genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  57  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16897540--16897610	28	2.5	28	77	22	78	22	1	33	42	1.63
16897503--16897602	35	2.9	34	88	5	146	23	2	32	43	1.65
16897838--16898037	84	2.4	84	81	3	224	29	14	26	30	1.95
16901119--16901145	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
16901573--16901598	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
16901649--16901725	9	8.6	9	77	5	84	44	20	1	33	1.60
16901629--16901709	36	2.2	36	88	0	117	45	18	1	34	1.57
16906846--16906874	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
16907281--16907330	21	2.4	21	86	3	75	30	20	50	0	1.49
16907690--16907881	43	4.4	44	71	12	164	28	25	16	29	1.97
16909512--16909704	80	2.4	81	83	5	221	41	20	6	31	1.78
16909487--16909748	27	9.7	27	80	2	240	39	20	6	33	1.79
16909733--16909867	27	5.0	27	87	0	173	37	19	20	22	1.95
16910149--16910208	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
16910327--16910414	6	14.3	6	72	17	56	20	19	13	46	1.83
16910327--16910405	31	2.5	31	89	0	113	20	20	12	46	1.82
16924537--16924587	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
16926188--16926648	44	10.5	44	75	7	353	29	26	16	27	1.97
16926188--16926642	132	3.4	132	94	0	793	29	26	16	27	1.97
16926639--16926798	45	3.4	45	64	20	110	28	23	18	30	1.97
16926637--16927023	95	4.0	95	96	1	675	27	21	20	30	1.98
16929286--16929462	27	6.5	27	81	1	192	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16929286--16929441	82	1.9	81	96	1	285	28	15	28	28	1.96
16929286--16929439	55	2.8	55	85	1	193	27	15	27	28	1.96
16929282--16929462	82	2.2	81	89	1	281	28	15	27	28	1.96
16936850--16937026	27	6.5	27	80	1	183	27	14	28	29	1.95
16936850--16937005	82	1.9	81	94	1	276	28	14	28	28	1.95
16936850--16937003	55	2.8	55	84	1	184	27	14	27	29	1.96
16936846--16937026	82	2.2	81	88	1	272	28	14	27	29	1.96
16948265--16948441	27	6.5	27	81	1	192	27	15	28	28	1.96
16948265--16948420	82	1.9	81	96	1	285	28	15	28	28	1.96
16948265--16948418	55	2.8	55	85	1	193	27	15	27	28	1.96
16948261--16948441	82	2.2	81	89	1	281	28	15	27	28	1.96
16955776--16955952	27	6.5	27	80	1	183	27	14	28	29	1.95
16955776--16955931	82	1.9	81	94	1	276	28	14	28	28	1.95
16955776--16955929	55	2.8	55	84	1	184	27	14	27	29	1.96
16955772--16955952	82	2.2	81	88	1	272	28	14	27	29	1.96
16961551--16961594	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
16963959--16964009	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
16969026--16969075	19	2.6	19	70	0	55	58	4	2	36	1.29
16974660--16974767	26	4.2	26	95	0	198	30	7	26	35	1.84
16979473--16979521	25	2.0	25	95	0	89	20	18	16	44	1.86
16986840--16986890	24	2.1	24	89	7	77	33	3	41	21	1.72
16991164--16991206	21	2.1	20	82	4	50	51	6	11	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17004745--17004852	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
17006440--17006601	54	3.0	54	90	2	238	18	25	21	34	1.96
17006443--17006601	27	5.9	27	80	8	166	18	25	21	34	1.96
17006443--17006601	81	2.0	80	81	8	189	18	25	21	34	1.96
17017220--17017401	41	4.5	41	84	4	210	25	29	16	28	1.97
17024894--17025007	41	2.8	41	82	2	122	27	28	16	28	1.97
17024956--17025057	40	2.5	41	82	4	109	28	22	18	30	1.97
17024997--17025072	40	1.9	40	83	0	98	27	22	21	28	1.99
17028436--17028484	21	2.5	20	80	9	57	57	4	0	38	1.18
17030814--17030857	19	2.3	19	88	4	61	63	4	9	22	1.42
17031418--17031517	39	2.6	38	87	4	139	49	8	4	39	1.51
17036065--17036104	20	2.0	20	85	0	53	75	10	0	15	1.05
17036122--17036198	9	8.6	9	85	0	100	27	7	19	45	1.77
17039753--17039796	18	2.6	16	85	7	52	25	4	0	70	1.06
17039747--17039805	29	2.0	29	83	6	75	25	3	1	69	1.13
17046507--17046762	139	1.8	139	84	1	352	34	17	19	28	1.94
17046883--17047082	51	4.1	50	73	10	180	34	17	19	29	1.94
17047174--17047317	45	3.2	45	74	7	132	34	13	18	33	1.91
17047129--17047345	89	2.4	89	79	4	231	34	14	18	32	1.91
17049081--17049105	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
17049204--17049259	27	2.2	27	84	9	73	23	7	0	69	1.12
17049832--17049861	7	4.3	7	100	0	60	33	13	0	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17050188--17050281	31	3.2	28	73	16	82	38	11	10	39	1.77
17050201--17050291	31	3.0	30	79	7	96	40	14	7	37	1.74
17055581--17055618	19	2.1	18	90	5	58	39	7	5	47	1.55
17062509--17062546	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
17066877--17066911	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
17081615--17081741	9	13.7	9	73	16	82	29	1	1	66	1.10
17081597--17081743	18	7.8	18	69	20	79	29	2	2	66	1.14
17086588--17086670	5	15.8	5	69	14	51	36	18	3	42	1.68
17086592--17086655	22	2.9	22	68	9	58	32	18	4	43	1.71
17090224--17090271	11	4.3	11	84	5	60	31	2	0	66	1.03
17092224--17092291	20	3.5	20	71	15	70	35	11	14	38	1.83
17092219--17092298	38	2.1	38	97	0	151	36	11	12	40	1.79
17095097--17095138	18	2.4	17	88	4	57	76	0	7	16	1.00
17106262--17106299	17	2.3	17	86	13	53	5	7	31	55	1.51
17111561--17111609	25	1.9	26	91	4	82	30	28	8	32	1.86
17112421--17112456	11	3.2	11	88	7	54	80	19	0	0	0.71
17114848--17114912	6	10.2	6	84	12	60	21	4	0	73	1.00
17114850--17114895	18	2.5	18	89	10	67	17	6	0	76	1.00
17114848--17114905	24	2.4	25	83	16	77	20	5	0	74	1.01
17115868--17115897	14	2.2	14	94	5	53	90	0	10	0	0.47
17115868--17115897	12	2.5	12	94	0	51	90	0	10	0	0.47
17116520--17116569	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17141359--17141533	43	4.1	43	76	10	146	27	20	25	27	1.99
17141359--17141533	85	2.0	87	82	6	214	27	20	25	27	1.99
17141416--17141533	42	2.8	42	75	10	123	27	19	25	27	1.99
17144943--17145150	56	3.7	56	90	0	326	26	16	23	33	1.96
17151208--17151804	152	4.0	150	84	6	735	40	4	10	44	1.59
17151258--17151461	51	4.1	49	67	16	132	37	3	10	48	1.56
17151798--17151843	21	2.1	23	84	8	60	45	8	13	32	1.73
17153616--17153680	13	5.5	13	74	20	70	50	10	0	38	1.37
17153617--17153680	23	2.8	23	95	0	110	51	9	0	39	1.34
17164703--17164737	17	2.1	17	88	0	52	34	5	8	51	1.56
17165470--17165514	21	2.2	21	84	4	56	64	6	0	28	1.19
17166219--17166265	21	2.3	20	81	3	58	17	6	31	44	1.73
17167342--17167412	3	23.7	3	100	0	142	66	0	33	0	0.92
17170757--17170806	3	16.7	3	78	0	55	60	0	38	2	1.09
17171174--17171217	20	2.4	18	82	14	54	2	25	2	70	1.10
17178011--17178103	30	3.1	30	86	6	118	31	13	18	36	1.90
17178106--17178195	30	3.0	31	79	11	105	30	17	17	34	1.94
17178037--17178177	74	1.9	74	82	2	176	32	15	16	35	1.90
17178587--17178627	18	2.3	18	91	0	64	34	12	12	41	1.80
17179001--17179041	19	2.1	20	90	4	66	48	2	2	46	1.28
17179557--17179704	71	2.1	70	91	2	235	51	4	13	30	1.61
17181993--17182066	22	3.5	21	70	15	62	29	10	21	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17188050--17188086	16	2.2	17	90	4	58	27	0	2	70	1.01
17191289--17191360	24	3.1	24	66	18	71	20	16	18	44	1.87
17191272--17191366	45	2.1	45	98	0	181	21	15	15	47	1.82
17191283--17191354	23	3.2	23	64	25	62	22	12	16	48	1.79
17196783--17196839	25	2.3	24	76	5	60	17	29	17	35	1.93
17200482--17200507	9	2.9	9	100	0	52	88	0	11	0	0.52
17207511--17207537	14	1.9	14	100	0	54	7	0	44	48	1.31
17207595--17207739	34	4.3	33	74	7	123	42	0	13	43	1.48
17215211--17215251	21	2.0	21	90	0	64	24	19	29	26	1.98
17216048--17216082	3	11.7	3	93	0	61	2	31	0	65	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316