genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58681649--58681702	27	2.0	27	92	0	90	29	16	5	48	1.69
58688679--58688725	23	2.0	23	91	0	76	36	17	12	34	1.87
58692353--58692511	42	3.8	42	76	6	151	29	20	14	35	1.92
58696940--58697013	37	2.0	37	100	0	148	40	27	10	21	1.86
58700195--58700387	39	5.0	39	89	0	271	25	27	19	27	1.99
58706775--58707244	94	5.0	94	96	0	841	30	10	18	40	1.84
58707273--58707336	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
58715508--58715683	46	3.8	45	76	12	178	21	20	29	28	1.98
58715505--58715675	93	1.8	93	91	0	279	22	21	29	27	1.99
58719162--58719198	6	5.8	6	87	12	56	18	13	0	67	1.23
58719162--58719198	13	2.9	12	88	11	56	18	13	0	67	1.23
58719172--58719249	41	1.9	40	86	2	111	30	16	5	47	1.68
58719173--58719259	41	2.2	40	82	2	102	31	16	4	48	1.66
58720777--58720948	93	1.8	93	92	4	294	29	29	19	21	1.98
58720770--58720945	46	3.8	46	77	15	193	30	29	19	21	1.97
58720778--58720964	46	4.0	44	72	18	132	29	29	19	21	1.98
58724881--58724906	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
58724935--58724967	12	2.5	14	90	9	52	15	21	0	63	1.30
58724882--58725014	63	2.1	65	86	8	184	24	21	6	47	1.73
58728471--58728511	17	2.4	17	87	4	55	51	0	26	21	1.48
58730532--58730560	14	2.0	15	93	6	51	17	13	13	55	1.70
58735888--58735987	29	3.5	29	86	1	121	27	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58735886--58735996	58	1.9	57	85	1	150	27	15	29	27	1.96
58740965--58741173	40	5.2	40	92	0	312	24	20	28	26	1.99
58740911--58741173	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	27	1.99
58740911--58741173	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	27	1.99
58740965--58741208	80	3.1	80	85	2	242	25	20	28	26	1.99
58748856--58749116	40	6.6	40	87	3	307	24	19	27	27	1.99
58748857--58749151	117	2.5	119	81	4	303	25	20	28	26	1.99
58767803--58768065	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
58767842--58768100	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
58771557--58771586	15	2.0	15	93	0	51	30	0	13	56	1.37
58777003--58777195	40	4.8	40	89	1	264	25	27	20	25	1.99
58778448--58778488	21	2.0	21	85	9	57	36	29	2	31	1.71
58778459--58778498	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
58789284--58789335	23	2.3	23	86	6	70	71	3	15	9	1.27
58790970--58791154	40	4.6	40	82	4	230	23	27	23	25	2.00
58801362--58801391	14	2.1	15	93	6	53	36	3	6	53	1.44
58805900--58805949	23	2.2	23	89	7	75	42	22	26	10	1.84
58806134--58806192	30	2.0	30	82	0	73	27	35	27	10	1.89
58808432--58808507	22	3.5	22	88	0	116	31	26	28	13	1.93
58808753--58808829	27	2.9	27	82	3	93	25	20	19	33	1.96
58815163--58815249	27	3.2	27	87	9	124	35	25	22	16	1.94
58816847--58816954	26	4.2	26	92	0	180	37	24	7	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58818812--58818856	24	1.9	23	82	13	56	51	11	0	37	1.38
58821024--58821073	25	2.0	25	100	0	100	24	24	20	32	1.98
58821974--58822072	33	3.0	33	93	0	171	17	10	41	31	1.82
58828846--58828875	15	2.0	15	93	0	51	56	6	13	23	1.60
58840134--58840192	17	3.4	17	75	15	57	28	1	1	67	1.10
58840160--58840212	24	2.2	25	86	10	74	33	0	1	64	1.05
58840161--58840247	25	3.4	25	77	17	88	32	0	1	66	0.99
58840983--58841029	24	2.0	24	84	12	62	51	4	0	44	1.21
58847310--58847357	21	2.3	21	88	0	69	25	35	25	14	1.94
58847321--58847365	21	2.1	21	95	0	81	17	33	28	20	1.95
58849239--58849282	19	2.2	20	88	4	63	36	11	2	50	1.51
58852028--58852132	42	2.5	43	81	4	124	25	19	22	32	1.97
58851991--58852145	43	3.6	43	77	4	152	25	18	25	30	1.97
58859539--58859697	43	3.7	43	69	12	121	26	19	24	29	1.98
58861578--58861635	28	2.1	28	100	0	116	56	3	13	25	1.53
58861903--58861968	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
58861920--58862017	19	5.2	19	90	7	155	35	16	9	38	1.80
58861940--58862010	36	2.0	36	100	0	142	36	14	8	40	1.76
58861920--58862027	36	2.9	35	78	10	117	36	14	9	39	1.79
58862642--58863748	44	25.2	43	71	11	655	28	24	16	30	1.97
58862640--58863748	132	8.4	132	92	1	1738	28	23	16	31	1.97
58864639--58864759	1	121.0	1	69	0	71	3	11	0	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58864639--58864758	12	10.7	11	75	12	111	3	11	0	84	0.79
58864641--58864759	21	6.7	18	76	19	92	3	11	0	84	0.80
58864660--58864759	7	14.6	7	87	8	136	2	12	1	85	0.75
58864641--58864759	44	2.8	42	83	11	152	3	11	0	84	0.80
58868556--58868614	22	2.6	22	76	12	57	16	3	5	74	1.13
58868661--58868700	21	1.9	21	85	10	55	45	0	2	52	1.14
58870275--58870327	14	3.7	14	79	20	65	43	9	22	24	1.83
58873336--58873408	36	2.0	38	91	5	123	35	15	9	39	1.80
58873336--58873414	19	4.2	19	88	9	117	35	16	8	39	1.80
58873537--58873564	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
58876502--58876541	20	2.1	19	90	4	62	27	7	25	40	1.82
58876800--58876832	15	2.2	15	100	0	66	69	0	0	30	0.88
58882679--58882703	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
58884628--58884714	20	4.2	20	75	18	79	68	3	1	26	1.12
58886816--58887007	40	4.8	40	78	10	187	26	28	21	24	1.99
58886851--58887008	79	2.0	81	85	5	214	27	27	20	23	1.99
58910585--58910808	40	5.6	40	87	5	290	24	23	26	25	2.00
58910585--58910808	83	2.8	80	86	8	294	24	23	26	25	2.00
58912727--58912752	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
58913944--58914089	63	2.3	63	83	4	179	19	15	28	35	1.93
58914004--58914051	24	2.0	24	87	0	69	22	12	29	35	1.91
58915203--58915261	29	2.0	29	100	0	118	37	6	13	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58915414--58915438	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
58916661--58916769	38	2.9	36	69	16	96	38	16	17	27	1.91
58916780--58917023	112	2.2	111	84	0	317	37	15	16	30	1.90
58918580--58918627	24	2.0	24	100	0	96	29	12	16	41	1.85
58926658--58926685	13	2.2	13	100	0	56	7	25	14	53	1.66
58930286--58930339	20	2.7	20	85	0	81	16	29	31	22	1.96
58931435--58931544	43	2.6	42	80	5	123	27	25	16	30	1.96
58939182--58939358	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
58939202--58939357	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58946850--58947027	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58946871--58947026	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58951423--58951474	20	2.6	20	87	0	77	13	23	34	28	1.92
58953104--58953157	27	2.0	27	96	0	99	37	12	7	42	1.72
58953692--58953725	8	4.4	8	88	3	52	61	0	0	38	0.96
58953689--58953729	13	3.0	13	89	7	55	58	0	0	41	0.98
58953691--58953764	33	2.2	33	81	9	80	56	1	5	36	1.31
58955443--58955995	44	12.7	44	84	7	607	31	26	13	27	1.94
58955831--58955952	37	3.1	37	75	17	120	31	24	14	29	1.95
58955873--58956010	44	3.1	44	84	0	132	29	23	17	29	1.97
58960585--58960663	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58960784--58961383	47	13.0	47	82	11	645	29	30	9	31	1.88
58960782--58961383	96	6.5	96	84	10	815	29	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58961041--58961155	39	3.0	37	75	22	130	31	29	8	30	1.87
58961106--58961386	49	5.8	49	95	2	509	29	29	9	32	1.88
58964681--58964956	40	6.9	41	81	7	241	24	28	22	23	1.99
58964813--58964954	39	3.5	40	79	10	139	23	28	22	26	1.99
58965262--58965340	29	2.7	29	88	2	113	27	31	15	25	1.95
58965322--58965424	43	2.4	43	98	0	197	25	35	16	22	1.94
58967073--58967151	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
58967270--58967894	47	13.1	47	94	2	998	28	30	9	31	1.88
58967270--58967894	96	6.5	96	93	2	1019	28	30	9	31	1.88
58978282--58978335	27	2.0	27	96	0	99	38	14	5	40	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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