genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  287  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95181290--95181411	57	2.2	53	84	9	165	51	3	0	45	1.17
95184727--95184878	42	3.6	42	80	3	162	45	17	20	17	1.86
95184738--95184878	21	6.7	21	72	3	113	46	17	19	16	1.85
95184722--95184878	63	2.5	63	75	2	154	45	16	20	17	1.86
95187943--95187985	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
95188130--95188259	58	2.2	58	79	2	145	23	20	12	43	1.85
95199971--95200211	69	3.5	68	79	8	240	26	20	16	36	1.93
95204171--95204195	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
95207699--95207737	18	2.2	18	86	9	53	66	2	7	23	1.30
95210378--95210415	20	1.9	20	84	10	51	36	5	13	44	1.66
95212314--95212588	27	10.1	27	81	1	237	41	21	16	21	1.90
95212314--95212518	82	2.5	81	85	5	263	42	23	14	19	1.87
95212314--95212591	81	3.4	81	80	6	276	41	20	16	21	1.91
95212748--95212783	17	2.1	17	94	0	63	30	33	25	11	1.90
95221442--95221533	45	2.0	45	91	0	148	32	7	28	31	1.85
95221745--95221852	52	2.1	52	100	0	216	34	12	20	32	1.91
95232787--95232829	22	1.9	23	85	4	61	18	18	9	53	1.70
95234688--95234737	20	2.5	20	83	3	64	52	12	10	26	1.70
95252823--95252866	14	3.1	14	76	0	52	47	15	4	31	1.66
95253051--95253123	29	2.5	28	84	6	101	50	2	0	46	1.15
95257013--95257047	11	3.2	11	95	0	61	51	0	0	48	1.00
95260642--95260707	30	2.2	30	84	13	82	43	1	4	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95261172--95261220	23	2.1	23	85	7	64	34	8	6	51	1.57
95275357--95275447	46	2.0	46	87	4	132	29	28	20	20	1.98
95280365--95280516	67	2.3	67	82	9	184	32	17	28	21	1.95
95283339--95283395	28	2.0	28	96	0	105	29	7	29	33	1.84
95286908--95286935	13	2.2	13	100	0	56	60	0	0	39	0.97
95286939--95286976	20	1.9	20	89	10	60	73	0	15	10	1.09
95286949--95287032	31	3.2	25	74	19	80	70	2	22	4	1.18
95286948--95287032	10	7.9	10	70	17	55	70	2	22	4	1.17
95289129--95289165	19	1.9	19	94	0	65	18	16	35	29	1.93
95289072--95289211	65	2.1	66	90	1	219	19	20	30	29	1.97
95290756--95290812	28	2.0	28	100	0	114	22	10	31	35	1.88
95290866--95290915	19	2.6	19	96	0	91	18	34	32	16	1.92
95294139--95294339	77	2.7	75	84	6	246	40	20	5	33	1.75
95294425--95294542	37	3.1	37	73	15	98	69	0	3	27	1.04
95294473--95294568	29	3.4	28	78	14	92	63	0	7	29	1.21
95294751--95294777	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
95294782--95294842	18	3.4	17	73	10	50	29	3	1	65	1.18
95296348--95296410	30	2.1	30	91	5	101	25	4	11	58	1.51
95302083--95302138	21	2.7	21	78	10	55	39	1	0	58	1.08
95302092--95302137	21	2.1	22	84	8	58	34	2	0	63	1.07
95324390--95324441	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
95328598--95328631	17	2.0	17	88	11	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95328602--95328640	19	2.1	18	85	4	51	46	0	2	51	1.14
95337169--95337209	20	2.2	18	86	8	55	53	0	4	41	1.22
95338157--95338194	19	2.0	19	89	0	58	52	2	0	44	1.14
95341370--95341562	95	2.1	94	93	2	325	46	10	17	25	1.79
95345743--95345798	3	19.0	3	80	10	62	32	0	5	62	1.18
95346696--95346726	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
95349112--95349198	5	17.8	5	67	21	51	59	2	0	37	1.10
95349109--95349173	34	1.9	33	87	3	94	60	1	0	38	1.07
95349152--95349178	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
95352619--95352662	22	1.9	22	86	9	61	2	15	11	70	1.26
95368618--95368885	137	1.9	138	82	3	335	31	27	22	18	1.97
95370869--95371001	66	2.0	66	97	0	248	27	18	15	39	1.90
95371243--95371276	17	1.9	18	88	5	52	50	23	14	11	1.76
95372997--95373033	19	1.9	19	94	0	65	40	8	21	29	1.82
95377081--95377290	39	5.4	39	94	0	375	22	28	20	28	1.98
95388433--95388497	22	3.0	22	78	10	55	18	13	20	47	1.82
95391050--95391078	14	2.0	15	93	6	51	20	6	17	55	1.65
95391194--95391322	50	2.5	51	88	5	190	36	16	21	25	1.94
95391298--95391468	31	5.8	31	78	14	191	28	18	28	24	1.98
95391489--95391610	47	2.6	47	85	1	156	29	14	26	29	1.95
95393275--95393315	17	2.4	17	88	8	57	68	0	31	0	0.90
95393275--95393315	6	7.2	6	83	10	59	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95393468--95393510	21	2.1	20	82	4	50	41	2	18	37	1.63
95394868--95394893	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
95408930--95408996	19	3.5	19	70	11	57	16	10	0	73	1.10
95410642--95410667	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95418677--95418722	22	2.1	22	100	0	92	63	0	17	19	1.32
95426113--95426166	21	2.6	21	87	0	81	27	7	35	29	1.84
95429396--95429438	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
95429426--95429462	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
95430409--95430434	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
95438121--95438197	5	15.8	5	91	5	131	42	0	0	57	0.99
95438090--95438132	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
95439157--95439182	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
95444377--95444441	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
95446289--95446396	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
95454045--95454152	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
95456891--95456939	20	2.4	21	76	10	57	26	0	0	73	0.83
95456890--95456938	14	3.6	14	79	12	50	26	0	0	73	0.83
95456892--95456940	25	2.0	24	84	11	64	28	0	0	71	0.86
95462847--95462878	5	6.8	5	86	13	50	40	0	21	37	1.54
95462848--95462875	13	2.2	13	100	0	56	39	0	21	39	1.54
95465170--95465218	25	2.0	25	95	0	89	32	14	4	48	1.62
95471660--95471702	23	1.9	22	90	4	68	23	0	4	72	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95471660--95471702	11	3.8	11	84	9	52	23	0	4	72	1.04
95471722--95471824	8	11.4	8	71	22	55	31	4	1	62	1.27
95471777--95471809	17	1.9	17	88	11	50	27	3	0	69	1.03
95480826--95480854	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
95483517--95483580	26	2.4	26	81	5	74	29	26	14	29	1.95
95483685--95483789	27	3.9	26	83	5	120	20	23	20	36	1.95
95487555--95487589	5	7.4	5	93	6	56	42	0	0	57	0.99
95487567--95487645	3	27.7	3	70	19	53	35	0	5	59	1.19
95487881--95487974	33	2.6	37	74	22	92	43	1	4	51	1.28
95488120--95488169	22	2.4	20	81	12	64	76	4	6	14	1.13
95489243--95489346	45	2.3	45	80	12	133	21	19	19	40	1.92
95489330--95489364	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
95489776--95489819	20	2.2	20	100	0	88	13	4	18	63	1.46
95489784--95489827	20	2.2	20	91	0	70	20	4	15	59	1.54
95497131--95497168	19	2.0	19	90	10	60	55	5	2	36	1.37
95502075--95502114	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
95505853--95505940	23	3.9	22	71	16	63	38	17	20	23	1.93
95505848--95505916	22	3.1	22	81	10	70	40	21	17	20	1.91
95505865--95505960	45	2.1	46	81	11	108	36	18	20	23	1.95
95505875--95505987	24	4.7	25	77	14	89	36	18	20	24	1.95
95507112--95507137	6	4.3	6	100	0	52	19	15	15	50	1.79
95507182--95507217	18	1.9	19	94	5	65	36	8	5	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95515097--95515155	26	2.2	26	79	8	66	52	0	6	40	1.28
95517040--95517091	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
95517913--95517940	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
95521027--95521085	29	2.0	30	83	3	75	50	15	5	28	1.65
95521409--95521463	26	2.1	26	83	6	67	38	7	20	34	1.80
95521646--95521742	33	2.8	35	72	20	89	51	1	2	45	1.19
95521681--95521761	33	2.7	30	76	16	78	50	1	1	46	1.17
95526467--95526527	20	3.0	21	68	20	58	29	4	3	62	1.32
95529993--95530030	19	2.0	19	94	0	67	60	5	13	21	1.52
95531147--95531175	12	2.3	13	94	5	51	65	6	27	0	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316