--6939741	16	2.1	16	88	0	50	17	8	2	70	1.25
6939816--6940066	77	3.3	76	89	4	373	24	18	21	34	1.96
6940778--6940952	30	5.8	30	89	1	228	27	48	4	20	1.68
6941435--6941495	24	2.6	23	78	14	61	34	3	3	59	1.30
6941502--6941619	27	4.5	27	70	9	82	33	6	4	55	1.45
6941449--6941656	25	8.2	25	68	15	88	34	5	4	55	1.44
6941634--6941689	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
6941801--6941842	17	2.6	16	75	17	50	28	4	2	64	1.26
6946252--6946346	48	2.0	48	85	0	127	44	10	11	33	1.75
6953885--6953949	12	5.3	12	70	9	51	63	0	4	32	1.15
6953896--6953968	19	3.8	19	76	16	55	63	0	6	30	1.21
6953870--6953939	24	2.8	26	85	12	101	61	1	5	31	1.28
6953997--6954056	21	2.9	21	74	0	57	61	3	3	31	1.28
6954058--6954114	27	2.1	28	83	9	73	47	1	14	36	1.54
6954370--6954426	24	2.4	23	73	21	55	56	14	5	24	1.59
6954749--6954795	20	2.4	20	79	10	53	59	6	0	34	1.23
6954789--6954866	25	3.1	25	73	23	67	55	3	8	32	1.49
6956302--6956350	21	2.3	21	82	3	53	32	4	30	32	1.77
6957468--6957497	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
6958554--6958752	68	3.0	64	80	8	168	23	29	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6962808--6962872	25	2.7	24	79	9	69	38	4	1	55	1.30
6964772--6964848	39	2.0	39	100	0	154	50	7	12	28	1.68
6967214--6967337	51	2.5	49	76	17	121	40	5	4	50	1.45
6970192--6970216	12	2.1	12	100	0	50	40	16	20	24	1.91
6987765--6988431	72	9.2	72	90	3	937	30	17	18	33	1.94
6987765--6988431	145	4.6	144	90	3	948	30	17	18	33	1.94
6987761--6988432	217	3.1	217	90	2	994	30	16	18	34	1.93
6988423--6988454	13	2.5	13	100	0	64	12	9	9	68	1.39
6988469--6988715	53	4.7	54	88	8	357	29	16	18	35	1.93
6988956--6988990	16	2.1	17	89	5	54	74	2	0	22	0.95
6988988--6989088	30	3.4	29	83	8	114	30	21	3	43	1.71
6989657--6989719	21	2.9	21	77	13	74	69	0	30	0	0.88
6989659--6989721	28	2.3	28	81	8	76	71	0	28	0	0.86
6990406--6990517	17	6.4	18	78	13	110	26	13	9	50	1.73
6990402--6990517	52	2.2	54	85	8	152	25	13	9	50	1.72
6990523--6990570	24	2.1	21	88	11	69	39	2	10	47	1.49
6990563--6990645	17	4.9	17	77	11	82	21	9	10	57	1.61
6990443--6990677	128	1.8	130	90	4	386	30	8	10	50	1.67
6990726--6990796	37	1.9	37	91	5	117	32	15	11	40	1.83
6994796--6994844	19	2.7	18	75	6	53	18	6	0	75	1.00
6997495--6997521	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7007687--7007894	45	4.7	45	68	7	127	29	16	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7007683--7008094	133	3.1	132	86	3	481	29	18	25	26	1.98
7007716--7008277	132	4.3	132	82	5	559	29	18	25	26	1.98
7008044--7008468	44	9.8	44	76	5	317	28	18	25	27	1.98
7008044--7008468	174	2.4	172	78	6	455	28	18	25	27	1.98
7008536--7008583	25	1.9	25	83	8	62	33	14	39	12	1.84
7008958--7009060	44	2.3	44	83	0	125	32	19	19	29	1.96
7014392--7014524	66	2.0	66	89	0	203	31	19	12	36	1.88
7014731--7016750	68	30.0	68	88	2	2851	27	22	21	28	1.99
7014740--7016750	134	14.9	134	89	2	2757	27	22	21	28	1.99
7014740--7016750	741	2.7	742	90	1	3146	27	22	21	28	1.99
7016807--7017251	44	10.0	44	73	8	314	31	17	24	26	1.97
7016807--7017277	133	3.5	133	94	0	827	30	17	23	27	1.97
7017830--7017870	14	2.9	14	96	0	73	7	7	12	73	1.25
7018836--7018880	16	2.8	16	80	10	56	20	2	0	77	0.87
7018836--7018886	22	2.3	22	82	0	66	21	1	0	76	0.88
7024229--7024253	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
7024190--7024263	26	2.9	26	74	9	71	37	21	6	33	1.80
7024608--7024637	7	4.3	7	91	0	51	23	16	3	56	1.55
7025252--7025309	30	1.9	30	96	0	107	24	8	5	62	1.45
7036552--7036611	30	2.0	30	96	0	111	45	13	5	36	1.65
7037246--7037623	3	125.3	3	69	15	133	28	6	2	61	1.36
7037355--7037414	23	2.7	23	86	2	77	31	5	1	61	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7042174--7042227	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
7042766--7042832	18	3.7	18	81	0	80	31	19	11	37	1.88
7046887--7046932	11	4.3	11	86	5	67	19	43	6	30	1.76
7046877--7046931	22	2.5	22	82	8	69	20	43	3	32	1.69
7048395--7048431	18	2.1	18	100	0	74	32	0	10	56	1.34
7056691--7056768	41	1.9	41	81	5	95	24	19	20	35	1.95
7056968--7057074	44	2.4	44	90	0	169	17	24	22	35	1.95
7057042--7057466	87	4.9	86	80	7	324	21	21	22	35	1.96
7057048--7057336	130	2.2	130	88	1	418	21	21	22	35	1.96
7057015--7057464	217	2.1	217	91	0	713	21	21	22	35	1.96
7057049--7057469	130	3.2	131	82	5	372	21	21	22	35	1.96
7069916--7069957	15	2.9	15	80	16	52	61	2	2	33	1.21
7069926--7069984	13	4.5	13	68	16	50	59	1	3	35	1.24
7069944--7069998	24	2.3	24	78	9	58	52	5	3	38	1.42
7071363--7071408	23	2.1	23	88	8	69	21	15	47	15	1.81
7073359--7073390	15	2.1	15	94	0	55	9	12	0	78	0.97
7075763--7075805	11	4.0	11	84	6	61	20	46	4	27	1.71
7075763--7075804	21	2.0	22	90	4	68	21	47	2	28	1.63
7076337--7076411	18	4.2	18	80	0	96	29	20	13	37	1.90
7076342--7076412	36	2.0	36	88	0	106	30	19	11	38	1.87
7085497--7085526	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
7085963--7085997	17	2.1	17	100	0	70	54	0	28	17	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7087148--7087208	21	2.8	21	75	5	59	18	19	21	40	1.91
7089123--7089404	109	2.6	106	88	5	399	38	15	14	31	1.88
7089123--7089410	107	2.7	105	86	5	409	38	15	14	31	1.87
7089326--7089496	85	2.0	86	88	1	254	39	16	16	26	1.90
7089123--7089412	104	2.7	105	85	7	381	38	15	14	32	1.87
7090724--7090773	20	2.4	21	83	10	66	44	0	0	56	0.99
7097577--7097606	13	2.3	13	100	0	60	23	6	6	63	1.43
7102956--7103007	18	2.9	18	83	13	72	65	3	0	30	1.10
7103204--7103280	38	2.0	38	100	0	154	50	12	15	20	1.77
7103519--7103563	14	2.9	16	80	16	58	48	0	51	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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