genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  288  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95532178--95532235	18	3.4	17	77	13	57	27	6	5	60	1.44
95532479--95532568	27	3.3	27	72	17	71	34	10	4	51	1.56
95532672--95532704	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
95532776--95532827	23	2.3	23	82	0	59	28	7	5	57	1.50
95539580--95539608	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
95543019--95543057	17	2.3	17	95	0	69	58	12	7	20	1.58
95549263--95549289	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
95549322--95549647	41	8.0	41	87	1	404	32	21	25	20	1.98
95549714--95549747	16	2.1	17	88	5	52	52	32	0	14	1.42
95549660--95549773	53	2.1	54	80	1	131	47	31	1	19	1.60
95549900--95549950	15	3.5	15	75	2	50	23	1	27	47	1.63
95550477--95550564	7	12.3	7	81	11	81	76	2	0	21	0.90
95550477--95550564	15	6.1	14	75	11	81	76	2	0	21	0.90
95550495--95550574	7	11.0	7	88	5	79	73	1	0	25	0.90
95550516--95550577	8	8.2	8	84	10	60	69	1	0	29	0.98
95550495--95550584	22	4.0	23	75	5	62	71	1	0	27	0.94
95550494--95550584	15	6.1	15	76	2	76	71	1	0	27	0.93
95550623--95550685	26	2.4	27	79	12	69	74	1	3	20	1.04
95550648--95550685	18	2.2	16	90	9	58	76	0	0	23	0.79
95552551--95552593	4	10.8	4	100	0	86	76	0	0	23	0.78
95552541--95552610	8	8.6	8	81	9	61	77	1	0	21	0.85
95554447--95554714	43	6.3	42	88	2	376	24	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95554447--95554714	127	2.1	128	91	0	430	24	18	30	27	1.98
95554447--95554714	84	3.2	84	88	2	376	24	18	30	27	1.98
95554762--95554792	16	1.9	16	93	0	53	9	22	25	41	1.84
95562015--95562039	13	1.9	13	100	0	50	28	8	16	48	1.74
95562351--95562411	21	2.9	21	79	13	63	34	0	18	47	1.49
95563226--95563402	45	3.9	45	94	2	286	18	18	21	41	1.91
95563586--95563856	18	14.6	18	72	14	149	35	12	15	36	1.85
95563574--95563856	36	7.6	36	71	13	180	36	12	15	36	1.85
95563586--95563776	54	3.6	51	77	9	168	35	12	15	36	1.85
95567370--95567728	46	7.8	46	92	0	513	38	15	24	20	1.92
95568013--95568045	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
95575813--95575875	20	3.2	20	97	0	117	19	30	31	19	1.96
95580733--95580779	22	2.3	20	82	13	60	70	8	4	17	1.29
95581404--95581464	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
95583240--95583353	31	3.7	31	92	2	187	28	26	17	28	1.98
95583377--95583468	42	2.2	42	96	0	166	31	20	16	31	1.95
95583616--95583685	25	2.8	25	93	0	113	24	22	27	25	2.00
95584487--95584551	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
95584605--95584810	27	7.6	27	79	4	126	33	9	16	39	1.81
95584611--95584818	54	3.8	53	80	5	166	32	8	17	41	1.79
95584669--95584818	81	1.9	81	85	5	214	30	8	19	42	1.80
95584693--95584818	27	4.7	27	84	2	164	30	7	20	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95584668--95584851	54	3.4	54	78	3	147	31	10	17	40	1.84
95584668--95584851	81	2.3	81	82	5	212	31	10	17	40	1.84
95584850--95584992	27	5.3	27	84	5	182	37	6	25	30	1.83
95587090--95587156	22	3.0	23	78	8	68	44	17	22	14	1.86
95595099--95595128	12	2.5	12	100	0	60	36	13	26	23	1.92
95597189--95597236	15	3.1	15	77	11	51	64	2	10	22	1.35
95597209--95597360	75	2.0	75	87	3	216	63	0	14	21	1.35
95597289--95597427	21	6.1	22	72	21	110	62	0	13	23	1.31
95597272--95597496	48	4.7	47	89	7	305	64	0	12	23	1.28
95597290--95597496	95	2.2	93	90	4	319	63	0	12	24	1.29
95597411--95597486	26	3.4	21	72	27	68	64	0	9	26	1.23
95597449--95597490	19	2.2	18	87	8	57	71	0	4	23	1.05
95597272--95597523	47	5.3	46	86	8	276	63	0	13	22	1.29
95597272--95597523	95	2.6	93	83	8	285	63	0	13	22	1.29
95597827--95597867	19	2.2	19	86	4	57	68	0	9	21	1.18
95597856--95597956	5	18.0	5	74	17	67	54	0	16	28	1.43
95597858--95597969	12	9.0	12	68	16	50	51	0	17	30	1.46
95597860--95597956	28	3.2	28	77	18	97	54	0	16	28	1.42
95598050--95598097	25	1.9	25	87	8	71	62	0	10	27	1.27
95598084--95598171	11	7.7	11	73	16	63	64	1	14	19	1.35
95598084--95598118	5	6.6	5	87	12	52	60	0	20	20	1.37
95598485--95598523	18	2.2	18	86	4	53	66	2	7	23	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95598654--95598687	17	2.0	17	94	0	59	58	2	14	23	1.50
95598663--95598703	21	2.0	20	90	4	64	60	0	12	26	1.31
95598710--95598772	5	12.4	5	78	18	51	63	0	22	14	1.30
95598710--95598773	17	4.1	16	71	20	64	64	0	21	14	1.29
95601368--95601687	90	3.6	90	90	1	500	57	12	5	24	1.55
95602190--95602328	74	1.9	74	92	3	235	33	17	25	23	1.96
95602484--95602637	75	2.1	72	83	9	188	33	16	16	33	1.92
95606957--95607217	132	2.0	132	88	0	387	30	18	18	33	1.94
95606988--95607619	132	4.8	132	72	6	429	28	18	17	35	1.93
95619145--95619914	44	17.1	44	79	6	709	27	15	30	27	1.96
95619372--95619492	61	2.0	61	95	0	215	20	19	32	28	1.97
95619328--95619536	105	2.0	105	97	0	391	23	17	32	26	1.97
95621825--95621875	23	2.1	24	82	7	59	29	5	7	56	1.51
95622664--95623294	132	4.8	130	73	7	429	28	19	16	34	1.94
95623888--95623975	31	3.0	31	76	14	87	38	4	7	48	1.53
95629087--95629140	20	2.8	20	80	2	56	68	0	5	25	1.11
95629067--95629149	29	2.8	29	72	15	73	62	2	3	31	1.25
95629333--95629427	38	2.5	38	79	6	102	31	4	2	62	1.26
95629333--95629389	19	2.9	21	75	24	61	29	3	1	64	1.20
95629799--95629836	14	2.9	13	81	11	51	73	2	0	23	0.95
95630348--95630473	51	2.5	51	82	0	171	42	13	5	38	1.68
95634659--95634804	41	3.6	41	92	5	226	29	25	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95647204--95647231	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
95652340--95652445	42	2.5	43	81	3	133	35	24	23	16	1.94
95652365--95652435	21	3.3	21	94	4	115	32	26	28	12	1.93
95653866--95653914	11	4.2	11	82	10	53	4	18	2	75	1.06
95654295--95654356	22	2.8	23	85	7	92	46	12	19	20	1.83
95663345--95663390	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
95663352--95663396	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
95671116--95671161	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
95671123--95671167	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
95672772--95672870	14	6.8	14	70	15	58	58	1	8	32	1.34
95673241--95673283	21	2.0	22	86	13	63	72	0	4	23	1.04
95686456--95686589	14	8.9	15	67	17	64	57	0	8	33	1.34
95686924--95686966	21	2.0	22	86	13	63	72	0	4	23	1.04
95689528--95689566	20	2.0	20	85	10	53	51	2	0	46	1.14
95690835--95690878	8	5.9	8	79	15	58	47	0	0	52	1.00
95691156--95691195	13	3.2	13	89	3	64	37	17	5	40	1.72
95696585--95696683	17	5.6	17	85	7	135	39	12	12	36	1.80
95696577--95696681	35	2.9	35	94	4	174	39	11	12	37	1.79
95696585--95696683	18	5.6	18	87	4	148	39	12	12	36	1.80
95697185--95697229	24	1.9	23	82	13	56	31	2	0	66	1.04
95705754--95705852	29	3.4	29	74	10	103	29	31	17	22	1.96
95705718--95705884	58	2.9	58	93	0	273	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95705780--95705881	29	3.5	29	74	10	109	29	26	20	23	1.99
95706038--95706431	43	9.2	43	90	0	590	32	31	22	12	1.92
95720906--95721010	27	3.9	26	80	12	113	19	25	20	35	1.95
95720906--95721017	54	2.1	54	86	3	154	18	25	20	35	1.95
95725140--95725173	14	2.5	14	95	4	61	20	0	0	79	0.73
95730729--95731143	141	3.0	138	89	3	597	30	18	26	24	1.98
95730947--95731151	45	4.6	44	67	15	114	30	17	24	27	1.97
95730712--95731177	134	3.4	135	87	4	641	30	18	25	25	1.98
95731480--95731598	44	2.7	45	81	6	143	28	15	24	31	1.96
95731480--95731613	44	3.0	43	81	6	142	30	16	22	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316