genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82242901--82243009	37	2.9	37	97	0	200	27	31	19	22	1.97
82243156--82244040	48	18.1	48	91	2	1331	31	26	6	35	1.82
82243156--82244040	296	3.0	294	94	2	1487	31	26	6	35	1.82
82247315--82247419	28	3.7	27	76	12	95	31	30	16	21	1.95
82247446--82247773	40	8.2	40	90	2	482	26	28	21	24	1.99
82247446--82247773	120	2.7	120	94	1	552	26	28	21	24	1.99
82249036--82249107	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
82249254--82250035	48	16.1	48	90	3	1192	31	26	6	35	1.82
82249254--82250028	293	2.7	289	91	3	1250	31	26	6	35	1.82
82249268--82250035	243	3.2	243	93	2	1278	31	26	6	35	1.83
82249254--82250028	341	2.3	339	92	2	1261	31	26	6	35	1.82
82253283--82253387	28	3.7	27	76	12	95	31	30	16	21	1.95
82253414--82253507	39	2.4	40	90	3	154	26	27	20	25	1.99
82253516--82253731	40	5.4	40	83	8	280	25	28	21	24	1.99
82254975--82255046	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
82255193--82255977	48	16.1	48	91	2	1194	31	26	6	35	1.82
82255196--82255977	244	3.2	244	93	1	1295	31	26	6	35	1.83
82255193--82255977	98	8.1	96	89	3	1194	31	26	6	35	1.82
82263032--82263255	40	5.6	39	84	5	238	25	29	22	23	1.99
82263032--82263248	79	2.7	77	81	8	238	25	28	21	24	1.99
82263034--82263255	39	5.6	40	83	8	242	24	28	22	23	1.99
82268419--82268983	119	4.7	119	93	0	905	34	16	18	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82268419--82268983	239	2.4	239	91	0	916	34	16	18	30	1.93
82268931--82269176	84	3.0	83	87	1	357	33	20	19	26	1.96
82270683--82270744	16	3.6	16	72	16	52	32	3	1	62	1.20
82270776--82270870	44	2.2	42	80	12	97	30	4	3	62	1.30
82272500--82272533	16	2.1	16	100	0	68	50	11	11	26	1.73
82276055--82276150	29	3.3	29	89	1	149	29	31	13	26	1.94
82276361--82276396	16	2.2	17	95	5	65	19	16	11	52	1.73
82277964--82278005	22	2.0	20	86	9	57	40	4	21	33	1.74
82278711--82278780	21	3.2	21	64	25	54	47	14	2	35	1.59
82278709--82278799	45	2.0	45	97	0	173	45	15	5	34	1.69
82279377--82279433	29	2.0	29	82	6	71	43	17	21	17	1.88
82279394--82279451	29	2.0	29	86	6	82	39	15	22	22	1.91
82281166--82281335	46	3.6	46	81	9	189	31	19	27	22	1.98
82281166--82281395	49	4.8	46	78	8	185	30	19	26	23	1.98
82281166--82281390	98	2.3	95	84	4	274	30	19	26	23	1.98
82286097--82286127	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
82286295--82286485	27	7.1	27	84	0	247	26	19	17	37	1.93
82286389--82286575	27	7.0	26	74	7	106	29	12	18	38	1.88
82286485--82286623	54	2.6	54	80	4	147	32	9	18	39	1.83
82286485--82286625	27	5.2	26	79	5	120	32	9	18	39	1.82
82286527--82286683	27	5.8	27	81	5	140	29	7	21	41	1.80
82286527--82286683	81	1.9	81	82	5	192	29	7	21	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82286526--82286692	54	3.1	54	76	5	167	29	7	22	40	1.81
82286671--82287070	27	14.8	27	90	0	548	39	9	22	28	1.84
82289476--82289544	25	2.8	25	88	0	102	24	26	24	24	2.00
82289764--82289965	27	7.5	27	83	4	239	24	19	19	36	1.95
82289762--82289960	54	3.7	55	85	2	278	25	19	19	36	1.95
82289762--82289971	81	2.6	80	87	3	305	25	19	18	37	1.94
82289950--82290172	54	4.1	54	82	4	245	30	9	21	38	1.85
82289950--82290172	81	2.8	82	84	4	258	30	9	21	38	1.85
82289953--82290172	27	8.2	27	85	0	217	30	9	21	39	1.84
82290123--82290246	27	4.6	27	82	2	133	37	8	20	33	1.83
82290015--82290199	81	2.3	81	81	3	203	30	8	23	37	1.85
82290123--82290264	53	2.7	52	80	3	149	35	8	21	35	1.84
82292656--82292725	25	2.8	25	87	6	90	28	20	25	25	1.99
82292939--82293113	27	6.5	27	84	2	210	25	21	18	34	1.96
82292936--82293108	54	3.2	54	83	6	233	26	22	17	33	1.96
82293129--82293306	27	6.6	27	87	0	212	28	10	20	40	1.86
82293259--82293320	27	2.3	27	88	0	88	30	8	24	37	1.84
82293244--82293526	81	3.5	81	83	2	284	37	8	22	31	1.83
82293299--82293535	27	8.8	27	90	0	332	38	8	23	29	1.83
82309509--82309542	17	1.9	18	88	5	52	35	5	5	52	1.50
82326449--82326478	15	1.9	16	93	6	53	26	6	36	30	1.82
82339782--82339831	24	2.1	24	96	0	91	40	22	22	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82345926--82345951	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
82348859--82348903	24	1.9	23	86	13	65	4	37	0	57	1.19
82349939--82349968	9	3.3	9	90	0	51	56	6	0	36	1.26
82353975--82354023	25	1.9	26	83	4	64	48	2	0	48	1.12
82353997--82354074	34	2.3	34	95	0	138	52	0	3	43	1.19
82385501--82385538	20	1.9	20	88	0	58	39	2	28	28	1.70
82392873--82392907	5	6.8	5	96	3	61	2	60	37	0	1.12
82392973--82393024	22	2.4	22	84	9	63	71	9	0	19	1.13
82392977--82393024	21	2.3	20	82	10	53	72	10	0	16	1.10
82398749--82398934	91	2.0	91	95	0	336	33	6	13	46	1.69
82400516--82400540	10	2.5	10	100	0	50	40	12	20	28	1.87
82400700--82400728	13	2.2	13	100	0	58	13	13	0	72	1.13
82402809--82402891	43	1.9	43	82	0	103	28	18	15	37	1.91
82417155--82417298	42	3.3	42	77	10	135	33	22	17	27	1.96
82417500--82417564	33	2.0	33	100	0	130	46	7	3	43	1.48
82421697--82421736	14	2.9	14	88	0	53	40	7	20	32	1.80
82421728--82421765	19	2.0	19	94	0	67	28	5	13	52	1.61
82425875--82426192	47	6.7	47	77	13	280	23	30	20	26	1.98
82425875--82426192	141	2.2	140	82	7	367	23	30	20	26	1.98
82425875--82426189	94	3.3	94	78	11	342	23	30	19	26	1.98
82426911--82426935	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
82429636--82429807	46	3.7	45	71	17	145	29	26	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82429641--82429811	93	1.8	93	91	2	281	29	26	19	24	1.98
82433238--82433298	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
82435702--82435873	46	3.7	46	77	13	190	29	27	20	22	1.98
82435707--82435877	93	1.8	93	93	0	297	28	28	20	22	1.98
82436295--82436354	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
82437774--82437816	20	2.2	20	82	0	50	44	2	4	48	1.36
82438687--82438857	93	1.8	93	94	0	306	27	28	22	21	1.99
82438682--82438854	46	3.7	46	78	13	201	28	27	21	21	1.99
82442834--82442918	24	3.5	24	91	3	127	20	12	29	37	1.90
82449166--82449218	17	3.1	17	76	17	56	54	0	5	39	1.24
82450392--82450476	24	3.5	24	96	0	152	20	12	30	36	1.90
82450392--82450498	24	4.5	24	91	0	79	22	13	28	36	1.91
82450392--82450507	48	2.4	48	83	0	133	23	12	27	37	1.90
82450392--82450528	72	1.9	72	81	0	166	24	12	27	35	1.91
82454687--82454784	27	3.5	28	88	2	126	26	12	28	32	1.92
82454715--82454798	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
82476881--82477031	38	4.0	38	85	3	187	37	28	16	17	1.92
82476968--82477047	16	4.6	16	72	17	70	32	30	18	18	1.95
82476968--82477085	54	2.2	54	90	3	184	31	28	20	19	1.97
82476929--82477123	92	2.1	92	91	0	309	33	28	19	17	1.95
82477022--82477129	38	2.8	38	87	2	155	35	27	19	17	1.94
82491168--82491193	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82503282--82503319	19	2.0	19	89	0	58	73	0	0	26	0.83
82503492--82503541	25	2.0	25	84	7	66	36	2	0	62	1.07
82504259--82504318	22	2.8	22	73	12	54	53	6	6	33	1.53
82505327--82505376	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
82509966--82510015	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
82515004--82515146	48	3.0	48	84	2	171	28	27	20	23	1.99
82518001--82518615	155	4.0	154	80	6	739	29	18	21	29	1.97
82518473--82518566	40	2.3	39	79	15	102	28	20	24	26	1.99
82519043--82519095	21	2.5	21	90	3	88	43	30	3	22	1.71
82519442--82519489	7	6.4	7	79	11	51	22	0	29	47	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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