genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  239  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78680906--78680972	33	2.0	33	94	0	116	40	20	13	25	1.89
78684146--78684223	37	2.1	37	83	6	97	43	5	14	37	1.67
78702121--78702158	19	2.0	19	100	0	76	42	21	15	21	1.89
78705347--78705449	34	3.0	34	95	0	179	29	10	10	49	1.71
78707089--78707214	47	2.7	47	84	0	153	22	15	30	31	1.94
78715693--78715734	21	2.0	21	86	9	59	61	0	2	35	1.09
78717339--78717498	81	2.0	82	86	1	223	20	16	7	55	1.65
78717287--78717504	28	8.0	27	71	13	153	21	16	6	55	1.64
78717799--78717863	34	1.9	34	84	6	87	27	10	12	49	1.73
78718011--78718282	138	2.0	138	87	1	393	25	23	15	36	1.93
78719258--78719422	87	1.9	86	86	3	233	27	14	21	36	1.92
78719900--78719975	37	2.1	37	92	5	127	32	9	18	39	1.82
78721842--78721882	18	2.3	18	91	8	66	39	0	0	60	0.96
78727315--78727353	16	2.4	17	91	4	62	41	2	33	23	1.68
78727451--78727532	35	2.4	35	85	2	103	29	17	23	30	1.97
78728213--78728424	102	2.1	102	87	0	298	21	22	26	29	1.99
78744755--78744808	25	2.3	24	82	14	69	31	1	1	64	1.14
78744884--78744961	20	3.8	20	71	24	65	35	3	0	60	1.15
78744905--78744978	31	2.3	33	86	6	100	32	6	0	60	1.23
78744837--78744956	49	2.4	47	75	21	111	34	5	0	60	1.21
78744929--78744980	20	2.6	20	79	11	61	30	5	0	63	1.18
78763378--78763402	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78767861--78768338	44	10.9	44	88	0	706	30	14	28	26	1.95
78769811--78769943	21	6.4	20	68	14	74	33	5	0	60	1.25
78769881--78769948	33	2.0	34	83	8	86	33	7	0	58	1.26
78769898--78769962	18	3.8	18	70	24	50	33	4	0	61	1.16
78781773--78782085	46	6.6	45	73	14	190	29	19	27	23	1.98
78785804--78785851	25	1.9	25	95	0	87	27	18	20	33	1.96
78790363--78790390	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
78792088--78792143	20	2.9	19	84	7	69	57	0	0	42	0.99
78796437--78796475	21	1.9	21	94	5	71	23	30	35	10	1.88
78797694--78797865	46	3.7	46	79	10	197	23	27	20	28	1.99
78800350--78800374	6	4.2	6	100	0	50	16	36	0	48	1.46
78801221--78801250	14	2.1	14	100	0	60	6	20	20	53	1.67
78811623--78811699	34	2.3	33	91	6	113	46	0	5	48	1.24
78811633--78811702	34	2.1	34	100	0	140	44	0	5	50	1.26
78811680--78811729	24	2.2	23	85	7	66	36	0	2	62	1.07
78814463--78814602	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
78816221--78816348	26	4.9	26	98	0	229	36	25	5	32	1.79
78819448--78819509	32	1.9	32	83	0	79	41	14	9	33	1.79
78827689--78827801	48	2.4	48	83	3	129	30	28	15	25	1.96
78832678--78832865	40	4.7	40	95	0	322	21	26	20	30	1.98
78848692--78848959	40	6.7	40	94	0	455	30	20	26	22	1.98
78853918--78853949	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78858580--78858666	22	3.9	22	78	14	97	45	20	5	27	1.74
78858556--78858644	46	1.9	46	88	0	133	46	17	6	29	1.74
78858702--78858771	35	2.0	35	100	0	140	42	20	8	28	1.81
78859692--78859752	32	1.9	32	90	6	97	49	19	4	26	1.69
78859692--78859765	32	2.5	30	80	10	82	50	20	4	25	1.66
78861876--78861914	7	5.6	7	100	0	78	46	0	0	53	1.00
78862127--78862185	22	2.8	20	76	16	57	47	1	5	45	1.34
78863007--78863040	5	6.8	5	100	0	68	0	0	38	61	0.96
78870837--78870968	52	2.6	51	86	4	178	25	13	26	34	1.93
78872810--78872889	18	4.4	18	87	0	115	22	28	32	16	1.95
78872810--78872889	36	2.2	36	93	0	133	22	28	32	16	1.95
78879059--78879125	27	2.4	28	80	11	68	62	0	1	35	1.04
78896432--78896604	46	3.7	46	76	10	163	30	26	19	23	1.98
78896437--78896607	93	1.8	93	87	0	252	29	26	19	23	1.98
78902303--78902360	31	1.9	29	86	6	80	31	20	1	46	1.61
78902303--78902370	29	2.3	31	82	10	79	30	19	4	45	1.70
78904839--78904892	26	2.1	26	100	0	108	38	14	20	25	1.91
78910102--78910246	43	3.4	43	78	11	154	26	17	22	32	1.97
78913625--78914187	48	11.3	48	79	12	532	36	5	26	31	1.80
78913860--78913903	20	2.2	20	95	0	79	40	0	22	36	1.54
78913812--78913951	68	2.1	68	97	0	262	38	4	24	32	1.75
78913717--78914047	164	2.0	164	97	0	617	36	5	26	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78913764--78913999	116	2.0	116	95	0	427	36	5	25	32	1.78
78913625--78914143	260	2.0	260	97	0	975	36	5	26	31	1.80
78914328--78914430	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
78916272--78916441	43	4.0	42	81	7	191	31	24	14	29	1.95
78929088--78929179	28	3.2	28	71	14	80	33	19	16	30	1.94
78929087--78929229	58	2.5	58	86	1	189	35	18	18	27	1.94
78929195--78929300	28	3.8	28	80	5	117	28	14	29	28	1.95
78929234--78929326	28	3.2	28	86	7	98	27	12	29	30	1.93
78931117--78931184	27	2.6	27	80	2	93	29	13	25	32	1.93
78931326--78931390	27	2.4	27	78	0	76	33	12	29	24	1.92
78931608--78932515	454	2.0	454	98	0	1762	30	15	18	35	1.92
78937439--78937498	29	2.0	31	93	6	106	38	6	8	46	1.60
78937775--78937815	20	2.0	21	90	4	66	56	0	0	43	0.99
78937862--78937917	23	2.4	24	80	14	64	53	1	1	42	1.21
78938633--78938678	24	1.9	24	86	8	67	54	0	0	45	0.99
78956342--78956563	40	5.6	39	89	2	284	28	28	19	22	1.98
78962970--78963011	18	2.3	18	100	0	84	26	19	14	40	1.89
78964248--78964272	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
78964526--78964584	30	1.9	31	86	3	84	27	20	3	49	1.65
78964526--78964594	30	2.3	31	82	7	79	27	18	5	47	1.71
78965140--78965166	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
78965183--78965224	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78965649--78965701	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
78965813--78965858	3	15.7	3	82	13	60	36	0	2	60	1.09
78965812--78965856	16	3.2	13	80	20	54	37	0	2	60	1.09
78965813--78965858	19	2.6	17	83	12	58	36	0	2	60	1.09
78967994--78968036	19	2.4	19	84	7	54	37	11	11	39	1.78
78968002--78968061	19	2.8	22	85	9	72	36	6	16	40	1.75
78968027--78968071	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
78971687--78971859	46	3.7	46	78	11	192	21	20	28	30	1.98
78971684--78971854	93	1.8	93	91	2	281	21	20	29	29	1.98
78972084--78972121	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
78973874--78974101	38	5.9	38	85	3	242	29	24	23	22	1.99
78984648--78984854	78	2.7	77	90	3	308	32	17	24	25	1.97
78984978--78985208	78	3.0	78	89	2	356	34	17	22	25	1.96
78985148--78985421	45	6.1	45	77	6	268	31	14	27	26	1.95
78985239--78985404	89	1.9	89	92	0	278	28	14	30	26	1.95
78985253--78985427	89	1.9	89	87	2	233	30	15	29	24	1.95
78985768--78985855	19	4.8	19	88	8	146	36	11	14	37	1.83
78985834--78985878	23	2.0	22	82	4	54	37	8	17	35	1.81
78993489--78993526	20	1.9	20	88	0	58	28	21	26	23	1.99
78993445--78993573	64	2.0	64	96	0	240	25	17	27	29	1.98
78993509--78993663	43	3.6	43	78	6	127	25	16	25	32	1.96
78995550--78995622	29	2.5	29	84	0	92	26	17	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78995624--78995687	28	2.3	28	83	0	92	18	21	31	28	1.97
78998038--78998084	20	2.3	20	100	0	94	38	19	4	38	1.71
79001134--79001244	53	2.1	53	94	0	195	38	18	14	28	1.90
79005484--79005537	19	2.8	20	80	5	65	31	3	0	64	1.11
79005482--79005542	20	3.1	20	75	13	63	31	4	0	63	1.15
79005506--79005609	9	11.1	9	71	18	52	31	4	1	61	1.28
79005525--79005610	19	4.4	20	71	14	56	33	4	2	59	1.31
79005505--79005609	28	3.7	27	69	17	70	32	4	1	60	1.28
79005641--79005693	20	2.7	19	75	16	54	32	0	0	67	0.91
79005650--79005695	19	2.4	19	88	3	65	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316