genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16525912--16526019	52	2.1	52	92	3	182	35	23	9	32	1.86
16527480--16527654	41	4.3	41	88	1	235	36	24	20	19	1.95
16538608--16538632	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
16540735--16540763	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
16542799--16542905	27	4.0	27	77	8	110	37	21	22	18	1.94
16543164--16543192	8	3.6	8	100	0	58	0	41	37	20	1.53
16549461--16549595	41	3.3	40	82	4	155	36	22	20	21	1.95
16560606--16560636	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
16560603--16560642	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
16560899--16561076	55	3.3	54	79	7	184	23	24	17	33	1.96
16567661--16567825	48	3.5	47	81	8	192	29	16	21	32	1.95
16567661--16567843	94	1.9	94	81	6	219	30	16	20	32	1.95
16571255--16571285	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
16571252--16571291	20	2.0	20	85	0	53	37	20	2	40	1.66
16571495--16571704	55	3.9	55	79	6	232	24	24	17	34	1.96
16574279--16574332	26	2.0	27	83	16	69	33	12	9	44	1.75
16586381--16586431	26	2.0	26	96	0	93	31	19	17	31	1.95
16588039--16588131	42	2.2	43	83	9	120	23	16	26	33	1.95
16588414--16588516	48	2.1	48	100	0	206	27	1	15	55	1.51
16596680--16596756	22	3.7	22	79	8	72	25	24	38	10	1.87
16597502--16597527	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
16599844--16599872	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16601955--16602010	25	2.2	25	84	12	71	8	8	3	78	1.07
16602994--16603085	3	30.7	3	75	8	62	27	5	6	60	1.43
16606313--16606337	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
16606648--16606707	2	30.0	2	96	0	111	0	50	1	48	1.11
16620260--16620310	23	2.2	23	96	0	93	37	0	13	49	1.43
16633596--16633634	6	6.5	6	100	0	78	15	0	0	84	0.62
16642368--16642536	93	1.8	93	93	0	293	27	30	20	21	1.98
16642357--16642532	46	3.8	46	79	10	196	28	28	20	21	1.98
16646396--16646435	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
16650127--16650288	47	3.5	47	70	18	149	32	29	17	21	1.96
16650081--16650344	93	2.8	93	91	2	415	30	28	18	21	1.97
16650072--16650337	46	5.7	46	72	14	206	31	28	18	21	1.97
16660961--16661181	45	5.0	45	88	2	306	25	21	27	25	1.99
16661710--16661742	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
16667045--16667305	80	3.3	80	82	3	294	26	23	26	24	2.00
16667045--16667269	40	5.6	40	82	2	236	26	23	26	23	2.00
16667045--16667305	120	2.2	120	81	6	298	26	23	26	24	2.00
16674304--16674528	40	5.6	40	81	5	240	25	24	26	23	2.00
16674304--16674564	80	3.3	80	82	3	294	26	24	25	24	2.00
16674304--16674564	120	2.2	120	82	7	309	26	24	25	24	2.00
16683466--16683493	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
16689240--16689264	11	2.3	11	100	0	50	44	8	16	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16690641--16690686	23	2.0	23	100	0	92	21	17	4	56	1.58
16695137--16695200	2	32.0	2	100	0	128	50	0	50	0	1.00
16696908--16696938	7	4.6	7	92	8	55	29	0	0	70	0.87
16697390--16697458	32	2.2	32	84	10	88	36	10	1	52	1.44
16703412--16703499	44	2.0	44	95	0	158	32	26	12	28	1.92
16711182--16711239	23	2.5	24	83	8	75	43	3	5	48	1.42
16711986--16712051	32	2.1	32	100	0	132	37	24	19	18	1.93
16712434--16712460	14	1.9	14	100	0	54	51	14	7	25	1.68
16721537--16721624	40	2.2	40	81	4	95	39	1	15	43	1.55
16723860--16723917	25	2.3	26	88	8	93	20	25	18	34	1.96
16737311--16737470	69	2.3	69	86	4	209	41	5	15	38	1.69
16739407--16739444	20	1.9	20	88	0	58	23	5	2	68	1.23
16745890--16745944	5	11.0	5	77	14	51	25	0	0	74	0.82
16745890--16745945	15	3.7	15	80	15	71	25	0	0	75	0.81
16748585--16748767	96	1.9	96	84	2	242	30	13	23	32	1.93
16748796--16748820	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
16749383--16749420	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
16749434--16749473	20	2.0	20	90	0	62	20	5	5	70	1.26
16761538--16761576	20	2.0	20	100	0	78	51	5	12	30	1.62
16766791--16766827	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
16768704--16768748	23	2.0	23	82	8	56	46	2	17	33	1.61
16775920--16776148	41	5.6	41	89	6	297	27	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16783888--16783979	30	3.1	30	93	3	159	21	13	8	56	1.63
16790005--16790029	7	3.6	7	100	0	50	12	56	0	32	1.36
16797882--16797932	25	2.0	25	96	0	93	43	9	11	35	1.75
16798923--16799040	45	2.6	45	82	2	139	27	21	14	36	1.92
16800563--16800596	7	4.9	7	88	0	50	55	8	0	35	1.31
16800796--16800875	39	2.1	39	95	4	144	38	17	20	23	1.93
16800968--16801005	20	2.0	20	85	10	53	65	0	7	26	1.19
16801062--16801103	19	2.3	19	88	12	61	59	0	0	40	0.97
16801066--16801121	20	2.8	19	75	5	58	55	0	1	42	1.10
16804324--16804365	12	3.6	12	87	6	68	26	2	4	66	1.23
16804324--16804369	23	2.0	23	100	0	92	26	4	4	65	1.30
16809426--16809452	12	2.2	12	100	0	54	37	7	11	44	1.68
16813358--16813391	15	2.3	15	90	5	52	20	11	5	61	1.50
16813500--16813553	26	2.1	27	86	6	76	37	3	1	57	1.27
16815384--16815433	21	2.4	20	83	9	64	66	24	6	4	1.32
16818476--16818508	16	2.0	17	88	5	50	15	0	3	81	0.80
16836433--16837144	72	9.7	73	90	3	1067	30	17	20	31	1.96
16836433--16837144	293	2.4	291	90	2	1099	30	17	20	31	1.96
16836433--16837139	221	3.2	219	91	2	1132	30	17	20	30	1.96
16838922--16838953	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
16844246--16844270	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16847044--16847135	39	2.4	40	90	5	145	54	1	4	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16848177--16848240	26	2.5	25	87	9	94	68	20	6	4	1.30
16848174--16848241	25	2.7	25	85	12	95	69	20	5	4	1.28
16850751--16850785	12	3.0	12	87	8	54	28	22	5	42	1.76
16859118--16859332	109	1.9	109	85	11	290	24	13	20	41	1.88
16859224--16859407	73	2.6	70	80	9	191	26	15	22	35	1.93
16859653--16859686	13	2.5	13	90	4	50	17	20	5	55	1.62
16859430--16859732	89	3.5	84	84	7	360	26	16	22	35	1.95
16859685--16859821	72	1.9	72	87	4	204	30	18	24	26	1.98
16859600--16859987	160	2.4	160	92	3	631	27	20	21	30	1.98
16870043--16870079	1	37.0	1	100	0	74	100	0	0	0	0.00
16870064--16870411	167	2.0	182	85	12	500	39	20	13	27	1.89
16878525--16878636	34	3.3	33	78	14	88	47	12	8	31	1.72
16878580--16878931	17	19.9	17	69	15	189	44	10	14	30	1.79
16879035--16879077	20	2.0	21	82	8	52	44	9	11	34	1.73
16879244--16879297	6	9.5	6	84	9	53	72	0	0	27	0.85
16879438--16879478	11	3.7	11	90	9	66	0	24	0	75	0.80
16879434--16879494	22	2.9	20	79	15	70	0	21	0	78	0.75
16879652--16879678	6	4.5	6	100	0	54	0	0	14	85	0.61
16880196--16880312	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
16880211--16880312	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
16880308--16880340	13	2.4	14	90	5	50	27	0	3	69	1.03
16881835--16881888	23	2.4	22	82	14	58	31	7	1	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16881933--16881987	28	2.0	27	82	3	65	32	9	3	54	1.49
16889569--16889622	23	2.4	23	84	9	67	33	7	0	59	1.25
16889577--16889619	23	1.9	22	90	4	68	32	6	0	60	1.23
16889667--16889721	28	2.0	27	82	3	65	32	9	3	54	1.49
16896839--16896882	16	2.8	17	86	10	58	43	29	2	25	1.67
16896934--16896967	14	2.4	14	85	0	50	26	47	2	23	1.66
16896939--16896985	14	3.2	15	82	11	53	36	42	0	21	1.53
16896973--16897040	28	2.4	29	87	7	104	44	25	5	25	1.76
16897500--16897639	42	3.5	42	76	18	122	21	2	32	44	1.64
16897555--16897623	21	3.3	21	76	8	77	21	2	30	44	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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