genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16120431--16120492	20	3.2	20	65	17	58	58	14	4	22	1.56
16120432--16120508	38	2.0	38	100	0	154	55	15	5	23	1.60
16121146--16121300	3	50.7	3	68	13	57	59	5	7	27	1.47
16122776--16122849	18	4.1	19	77	13	68	33	2	5	58	1.35
16122792--16122857	34	1.9	33	82	17	82	33	4	6	56	1.44
16124076--16124103	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
16124123--16124172	26	2.0	25	84	4	64	60	4	4	32	1.34
16125263--16125296	18	1.9	17	94	5	59	0	11	0	88	0.52
16127666--16127698	8	4.2	8	88	7	50	84	0	15	0	0.61
16127666--16127698	15	2.1	16	94	5	59	84	0	15	0	0.61
16128369--16128480	59	1.9	59	100	0	224	33	16	11	39	1.84
16131802--16131848	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
16134480--16134528	21	2.3	21	73	13	55	18	4	22	55	1.60
16137313--16137370	20	3.2	19	74	13	59	37	3	0	58	1.15
16139535--16139584	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
16140431--16140485	24	2.2	25	84	9	69	52	0	1	45	1.11
16140432--16140472	21	2.0	20	85	4	55	58	0	0	41	0.98
16145359--16145397	3	13.0	3	88	0	60	71	0	28	0	0.86
16147601--16147664	31	2.1	31	100	0	128	34	3	17	45	1.64
16149619--16149795	27	6.6	27	83	5	196	29	28	15	26	1.96
16149640--16149794	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	26	1.96
16157674--16157851	27	6.6	27	84	3	196	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16157695--16157850	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16168095--16168148	22	2.4	22	93	3	81	38	24	12	24	1.90
16168101--16168148	22	2.2	22	100	0	96	39	22	14	22	1.91
16168809--16168890	33	2.5	33	89	0	128	43	2	7	46	1.44
16168831--16168892	15	3.9	15	74	12	61	45	1	8	45	1.42
16168831--16168899	15	4.6	14	70	19	50	43	1	8	46	1.43
16170484--16170534	24	2.1	24	85	7	68	29	7	0	62	1.23
16170479--16170681	17	11.6	17	66	22	68	34	3	2	59	1.29
16170559--16170606	20	2.3	21	86	10	64	35	4	4	56	1.38
16170641--16170681	3	14.0	3	84	5	57	34	0	0	65	0.93
16171931--16171955	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
16173033--16173071	18	2.1	19	90	4	62	41	5	5	48	1.47
16175594--16175739	37	3.9	37	95	0	247	26	31	18	23	1.97
16175946--16176139	47	4.1	47	87	2	248	27	28	10	34	1.89
16181783--16181890	26	4.2	26	92	0	189	30	6	25	37	1.81
16187971--16188026	26	2.2	26	93	0	94	30	8	25	35	1.86
16189510--16189562	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
16196636--16196984	38	9.1	38	88	1	482	22	21	25	31	1.98
16196982--16197093	43	2.6	43	94	0	188	11	25	31	31	1.91
16196961--16197093	43	3.1	43	88	2	171	12	24	31	30	1.93
16206387--16206724	119	2.8	119	90	0	507	32	15	19	31	1.94
16208637--16208717	30	2.6	30	73	13	74	37	7	0	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16217165--16217283	25	4.8	25	82	2	141	29	21	21	26	1.99
16220001--16220156	42	3.7	43	79	11	169	30	27	17	24	1.98
16220001--16220156	86	1.8	84	82	8	199	30	27	17	24	1.98
16226335--16226537	40	5.1	40	86	4	252	27	28	22	22	1.99
16227683--16227714	5	6.6	5	96	3	57	81	0	0	18	0.70
16229238--16229268	13	2.4	13	94	0	53	58	3	0	38	1.15
16232993--16233049	30	1.9	30	85	0	78	42	14	8	35	1.76
16234972--16235154	40	4.6	40	83	6	221	25	27	21	24	1.99
16234972--16235156	79	2.3	81	82	8	227	26	27	21	24	1.99
16240718--16240798	41	2.0	40	85	7	110	56	11	8	23	1.61
16241695--16241736	21	2.0	20	86	4	57	47	16	7	28	1.73
16251709--16251832	43	2.9	43	81	1	160	31	24	14	29	1.94
16257680--16257708	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
16262852--16263008	43	3.7	42	75	10	138	31	21	15	32	1.94
16274959--16275054	34	2.8	34	77	4	95	30	21	25	22	1.99
16303879--16303917	19	2.1	18	85	4	51	10	23	15	51	1.73
16314930--16315052	43	2.9	43	82	9	153	23	17	29	29	1.97
16325030--16325109	40	2.0	40	97	0	151	41	16	22	20	1.90
16337839--16337888	21	2.5	20	81	12	57	42	18	2	38	1.61
16349052--16349102	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
16349062--16349104	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
16349314--16349344	14	2.2	14	100	0	62	12	16	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16354766--16354809	13	3.3	13	84	12	54	84	0	6	9	0.79
16354747--16354810	19	3.5	19	91	4	96	84	0	7	7	0.78
16355667--16356381	44	16.3	44	75	8	625	31	17	24	27	1.97
16355667--16356375	132	5.4	132	94	0	1204	31	16	24	27	1.97
16356955--16357033	19	4.2	19	88	9	117	40	8	15	35	1.78
16356945--16357032	36	2.4	35	82	17	117	40	9	14	35	1.78
16357243--16357273	14	2.2	14	100	0	62	12	16	0	70	1.16
16360787--16360894	54	2.0	54	98	0	207	32	18	24	25	1.97
16364056--16364185	43	3.0	42	79	7	154	29	26	14	29	1.95
16368610--16368790	40	4.5	41	82	8	214	24	22	27	25	2.00
16368659--16368823	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
16369015--16369182	47	3.6	47	89	0	246	32	8	31	27	1.87
16369301--16369379	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
16371196--16371454	40	6.5	40	93	0	419	22	21	28	26	1.99
16375159--16375340	40	4.6	40	82	9	203	25	21	27	25	2.00
16375209--16375373	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
16375565--16375873	47	6.6	47	92	0	492	32	8	30	28	1.87
16375992--16376070	37	2.1	37	86	4	106	26	18	29	25	1.98
16379630--16379725	41	2.3	43	82	10	126	31	27	17	23	1.97
16382944--16383141	42	4.7	43	76	10	183	28	24	19	26	1.99
16382975--16383174	85	2.4	85	89	1	305	29	26	19	26	1.98
16390316--16390421	41	2.5	43	80	4	117	31	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16390279--16390433	43	3.7	43	77	5	163	27	27	18	26	1.98
16398415--16398448	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
16407961--16407989	15	1.9	15	100	0	58	55	10	6	27	1.59
16409749--16409950	111	1.8	109	86	6	291	10	29	4	54	1.55
16420004--16420266	46	5.6	46	73	11	187	27	18	29	24	1.98
16427988--16428088	23	4.2	23	73	6	85	29	20	16	32	1.95
16438742--16438778	18	1.9	18	89	10	56	5	5	35	54	1.47
16439882--16440149	91	3.0	90	81	6	283	32	26	13	27	1.94
16441973--16442021	23	2.1	23	85	7	64	44	6	4	44	1.47
16447961--16448000	18	2.2	18	90	0	62	12	32	30	25	1.92
16452511--16452545	16	2.2	16	89	0	52	2	20	0	77	0.90
16453644--16453686	21	2.0	21	90	0	68	32	6	37	23	1.82
16457316--16457376	28	2.2	28	93	0	104	50	11	4	32	1.60
16458475--16458516	14	3.1	13	78	21	50	52	2	9	35	1.47
16467574--16467601	11	2.5	11	100	0	56	46	17	35	0	1.49
16474303--16474407	55	1.9	54	90	1	165	32	34	19	14	1.91
16476541--16476587	16	2.8	17	80	6	60	17	4	0	78	0.90
16476545--16476589	24	1.9	23	86	4	63	17	4	0	77	0.92
16481885--16481936	25	2.1	25	96	0	95	23	5	17	53	1.64
16482060--16482086	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
16482262--16482311	20	2.4	21	80	3	57	36	2	2	60	1.20
16484067--16484317	41	6.1	41	83	1	261	19	18	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16484065--16484303	123	1.9	123	82	3	293	19	18	24	37	1.94
16486091--16486418	174	1.9	174	94	0	584	30	24	14	30	1.95
16486371--16486449	29	2.7	29	84	2	104	31	30	12	25	1.93
16497788--16497841	26	2.1	26	100	0	108	25	14	0	59	1.36
16512226--16512257	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
16512664--16512717	26	2.1	26	100	0	108	27	7	14	50	1.70
16513896--16513989	46	2.0	46	83	4	118	31	14	20	32	1.93
16517173--16517280	26	4.2	26	90	0	171	36	23	8	32	1.84
16522156--16522208	19	2.7	19	67	2	52	52	43	0	3	1.19
16525912--16526019	26	4.2	26	89	2	164	35	23	9	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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