genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  193  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62454752--62454784	16	2.0	17	88	5	50	54	6	0	39	1.25
62455312--62455395	34	2.5	34	76	7	82	40	1	14	44	1.53
62455387--62455428	22	1.9	22	100	0	84	47	0	14	38	1.44
62455328--62455485	86	1.8	86	93	2	273	38	1	18	41	1.61
62458747--62458877	49	2.7	49	84	2	174	22	28	22	27	1.99
62460293--62460367	37	2.0	37	97	0	141	50	5	20	24	1.68
62463235--62463382	67	2.2	69	78	10	162	33	18	27	20	1.96
62463259--62463442	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
62467703--62467886	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
62470406--62470457	20	2.7	20	82	14	56	38	23	0	38	1.55
62473572--62473597	10	2.6	10	100	0	52	65	7	0	26	1.20
62473495--62473652	52	3.0	52	91	5	257	62	4	0	32	1.19
62474160--62474194	17	2.0	18	88	5	54	37	5	0	57	1.23
62477269--62477299	13	2.4	13	100	0	62	54	0	0	45	0.99
62486863--62487316	49	9.4	49	92	3	748	34	7	27	30	1.85
62491632--62491803	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
62491625--62491800	46	3.8	46	79	12	207	28	30	21	19	1.98
62504061--62504091	13	2.4	13	100	0	62	54	0	0	45	0.99
62513511--62513965	49	9.4	49	92	3	757	34	7	27	30	1.85
62513511--62513965	96	4.7	96	93	2	763	34	7	27	30	1.85
62518298--62518469	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	20	1.98
62518291--62518471	46	3.9	46	78	9	206	28	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62520372--62520497	48	2.7	48	87	2	184	30	19	23	26	1.98
62520519--62520635	46	2.6	44	81	11	123	28	20	27	23	1.99
62521835--62521873	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
62526697--62526883	49	3.8	48	84	4	239	26	18	25	29	1.98
62526692--62526883	99	1.9	99	94	0	339	26	18	25	29	1.98
62530295--62530484	38	4.9	38	84	3	211	30	25	21	23	1.99
62530317--62530484	76	2.2	77	88	5	250	29	24	21	25	1.99
62534071--62534230	38	4.2	38	86	3	214	30	24	22	23	1.99
62534041--62534201	76	2.1	78	89	2	245	32	24	20	21	1.97
62538269--62538435	47	3.5	46	80	9	169	27	19	29	23	1.98
62538269--62538444	50	3.7	48	76	13	161	27	19	28	23	1.98
62541907--62541973	34	1.9	35	85	8	93	44	11	23	19	1.84
62544604--62544734	65	2.0	65	95	0	235	24	14	17	43	1.86
62550853--62550900	26	2.0	22	84	15	60	43	6	10	39	1.64
62552167--62552205	20	1.9	21	84	5	53	20	0	10	69	1.17
62556685--62556743	27	2.2	27	87	0	82	23	22	10	44	1.83
62561515--62561546	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
62561763--62562141	50	7.5	50	75	7	345	29	25	17	27	1.98
62561750--62562141	151	2.6	151	92	1	651	29	25	18	27	1.98
62561950--62562132	101	1.8	101	85	0	258	30	24	18	27	1.98
62562489--62562535	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
62572505--62572775	48	5.6	51	77	14	197	23	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62572503--62572777	94	2.9	94	83	6	315	23	28	20	27	1.99
62572458--62572775	147	2.2	146	80	8	332	24	27	19	28	1.99
62575034--62575116	43	1.9	43	97	0	157	39	24	13	22	1.90
62578962--62579001	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
62580112--62580481	47	7.8	48	72	11	255	23	28	20	27	1.99
62583712--62583742	16	1.9	16	100	0	62	54	12	19	12	1.70
62586856--62587157	27	11.2	27	77	7	256	38	21	10	29	1.86
62586863--62587181	81	3.9	79	80	5	284	40	20	10	29	1.85
62587195--62587389	27	7.2	27	84	3	259	35	19	20	25	1.96
62587168--62587388	54	4.1	53	80	10	209	37	19	18	25	1.94
62587060--62587390	81	4.1	81	77	9	264	38	19	16	26	1.92
62587532--62587562	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
62587593--62587662	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
62587592--62587687	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
62587593--62587687	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
62589939--62590255	27	11.8	26	74	4	166	38	21	11	28	1.89
62589939--62590232	108	2.7	108	78	7	310	38	21	11	28	1.89
62589939--62590172	54	4.3	54	76	7	217	38	21	11	28	1.88
62590084--62590407	81	4.0	78	81	9	242	35	19	17	26	1.94
62590184--62590406	27	8.3	27	89	2	315	34	20	19	24	1.96
62590609--62590678	25	2.8	25	95	0	122	28	25	21	24	1.99
62590609--62590703	25	3.8	25	86	6	113	29	24	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62595460--62595505	13	3.5	13	87	0	56	2	23	45	28	1.65
62618644--62618682	16	2.5	16	87	4	62	58	0	12	28	1.34
62620960--62621122	42	3.8	42	80	8	147	30	26	17	25	1.97
62622373--62622403	15	2.1	15	100	0	62	38	9	12	38	1.77
62629372--62629484	23	4.8	23	76	14	83	34	14	22	29	1.93
62629372--62629484	46	2.4	46	78	12	115	34	14	22	29	1.93
62644948--62645015	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
62644842--62645161	172	1.9	168	93	3	552	30	24	14	30	1.95
62645115--62645191	28	2.7	30	78	15	99	31	31	12	24	1.93
62653071--62653138	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
62652960--62653287	174	1.9	174	94	0	584	30	24	14	30	1.95
62653240--62653318	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
62657559--62657599	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
62658812--62658841	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
62663157--62663194	18	2.0	20	85	10	53	39	2	18	39	1.65
62669242--62669426	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
62669295--62669459	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
62671906--62672268	46	7.7	49	77	12	293	23	28	19	27	1.98
62671902--62672271	94	3.9	94	76	14	329	24	28	19	27	1.98
62671909--62672269	140	2.5	142	83	7	450	24	28	19	27	1.98
62678513--62678569	27	2.1	27	83	6	71	36	19	21	22	1.95
62678548--62678640	27	3.4	27	86	0	105	23	18	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62688184--62688219	19	1.9	19	88	5	56	47	11	0	41	1.39
62688517--62688575	30	2.0	30	86	0	82	32	23	6	37	1.81
62698140--62698191	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
62698230--62698316	27	3.3	27	86	1	95	21	20	19	37	1.94
62699692--62699914	79	2.8	78	81	9	256	25	27	21	25	2.00
62699692--62699914	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
62702230--62702506	27	10.3	27	88	0	401	23	25	19	31	1.98
62715134--62715520	48	8.0	48	91	0	603	36	5	26	31	1.80
62719322--62719387	33	2.0	34	84	3	89	25	22	21	30	1.99
62719360--62719420	28	2.2	28	84	0	77	29	26	21	22	1.99
62719578--62719653	27	2.8	27	80	7	75	38	22	19	19	1.94
62719818--62719914	27	3.6	27	81	2	106	25	21	19	32	1.97
62719827--62719892	26	2.5	27	87	5	98	25	25	18	30	1.98
62720950--62721014	32	2.0	32	100	0	130	44	6	40	9	1.61
62722896--62723062	42	3.9	42	73	8	131	24	16	26	32	1.96
62724894--62724925	6	5.7	6	92	7	50	15	0	0	84	0.63
62726653--62726837	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
62726653--62726837	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
62734661--62734845	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
62734661--62734845	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
62747607--62747770	43	3.8	42	75	12	145	33	27	18	20	1.96
62758033--62758196	43	3.8	42	75	12	145	32	26	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62758091--62758199	44	2.5	42	82	10	123	35	23	21	19	1.96
62769635--62769922	48	6.0	48	92	1	454	36	6	26	31	1.81
62774021--62774067	23	2.0	23	95	0	85	23	21	10	44	1.83
62775222--62775292	31	2.3	31	82	4	81	45	8	18	28	1.78
62775270--62775347	27	2.9	27	86	3	104	43	8	25	21	1.82
62796113--62796216	27	3.9	27	78	6	113	28	17	20	33	1.95
62800418--62800595	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62800419--62800574	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62800415--62800595	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62808431--62808608	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316