genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17643829--17643877	22	2.2	20	77	19	53	51	26	4	18	1.64
17644656--17644791	43	3.2	43	81	3	148	34	24	14	26	1.94
17645625--17645738	39	2.9	39	89	3	160	25	28	12	33	1.92
17650587--17650662	32	2.4	32	77	0	89	32	15	18	32	1.93
17651092--17651229	27	5.1	27	76	12	106	31	11	17	39	1.85
17651106--17651287	54	3.4	53	77	10	165	31	10	18	38	1.86
17651105--17651288	81	2.3	81	82	6	221	32	10	18	38	1.86
17651106--17651261	27	5.8	27	81	3	145	32	10	18	37	1.86
17651133--17651288	27	5.8	27	78	13	110	32	10	18	38	1.85
17655555--17655671	47	2.5	47	83	2	137	21	19	28	30	1.98
17666350--17666463	60	1.9	60	98	0	219	40	7	20	32	1.79
17670204--17670334	47	2.8	48	88	1	174	22	17	27	32	1.97
17677154--17677205	3	17.3	3	75	0	50	32	1	36	28	1.69
17682123--17682208	3	28.7	3	97	0	163	0	31	0	68	0.90
17689483--17689507	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
17697738--17697779	16	2.7	15	85	10	57	54	0	21	23	1.44
17702697--17702740	22	2.0	22	82	8	54	40	25	0	34	1.56
17708661--17708689	4	7.2	4	100	0	58	24	51	0	24	1.48
17710723--17710803	21	3.9	21	78	0	81	14	19	19	45	1.85
17710705--17710800	42	2.3	43	82	8	117	14	19	18	46	1.83
17720979--17721012	17	1.9	17	88	5	50	5	5	11	76	1.14
17723640--17723705	28	2.4	28	94	0	114	33	27	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17723811--17723900	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
17723811--17723925	55	2.1	55	83	8	144	18	24	21	35	1.95
17724366--17724404	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
17727113--17727137	11	2.3	11	100	0	50	20	0	0	80	0.72
17729721--17729808	18	4.6	18	73	21	72	71	1	5	21	1.13
17729721--17729815	33	2.8	33	80	7	93	71	1	5	22	1.12
17729745--17729815	30	2.3	30	81	15	85	71	1	5	21	1.14
17730798--17730891	42	2.2	42	83	7	111	22	26	31	19	1.97
17739391--17739475	42	2.0	42	95	0	152	45	7	11	35	1.68
17740133--17740309	75	2.4	75	78	2	178	23	22	19	35	1.96
17741395--17741617	105	2.1	105	88	0	329	24	25	29	21	1.99
17757621--17757680	30	2.0	30	100	0	120	10	23	20	46	1.80
17758950--17758987	5	7.6	5	88	11	60	15	0	0	84	0.63
17758950--17758988	20	2.0	19	95	5	69	15	0	0	84	0.62
17772139--17772203	30	2.2	30	97	0	121	38	0	1	60	1.07
17772187--17772249	27	2.3	28	81	8	76	31	6	1	60	1.31
17772187--17772254	26	2.5	27	78	4	75	30	5	1	61	1.28
17784553--17784577	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
17785069--17785106	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
17785573--17785643	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
17785585--17785646	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
17785580--17785654	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17785675--17785722	24	2.0	24	84	12	62	29	4	0	66	1.10
17793352--17793586	117	2.0	117	96	0	434	34	20	14	30	1.93
17794734--17794802	35	1.9	36	91	2	113	30	17	8	43	1.79
17794737--17794802	20	3.5	20	68	19	61	31	16	7	43	1.76
17801436--17801490	18	3.1	18	76	10	67	69	7	0	23	1.14
17801476--17801518	22	2.0	22	85	0	59	60	6	9	23	1.51
17803509--17803547	21	1.9	21	89	5	62	23	28	0	48	1.51
17803688--17803746	30	2.0	30	90	6	93	20	38	0	40	1.53
17803952--17804047	17	5.5	17	71	19	65	37	4	2	56	1.30
17821643--17821730	17	5.6	17	69	20	75	31	47	0	20	1.50
17821638--17821730	30	3.1	30	85	0	132	33	46	0	20	1.51
17821709--17821782	24	3.1	24	96	0	139	24	48	4	22	1.68
17822138--17822180	16	2.8	16	82	3	52	30	0	4	65	1.13
17822140--17822301	3	54.7	3	69	14	77	31	2	2	63	1.20
17822144--17822216	36	2.1	35	84	7	94	30	2	2	64	1.21
17822245--17822301	23	2.5	23	88	0	78	31	0	1	66	1.02
17824604--17824672	24	2.8	24	79	14	79	34	20	23	21	1.96
17831552--17831584	9	3.6	9	95	4	57	54	0	0	45	0.99
17831597--17831638	16	2.7	15	82	7	57	40	0	2	57	1.12
17831626--17831655	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
17833154--17833229	37	2.1	37	82	0	89	47	23	9	19	1.78
17844960--17845003	23	1.9	23	85	0	61	70	6	6	15	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17845866--17845972	23	5.0	22	71	17	55	27	8	9	55	1.60
17845957--17845997	21	2.0	21	85	0	55	36	9	4	48	1.58
17850587--17850631	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
17857762--17857867	50	2.1	52	82	3	126	29	13	26	31	1.94
17863734--17863855	37	3.3	37	80	4	138	38	29	15	16	1.90
17864053--17864081	10	3.0	10	95	5	51	37	10	0	51	1.36
17865824--17865864	19	2.1	20	86	4	57	65	4	2	26	1.25
17865824--17865889	26	2.6	25	78	9	62	65	4	1	28	1.21
17868678--17868965	49	6.0	49	78	8	277	25	18	27	28	1.98
17868796--17868884	43	2.1	43	97	0	169	20	16	32	30	1.95
17874081--17874163	38	2.2	38	89	4	123	36	19	14	30	1.91
17874985--17875075	45	2.0	45	97	0	173	37	15	7	39	1.76
17875812--17875837	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
17880780--17880810	13	2.4	13	94	0	53	54	19	16	9	1.68
17888293--17888340	22	2.1	23	88	3	71	64	4	0	31	1.12
17888316--17888372	18	3.1	18	87	10	71	54	7	0	38	1.28
17888380--17888431	19	3.0	16	86	11	59	73	0	0	26	0.84
17888394--17888431	19	1.9	19	94	5	67	76	0	0	23	0.79
17888816--17888849	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
17891651--17891691	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
17893597--17893630	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
17895355--17895404	20	2.5	19	81	18	57	50	2	2	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17896233--17896271	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
17899433--17899639	47	4.2	48	78	7	168	31	28	15	25	1.96
17903204--17903303	50	2.0	50	96	0	182	34	4	26	36	1.75
17909967--17910144	47	3.8	46	81	5	198	22	19	25	32	1.97
17910019--17910144	46	2.7	46	82	1	144	22	19	25	33	1.97
17913313--17913342	9	3.3	9	90	0	51	30	0	3	66	1.07
17913379--17913427	13	4.2	12	77	15	50	38	2	4	55	1.31
17913540--17913583	22	2.0	22	86	8	63	34	6	6	52	1.55
17926291--17926458	90	1.9	90	81	2	203	37	13	18	30	1.90
17926381--17926525	73	2.0	73	87	8	213	26	16	24	32	1.96
17926436--17926699	90	3.0	88	79	9	290	26	15	19	39	1.91
17926611--17926898	73	3.8	74	74	14	273	28	13	21	35	1.92
17926542--17926988	159	2.8	159	94	0	788	28	14	20	36	1.92
17926772--17926936	73	2.2	72	79	9	181	26	13	21	38	1.91
17928798--17928827	9	3.3	9	90	0	51	30	0	3	66	1.07
17928864--17928912	13	4.2	12	77	15	50	38	2	4	55	1.31
17929025--17929071	24	2.0	24	87	8	69	31	6	6	55	1.51
17929725--17929780	26	2.2	26	96	0	103	30	5	26	37	1.79
17931333--17931408	22	3.5	22	100	0	152	17	15	18	48	1.81
17935479--17935524	21	2.2	21	84	3	67	34	15	36	13	1.86
17935491--17935536	21	2.2	21	84	3	58	34	17	36	10	1.85
17940481--17940515	15	2.3	15	95	0	61	65	2	5	25	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17940617--17940692	23	3.2	23	75	21	75	64	3	6	25	1.35
17940657--17940694	17	2.2	18	85	4	51	63	5	7	23	1.42
17940613--17941002	3	127.7	3	68	7	178	62	3	6	27	1.37
17944425--17944487	13	4.8	13	82	0	81	34	4	23	36	1.76
17950727--17950811	37	2.2	38	85	4	109	28	29	1	41	1.64
17954822--17955137	166	1.9	166	95	0	569	38	8	20	31	1.84
17957720--17957797	40	2.0	40	84	0	102	20	8	21	48	1.77
17957732--17957808	40	1.9	40	81	0	91	22	10	20	46	1.80
17960319--17960373	20	2.7	20	77	5	56	34	32	14	18	1.91
17961422--17961449	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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