genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27555504--27555620	50	2.3	50	83	2	144	30	29	16	23	1.96
27558445--27558546	51	2.0	51	84	3	134	33	15	20	30	1.94
27558422--27558939	57	9.2	57	79	5	509	35	13	18	31	1.90
27558588--27558735	29	5.2	29	64	21	87	38	12	17	31	1.88
27558421--27558908	171	2.9	169	81	5	569	36	13	18	31	1.90
27559719--27559792	35	2.1	35	92	0	121	25	13	31	29	1.94
27559727--27559815	35	2.5	35	85	0	115	30	12	25	31	1.92
27561451--27561479	14	2.1	14	100	0	58	44	13	20	20	1.85
27568429--27568481	24	2.2	24	83	6	63	18	26	20	33	1.96
27570246--27570310	21	3.1	21	86	0	76	13	35	24	26	1.93
27573181--27573228	21	2.2	22	78	14	55	62	8	4	25	1.41
27587551--27587598	24	2.0	24	95	0	87	37	18	12	31	1.88
27589647--27589746	49	2.0	49	94	0	173	37	19	15	29	1.91
27595226--27595263	8	4.8	8	87	12	60	13	10	0	76	1.02
27596936--27596985	6	8.5	6	88	2	66	18	0	4	78	0.91
27598831--27598865	17	2.1	16	89	5	52	25	31	22	20	1.98
27616827--27616893	26	2.6	27	76	9	77	53	0	0	46	1.00
27616783--27616922	61	2.3	58	89	4	199	51	0	2	45	1.18
27616793--27616878	16	5.6	16	68	13	54	52	0	2	45	1.13
27616913--27616980	32	2.2	31	86	2	91	45	1	0	52	1.09
27616924--27616987	32	2.1	32	91	5	105	40	0	0	59	0.97
27616936--27617003	22	2.9	24	83	12	72	45	1	0	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27622567--27622607	21	2.0	21	90	0	64	58	12	17	12	1.63
27624892--27624929	20	1.9	20	94	0	67	50	7	5	36	1.54
27625362--27625419	30	1.9	30	89	6	91	20	32	29	17	1.95
27630248--27630298	6	8.7	6	80	2	50	13	7	0	78	0.96
27630248--27630301	18	3.1	18	83	2	65	14	7	0	77	0.97
27630252--27630297	24	1.9	24	90	0	74	10	8	0	80	0.91
27634595--27634652	25	2.3	25	96	3	107	18	18	15	46	1.84
27635756--27635806	22	2.3	22	90	6	77	23	27	19	29	1.98
27637909--27638067	43	3.7	43	74	15	141	30	28	17	23	1.97
27641046--27641147	36	2.9	36	77	15	104	30	0	3	64	1.18
27656198--27656262	30	2.2	30	83	5	80	58	1	10	29	1.41
27656215--27656279	30	2.1	30	82	2	76	49	3	10	36	1.53
27656398--27656460	33	1.9	33	93	0	108	28	3	17	50	1.61
27685757--27685789	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
27688676--27688767	26	3.7	25	72	17	75	76	1	6	16	1.05
27693453--27693580	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
27693453--27693580	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
27697416--27697587	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
27697418--27697640	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
27697416--27697640	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
27697572--27697649	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27703750--27703920	39	4.3	40	88	3	222	25	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27703750--27703963	79	2.7	79	79	6	227	26	27	20	25	1.99
27710084--27710255	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
27710086--27710308	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
27710084--27710308	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
27710240--27710317	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27716423--27716594	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
27716425--27716647	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
27716423--27716647	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
27716579--27716656	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27725846--27725895	21	2.4	21	86	0	64	26	28	30	16	1.96
27726149--27726184	17	2.1	17	100	0	72	22	38	16	22	1.93
27730270--27730305	15	2.3	16	95	4	65	75	0	0	25	0.81
27739755--27739812	31	1.9	30	85	3	80	48	5	8	37	1.56
27754847--27754908	32	1.9	32	93	0	106	29	9	20	40	1.84
27755575--27755822	46	5.3	47	73	15	171	28	18	27	25	1.98
27761037--27761253	40	5.5	40	87	4	273	23	28	23	24	1.99
27762224--27762395	92	1.9	93	84	6	233	26	19	30	23	1.98
27762218--27762394	47	3.8	46	78	8	189	27	19	31	22	1.98
27768933--27768979	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
27785767--27785807	13	3.2	13	82	0	55	24	29	29	17	1.97
27789077--27789179	46	2.2	48	87	3	147	26	24	14	34	1.94
27792141--27792315	46	3.8	45	77	10	183	29	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27792149--27792319	93	1.8	93	89	2	272	28	29	21	21	1.98
27792146--27792335	46	4.1	46	68	20	110	28	28	20	21	1.98
27807819--27807867	25	2.0	25	91	0	80	18	20	12	48	1.79
27810790--27810830	20	2.0	20	100	0	82	31	14	29	24	1.95
27815854--27815892	6	6.5	6	87	0	51	76	2	0	20	0.90
27815863--27815897	18	1.9	18	88	0	52	68	5	0	25	1.11
27821426--27821460	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
27825962--27826037	16	4.4	16	80	15	89	47	2	1	48	1.24
27825969--27826038	11	6.5	11	69	27	53	48	1	1	48	1.19
27834246--27834463	40	5.5	40	89	2	289	24	27	23	23	2.00
27838556--27838674	55	2.2	55	82	5	143	22	25	27	24	2.00
27844950--27845118	47	3.7	46	81	9	150	26	20	27	26	1.99
27844998--27845118	44	2.7	46	85	6	158	25	19	27	27	1.99
27852255--27852439	49	3.9	48	80	9	173	29	18	27	23	1.98
27860168--27860229	30	2.1	30	87	6	90	38	9	4	46	1.58
27864876--27864934	30	2.0	30	93	0	100	16	25	28	28	1.97
27866744--27866821	11	7.0	11	71	11	52	75	7	7	8	1.19
27867755--27867785	15	2.1	15	93	0	53	77	0	6	16	0.97
27867763--27867878	12	9.5	12	70	17	69	75	3	3	18	1.09
27867817--27867877	27	2.3	26	83	10	72	78	1	1	18	0.91
27867839--27867883	17	2.6	17	80	16	56	77	0	4	17	0.92
27867754--27867870	20	5.7	20	65	20	55	74	3	3	18	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27872767--27872820	18	2.9	18	78	13	56	72	1	3	22	1.10
27874893--27875060	40	4.2	40	86	0	239	22	22	28	26	1.99
27875298--27875342	22	2.0	22	87	8	65	33	8	13	44	1.75
27880476--27880516	16	2.3	18	84	12	50	4	14	2	78	1.03
27883918--27884196	49	5.9	46	74	11	190	22	27	20	29	1.98
27884020--27884239	95	2.4	91	83	5	271	22	27	20	29	1.99
27887517--27887547	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
27891686--27891792	55	1.9	55	82	0	133	14	28	28	28	1.95
27894719--27894777	30	2.0	30	83	6	75	62	0	6	30	1.21
27899593--27899621	15	1.9	15	100	0	58	31	6	27	34	1.83
27910426--27910482	30	1.9	30	92	0	96	38	21	15	24	1.92
27912266--27912435	40	4.3	40	83	0	198	24	29	22	23	1.99
27912266--27912412	79	1.9	80	86	1	215	25	29	21	23	1.99
27920139--27920361	40	5.6	40	83	3	236	27	26	20	25	1.99
27924042--27924084	12	3.6	12	81	9	52	74	0	25	0	0.82
27924046--27924079	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
27925121--27925164	6	7.2	6	84	5	61	18	20	15	45	1.85
27927248--27927431	39	4.7	39	88	3	237	29	29	21	19	1.97
27927504--27927568	28	2.3	28	86	7	96	30	26	9	33	1.88
27927504--27927585	28	2.9	28	77	10	87	30	26	10	31	1.91
27933203--27933246	22	2.0	23	90	4	72	50	0	0	50	1.00
27933192--27933254	20	3.2	20	77	11	67	50	0	1	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27933210--27933254	17	2.8	17	80	6	58	53	0	0	46	1.00
27934388--27934444	29	1.9	30	92	3	98	21	19	15	43	1.87
27934432--27934488	22	2.6	22	83	8	80	14	24	19	42	1.88
27936447--27936509	16	3.9	16	85	0	72	39	4	25	30	1.76
27936438--27936508	32	2.2	32	77	5	81	40	7	23	28	1.81
27936495--27936583	43	2.0	45	86	6	128	32	6	25	34	1.82
27937275--27937341	33	2.0	33	94	0	116	38	22	13	25	1.90
27940423--27940578	72	2.2	73	89	1	233	50	4	30	14	1.62
27943949--27944071	55	2.2	55	84	5	160	31	36	17	13	1.89
27945162--27945197	18	2.0	18	88	0	54	47	30	0	22	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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