genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10953650--10953819	46	3.7	46	75	13	159	31	27	19	21	1.97
10954382--10954418	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
10956798--10956847	21	2.4	21	83	3	57	40	0	20	40	1.52
10964494--10964542	18	2.7	18	100	0	98	22	16	10	51	1.74
10978568--10978636	35	2.0	33	81	10	77	33	4	17	44	1.68
10979991--10980029	19	2.1	19	90	4	62	56	5	0	38	1.22
10979991--10980044	19	2.9	19	83	8	58	53	9	0	37	1.33
10980044--10980084	20	2.0	20	90	9	57	56	0	4	39	1.21
10980045--10980084	21	2.0	21	95	5	73	55	0	5	40	1.22
10980272--10980318	23	2.0	23	87	0	67	31	4	2	61	1.27
10988687--10988753	21	3.3	21	85	4	75	43	17	23	14	1.87
10988894--10988930	17	2.2	17	90	0	56	48	10	0	40	1.38
10992011--10992078	30	2.3	30	82	5	75	47	7	17	27	1.74
10994222--10994366	72	2.0	72	95	0	263	37	12	24	25	1.90
10994294--10994567	46	6.0	46	90	2	372	41	14	23	21	1.89
10994294--10994562	92	2.9	92	91	1	423	41	14	23	20	1.89
10994848--10994880	17	2.0	17	94	5	59	51	0	12	36	1.39
11001179--11001303	48	2.6	48	85	1	162	25	14	28	32	1.95
11002746--11002922	39	4.5	39	84	1	228	31	2	19	45	1.65
11003198--11003257	30	2.0	30	93	0	102	20	3	20	56	1.56
11004330--11004374	22	2.0	22	83	8	56	51	17	0	31	1.46
11004546--11004588	22	2.0	22	90	0	68	32	18	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11004534--11004712	73	2.5	73	91	0	286	35	22	16	24	1.95
11004637--11004741	51	2.1	51	96	0	192	36	23	16	23	1.94
11010389--11010672	145	1.9	147	92	1	473	45	8	31	14	1.75
11013529--11013605	36	2.1	37	81	11	88	42	5	0	51	1.24
11019233--11019318	21	4.1	21	84	1	84	31	29	26	12	1.93
11019544--11019599	29	2.0	29	92	3	96	48	30	3	17	1.65
11024733--11024771	20	2.0	20	90	10	62	41	7	2	48	1.45
11024786--11024828	22	2.0	22	95	0	77	39	6	4	48	1.51
11026368--11026444	39	2.0	39	100	0	154	38	20	10	29	1.86
11027249--11027299	23	2.2	23	86	6	77	25	15	27	31	1.96
11031467--11031502	18	2.0	18	100	0	72	38	27	0	33	1.57
11036883--11036926	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
11037983--11038034	5	10.6	5	80	15	56	55	1	1	40	1.22
11037983--11038034	16	3.5	15	75	19	56	55	1	1	40	1.22
11043298--11043442	28	5.2	27	77	8	121	37	17	22	22	1.93
11043274--11043422	56	2.7	56	79	2	129	39	16	21	22	1.92
11043297--11043437	56	2.5	55	76	6	140	37	17	22	21	1.94
11045203--11045326	34	3.6	34	78	6	135	40	14	10	34	1.80
11046141--11046203	30	2.1	30	93	0	108	26	3	11	58	1.47
11059407--11059477	30	2.4	30	77	13	74	45	1	4	49	1.30
11063107--11063149	21	2.1	21	86	4	61	74	6	6	11	1.21
11063848--11063881	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11064078--11064111	18	1.9	17	94	5	59	64	0	0	35	0.94
11064070--11064156	18	4.7	18	71	19	54	56	0	3	40	1.16
11067865--11067977	31	3.6	31	81	2	120	52	2	3	41	1.33
11068557--11068610	15	3.3	16	84	10	74	14	1	14	68	1.30
11068692--11068748	30	1.9	30	96	0	105	14	19	5	61	1.51
11072695--11072869	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
11072703--11072871	93	1.8	93	93	0	293	28	29	20	20	1.98
11074847--11075241	197	2.0	196	97	0	745	32	13	21	32	1.92
11076277--11076308	16	1.9	17	93	6	57	12	6	18	62	1.50
11083124--11083214	46	2.0	46	91	0	146	27	8	10	52	1.66
11083533--11083570	20	1.9	19	85	15	51	47	2	0	50	1.15
11092778--11092802	13	1.9	13	100	0	50	0	0	16	84	0.63
11094967--11094991	12	2.1	12	100	0	50	24	16	32	28	1.96
11099169--11099373	52	3.9	51	84	8	245	24	18	27	29	1.98
11105033--11105097	31	2.1	31	97	0	121	30	6	30	32	1.82
11106812--11107017	52	3.9	52	79	3	191	24	17	26	31	1.97
11110988--11111020	16	2.1	16	94	0	57	27	6	6	60	1.44
11111715--11111748	13	2.7	13	86	4	52	20	0	11	67	1.21
11113681--11113762	40	2.0	40	100	0	164	39	7	19	34	1.80
11121462--11121491	15	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
11122242--11122297	26	2.2	25	81	15	62	32	0	3	64	1.11
11122795--11122901	33	3.4	32	67	19	82	38	0	11	50	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11122779--11122912	60	2.2	61	85	4	182	32	0	11	55	1.37
11128120--11128408	132	2.2	132	86	2	393	32	17	15	34	1.92
11137957--11138064	53	2.0	53	98	0	207	30	18	19	31	1.96
11140399--11140801	44	9.2	44	89	0	574	31	15	28	25	1.95
11143651--11143941	132	2.2	132	86	3	399	31	17	16	33	1.93
11144065--11144303	130	1.8	130	83	1	318	28	20	18	32	1.96
11147373--11147450	27	2.9	27	94	0	129	25	29	24	20	1.99
11157048--11157082	15	2.4	14	86	9	52	71	2	5	20	1.19
11158781--11159153	147	2.6	148	88	8	562	35	21	9	33	1.86
11159122--11159185	31	2.0	32	93	3	112	42	25	6	26	1.78
11160565--11160699	62	2.2	62	82	0	171	24	24	28	22	2.00
11160677--11160711	13	2.8	13	91	4	54	5	31	42	20	1.75
11162913--11162961	26	2.0	24	88	8	71	63	4	0	32	1.13
11162948--11162990	21	2.0	22	86	4	61	69	6	2	20	1.23
11165443--11165566	40	3.1	40	89	2	187	33	24	16	26	1.96
11165454--11165583	40	3.3	39	85	4	163	30	23	15	30	1.95
11168746--11168812	21	3.2	21	74	2	73	26	23	26	22	2.00
11170536--11170578	14	3.1	14	81	15	54	58	9	2	30	1.42
11179394--11179457	33	2.0	32	84	3	83	60	15	3	20	1.48
11182813--11182915	51	2.0	51	98	0	197	24	16	15	43	1.86
11190533--11190569	16	2.4	17	82	17	53	62	2	0	35	1.10
11201784--11201844	18	3.3	18	76	15	54	68	3	1	26	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11201773--11201833	28	2.1	29	85	8	81	68	3	1	26	1.14
11202167--11202205	19	2.1	19	90	0	60	25	2	2	69	1.14
11202284--11202313	11	2.6	11	94	5	51	40	0	6	53	1.27
11202453--11202514	27	2.3	27	91	0	97	46	9	27	16	1.78
11213121--11213178	13	4.5	13	84	0	71	37	27	8	25	1.85
11224719--11224800	43	1.9	42	82	7	103	25	17	25	31	1.97
11234152--11234176	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
11236931--11237027	6	18.4	5	76	17	83	76	1	4	18	1.01
11237475--11237567	44	2.1	45	95	2	170	31	20	23	24	1.98
11240252--11240393	24	6.0	24	85	5	191	27	21	21	28	1.99
11240251--11240394	47	3.0	47	88	4	209	27	21	21	29	1.99
11240273--11240392	23	5.1	23	87	3	177	28	20	21	29	1.98
11240443--11240509	20	3.3	20	89	0	107	32	22	11	32	1.90
11259844--11259912	34	2.0	34	100	0	138	28	23	5	42	1.77
11265569--11265660	17	5.5	17	72	13	66	66	2	27	4	1.22
11266336--11266385	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
11266325--11266414	21	4.2	20	72	24	67	68	4	0	26	1.08
11267250--11267279	6	5.0	6	91	0	51	20	16	13	50	1.78
11267385--11267432	18	2.6	18	76	3	51	39	12	12	35	1.81
11267421--11267467	24	2.0	22	84	8	58	44	6	14	34	1.71
11275314--11275489	49	3.6	48	82	8	207	23	29	19	27	1.98
11286965--11287126	35	4.6	35	82	1	200	30	12	24	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11287222--11287313	31	3.0	30	88	6	139	23	19	31	25	1.98
11291633--11291660	5	5.6	5	100	0	56	21	0	21	57	1.41
11298994--11299026	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
11300193--11300436	85	2.8	86	84	8	289	50	11	9	29	1.69
11300193--11300436	86	2.8	85	83	10	280	50	11	9	29	1.69
11301989--11302075	43	2.0	43	95	0	156	37	19	21	20	1.94
11302420--11302458	20	2.1	19	85	9	53	2	23	17	56	1.53
11302953--11302983	12	2.6	12	94	0	53	48	32	3	16	1.62
11303814--11303883	26	2.7	26	82	2	79	21	28	15	34	1.94
11319254--11319291	7	5.6	7	90	3	60	28	10	44	15	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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